HHsearch 1.5 NAME c5h72E_ FAM FILE c5h72E_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5h72E_.a3m DATE Sat Aug 5 08:23:27 2017 LENG 67 match states, 67 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.3 EVD 0.4695 2.2218 SEQ >ss_dssp CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCTHHHHHHHHTTTCCCSSGGGCCHHHHHHHHHHHHHHHHTC >sa_dssp EDEEDDEEEDDDDDCDDBBDCADEDECCEBADDCAEEEEDECEDBDDADCEBADDACDDBCDDCEEE >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC >ss_conf 9689999999999999999999721684224345554277256766464157789988753443039 >Consensus tgyqexfxrxxxxirxfminelxnhhnednvfxxaxxxxxxixkieeapxxxlxxafvlgexeixfk >c5h72E_ TGYQEMFQRVNTRIREFMINELKNHHNEDNVFMLAKNSGIEIAKIEEAPNAVLIPAFVLGELEVAFK >UniRef50_A7HKW6(126-190:251) Flagellar biosynthetic protein FliP n=10 Tax=Thermotogaceae RepID=A7HKW6_FERNB E=5e-15 s/c=1.27 id=58% cov=99% --YQEFFSRTMASVRKFMINELVNHHNEDNVFTIANALKQNVTKIEEAPDSLLTAAFVLGEVEIGFK # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * T 1 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 G 2 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 3 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 3 0 * * * * * * 1334 0 0 Q 4 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 4 0 * * * * * * 1334 0 0 E 5 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1334 0 0 M 6 * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1334 0 0 F 7 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1334 0 0 Q 8 * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * 8 0 * * * * * * 1334 0 0 R 9 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 9 0 * * * * * * 1334 0 0 V 10 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 10 0 * * * * * * 1334 0 0 N 11 * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1334 0 0 T 12 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 12 0 * * * * * * 1334 0 0 R 13 * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * 13 0 * * * * * * 1334 0 0 I 14 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 14 0 * * * * * * 1334 0 0 R 15 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 15 0 * * * * * * 1334 0 0 E 16 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1334 0 0 F 17 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1334 0 0 M 18 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1334 0 0 I 19 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1334 0 0 N 20 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1334 0 0 E 21 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1334 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1334 0 0 K 23 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * 23 0 * * * * * * 1334 0 0 N 24 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1334 0 0 H 25 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1334 0 0 H 26 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1334 0 0 N 27 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1334 0 0 E 28 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1334 0 0 D 29 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1334 0 0 N 30 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1334 0 0 V 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 31 0 * * * * * * 1334 0 0 F 32 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1334 0 0 M 33 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * 33 0 * * * * * * 1334 0 0 L 34 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1334 0 0 A 35 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1334 0 0 K 36 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1334 0 0 N 37 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1334 0 0 S 38 * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * 38 0 * * * * * * 1334 0 0 G 39 * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1334 0 0 I 40 * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * 40 0 * * * * * * 1334 0 0 E 41 * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1334 0 0 I 42 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 42 0 * * * * * * 1334 0 0 A 43 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 43 0 * * * * * * 1334 0 0 K 44 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1334 0 0 I 45 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1334 0 0 E 46 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1334 0 0 E 47 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1334 0 0 A 48 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1334 0 0 P 49 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1334 0 0 N 50 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1334 0 0 A 51 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 51 0 * * * * * * 1334 0 0 V 52 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 52 0 * * * * * * 1334 0 0 L 53 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1334 0 0 I 54 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * 54 0 * * * * * * 1334 0 0 P 55 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1334 0 0 A 56 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1334 0 0 F 57 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1334 0 0 V 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 58 0 * * * * * * 1334 0 0 L 59 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1334 0 0 G 60 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1334 0 0 E 61 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1334 0 0 L 62 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 62 0 * * * * * * 1334 0 0 E 63 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1334 0 0 V 64 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 64 0 * * * * * * 1334 0 0 A 65 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1334 0 0 F 66 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1334 0 0 K 67 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 67 0 * * 0 * * * 1334 0 0 //