HHsearch 1.5 NAME c5m1mA_ FAM FILE c5m1mA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5m1mA_.a3m DATE Sat Feb 11 11:10:44 2017 LENG 154 match states, 154 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4094 -0.6708 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHTTTSCHHHHHHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHTTCSCCCHHHHHHHHHHHHHHCTTSCCCHHHHHHHHHHTTTCCHHHHHHHHHHHHHH CSHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHHHCGGGSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTC >sa_dssp DEEDACDCADDCAEECDEEBCEDABECBEECDECADEBBEDADDDECECEDDCABBAAAAABBCCCEBEDBEDACDCADEDBEECEEDCADDACECADEC DDBECACDBBEEEEBDECBBCBAABBAACDBEEBDDEBBBAAAABBACCCCEEE >ss_pred CCCEEEHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEEEEEECCCCCC >ss_conf 9504531268898533820245576763151577787998740036753147426899999986425762146888877767654442036899998731 213439999987631526899999999608454787613533313131024579 >Consensus aheiliaeteaflknvapetrtaiisaitggksacksaakliknehlplmsgeattmhivmrclypeikpwkkasdmlnkatsslkksegrdirkqmkaa gdflgvesmmkmrafrddqimemveevydhpddytpdirigtitawlrcknkks >c5m1mA_ AHEILIAETEAFLKNVAPETRTAIISAITGGKSACKSAAKLIKNEHLPLMSGEATTMHIVMRCLYPEIKPWKKASDMLNKATSSLKKSEGRDIRKQMKAA GDFLGVESMMKMRAFRDDQIMEMVEEVYDHPDDYTPDIRIGTITAWLRCKNKKS # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 H 2 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 E 3 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 I 4 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 I 6 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 A 7 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 E 8 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 T 9 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 E 10 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 A 11 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 F 12 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 K 14 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 N 15 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 V 16 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 P 18 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 E 19 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 R 21 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 T 22 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 A 23 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 I 24 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 I 25 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 A 27 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 I 28 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 T 29 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 G 30 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 G 31 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 K 32 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 S 33 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 A 34 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 C 35 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 K 36 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 S 37 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 A 38 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 A 39 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 K 40 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 I 42 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 K 43 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 N 44 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 E 45 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 H 46 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 P 48 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 L 49 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 M 50 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 S 51 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 G 52 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 E 53 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 A 54 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 T 55 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 T 56 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 M 57 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 H 58 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 I 59 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 V 60 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 M 61 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 R 62 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 C 63 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 L 64 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 65 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 65 0 * * * * * * 1000 0 0 P 66 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 E 67 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 I 68 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 K 69 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 P 70 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 W 71 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 K 72 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 K 73 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 A 74 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 S 75 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 D 76 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 M 77 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 L 78 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 N 79 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 K 80 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 A 81 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 T 82 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 S 83 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 S 84 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 L 85 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 K 86 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 K 87 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 S 88 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 E 89 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 G 90 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 R 91 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 D 92 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 I 93 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 R 94 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 K 95 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 96 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 M 97 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 K 98 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 A 99 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 A 100 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 G 101 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 D 102 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 F 103 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 L 104 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 G 105 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 V 106 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 E 107 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 S 108 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 M 109 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 M 110 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 K 111 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 M 112 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 R 113 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 A 114 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 F 115 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 R 116 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 D 117 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 D 118 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 119 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 I 120 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 M 121 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 E 122 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 M 123 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 V 124 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 E 125 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 E 126 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 V 127 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 128 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 128 0 * * * * * * 1000 0 0 D 129 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 H 130 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 P 131 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 D 132 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 D 133 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 134 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 134 0 * * * * * * 1000 0 0 T 135 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 P 136 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 D 137 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 I 138 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 R 139 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 I 140 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 G 141 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 T 142 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 I 143 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 T 144 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 A 145 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 W 146 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 L 147 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 R 148 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 C 149 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 K 150 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 N 151 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 K 152 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 K 153 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 S 154 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 154 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //