HHsearch 1.5 NAME c5nhqA_ FAM FILE c5nhqA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5nhqA_.a3m DATE Sat Apr 29 08:13:54 2017 LENG 71 match states, 71 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.4670 2.3340 SEQ >ss_dssp CCCCCHHHHHTTTCCCSSTTCSSTHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSCCCCCCSSSCCCSSCCCTTCSCCCCCC >sa_dssp EEEEDEDEDCEEEECEEEDDDEEECEEDEEDEEDDEEDEEEDEDEEEEEEEEEDDCEEDEEECEEEDEEEE >ss_pred CHHHHHHHHHCEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCCCC >ss_conf 92565222220010122032067789999999999999825843343113455315004555417785679 >Consensus xvlrqlsrxasvkvxktwxgtkkraqrixifxlexllxfcxgedsvdgkxxqrhsglteqtysalpepkat >c5nhqA_ MVLRQLSRKASVKVSKTWSGTKKRAQRILIFLLEFLLDFCTGEDSVDGKKRQRHSGLTEQTYSALPEPKAT >UniRef50_P14998(9-59:74) Agnoprotein n=129 Tax=Polyomavirus RepID=AGNO_POVBA E=2e-16 s/c=1.71 id=77% cov=73% VVLRQLSRQASVKVGKTWTGTKKRAQRIFIFILELLLEFCRGEDSVDGKNK-------------------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * 1 0 * * * * * * 1161 0 0 V 2 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 2 0 * * * * * * 1161 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1161 0 0 R 4 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 4 0 * * * * * * 1161 0 0 Q 5 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 5 0 * * * * * * 1161 0 0 L 6 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1161 0 0 S 7 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 7 0 * * * * * * 1161 0 0 R 8 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 8 0 * * * * * * 1161 0 0 K 9 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 9 0 * * * * * * 1161 0 0 A 10 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1161 0 0 S 11 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 11 0 * * * * * * 1161 0 0 V 12 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 12 0 * * * * * * 1161 0 0 K 13 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1161 0 0 V 14 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 14 0 * * * * * * 1161 0 0 S 15 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 15 0 * * * * * * 1161 0 0 K 16 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1161 0 0 T 17 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 17 0 * * * * * * 1161 0 0 W 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 18 0 * * * * * * 1161 0 0 S 19 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 19 0 * * * * * * 1161 0 0 G 20 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1161 0 0 T 21 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 21 0 * * * * * * 1161 0 0 K 22 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1161 0 0 K 23 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1161 0 0 R 24 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 24 0 * * * * * * 1161 0 0 A 25 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1161 0 0 Q 26 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 26 0 * * * * * * 1161 0 0 R 27 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 27 0 * * * * * * 1161 0 0 I 28 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1161 0 0 L 29 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1161 0 0 I 30 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1161 0 0 F 31 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1161 0 0 L 32 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1161 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1161 0 0 E 34 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1161 0 0 F 35 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1161 0 0 L 36 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1161 0 0 L 37 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1161 0 0 D 38 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1161 0 0 F 39 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1161 0 0 C 40 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1161 0 0 T 41 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * 41 0 * * * * * * 1161 0 0 G 42 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1161 0 0 E 43 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1161 0 0 D 44 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1161 0 0 S 45 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 45 0 * * * * * * 1161 0 0 V 46 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 46 0 * * * * * * 1161 0 0 D 47 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1161 0 0 G 48 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1161 0 0 K 49 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1161 0 0 K 50 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1161 0 0 R 51 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 51 0 * * * * * * 1161 0 0 Q 52 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 R 53 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 H 54 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 S 55 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 G 56 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 L 57 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 T 58 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 E 59 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 60 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 T 61 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 62 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 62 0 * * * * * * 1000 0 0 S 63 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 A 64 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 L 65 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 P 66 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 E 67 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 P 68 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 K 69 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 A 70 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 T 71 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 71 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //