HHsearch 1.5 NAME c5gapB_ FAM FILE c5gapB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5gapB_.a3m DATE Sat Jan 30 08:35:14 2016 LENG 71 match states, 71 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4593 1.8721 SEQ >ss_dssp CHHHHHHCCCSHHHHHHHHHHHHHHHCSSCSCCCSSSHHHHHHHTTTCCCHHHHHHHHHHSSSHHHHHHHC >sa_dssp EECBDEEBEEEEDBCDABDDABEEDDBEEDCDEDEDBCEABCDADECECDDECCEEBDCEDCEDCDEEEEE >ss_pred CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHCC >ss_conf 97411354799999999668999997555543222332003657841114443202588788621245339 >Consensus aksteneipnliekmvakglndlveqykfretthskreldsgddqpqsseakrtkfsnpaippvidlekik >c5gapB_ AKSTENEIPNLIEKMVAKGLNDLVEQYKFRETTHSKRELDSGDDQPQSSEAKRTKFSNPAIPPVIDLEKIK # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 K 2 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 S 3 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 E 5 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 N 6 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 E 7 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 I 8 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 P 9 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 N 10 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 L 11 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 I 12 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 E 13 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 K 14 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 M 15 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 V 16 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 K 18 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 G 19 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 N 21 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 D 22 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 L 23 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 V 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 E 25 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 26 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 27 0 * * * * * * 1000 0 0 K 28 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 F 29 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 R 30 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 E 31 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 T 32 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 T 33 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 H 34 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 S 35 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 K 36 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 R 37 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 E 38 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 L 39 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 D 40 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 S 41 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 G 42 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 D 43 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 D 44 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 45 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 P 46 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 47 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 S 48 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 S 49 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 E 50 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 A 51 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 K 52 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 R 53 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 T 54 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 K 55 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 F 56 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 S 57 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 N 58 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 P 59 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 A 60 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 I 61 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 P 62 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 P 63 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 V 64 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 I 65 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 D 66 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 L 67 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 E 68 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 K 69 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 I 70 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 K 71 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 71 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //