HHsearch 1.5 NAME c5lq6A_ FAM FILE c5lq6A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5lq6A_.a3m DATE Thu Feb 9 12:22:42 2017 LENG 184 match states, 184 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4262 -0.1068 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHTCSCSCGGGHHHHHHHHHHEEECCCCSSCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHTSCCEEECCCHHHHHHHHHSSCCCBCCCBSCHHH HHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEEEEETTTEEEEEEEEEEEECCTTSCCEEEEECTTCTTCSSCCHHHHHTTCCSCCCEEEECCC >sa_dssp DDEDADDCBDCEECEEEDCECBEEADECBCDEEBDEEBDDECACDAAECAEDBBAAAAAABBAADCCDCBABCEDDBCBAADBABDDEBEDBEDCECBDD ACECADDCCEEEEDCCAAABADCADBEEECDCDBAAAABBACCEEEEDCBBAAAADCEEDCBBDCEDADECCDECCDBCAACCE >ss_pred CHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCEEECCCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHH HHHHHHHHHHCCCCCEEEEEHHHEEHHHHCCCCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCEEEEEEC >ss_conf 9156776522254887744678887642113732010597779999996200355535443001347777764434777887653110144506353889 999875342102111157630100012212533342236742036783557754210012130189999851357737888629 >Consensus ssqdiisrinskninnndsnevkrikdalsielypqnlsrdnlkqmaryvnncvllsaclhynihhrqdilsskldsaivdkiifghelnqsyslnside vekeilnrydikressfiisaenyiapiigesrhdfnavviseydkkpyvqfidswktsnilpslqeikkhfsssgefyvrayd >c5lq6A_ SSQDIISRINSKNINNNDSNEVKRIKDALSIELYPQNLSRDNLKQMARYVNNCVLLSACLHYNIHHRQDILSSKLDSAIVDKIIFGHELNQSYSLNSIDE VEKEILNRYDIKRESSFIISAENYIAPIIGESRHDFNAVVISEYDKKPYVQFIDSWKTSNILPSLQEIKKHFSSSGEFYVRAYD # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 3 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 D 4 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 I 5 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 I 6 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 S 7 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 R 8 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 I 9 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 N 10 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 S 11 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 K 12 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 N 13 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 I 14 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 N 15 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 N 16 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 N 17 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 D 18 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 S 19 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 N 20 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 E 21 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 V 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 K 23 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 R 24 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 I 25 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 K 26 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 D 27 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 A 28 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 L 29 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 S 30 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 I 31 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 34 0 * * * * * * 1000 0 0 P 35 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 36 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 N 37 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 L 38 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 R 40 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 D 41 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 N 42 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 L 43 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 K 44 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 45 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 M 46 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 A 47 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 R 48 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 49 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 49 0 * * * * * * 1000 0 0 V 50 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 N 51 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 N 52 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 C 53 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 V 54 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 L 55 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 L 56 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 S 57 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 A 58 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 C 59 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 L 60 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 H 61 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 62 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 62 0 * * * * * * 1000 0 0 N 63 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 I 64 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 H 65 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 H 66 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 R 67 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 68 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 D 69 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 I 70 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 L 71 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 S 72 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 S 73 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 K 74 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 L 75 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 D 76 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 S 77 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 A 78 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 I 79 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 V 80 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 D 81 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 K 82 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 I 83 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 I 84 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 F 85 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 G 86 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 H 87 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 E 88 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 L 89 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 N 90 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 91 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 S 92 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 93 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 93 0 * * * * * * 1000 0 0 S 94 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 L 95 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 N 96 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 S 97 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 I 98 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 D 99 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 E 100 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 V 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 E 102 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 K 103 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 E 104 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 I 105 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 L 106 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 N 107 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 R 108 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 109 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 109 0 * * * * * * 1000 0 0 D 110 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 I 111 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 K 112 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 R 113 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 E 114 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 S 115 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 S 116 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 F 117 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 I 118 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 I 119 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 S 120 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 A 121 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 E 122 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 N 123 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 124 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 124 0 * * * * * * 1000 0 0 I 125 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 A 126 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 P 127 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 I 128 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 I 129 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 G 130 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 E 131 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 S 132 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 R 133 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 H 134 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 D 135 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 F 136 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 N 137 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 A 138 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 V 139 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 V 140 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 I 141 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 S 142 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 E 143 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 144 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 144 0 * * * * * * 1000 0 0 D 145 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 K 146 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 K 147 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 P 148 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 149 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 149 0 * * * * * * 1000 0 0 V 150 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 151 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 F 152 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 I 153 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 D 154 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1000 0 0 S 155 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 155 0 * * * * * * 1000 0 0 W 156 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 K 157 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 T 158 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 S 159 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 N 160 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 I 161 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1000 0 0 L 162 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 P 163 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 S 164 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 164 0 * * * * * * 1000 0 0 L 165 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 166 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 166 0 * * * * * * 1000 0 0 E 167 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 167 0 * * * * * * 1000 0 0 I 168 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 168 0 * * * * * * 1000 0 0 K 169 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 169 0 * * * * * * 1000 0 0 K 170 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 170 0 * * * * * * 1000 0 0 H 171 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 171 0 * * * * * * 1000 0 0 F 172 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 172 0 * * * * * * 1000 0 0 S 173 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 173 0 * * * * * * 1000 0 0 S 174 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 174 0 * * * * * * 1000 0 0 S 175 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 175 0 * * * * * * 1000 0 0 G 176 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 176 0 * * * * * * 1000 0 0 E 177 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 177 0 * * * * * * 1000 0 0 F 178 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 178 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 179 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 179 0 * * * * * * 1000 0 0 V 180 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 180 0 * * * * * * 1000 0 0 R 181 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 181 0 * * * * * * 1000 0 0 A 182 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 182 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 183 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 183 0 * * * * * * 1000 0 0 D 184 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 184 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //