HHsearch 1.5 NAME c5i65A_ FAM FILE c5i65A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5i65A_.a3m DATE Tue Feb 28 11:16:44 2017 LENG 150 match states, 150 columns in multiple alignment FILT 5 out of 9 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 2.3 EVD 0.3520 -3.7473 SEQ >ss_dssp CCSCSSSSSCCSHHHHHHHHTSCEEEEEECCSSSSSSCCTTHHHHHHHHHHHTTTTCSSSHHHHHHHHHHHHHTSSSSSCCCSSSCEEECSSCTTCCSCC CEETTEECEEEEEEEEECTTSCEEEEEEECSCSSCSSCSSCCCCSSCSCC >sa_dssp EDCEDCBEEDDCEDACDCADBDBACAADDBACEEDEEECEBECACEAACDCCDAACDEEDBCDDADEBBEDACEEEBBECDDEBCCCBBBAEBEDAECEB CCCEEDDDBCBACCEDECDBACBCDCEDECEEEEDEEDECCBEDEECEDD >ss_pred CCCCEEEEEEECHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCEEE EEECCCCEEEEEEEEEEECCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC >ss_conf 9620012001357789999974020445527889988999999998999999999999889987899999987420232036898899970676553255 65278302888865443056246788841788878756776567810149 >Consensus xsLTaALAxxLsddDlxFLsxxxdfKcfvSAsnmrnaaxxfieaayakaLraxLaxxxxxxxxxxxLAkLexFaxxvxxxlxpGDxVVxLGxxxxgxlxx ixxgxxxxvxxxieTrvxgGsxxtvcxVvxxtpxxxxxxxpxxxpxxxxe >c5i65A_ GSLTGALAMRLNDEDLDFLTKWTDFKCFVSASNMRNAAGQFIEAAYAKALRIELAQLVQVDKVRGTLAKLEAFADTVAPQLSPGDIVVALGHTPVGGIFD LKVGSTKHTLQAIETRVLAGSKMTVARVVDPTPTPPPAPVPIPLPPKVLE >UniRef50_Q68772(1844-1969:3596) Non-structural protein 12 n=17 Tax=root RepID=RPOA_SHFV E=2e-41 s/c=1.34 id=31% cov=85% -SLSTALACALSEDELNFLAQAVDHKAIVSAIHVHKTLQDYILSKNAKILRASLASVHANHNASKALASLDKFLQGTSTQLKPGDPVILLGSTS-AELVS VFSGDSEYIAEPIRSHPVGGTICTLCVV---------------------- >UniRef50_P19811(1453-1584:3175) Non-structural protein 12 n=77 Tax=Equine arteritis virus RepID=RPOA_EAVBU E=8e-39 s/c=1.22 id=34% cov=86% -SLTATLA-ALTDDDFQFLSDVLDCRAVRSAMNLRAALTSFQVAQYRNILNASLQVDRDAARSRRLMAKLADFA--VEQEVTAGDRVVV-----IDGLDR MAHFKDDLVLVPLTTKVVGGSRCTICDVVkeeaNDTPVKPM------------- >UniRef50_Q04561(1982-2344:3859) Non-structural protein 12 n=43 Tax=Porcine reproductive and respiratory syndrome virus RepID=RPOA_PRRSL E=1e-153 s/c=0.62 id=56% cov=101% ESLTAALACKLSQADLDFLSSLTNFKCFVSASNMKNAAGQYIEAAYAKALRQELASLVQIDKMKGVLSKLEAFAETATPSLDIGDVIVLLGQHPHGSILD INVGTERKTVSVQETRSLGGSKFSVCTVVSNTPVDALTGIPLQTPTPLFE >UniRef50_Q83017(1823-2080:3616) Non-structural protein 12 n=18 Tax=Arterivirus RepID=RPOA_LDVP E=1e-102 s/c=0.73 id=48% cov=89% EGLTAALAITLSDDDLEFLQRHSEFKCFVSASNMRNGAKEFIESAYARALRAQLAATDKIKASKSILAKLESFAGGVVTKVEPGDVVVVLGKKIVGDLVE ITINDVKHVIRVIETRVMAGTQFSVGTICGD-----------------LE # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * 599 * 1556 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1643 0 0 S 2 * * * * * 2381 * * * * * * * * * 307 * * * * 2 0 * * * * * * 2410 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 2410 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * 2101 383 * * * 4 0 * * * * * * 2410 0 0 G 5 751 * * * * 2532 * * * * * * * * * * 2101 * * * 5 0 * * * * * * 2410 0 0 A 6 357 * * * * * * * * * * * * * * * 2190 * * * 6 0 * * * * * * 2410 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 2410 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 357 * 2190 * * * * 2410 0 0 M 9 * 915 * * * * * 2019 * * 2164 * * * * * * * * * 9 0 * * * * 0 * 2071 0 1000 R 10 1145 * * * * * * * 2451 * * * * * 2532 * 2381 * * * 10 0 * * * * * * 2410 0 0 L 11 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 2410 0 0 N 12 * * * * * * * * * * * 2532 * * * 718 2190 * * * 12 0 * * * * * * 2410 0 0 D 13 * * 776 2101 * * * * * * * * * 2451 * * * * * * 13 0 * * * * * * 2410 0 0 E 14 2451 * 634 2532 * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 2410 0 0 D 15 * * 383 2101 * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 2410 0 0 L 16 * * * * 2190 * * * * 357 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 2410 0 0 D 17 * * 1491 2381 * * * * * * * 2101 * 2190 * * * * * * 17 0 * * * * * * 2410 0 0 F 18 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 2410 0 0 L 19 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 2410 0 0 T 20 2101 * * * * * * * * * * * * 2381 * 1315 2532 * * * 20 0 * * * * * * 2410 0 0 K 21 * * 2190 * * * * * 2532 * * * * 2101 2381 2451 * * * * 21 0 * * * * * * 2410 0 0 W 22 2101 * * * * * 2381 * * 2451 * * * * * * * 2190 2532 * 22 0 * * * * * * 2410 0 0 T 23 * * * * * * * * * 2190 * * * * * 2381 1491 2101 * * 23 0 * * * * * * 2410 0 0 D 24 * * 678 2381 * * * * * * * 2451 * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 2410 0 0 F 25 * 2190 * * 868 * 2101 * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 2410 0 0 K 26 * * * * * * * * 357 * * * * * 2190 * * * * * 26 0 * * * * * * 2410 0 0 C 27 1145 868 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 2410 0 0 F 28 * * * * 868 * * 2101 * * * * * * * * * 2190 * * 28 0 * * * * * * 2410 0 0 V 29 * * * * * * * * * * * * * * 2190 * * 357 * * 29 0 * * * * * * 2410 0 0 S 30 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 30 0 * * * * * * 2410 0 0 A 31 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 2410 0 0 S 32 * * * * * * * 2101 * * 2190 * * * * 868 * * * * 32 0 * * * * * * 2410 0 0 N 33 * * * * * * 2101 * * * * 383 * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 2410 0 0 M 34 * * * * * * * * * 2190 868 * * * * * * 2101 * * 34 0 * * * * * * 2410 0 0 R 35 * * * * * * 2101 * 2451 * * * * * 776 * * * * * 35 0 * * * * * * 2410 0 0 N 36 2190 * * * * * * * 2101 * * 868 * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 2410 0 0 A 37 798 * * * * 2381 * * * * * * * * * * 2101 * * * 37 0 * * * * * * 2410 0 0 A 38 868 * * * * * * * * 1145 * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 2410 0 0 G 39 * * * * * 1491 * * 2381 * * * * 2101 * * 2190 * * * 39 0 * * * * * * 2410 0 0 Q 40 * * 2101 2381 * * * * * * * * * 1491 * 2190 * * * * 40 0 * * * * * * 2410 0 0 F 41 * * * * 776 * * * * * * * * * * * * * * 1266 41 0 * * * * * * 2410 0 0 I 42 * * * * * * * 357 * * * * * 2190 * * * * * * 42 0 * * * * * * 2410 0 0 E 43 * * * 868 * * * * * 2101 * * * * * * * 2190 * * 43 0 * * * * * * 2410 0 0 A 44 798 * * * * * * * * * * * * * * 1234 * * * * 44 0 * * * * * * 2410 0 0 A 45 868 * * * * * * * 2101 * * * * 2190 * * * * * * 45 0 * * * * * * 2410 0 0 Y 46 * * * * * * * * * * * 2101 * * * * * * * 383 46 0 * * * * * * 2410 0 0 A 47 357 * * * * * * * * * * * * * 2190 * * * * * 47 0 * * * * * * 2410 0 0 K 48 * * * * * * * * 764 * * 2190 * * 2381 * * * * * 48 0 * * * * * * 2410 0 0 A 49 868 * * * * * * 1145 * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 2410 0 0 L 50 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 2410 0 0 R 51 * * * * * * * * * * * 2190 * * 357 * * * * * 51 0 * * * * * * 2410 0 0 I 52 634 * * * * * * 2532 * * * * * 2451 * * * * * * 52 0 * * * * * * 2410 0 0 E 53 * * * 1491 * * * * * * * * * 2381 * 1145 * * * * 53 0 * * * * * * 2410 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 2410 0 0 A 55 357 * * * * * * * * * * * * 2190 * * * * * * 55 0 * * * * * * 2410 0 0 Q 56 2381 * * * * * * * * * * * * 2532 * 1266 * 2190 * * 56 0 * * * * * * 2410 0 0 L 57 * * 2190 * * * * * * 1491 * * * * * * 2381 2101 * * 57 0 * * * * * * 2410 0 0 V 58 * * 2381 * * * 2101 * * * * * * * 2190 * * 1491 * * 58 0 * * * * * * 2410 0 0 Q 59 2101 * 2190 * * * * * 2381 * * * * 1491 * * * * * * 59 0 * * * * * * 2410 0 0 V 60 2190 * * * * * * 1416 * * * 2101 * * * * * 2532 * * 60 0 * * * * * * 2410 0 0 D 61 2190 * 1491 * * * 2101 * 2381 * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 2410 0 0 K 62 2381 * * * * * * * 1491 * * 2101 * * 2190 * * * * * 62 0 * * * * * * 2410 0 0 V 63 2101 * * * * * * * * * 2451 * * * * 1282 * 2532 * * 63 0 * * * * * * 2410 0 0 R 64 * * * * * * * * 1416 * * * * * 1351 2101 * * * * 64 0 * * * * * * 2410 0 0 G 65 * * * * * 1491 * * 2101 * * * * * 2190 2381 * * * * 65 0 * * * * * * 2410 0 0 T 66 2101 * * * * * * 2381 * 2190 * * * * * * 2532 2451 * * 66 0 * * * * * * 2410 0 0 L 67 * * * * * * * * * 357 2190 * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 2410 0 0 A 68 291 * * * * * * * * * * * * * * 2451 * * * * 68 0 * * * * * * 2410 0 0 K 69 * * * * * * * * 383 * * * * * * 2101 * * * * 69 0 * * * * * * 2410 0 0 L 70 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 2410 0 0 E 71 2190 * 2101 868 * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 2410 0 0 A 72 1491 * 2190 * * * * * 2101 * * * * * * 2381 * * * * 72 0 * * * * * * 2410 0 0 F 73 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 2410 0 0 A 74 383 * * * * * * * * 2101 * * * * * * * * * * 74 357 * 2190 * * * * 2410 0 0 D 75 * * 2164 2127 * 2019 * * * * * * * 1731 * * * * * * 75 0 * * * * * 0 2071 0 1000 T 76 * * * * * 868 * * * * * * * * * * 1145 * * * 76 0 * * * * 0 * 2071 0 1000 V 77 2451 * * * * * * * * * * * * * * * 2101 776 * * 77 0 * * * * * * 2410 0 0 A 78 2532 * * 2190 * * * * * * * * * * * 2101 2451 2381 * * 78 0 * * * * * * 2410 0 0 P 79 * * * * * * * * * * * * 1491 2190 * * 1234 * * * 79 0 * * * * * * 2410 0 0 Q 80 * * * 2190 * * * * 2381 * * * * 1300 * 2451 * * * * 80 0 * * * * * * 2410 0 0 L 81 * * * * * * * * * 764 * * * * * * * 1282 * * 81 0 * * * * * * 2410 0 0 S 82 * * 2451 2381 * * * * 2101 * * * * * * 2532 2190 * * * 82 0 * * * * * * 2410 0 0 P 83 2190 * * * * * * 2451 * * * * 742 * * * * * * * 83 0 * * * * * * 2410 0 0 G 84 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 2410 0 0 D 85 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 2410 0 0 I 86 * * * * * * * 2532 * * * * 2101 * 2190 * * 1416 * * 86 0 * * * * * * 2410 0 0 V 87 * * * * * * * 2451 * * * * * * * * * 291 * * 87 0 * * * * * * 2410 0 0 V 88 * * * * * * * 2101 * * * * * * * * * 383 * * 88 0 * * * * * * 2410 0 0 A 89 2532 * * * * * * * * 1266 * * * * * * * 1282 * * 89 357 * 2190 * * * * 2410 0 0 L 90 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * 0 2071 0 1000 G 91 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * 0 2071 0 1000 H 92 * * * * * * 2164 * 2019 * * * * 2127 * 1731 * * * * 92 0 * * * * * 0 2071 0 1000 T 93 * * * * * * 2127 * 2019 * * * * * * * 932 * * * 93 0 * * * * * 0 2071 0 1000 P 94 * * * * * * * 2019 * * * * 1145 * * 1731 * * * * 94 517 * 1731 * * 0 * 2071 0 1000 V 95 * * * * * * 2043 1805 * * * * * * * * * 1086 * * 95 0 * * * * 0 * 2050 0 1000 G 96 2101 * 2190 * * 868 * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 2410 0 0 G 97 * * 2381 2101 * 1351 * * * * * * * * * 2451 * * * * 97 0 * * * * * * 2410 0 0 I 98 * * * * * * * 1491 * 634 * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 2410 0 0 F 99 * * 2190 * 2532 * * * * 2451 * * * * * * * 1234 * * 99 0 * * * * * * 2410 0 0 D 100 * * 1491 2381 * * * * * * * * * * 2190 2101 * * * * 100 0 * * * * * * 2410 0 0 L 101 * * * * * * * 1416 * 2532 2190 * * * * * * 2101 * * 101 0 * * * * * * 2410 0 0 K 102 2190 * * * 2101 * * * 2532 * * 2451 * * * * 2381 * * * 102 0 * * * * * * 2410 0 0 V 103 * * * * * * 2190 2381 * * * * * * * 2101 * 1491 * * 103 0 * * * * * * 2410 0 0 G 104 * * * * 2190 764 * * * * * 2381 * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 2410 0 0 S 105 * * 1234 * * * * * 2190 * * * * * * 2532 2451 * * * 105 0 * * * * * * 2410 0 0 T 106 * * 2190 2451 * * * * * * * * * * * 2101 2532 2381 * * 106 0 * * * * * * 2410 0 0 K 107 * * 2190 2101 * * * * 1455 * * * * * 2451 * * * * * 107 0 * * * * * * 2410 0 0 H 108 * * * * * * 1455 * 2451 2190 * * * * * * * * * 2101 108 0 * * * * * * 2410 0 0 T 109 * * * * * * * 2101 * * * * * * * * 1491 1282 * * 109 0 * * * * * * 2410 0 0 L 110 2101 * * * * * * 2381 * 1351 * * * * * * * 2451 * * 110 0 * * * * * * 2410 0 0 Q 111 * * * 2101 * * * * * * * * * 2532 2381 2451 * 2190 * * 111 0 * * * * * * 2410 0 0 A 112 2532 * * * * * * * * * * * 1145 * * * * 1416 * * 112 0 * * * * * * 2410 0 0 I 113 * * * * * * * 742 * 2190 * * * 2451 * * * * * * 113 0 * * * * * * 2410 0 0 E 114 * * * 868 * * * * * * * * * * 2101 * 2190 * * * 114 0 * * * * * * 2410 0 0 T 115 * * * * * * * * * * * * * * * 2101 383 * * * 115 0 * * * * * * 2410 0 0 R 116 * * * * * * 2101 * 2190 * * * * * 868 * * * * * 116 0 * * * * * * 2410 0 0 V 117 * * * * * * * * * * * * 2101 * * 2451 * 776 * * 117 0 * * * * * * 2410 0 0 L 118 * * * * * * * * * 1491 2381 * * * * * * 1145 * * 118 0 * * * * * * 2410 0 0 A 119 1455 * * * * 655 * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 2410 0 0 G 120 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 2410 0 0 S 121 * * * * * * * * * * * * * * * 798 1234 * * * 121 0 * * * * * * 2410 0 0 K 122 * * * * * * * 2101 1491 * * * * 2381 2190 * * * * * 122 0 * * * * * * 2410 0 0 M 123 * 1145 * * 1416 * * * * * 2532 * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 2410 0 0 T 124 * * * * * * * * * * * * * * * 1416 678 * * * 124 0 * * * * * * 2410 0 0 V 125 * * * * * * * 2190 * 2101 * * * * * * * 868 * * 125 0 * * * * * * 2410 0 0 A 126 2532 655 * * * 2381 * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 2410 0 0 R 127 * * 2190 * * * * * * * * * * * 2532 * 1416 2101 * * 127 0 * * * * * * 2410 0 0 V 128 * * * * * * * 2381 * * * * * * * * * 307 * * 128 0 * * * * * * 2410 0 0 V 129 * 2047 * * * * * * * * * * * * * * * 400 * * 129 486 1805 * 2000 415 * * 2050 1000 0 D 130 * * 2126 * * 2047 * * * * * 1805 * * * 2043 * * * * 130 0 * * * * * * 2050 0 0 P 131 * * 921 * * * * * * * * 2043 2126 * * * * * * * 131 400 * 2047 * * * * 2050 0 0 T 132 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 132 0 * * * * * 0 1805 0 1000 P 133 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 133 0 * * * * * 0 1805 0 1000 T 134 * * * * * * * * * * * * * * * * 1675 542 * * 134 0 * * * * * 0 1805 0 1000 P 135 * * 1609 * * * * * 1478 * * * 1675 * * * * * * * 135 0 * * * * * 0 1805 0 1000 P 136 1609 * * * * * * * * * * * 573 * * * * * * * 136 0 * * * * * 0 1805 0 1000 P 137 * * * * * * * * * 1609 1478 * 1675 * * * * * * * 137 0 * * * * * 0 1805 0 1000 A 138 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 138 0 * * * * * 0 1357 0 1000 P 139 * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * 139 0 * * * * * 0 1357 0 1000 V 140 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 140 0 * * * * * 0 1357 0 1000 P 141 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 141 0 * * * * * 0 1357 0 1000 I 142 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * 0 1357 0 1000 P 143 * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * 143 0 * * * * * 0 1357 0 1000 L 144 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * 144 0 * * * * * 0 1357 0 1000 P 145 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 145 0 * * * * * 0 1357 0 1000 P 146 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * 146 0 * * * * * 0 1357 0 1000 K 147 * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * * 147 0 * * * * * 0 1357 0 1000 V 148 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 148 0 * * * * 0 * 1357 0 1000 L 149 * * * * 1535 * * * * 610 * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1643 0 0 E 150 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 150 0 * * 0 * * * 1643 0 0 //