HHsearch 1.5 NAME c5ir0B_ FAM FILE c5ir0B_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5ir0B_.a3m DATE Sat Apr 9 08:31:08 2016 LENG 103 match states, 103 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.4340 0.6841 SEQ >ss_dssp CCBCSCCEEEEETTEEEEECCBCHHHHHHHHHHHHHHTTCCCCCSTTHHHHHHHHTTSBBSSSSBCCSHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHTHHHHT TCC >sa_dssp EDCCEEDBEDECEEDEADABCBCEEBCDEBCECCDDDCEEEEDCEEACEDACDCABAAACDEEECBEDDECBEECCEECEBDDEDABEBACDDABCCCEE EEE >ss_pred CCCCCCEEECCCCCEEEEEEEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHEEEEEEECHHHHHHC CCC >ss_conf 9631000111356302224540000002233221455642102589999989999787641886122279887643217768113777764102674442 689 >Consensus gxYsxTIIxTxxxxKivKAxxLxAixxxxLxFKLxxxLAxxxxxxExFEExQxlLxGSIxxxGExLxTxExINxxFxxxxixxfDLxVWLxxxxLxtlfk gsk >c5ir0B_ GXYTNTIIKTEIDEKVIKAFKLDALTRSKLFFKLTTKLAVPHLDQETFEETQLILFGSIVEDGEALATPEAINKWFEYNDVNPXDLFVWLVDENLVTLFK GSK >UniRef50_A5EZF9(3-127:158) Putative uncharacterized protein n=4 Tax=Vibrio cholerae RepID=A5EZF9_VIBC3 E=2e-05 s/c=0.40 id=41% cov=92% --YSDTIINktftTDKGDKIVKAVTLHAIKQGMLQFKLARVLApamggvvdgmaskdrtlmystvfnliAAKATEELFEELQTLLLGSILDsSGEPLETV ERINTYFANTSIHQFDLLVWLFEKQLL------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 X 2 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 2 * * * * * * * 1000 0 0 Y 3 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 3 0 * * * * * * 1489 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * 985 1015 * * * 4 0 * * * * * * 1489 0 0 N 5 * * 985 * * * * * * * * 1015 * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1489 0 0 T 6 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 6 0 * * * * * * 1489 0 0 I 7 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1489 0 0 I 8 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1489 0 0 K 9 * * * * * * * * 1015 * * 985 * * * * * * * * 9 1015 985 * 2000 415 * * 1489 1000 0 T 10 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 10 0 * * * * * * 1489 0 0 E 11 * * 985 1015 * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1489 0 0 I 12 * * * * * * * 1015 985 * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1489 0 0 D 13 * * 1015 * * 985 * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1489 0 0 E 14 * * 985 1015 * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1489 0 0 K 15 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1489 0 0 V 16 * * * * * * * 985 * * * * * * * * * 1015 * * 16 0 * * * * * * 1489 0 0 I 17 * * * * * * * 1015 * * * * * * * * * 985 * * 17 0 * * * * * * 1489 0 0 K 18 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1489 0 0 A 19 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1489 0 0 F 20 * * * * 1015 * * * * * * * * * * * * 985 * * 20 0 * * * * * * 1489 0 0 K 21 * * * * * * * * 1015 * * * * * * * 985 * * * 21 0 * * * * * * 1489 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1489 0 0 D 23 * * 1015 * * * 985 * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1489 0 0 A 24 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1489 0 0 L 25 * * * * * * * 985 * 1015 * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1489 0 0 T 26 * * * * * * * * 985 * * * * * * * 1015 * * * 26 0 * * * * * * 1489 0 0 R 27 * * * * * * * * * * * * * 985 1015 * * * * * 27 0 * * * * * * 1489 0 0 S 28 * * * * * 985 * * * * * * * * * 1015 * * * * 28 0 * * * * * * 1489 0 0 K 29 * * * * * * * * 1015 * 985 * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1489 0 0 L 30 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1489 0 0 F 31 * * * * 1015 * * * * * * * * 985 * * * * * * 31 0 * * * * * * 1489 0 0 F 32 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1489 0 0 K 33 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1489 0 0 L 34 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1489 0 0 T 35 985 * * * * * * * * * * * * * * * 1015 * * * 35 0 * * * * * * 1489 0 0 T 36 * * * * * * * * * * * * * * 985 * 1015 * * * 36 0 * * * * * * 1489 0 0 K 37 * * * * * * * * 1015 * * * * * * * * 985 * * 37 0 * * * * * * 1489 0 0 L 38 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1489 0 0 A 39 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 1015 985 * 4700 57 * * 1489 1000 0 V 40 985 * * * * * * * * * * * * * * * * 1015 * * 40 0 * * * * * * 1489 0 0 P 41 985 * * * * * * * * * * * 1015 * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1489 0 0 H 42 * * * * * * 1015 * 985 * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1489 0 0 L 43 985 * * * * * * * * 1015 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1489 0 0 D 44 * * 1015 * * * * * * * * * * * * * 985 * * * 44 0 * * * * * * 1489 0 0 Q 45 * * * 985 * * * * * * * * * 1015 * * * * * * 45 0 * * * * * * 1489 0 0 E 46 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1489 0 0 T 47 * * * * * * * * * 985 * * * * * * 1015 * * * 47 0 * * * * * * 1489 0 0 F 48 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1489 0 0 E 49 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1489 0 0 E 50 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1489 0 0 T 51 * * * * * * * * * 985 * * * * * * 1015 * * * 51 0 * * * * * * 1489 0 0 Q 52 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 52 0 * * * * * * 1489 0 0 L 53 * * * * * * * * * 1015 * * * * * * 985 * * * 53 0 * * * * * * 1489 0 0 I 54 * * * * * * * 1015 * 985 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1489 0 0 L 55 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1489 0 0 F 56 * * * * 1015 * * * * 985 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1489 0 0 G 57 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1489 0 0 S 58 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 58 0 * * * * * * 1489 0 0 I 59 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1489 0 0 V 60 * * * * * * * * * 985 * * * * * * * 1015 * * 60 0 * * * * * * 1489 0 0 E 61 * * 985 1015 * * * * * * * * * * * * * * * * 61 1015 985 * 0 * * * 1489 1000 0 D 62 * * 1015 * * * * * * * * * * * * 985 * * * * 62 0 * * * * * * 1489 0 0 G 63 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1489 0 0 E 64 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1489 0 0 A 65 1015 * * * * * * * * * * * 985 * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1489 0 0 L 66 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1489 0 0 A 67 1015 * * 985 * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1489 0 0 T 68 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 68 0 * * * * * * 1489 0 0 P 69 * * * * * * * * * * * * 1015 * * * * 985 * * 69 0 * * * * * * 1489 0 0 E 70 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1489 0 0 A 71 1015 * * * * * * * * * * * * * 985 * * * * * 71 0 * * * * * * 1489 0 0 I 72 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1489 0 0 N 73 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1489 0 0 K 74 * * * * * * * * 1015 * * * * * * * 985 * * * 74 0 * * * * * * 1489 0 0 W 75 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1015 985 75 0 * * * * * * 1489 0 0 F 76 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1489 0 0 E 77 985 * * 1015 * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1489 0 0 Y 78 * * * * * * * * * * * 985 * * * * * * * 1015 78 0 * * * * * * 1489 0 0 N 79 * * * * * * * * * * * 1015 * * * * 985 * * * 79 0 * * * * * * 1489 0 0 D 80 * * 1015 * * * * * * * * * * * * 985 * * * * 80 0 * * * * * * 1489 0 0 V 81 * * * * * * * 985 * * * * * * * * * 1015 * * 81 0 * * * * * * 1489 0 0 N 82 * * * * * * 985 * * * * 1015 * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1489 0 0 P 83 * * * * * * * * * * * * 1015 985 * * * * * * 83 0 * * * * * * 1489 0 0 X 84 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 D 85 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1489 0 0 L 86 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1489 0 0 F 87 * * * * 1015 * * * * 985 * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1489 0 0 V 88 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 88 0 * * * * * * 1489 0 0 W 89 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 89 0 * * * * * * 1489 0 0 L 90 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1489 0 0 V 91 * * * * 985 * * * * * * * * * * * * 1015 * * 91 0 * * * * * * 1489 0 0 D 92 * * 1015 985 * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1489 0 0 E 93 * * * 1015 * * * * 985 * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1489 0 0 N 94 * * * * * * * * * * * 1015 * 985 * * * * * * 94 0 * * * * * * 1489 0 0 L 95 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1489 0 0 V 96 * * * * * * * * * 985 * * * * * * * 1015 * * 96 0 * * * * * * 1489 0 0 T 97 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 L 98 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 F 99 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 K 100 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 G 101 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 S 102 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 K 103 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 103 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //