HHsearch 1.5 NAME c5nsjB_ FAM FILE c5nsjB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5nsjB_.a3m DATE Sat Aug 5 08:26:22 2017 LENG 142 match states, 142 columns in multiple alignment FILT 4 out of 8 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.9 EVD 0.4224 -0.0909 SEQ >ss_dssp CCSCEEEESSSSEEEEECTTTCSEEEEEEEESCCCCCCCTTTEECTTGGGGGCCSCSSCTTHHHHHHHHHTTGGGCTTCCCCEEECCGGGTCCSEEEECC SHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCGGGSCSCCEEEEEEEECCCCC >sa_dssp EEEBECBCDDCDCABACBBEEBEBABDBCBCEEEDBEEEEECDBDBEDBCEBBEECEECECBCDAAEDBBDDBCEDEEBEBDBACBDDEEEDCBABBCAC EEEBBDCBBDBBDECBDEBEDBCEDEEDBABBBBCCEBEEEE >ss_pred CCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCEEEEEEEEEEEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCEEECCCEEEEECCCCCEEEEEEEE HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCCEEEEEEECCCCCCC >ss_conf 9777432026622577668865159999982104898614652288898886305642211023477587321953243253333403577247999864 312047999978999866307013218516998622232359 >Consensus xylPxxCmxNnThxyxrGpxxxsWxixLxiTdxSvlxxxxDsxanpxxixxcxxNxxdxxxxgxtxxWflnxLxhdxlxxpxxiCrnxxkxexniQxNit xxDhgxxVxxxmrxxfxxfxxpcxxxgkxxxlxxxxxxxnqc >c5nsjB_ PYVPMPCMINDTHFLLRGPFEASWAIKLEITDVTTLVVDTDNVANPTNISKCFANNQDERLLGFTMEWFLSGLEHDHHFTPQIICGNVSKGEVNAQVNIT MEDHCSQVFLKMRRIFGVFKNPCTSHGKQNVLISVSNWTNQC >UniRef50_Q6IUF7(88-220:496) Glycoprotein G2 n=136 Tax=New world arenaviruses RepID=GLYC_MACHU E=1e-45 s/c=1.38 id=30% cov=90% --LPSLCMLNNSFYYMKGGVN---TFLIRVSDISVLMKEHDvSIYEPEDLGNCL-NKSDS---SWAIHWFSNALGHDWLMDPPMLCRNKTKKEgSNIQFN ISKADdvrvYGKKIRNGMRHLFRGFHDPC-EEGKKCYLT-----INQC >UniRef50_Q9DK03(82-189:507) Glycoprotein G2 n=14 Tax=New world arenaviruses RepID=GLYC_ALLVP E=5e-07 s/c=0.51 id=27% cov=72% --LPQSCSKNNTHHYYKGPKGTTWGIELTLTNTSL-----DSYANMSRIRSLafgnITNCDKTGEAGHTLKWLLNELHFNVLHVTRHVgarCRVSEGAGL LIQYNLTIGDHGGEV---------------------------------- >UniRef50_Q84168(82-207:518) Glycoprotein G2 n=12 Tax=New world arenaviruses RepID=GLYC_OLVVA E=2e-13 s/c=0.61 id=39% cov=25% -YAPSSCSVNNTHHYFRGPGNVSWGIELTLTNNSVI---------------------------------------------------------------- ------------------------------------------ # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * P 1 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 2 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 2 0 * * * * * * 1516 0 0 V 3 2181 * * * * * * * * 1021 * * * * * * * 1802 * * 3 0 * * * * * * 2135 0 0 P 4 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 4 0 * * * * * * 2135 0 0 M 5 * * * * * * * * * * 1802 * * 2165 * 1029 * * * * 5 0 * * * * * * 2135 0 0 P 6 * * * * * * * * * 1891 * * 1802 * * 1173 * * * * 6 0 * * * * * * 2135 0 0 C 7 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 2135 0 0 M 8 * * * * * * * * * * 846 * * * * 1173 * * * * 8 0 * * * * * * 2135 0 0 I 9 * * * * * * * 1802 2165 1891 * * * * * * * 2181 * * 9 0 * * * * * * 2135 0 0 N 10 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 2135 0 0 D 11 * * 1802 * * * * * * * * 488 * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 2135 0 0 T 12 * * * * * * * * * * * * * * * 1891 453 * * * 12 0 * * * * * * 2135 0 0 H 13 * * * * 1891 * 453 * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 2135 0 0 F 14 * * * * 1802 * 1173 * * * * * * * * * * * * 1891 14 0 * * * * * * 2135 0 0 L 15 * * * * * * * * * 1802 * * * * * * * * * 488 15 0 * * * * * * 2135 0 0 L 16 * * * * 2181 * * * * 1802 1891 * * * * * * * * 2165 16 0 * * * * * * 2135 0 0 R 17 * * * * * * * * 1021 * * * * * 979 * * * * * 17 0 * * * * * * 2135 0 0 G 18 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 2135 0 0 P 19 * * * * * 1891 * * * * * * 453 * * * * * * * 19 0 * * * * * * 2135 0 0 F 20 * * * * 1802 2181 * * 2165 * * * * * * * * 1891 * * 20 0 * * * * * * 2135 0 0 E 21 * * * 1802 * 2165 * * * * * 1029 * * * * * * * * 21 453 * 1891 * * * * 2135 0 0 A 22 1369 * * * * * * * * * * * * * * * 1707 1707 * * 22 0 * * * * * 0 1753 0 1000 S 23 * * * * * * * * * * * * * * * 528 1707 * * * 23 0 * * * * * 0 1753 0 1000 W 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 24 0 * * * * 0 * 1753 0 1000 A 25 1802 * * * * 1173 * * * * * * * * * * 1891 * * * 25 0 * * * * * * 2135 0 0 I 26 * * * * 1891 * * 453 * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 2135 0 0 K 27 * * * 1173 * * * * 1802 1891 * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 2135 0 0 L 28 * * * * * * * 1891 * 453 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 2135 0 0 E 29 * * * 1802 * * * * * * * * * * 1891 * 1173 * * * 29 0 * * * * * * 2135 0 0 I 30 * * * * * * * 1802 * 1173 * * * * * * * 1891 * * 30 0 * * * * * * 2135 0 0 T 31 * * * * * * * * * * * * * * * 1891 453 * * * 31 0 * * * * * * 2135 0 0 D 32 * * 846 * * * * * * * * 1173 * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 2135 0 0 V 33 * * * * * * * 1891 * * * 2181 * * * * 2165 1802 * * 33 0 * * * * * * 2135 0 0 T 34 * * * * * * * * * * * * * * * 488 1802 * * * 34 0 * * * * * * 2135 0 0 T 35 * * * * * * * * * 2165 * * * * * * 1802 1029 * * 35 364 * 2165 * * * * 2135 0 0 L 36 * * * * * * * 1596 * 580 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * 0 1963 0 1000 V 37 * * * * * * * * * * 1141 * * * * * * 872 * * 37 0 * * * * * 0 1542 0 1000 V 38 * * * * * * * * 1141 * * * * * * * * 872 * * 38 0 * * * * * 0 1542 0 1000 D 39 * * 872 1141 * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * 0 1542 0 1000 T 40 * * * * * * 1141 * * * * * * * * * 872 * * * 40 0 * * * * 0 * 1542 0 1000 D 41 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 563 1630 * 0 * * * 2096 1000 0 N 42 * * * * * * * * * * * 1528 * * * 614 * * * * 42 0 * * * * * * 2096 0 0 V 43 * * * * * * * 1630 * * * * * * * * * 1528 * 1599 43 0 * * * * * * 2096 0 0 A 44 563 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1630 44 0 * * * * * * 2096 0 0 N 45 * * * 1630 * * * * * * * 563 * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 2096 0 0 P 46 * * * * * * * * * * 1599 * 578 * * * * * * * 46 0 * * * * * * 2096 0 0 T 47 * * * 1630 * * * * * * * * * * * 1599 1528 * * * 47 0 * * * * * * 2096 0 0 N 48 * * 1630 * * * * * * * * 1528 * * 1599 * * * * * 48 0 * * * * * * 2096 0 0 I 49 * * * * * * * 563 * 1630 * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 2096 0 0 S 50 * * * * * 1630 * * * * * * * * 1599 1528 * * * * 50 0 * * * * * * 2096 0 0 K 51 * * * * * * * * 1528 * * 1630 * * * 1599 * * * * 51 0 * * * * * * 2096 0 0 C 52 * 578 * * * * * * * 1599 * * * * * * * * * * 52 578 1599 * 2000 415 * * 2096 1000 0 F 53 * * * * 1528 * * 1599 * 1630 * * * * * * * * * * 53 563 * 1630 * * * * 2096 0 0 A 54 933 * * * * * * * * * * * * * * * 1070 * * * 54 0 * * * * 0 * 1611 0 1000 N 55 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 2096 0 0 N 56 * 1599 * * * * * * 1630 * * 1528 * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 2096 0 0 Q 57 * * 1599 * * * * * * * * * * 1528 * 1630 * * * * 57 0 * * * * * * 2096 0 0 D 58 * * 578 * * * * * 1599 * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 2096 0 0 E 59 * * * 1528 * * * * * * * * * * * 1630 1599 * * * 59 563 * 1630 * * * * 2096 0 0 R 60 * * * * * 1070 * * * * * * * * 933 * * * * * 60 0 * * * * * 0 1611 0 1000 L 61 * * * 1070 * * * * * 933 * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * 0 1611 0 1000 L 62 1070 * * * * * * * * 933 * * * * * * * * * * 62 0 * * * * 0 * 1611 0 1000 G 63 * * * * * 563 * * * * * * * * * 1630 * * * * 63 0 * * * * * * 2096 0 0 F 64 * * * * 1528 * 1599 * * * * * * * * * * * 1630 * 64 0 * * * * * * 2096 0 0 T 65 1630 * * * * * * * * * * * * * * * 563 * * * 65 0 * * * * * * 2096 0 0 M 66 * * * * * * * 1630 * 1599 1528 * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 2096 0 0 E 67 * * * 1528 * * 1630 * 1599 * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 2096 0 0 W 68 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 68 0 * * * * * * 2096 0 0 F 69 * * * * 578 * * * * 1599 * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 2096 0 0 L 70 * * * * * * * * * 563 * * * * * 1630 * * * * 70 0 * * * * * * 2096 0 0 S 71 * * * * * * * * * * * 614 * * * 1528 * * * * 71 0 * * * * * * 2096 0 0 G 72 1630 * * 1599 * 1528 * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 2096 0 0 L 73 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 2096 0 0 E 74 * * * 1528 * 1630 1599 * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 2096 0 0 H 75 * * * * 1599 * 578 * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 2096 0 0 D 76 * * 578 * * * * * * * * 1599 * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 2096 0 0 H 77 * * * * * * 1528 * * * * * * * * * * 1599 1630 * 77 0 * * * * * * 2096 0 0 H 78 * * * * * * 1528 * * 614 * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 2096 0 0 F 79 * * * * 1528 * 1599 * * * 1630 * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 2096 0 0 T 80 * * 1630 * * * * * * * * * * * * * 1528 1599 * * 80 0 * * * * * * 2096 0 0 P 81 * * * * * * * * * * * * 578 * * * 1599 * * * 81 0 * * * * * * 2096 0 0 Q 82 * * * * * * * * * * * * 1630 1528 1599 * * * * * 82 0 * * * * * * 2096 0 0 I 83 * * * * * * 1599 1528 * * 1630 * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 2096 0 0 I 84 * * * * * * * 1528 * 1630 * * * * * * * 1599 * * 84 578 1599 * 1585 585 * * 2096 1000 0 C 85 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 2096 0 0 G 86 * * * * * 1528 * * * * * * * * 614 * * * * * 86 0 * * * * * * 2096 0 0 N 87 * * * * * * * * * * * 578 * * * * * 1599 * * 87 0 * * * * * * 2096 0 0 V 88 * * * * * * * * 1630 * * * * * * 1599 * 1528 * * 88 0 * * * * * * 2096 0 0 S 89 * * * 1599 * * * * * * * * * * * 1528 1630 * * * 89 0 * * * * * * 2096 0 0 K 90 * * * * * 1599 * * 578 * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 2096 0 0 G 91 1599 * * * * 1528 * * 1630 * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 2096 0 0 E 92 * * * 578 * 1599 * * * * * * * * * * * * * * 92 563 1630 * 0 * * * 2096 1000 0 V 93 * * * * * * * * * 1599 * * * * * 1630 * 1528 * * 93 0 * * * * * * 2096 0 0 N 94 * * * * * * * * * 1599 * 578 * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 2096 0 0 A 95 1528 * * * * * * 614 * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 2096 0 0 Q 96 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 96 0 * * * * * * 2096 0 0 V 97 * * * * 1630 * * * * * * * * * * * * 1528 * 1599 97 0 * * * * * * 2096 0 0 N 98 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 2096 0 0 I 99 * * * * * * * 578 * 1599 * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 2096 0 0 T 100 * * * * * * * * * * * * * * * 1630 563 * * * 100 0 * * * * * * 2096 0 0 M 101 * * * * * * * 1599 1630 * 1528 * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 2096 0 0 E 102 1630 * * 1528 * 1599 * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 2096 0 0 D 103 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 563 1630 * 2000 415 * * 2096 1000 0 H 104 * * * * * * 563 * * * * * * * * * * * * 1630 104 0 * * * * * * 2096 0 0 C 105 * 1528 * * * 614 * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 2096 0 0 S 106 * * * * * 1599 * * 1630 * * * * * * 1528 * * * * 106 0 * * * * * * 2096 0 0 Q 107 * * * 1599 * * * * 1630 * * * * 1528 * * * * * * 107 0 * * * * * * 2096 0 0 V 108 * * * * * * * 1630 * * * * * * * * * 563 * * 108 0 * * * * * * 2096 0 0 F 109 * * * * 872 * * * * * * * * * 1141 * * * * * 109 0 * * * * * * 1542 0 0 L 110 * * * * * * * * * 872 * 1141 * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1542 0 0 K 111 * * * * * 1141 * * 872 * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1542 0 0 M 112 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1542 0 0 R 113 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 113 0 * * * * * * 1542 0 0 R 114 * * * * * * 1141 * * * * * * * 872 * * * * * 114 0 * * * * * * 1542 0 0 I 115 * * * * * * * 872 * 1141 * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1542 0 0 F 116 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1542 0 0 G 117 * * * * * 872 * * * * * * * * 1141 * * * * * 117 0 * * * * * * 1542 0 0 V 118 * * * * * 1141 * * * * * * * * * * * 872 * * 118 0 * * * * * * 1542 0 0 F 119 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1542 0 0 K 120 * * * * * * 1141 * 872 * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1542 0 0 N 121 * * 1141 * * * * * * * * 872 * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1542 0 0 P 122 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1542 0 0 C 123 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 123 872 * 1141 * * * * 1542 0 0 T 124 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 124 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 S 125 * * * 1141 * * * * * * * * * * * 872 * * * * 125 0 * * * * * * 1542 0 0 H 126 * * * 1141 * * 872 * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1542 0 0 G 127 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1542 0 0 K 128 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1542 0 0 Q 129 * * * * * * * * 1141 * * * * 872 * * * * * * 129 0 * * * * * * 1542 0 0 N 130 * 1141 * * * * * * * * * 872 * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1542 0 0 V 131 * * * * * * * * * * * * * * * * * 872 * 1141 131 0 * * * * * * 1542 0 0 L 132 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1542 0 0 I 133 * * * * * * * 872 * * * * * * * * 1141 * * * 133 872 * 1141 * * * * 1542 0 0 S 134 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 134 0 * * * * * 0 1000 0 1000 V 135 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 135 0 * * * * * 0 1000 0 1000 S 136 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 136 0 * * * * * 0 1000 0 1000 N 137 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 137 0 * * * * * 0 1000 0 1000 W 138 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 138 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 T 139 * * * * * * * 1141 * * * * * * * * 872 * * * 139 0 * * * * * * 1542 0 0 N 140 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1542 0 0 Q 141 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 141 0 * * * * * * 1542 0 0 C 142 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * 0 * * * 1542 0 0 //