HHsearch 1.5 NAME c5lo7B_ FAM FILE c5lo7B_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5lo7B_.a3m DATE Thu Feb 9 15:30:58 2017 LENG 126 match states, 126 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.3914 -1.2020 SEQ >ss_dssp CEEEEEECSSCBCSEECSSCEEEEEEEEECSSCCCEEEEEECGGGTTTEEECTTCCEEECBCSSSEEETTEEEEECCSSEEEEEEEECTTCEECSSEEEE EEEEEEECCCCEEEEEEEEEEEEBCC >sa_dssp DDBDBDCCEDEBECDEBEDDCCAACABACCEDEBDAABACBCEDAEDACACBEEDDDBDBDBEDBDDDEDBBDCDCDDEEBCACABACDCCEAEDCDADA CADABABCDEEDDDDDEBDBDBEBCE >ss_pred CEEEECCCCCCEEECCCCCCCEEEEEEECCCCCCCCEEEEECCCCCCCEEEECCCCEEEEEEEEEEECCCCEEECCCCCEEEEEEEEEECCEEECCCEEE EEEHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCC >ss_conf 9145215778277413678722699984377765772666636566835982157776444434331067256718773223578863066651341587 22267323310014322221000049 >Consensus FxVxFxxxxxEIxaGKxxxDxxxFxLxMxDsxxHxGWxvxPTGxSeGGxMvSADGxxVxLxsxxlSWxxxxWxIdDxSxrvexxxylxAGxvvKxxxYqF TGRVEEYVedtvinskdisatktvke >c5lo7B_ FSVEFKATENEIVSGKLDADTPAFHLVMSDSGEHKGWNVRPTGASEGGQMVSADGTRVDLHTNELSWDNDHWWIDDGSERVEATFFLAAGDEVKAGEYQF TGRVEEYVEDTVINSKDISATKTVKE >UniRef50_B1JS09(47-157:158) pH 6 antigen n=26 Tax=Yersinia RepID=PSAA_YERPY E=2e-47 s/c=1.70 id=43% cov=87% FHVDFAPNTGEIFAGKQPGDVTMFTLTMGDTAPHGGWRLIPTGDSKGGYMISADGDYVGLYSYMMSWvgIDNNWYINDDSPKdIKDHLYVKAGTVLKPTT YKFTGRVEEYV------------------ >UniRef50_Q56C51(1-90:90) Mucoid yersinia fimbriae (Fragment) n=1 Tax=Yersinia enterocolitica RepID=Q56C51_YEREN E=4e-39 s/c=1.80 id=85% cov=72% -------------------DTPAFHLGMSDSGEHKGWDVRPTGVSEGGQMVSADGARVDLHSHDLSWGKGHWWIDDGSQRVEATFYLAAGDVVKAGEYQF TGRVEEYVE----------------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * F 1 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1479 0 0 S 2 * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * 2 0 * * * * * * 1479 0 0 V 3 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 3 0 * * * * * * 1479 0 0 E 4 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1479 0 0 F 5 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1479 0 0 K 6 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1479 0 0 A 7 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1479 0 0 T 8 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 8 0 * * * * * * 1479 0 0 E 9 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 9 0 * * * * * * 1479 0 0 N 10 * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1479 0 0 E 11 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1479 0 0 I 12 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1479 0 0 V 13 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 13 0 * * * * * * 1479 0 0 S 14 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 14 0 * * * * * * 1479 0 0 G 15 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1479 0 0 K 16 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1479 0 0 L 17 * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * 17 0 * * * * * * 1479 0 0 D 18 * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1479 0 0 A 19 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1479 0 0 D 20 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1514 0 0 T 21 * * * * * * * * * * * * * * * * 732 1329 * * 21 0 * * * * * * 1514 0 0 P 22 * * * * * * * * * * * * 732 * * * 1329 * * * 22 0 * * * * * * 1514 0 0 A 23 732 * * * * * * * * * 1329 * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1514 0 0 F 24 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1514 0 0 H 25 * * * * * * 732 * * * * * * * * * 1329 * * * 25 0 * * * * * * 1514 0 0 L 26 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1514 0 0 V 27 * * * * * 1752 * * * * * * * * * * 1329 1712 * * 27 0 * * * * * * 1514 0 0 M 28 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1514 0 0 S 29 * * * * * 1329 * * * * * * * * * 732 * * * * 29 0 * * * * * * 1514 0 0 D 30 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1514 0 0 S 31 * * * * * * * * * * * * * * * 732 1329 * * * 31 0 * * * * * * 1514 0 0 G 32 1329 * * * * 732 * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1514 0 0 E 33 * * * 732 * * * * * * * * 1329 * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1514 0 0 H 34 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1514 0 0 K 35 * * * * * 1329 * * 732 * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1514 0 0 G 36 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1514 0 0 W 37 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 37 0 * * * * * * 1514 0 0 N 38 * * 1752 * * * * * * * * 1712 * * 1329 * * * * * 38 0 * * * * * * 1514 0 0 V 39 * * * * * * * * * 1329 * * * * * * * 732 * * 39 0 * * * * * * 1514 0 0 R 40 * * * * * * * 1329 * * * * * * 732 * * * * * 40 0 * * * * * * 1514 0 0 P 41 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1514 0 0 T 42 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 42 0 * * * * * * 1514 0 0 G 43 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1514 0 0 A 44 1712 * 1329 * * * * * * * * * * * * * * 1752 * * 44 0 * * * * * * 1514 0 0 S 45 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 45 0 * * * * * * 1514 0 0 E 46 * * * 732 * * * * 1329 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1514 0 0 G 47 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1514 0 0 G 48 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1514 0 0 Q 49 * * * * * * * * * * * * * 732 * * * * * 1329 49 0 * * * * * * 1514 0 0 M 50 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1514 0 0 V 51 * * * * * * * 1329 * * * * * * * * * 732 * * 51 0 * * * * * * 1514 0 0 S 52 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 52 0 * * * * * * 1514 0 0 A 53 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1514 0 0 D 54 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1514 0 0 G 55 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1514 0 0 T 56 1752 * 1329 * * * * * * * * * * * * * 1712 * * * 56 0 * * * * * * 1514 0 0 R 57 * * * * * * * * * * * * * * 732 * * * * 1329 57 0 * * * * * * 1514 0 0 V 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 58 0 * * * * * * 1514 0 0 D 59 * * 732 * * 1329 * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1514 0 0 L 60 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1514 0 0 H 61 * * * * * * 732 * * * * * * * * * * * * 1329 61 0 * * * * * * 1514 0 0 T 62 * * * * * * * * * * * * * * * 525 1712 * * * 62 0 * * * * * * 1514 0 0 N 63 * * * * * * 1752 * * * * 1712 * * * * * * * 1329 63 0 * * * * * * 1514 0 0 E 64 * * 1752 1712 * * * * * * 1329 * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1514 0 0 L 65 * * * * * * * * * 732 1329 * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1514 0 0 S 66 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 66 0 * * * * * * 1514 0 0 W 67 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 67 732 1329 * 1000 1000 * * 1514 1000 0 D 68 * * 1712 * * 1752 * 1329 * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1514 0 0 N 69 * * 1329 * * * * * 1752 * * 1712 * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1514 0 0 D 70 * * 1712 * * 1752 * * * * * 1329 * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1514 0 0 H 71 * * * * * * 732 * * * * 1329 * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1514 0 0 W 72 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 72 0 * * * * * * 1514 0 0 W 73 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 732 1329 73 0 * * * * * * 1514 0 0 I 74 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1514 0 0 D 75 * * 732 * * * * * * * * 1329 * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1514 0 0 D 76 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1514 0 0 G 77 * * 1329 * * 732 * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1514 0 0 S 78 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 78 0 * * * * * * 1514 0 0 E 79 * * * 1712 * * * * * * * * 1329 1752 * * * * * * 79 0 * * * * * * 1514 0 0 R 80 * * * * * * * * 1329 * * * * * 732 * * * * * 80 732 1329 * 0 * * * 1514 1000 0 V 81 * * * * * * * 1329 * * * * * * * * * 732 * * 81 0 * * * * * * 1514 0 0 E 82 * * * 732 * * * * 1329 * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1514 0 0 A 83 732 * 1329 * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1514 0 0 T 84 * * * * * * 1329 * * * * * * * * * 732 * * * 84 0 * * * * * * 1514 0 0 F 85 * * * * 732 * * * * 1329 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1514 0 0 F 86 * * * * 1712 * * * * * * * * * * * * * * 525 86 0 * * * * * * 1514 0 0 L 87 * * * * * * * * * 732 * * * * * * * 1329 * * 87 0 * * * * * * 1514 0 0 A 88 732 * * * * * * * 1329 * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1514 0 0 A 89 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1514 0 0 G 90 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1514 0 0 D 91 * * 732 * * * * * * * * * * * * * 1329 * * * 91 0 * * * * * * 1514 0 0 E 92 * * * 1712 * * * * * * * * * * * * * 525 * * 92 0 * * * * * * 1514 0 0 V 93 * * * * * * * * * 1329 * * * * * * * 732 * * 93 0 * * * * * * 1514 0 0 K 94 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1514 0 0 A 95 732 * * * * * * * * * * * 1329 * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1514 0 0 G 96 * * * * * 732 * * * * * * * * * * 1329 * * * 96 0 * * * * * * 1514 0 0 E 97 * * * 732 * * * * * * * * * * * * 1329 * * * 97 0 * * * * * * 1514 0 0 Y 98 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 98 0 * * * * * * 1514 0 0 Q 99 * * * * * * * * 1329 * * * * 732 * * * * * * 99 0 * * * * * * 1514 0 0 F 100 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1514 0 0 T 101 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 101 0 * * * * * * 1514 0 0 G 102 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1514 0 0 R 103 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 103 0 * * * * * * 1514 0 0 V 104 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 104 0 * * * * * * 1514 0 0 E 105 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1514 0 0 E 106 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1514 0 0 Y 107 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 107 0 * * * * * * 1514 0 0 V 108 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 108 0 * * * * * * 1514 0 0 E 109 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1105 0 0 D 110 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 T 111 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 V 112 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 I 113 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 N 114 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 S 115 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 K 116 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 D 117 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 I 118 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 S 119 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 A 120 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 T 121 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 K 122 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 T 123 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 V 124 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 K 125 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 E 126 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //