HHsearch 1.5 NAME c5eqzA_ FAM FILE c5eqzA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5eqzA_.a3m DATE Sat Dec 12 08:14:54 2015 LENG 138 match states, 138 columns in multiple alignment FILT 5 out of 9 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.9 EVD 0.4076 -1.2619 SEQ >ss_dssp CCCCHHHHHHHHHHHHHHHTCCTTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSSTTSHHHHHHHHHHH HHTTCCCCCCCSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC >sa_dssp EEEDDECCEDADEBCEDADEADDEBDBDDADDBBDDBEEBCDEBEECECEEACECBEDADDCBEECCEDACECADDBCDDADEBEEBDEEECBDDADCCA EEBDBEADDCEDEEECBAEEABCDABCDADCCBEDBEE >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9404667887999998787401320124688899999999998776421679999999999989999999999999998884034000036899999999 87400310033533145676679999999999997519 >Consensus xxxyveekkxinxlxxxVsxLnnxxdxxxfkxxkekIxxlKexLKyxxNAElkEKxlxLqxlFQdKLaaKLxALKaakxxIexxxdxdnxxxkxkIxxxa kxxGVtixxxgsxtsxkxxxmskxavxqIdkiIKxLEE >c5eqzA_ HHHYVEEKKEIDSLMEDVLALVNDSSGGKFKDYKDKINELKENLKDIGNAELKEKLLNLQNSFQDKLAAKLAALKAAKNTIENITDKDQDISKRKIWSEA KLVGVTVPLLGSNTSGNGDKMSKNAVEQIDKVIKFLEE >UniRef50_O50973(43-174:175) Rev protein (Rev) n=2 Tax=Borrelia burgdorferi RepID=O50973_BORBU E=8e-10 s/c=0.49 id=42% cov=93% ---------RINWLIMSVSGLNDEADEVAFKHCREKISLLKEDLKYATNAkEFEEKFLNLQKLFQEKLTSKLNALKAVRVDIQRFNANDNDdleKNKLKI RSIALSAGVnTSPI--ALHAINIKELSEDVVAHIDSIIKYLEE >UniRef50_B7J011(23-157:160) Surface protein (RevA1) n=28 Tax=Borrelia burgdorferi group RepID=B7J011_BORBZ E=1e-32 s/c=1.04 id=66% cov=99% ---YVEEKKQIDSLSTDVSTLNNKIDHKKFNNYKQEINKLKESLKDVGNAELKEKLLALESLFQDKLAAKLAALKAAKQKIEETTDADNNTAKNKIWAES KLVGVTIKFSGSNTTGKGAGMSKEAVEQIEKIIKFLEE >UniRef50_Q0SLM9(37-182:183) Putative uncharacterized protein n=1 Tax=Borrelia afzelii PKo RepID=Q0SLM9_BORAP E=4e-30 s/c=0.90 id=38% cov=94% ------DKRKVNFMLEGVSKLNNSDDETVYKNFKEKIKTLKIDLKYAINAdEIEEKFLILESLFQEKLTTKLNALKATRADIGGllvmIDDNYDNFS--Y IQTKARSAGISIYLAQDDTTTKTD-LQKRAMKQiykdriqerydyIDQTIKHLEE >UniRef50_C0R8D7(1-97:100) Rev protein n=1 Tax=Borrelia valaisiana VS116 RepID=C0R8D7_BORVA E=1e-14 s/c=0.84 id=67% cov=71% ---------------------------------------MKERLKYVSNAELKEKITKLQGLFQDKLAAKLAALKLAKQTIEGLLDEDN--AKQTIWKEA KLVGVTIKFRGSNASGKGEQMSKEAVEQIDKIIKFLEE # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * H 1 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 H 2 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 H 3 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 4 0 * * * * * * 1260 0 0 V 5 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 5 0 * * * * * * 1260 0 0 E 6 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1260 0 0 E 7 * * 1435 666 * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1683 0 0 K 8 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1683 0 0 K 9 * * * * * * * * 666 * * * * * 1435 * * * * * 9 0 * * * * * * 1683 0 0 E 10 * * * 2084 * * * * 1924 * * * * 2069 1931 * * * * * 10 0 * * * * * * 1946 0 0 I 11 * * * * * * * 441 * * * * * * * * * 1924 * * 11 0 * * * * * * 1946 0 0 D 12 * * 1077 * * * * * * * * 927 * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1946 0 0 S 13 * * * * 1924 * * * * * * * * * * 1077 * * 1931 * 13 0 * * * * * * 1946 0 0 L 14 * * * * * * * * * 441 1924 * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1946 0 0 M 15 * * * * * * * 1931 * 1924 2084 * * * * 2069 * * * * 15 0 * * * * * * 1946 0 0 E 16 * * * 1002 * * * * * * 1931 * * * * * 2069 * * * 16 0 * * * * * * 1946 0 0 D 17 * * 1077 * * 1924 * * * * * * * * * 1931 * * * * 17 0 * * * * * * 1946 0 0 V 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 18 0 * * * * * * 1946 0 0 L 19 * * * * * * * * * 2084 * * * * * 388 * * * * 19 0 * * * * * * 1946 0 0 A 20 2084 * * * * 1931 * * 1924 * * * * * * * 2069 * * * 20 0 * * * * * * 1946 0 0 L 21 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1946 0 0 V 22 * * * * * * * * * * * 388 * * * * * 2084 * * 22 0 * * * * * * 1946 0 0 N 23 * * 1931 * * * * * * * * 439 * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1946 0 0 D 24 * * 2084 1931 * * * * 2069 * * * * * * 1924 * * * * 24 0 * * * * * * 1946 0 0 S 25 1931 * 1924 * * * * 2069 * * * * * * * 2084 * * * * 25 0 * * * * * * 1946 0 0 S 26 * * 388 * * * * * * * * * * * * 2084 * * * * 26 0 * * * * * * 1946 0 0 G 27 * * * 927 * 2084 2069 * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1946 0 0 G 28 * * * * * 2084 * * 2069 * * * * * * * 1924 1931 * * 28 0 * * * * * * 1946 0 0 K 29 1931 * * * * * * * 1077 * * * * * * * * 1924 * * 29 0 * * * * * * 1946 0 0 F 30 * * * * 441 * * * * * * * * * * * * * * 1924 30 0 * * * * * * 1946 0 0 K 31 * * * * * * * * 393 * * 2069 * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1946 0 0 D 32 * * 2084 * * * 1931 * * * * 994 * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1946 0 0 Y 33 * 1931 * * 1924 * * * * * * * * * * * * * * 1077 33 0 * * * * * * 1946 0 0 K 34 * * * * * * * * 439 * * * * * 1931 * * * * * 34 0 * * * * * * 1946 0 0 D 35 * * 2084 927 * * * * * * * * * 2069 * * * * * * 35 0 * * * * * * 1946 0 0 K 36 * * * 2069 * * * * 393 * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1946 0 0 I 37 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1946 0 0 N 38 * * * * * * * * 1924 * * 1077 * * * 1931 * * * * 38 0 * * * * * * 1946 0 0 E 39 * * * 2084 * * * * 2069 1931 * * * * * * 1924 * * * 39 0 * * * * * * 1946 0 0 L 40 * * * * * * * * * 290 2456 * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1924 0 0 K 41 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1924 0 0 E 42 * * * 381 * * * 2109 * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1924 0 0 N 43 * * 1121 * * * * * * * * 2475 * * 2456 2489 * * * * 43 0 * * * * * * 1924 0 0 L 44 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1924 0 0 K 45 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1924 0 0 D 46 * * 1482 * * * * * * * * * * * * * * * * 639 46 0 * * * * * * 1924 0 0 I 47 1121 * * * * * * 2475 * * * * * * * * * 1473 * * 47 0 * * * * * * 1924 0 0 G 48 * * * * * 1482 * 2109 * * * * * * * 2456 2133 * * * 48 0 * * * * * * 1924 0 0 N 49 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1924 0 0 A 50 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 50 888 1121 * 0 * * * 1924 1426 0 E 51 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1924 0 0 L 52 * * * * 2133 * * 2109 * 888 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1924 0 0 K 53 * * * 1121 * * * * 888 * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1924 0 0 E 54 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1924 0 0 K 55 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1924 0 0 L 56 * * * * 1121 * * 2456 * 1482 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1924 0 0 L 57 * * * * * * * * * 290 * * * * * * 2456 * * * 57 0 * * * * * * 1924 0 0 N 58 2489 * * * * * * 2109 2456 * * 1294 * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1924 0 0 L 59 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1924 0 0 Q 60 * * * 1286 * * * * * * * * * 761 * * * * * * 60 0 * * * * * * 1924 0 0 N 61 * * * * * 2456 * * 2133 * * 2475 * * * 1286 * * * * 61 0 * * * * * * 1924 0 0 S 62 * * * * * * * * * 286 * * * * * 2475 * * * * 62 0 * * * * * * 1924 0 0 F 63 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1924 0 0 Q 64 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 64 0 * * * * * * 1924 0 0 D 65 * * 888 1121 * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1924 0 0 K 66 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1924 0 0 L 67 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1924 0 0 A 68 888 * * * * * * * * * * * * * * * 1121 * * * 68 0 * * * * * * 1924 0 0 A 69 888 * * * * * * * * * * * * * * 2133 2109 * * * 69 0 * * * * * * 1924 0 0 K 70 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1924 0 0 L 71 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1924 0 0 A 72 888 * * * * * * * * * * 1121 * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1924 0 0 A 73 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1924 0 0 L 74 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1924 0 0 K 75 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1924 0 0 A 76 290 * * * * * * * * 2456 * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1924 0 0 A 77 888 * * * * * * * * * * * * * * * 2109 2133 * * 77 0 * * * * * * 1924 0 0 K 78 * * * * * * * * 888 * * * * * 1121 * * * * * 78 0 * * * * * * 1924 0 0 N 79 2109 * * * * * * * * * * 2475 * 1473 * * * 2133 * * 79 0 * * * * * * 1924 0 0 T 80 * * 1121 * * * * * 2489 * * * * * * * 1466 * * * 80 0 * * * * * * 1924 0 0 I 81 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1924 0 0 E 82 * * * 888 * 2109 * * * * * * * 2133 * * * * * * 82 0 * * * * * * 1924 0 0 N 83 * * * 2489 * 1272 * * * * * 2475 * * 2133 * * * * * 83 381 2109 * 2000 415 * * 1924 1000 0 I 84 * * * * 2133 * * 1280 * 2456 * * * * * * 2489 * * * 84 0 * * * * * * 1924 0 0 T 85 * * 2109 * * * * * * 2456 * 2133 * * * * 1482 * * * 85 0 * * * * * * 1924 0 0 D 86 2133 * 373 * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1924 0 0 K 87 2489 * * 2456 * * * * 2475 * * 1121 * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1924 0 0 D 88 * * 381 * * * * * * * * * * * * * * * * 2109 88 0 * * * * * * 1924 0 0 Q 89 * * 2109 * * * * * * * * 765 * 2475 * * * * * * 89 290 * 2456 * * * * 1924 0 0 D 90 * * 1006 * * * * * * * * 994 * * * * * * * * 90 439 1931 * 1585 585 * 0 1946 1000 1000 I 91 * * * * 1924 * * 2084 1931 * * * * * * * 2069 * * * 91 0 * * * * 0 * 1946 0 1000 S 92 1473 * * * * * * * * * * 2133 * * * 1280 * * * * 92 381 * 2109 * * * * 1924 0 0 K 93 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * 0 1693 0 1000 R 94 * * * * * * * * * 1683 * 2122 * 2132 2116 * * * * * 94 0 * * * * 0 * 1693 0 1000 K 95 * * * * * * * * 771 * * * * * * * 2456 * * 2109 95 0 * * * * * * 1924 0 0 I 96 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1924 0 0 W 97 * * * * * * * * * * * * * 2109 2133 * * * 888 * 97 0 * * * * * * 1924 0 0 S 98 2489 * * * * * * * 2456 * * * * * * 1294 2109 * * * 98 0 * * * * * * 1924 0 0 E 99 * * * 888 * * * 2133 2109 * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1924 0 0 A 100 283 * * * * * * * * * * * * * * 2489 * * * * 100 0 * * * * * * 1924 0 0 K 101 * * * * * * * * 888 2133 * * * * 2109 * * * * * 101 0 * * * * * * 1924 0 0 L 102 * * * * * * * * * 888 * * * * * 1121 * * * * 102 0 * * * * * * 1924 0 0 V 103 1121 * * * * * * * * * * * * * * * * 888 * * 103 0 * * * * * * 1924 0 0 G 104 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1924 0 0 V 105 * * * * * * * 2109 * * * * * * * * * 381 * * 105 373 2133 * 0 * * * 1924 1000 0 T 106 * * * * * * * * * * * * * * * 2109 381 * * * 106 0 * * * * * * 1924 0 0 V 107 * * * * * * * 756 * * * * * * * 2133 * 2475 * * 107 0 * * * * * * 1924 0 0 P 108 * * * * * * * * 1473 * * * 1294 * * * * * * 2109 108 0 * * * * * * 1924 0 0 L 109 * * * * 1473 * * 2133 * 1280 * * * * * * * * * * 109 373 * 2133 * * * * 1924 0 0 L 110 1667 * * * * * * * * 2090 * * * * 2132 2170 * * * * 110 0 * * * * * 0 1705 0 1000 G 111 * * * * * 545 * * * * * * * 1667 * * * * * * 111 0 * * * * 0 * 1705 0 1000 S 112 2133 * 2109 * * * * * * * * * * * * 888 * * * * 112 0 * * * * * * 1924 0 0 N 113 * * 2109 * * * * * * 2133 * 888 * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1924 0 0 T 114 2456 * * * * * 2133 * * * * * * * * * 762 * * * 114 0 * * * * * * 1924 0 0 S 115 2133 * * * * * * * * * * * * * * 1466 1286 * * * 115 0 * * * * * * 1924 0 0 G 116 * * * * * 888 * 2133 * * * * * * * * 2109 * * * 116 0 * * * * * * 1924 0 0 N 117 * * * * * * * * 756 * * 1294 * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1924 0 0 G 118 * * * * * 888 * 2133 * * * * * * * * 2109 * * * 118 0 * * * * * * 1924 0 0 D 119 2489 * 1280 2456 * * * * 2133 * * * * * * * * * * * 119 381 * 2109 * * * * 1924 0 0 K 120 * * * 1683 * 2122 * * 2116 * * * * 2132 * * * * * * 120 0 * * * * 0 * 1693 0 1000 M 121 * * * * * * * * * 1121 888 * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1924 0 0 S 122 * * * * * * * * * * * * * 2109 * 381 * * * * 122 0 * * * * * * 1924 0 0 K 123 * * * 2133 * * * * 373 * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1924 0 0 N 124 * * 2133 1473 * * * * * * * 2475 * * 2109 * * * * * 124 0 * * * * * * 1924 0 0 A 125 373 * * * * * * * * * * * * * * * * 2133 * * 125 0 * * * * * * 1924 0 0 V 126 * * * * * * * * * * 2109 * * * * * * 381 * * 126 0 * * * * * * 1924 0 0 E 127 2133 * * 888 * * * * 2109 * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1924 0 0 Q 128 * * * * * * 2133 * * * * * * 373 * * * * * * 128 381 2109 * 3585 126 * * 1924 1000 0 I 129 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1924 0 0 D 130 * * 283 2489 * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1924 0 0 K 131 * * * * * * * * 888 * * * * 2109 * 2133 * * * * 131 0 * * * * * * 1924 0 0 V 132 * * * * * * * 765 * * * * * * * * 2109 2475 * * 132 0 * * * * * * 1924 0 0 I 133 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1924 0 0 K 134 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1924 0 0 F 135 * * * * 888 * 2109 * * * * * * * * * * * * 2133 135 0 * * * * * * 1924 0 0 L 136 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1924 0 0 E 137 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1924 0 0 E 138 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * 0 * * * 1924 0 0 //