HHsearch 1.5 NAME c5lwcA_ FAM FILE c5lwcA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5lwcA_.a3m DATE Sat Oct 28 08:45:09 2017 LENG 49 match states, 49 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4269 1.2201 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHTCCHHHHHHHHHHHHHHC >sa_dssp EDBDECAEEDCECBCECAEDDEDDBEDCDEEECEDEDABDDBDDCEEEE >ss_pred CHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCC >ss_conf 9589999971637887889878999999963964999999998640779 >Consensus agllrfllskgralynwakshvgkvwewlksgatyeqikewienalgwr >c5lwcA_ AGLLRFLLSKGRALYNWAKSHVGKVWEWLKSGATYEQIKEWIENALGWR # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 G 2 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 L 4 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 R 5 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 F 6 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 S 9 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 K 10 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 G 11 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 R 12 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 A 13 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 15 0 * * * * * * 1000 0 0 N 16 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 W 17 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 A 18 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 K 19 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 S 20 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 H 21 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 V 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 G 23 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 K 24 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 V 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 W 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 E 27 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 W 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 L 29 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 K 30 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 S 31 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 G 32 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 A 33 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 T 34 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 35 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 35 0 * * * * * * 1000 0 0 E 36 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 37 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 I 38 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 K 39 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 E 40 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 W 41 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 I 42 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 E 43 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 N 44 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 A 45 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 L 46 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 G 47 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 W 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 R 49 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 49 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //