HHsearch 1.5 NAME c5od4A_ FAM FILE c5od4A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5od4A_.a3m DATE Sat Aug 19 08:31:13 2017 LENG 124 match states, 124 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4719 2.0603 SEQ >ss_dssp CCCCCCTTTSCCCTTCEEEEECCCCTTSCCCCCSSCCCEECGGGSCEEEEEEECCEEEEEEECSTTCCCSSCEEEEEEEEETTCTTCCCEEEEEEEECTT CCCCEEEEEECCTTEEEEEEEEEC >sa_dssp EEDECCBEEEEDDEDBCEDDCEBDDEEEECEDEEECEDEEACEBEACBBCBCDEDDBAABABBCEEEDBEBDBCAAACCCCDEDEECECDCCDDCDADDC CEDDBDBCBEBDDDCCADABABDE >ss_pred CCCEEECCCCCCCCCEEEEECCCCCCCHHHHHHCCCCHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHEEEECCCCCCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEEECCC CCCCEEEEECCCCCEEEEEEEECC >ss_conf 9756751686445522442004674104355213886110255563114444423300130588633100010568998210288765430212330457 778525673377646999997179 >Consensus gppycvfpgrrtsstsfttsfsteplgyarmlhrdppyeragnsglnhriyerslrtvidvappdghqaianyeievrripvatpnaagdcfhtarlstg srgpatiswdadasytyyltised >c5od4A_ GPPYCVFPGRRTSSTSFTTSFSTEPLGYARMLHRDPPYERAGNSGLNHRIYERSLRTVIDVAPPDGHQAIANYEIEVRRIPVATPNAAGDCFHTARLSTG SRGPATISWDADASYTYYLTISED # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 P 2 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 P 3 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 4 0 * * * * * * 1000 0 0 C 5 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 V 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 F 7 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 P 8 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 G 9 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 R 10 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 R 11 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 T 12 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 S 14 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 T 15 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 S 16 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 F 17 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 T 18 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 T 19 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 S 20 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 F 21 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 S 22 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 T 23 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 E 24 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 P 25 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 L 26 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 G 27 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 28 0 * * * * * * 1000 0 0 A 29 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 R 30 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 M 31 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 L 32 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 H 33 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 R 34 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 D 35 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 P 36 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 P 37 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 38 0 * * * * * * 1000 0 0 E 39 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 R 40 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 A 41 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 G 42 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 N 43 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 S 44 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 G 45 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 L 46 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 N 47 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 H 48 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 R 49 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 I 50 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 51 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 51 0 * * * * * * 1000 0 0 E 52 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 R 53 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 S 54 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 L 55 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 R 56 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 T 57 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 V 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 I 59 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 D 60 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 V 61 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 A 62 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 P 63 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 P 64 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 D 65 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 G 66 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 H 67 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 68 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 A 69 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 I 70 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 A 71 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 N 72 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 73 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 73 0 * * * * * * 1000 0 0 E 74 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 I 75 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 E 76 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 V 77 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 R 78 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 R 79 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 I 80 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 P 81 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 V 82 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 A 83 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 T 84 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 P 85 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 N 86 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 A 87 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 A 88 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 G 89 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 D 90 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 C 91 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 F 92 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 H 93 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 T 94 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 A 95 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 R 96 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 L 97 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 S 98 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 T 99 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 G 100 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 S 101 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 R 102 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 G 103 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 P 104 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 A 105 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 T 106 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 I 107 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 S 108 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 W 109 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 D 110 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 A 111 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 D 112 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 A 113 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 S 114 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 115 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 115 0 * * * * * * 1000 0 0 T 116 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 117 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 117 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 118 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 118 0 * * * * * * 1000 0 0 L 119 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 T 120 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 I 121 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 S 122 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 E 123 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 D 124 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //