HHsearch 1.5 NAME c5kzoA_ FAM FILE c5kzoA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5kzoA_.a3m DATE Sat May 13 08:15:56 2017 LENG 51 match states, 51 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.4335 0.7938 SEQ >ss_dssp CCTTTSCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCCCSTTSSSCC >sa_dssp EEEEEEEEEEDEEEEEEEEEDDDEEEEEEECBCEEEEEEEEEEEDDEEEEE >ss_pred CCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC >ss_conf 997878997950336898999999999998425787558777416653789 >Consensus vxsexveppxpxqlhxmyvaaaafvllffvgcgvllsrkrrrqhgqlwfpe >c5kzoA_ VQSETVEPPPPAQLHFMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLSRKRRRQHGQLWFPE >UniRef50_Q01705(1711-1761:2531) Notch 1 intracellular domain n=55 Tax=root RepID=NOTC1_MOUSE E=1e-24 s/c=2.24 id=88% cov=102% VKSEPVEPPLPSQLHLMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLSRKRRRQHGQLWFPE # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * V 1 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 1 0 * * * * * * 1070 0 0 Q 2 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 2 0 * * * * * * 1070 0 0 S 3 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 3 0 * * * * * * 1070 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1070 0 0 T 5 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * 5 0 * * * * * * 1070 0 0 V 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 6 0 * * * * * * 1070 0 0 E 7 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1070 0 0 P 8 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1070 0 0 P 9 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1070 0 0 P 10 * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1070 0 0 P 11 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1070 0 0 A 12 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 12 0 * * * * * * 1070 0 0 Q 13 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 13 0 * * * * * * 1070 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1070 0 0 H 15 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1070 0 0 F 16 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1070 0 0 M 17 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1070 0 0 Y 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 18 0 * * * * * * 1070 0 0 V 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 19 0 * * * * * * 1070 0 0 A 20 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1070 0 0 A 21 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1070 0 0 A 22 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1070 0 0 A 23 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1070 0 0 F 24 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1070 0 0 V 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 25 0 * * * * * * 1070 0 0 L 26 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1070 0 0 L 27 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1070 0 0 F 28 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1070 0 0 F 29 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1070 0 0 V 30 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 30 0 * * * * * * 1070 0 0 G 31 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1070 0 0 C 32 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1070 0 0 G 33 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1070 0 0 V 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 34 0 * * * * * * 1070 0 0 L 35 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1070 0 0 L 36 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1070 0 0 S 37 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 37 0 * * * * * * 1070 0 0 R 38 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 38 0 * * * * * * 1070 0 0 K 39 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1070 0 0 R 40 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 40 0 * * * * * * 1070 0 0 R 41 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 41 0 * * * * * * 1070 0 0 R 42 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 42 0 * * * * * * 1070 0 0 Q 43 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 43 0 * * * * * * 1070 0 0 H 44 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1070 0 0 G 45 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1070 0 0 Q 46 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 46 0 * * * * * * 1070 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1070 0 0 W 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 48 0 * * * * * * 1070 0 0 F 49 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1070 0 0 P 50 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1070 0 0 E 51 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * 0 * * * 1070 0 0 //