HHsearch 1.5 NAME c5en2C_ FAM FILE c5en2C_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5en2C_.a3m DATE Sat Jan 2 08:12:13 2016 LENG 141 match states, 141 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.9 EVD 0.3929 -1.4141 SEQ >ss_dssp CCCEEEEETTTEEEEEETTEEEEEEEESCCCCCTTTSEEESSGGGGGGGCSCHHHHHHHHHHHHHTTCCTTTSCCEEECCTTCSSCCCEEEECCCSGGGH HHHHHHHHHHHHHSTTCCCCCCTTSCCEEEEEECCCCTTCC >sa_dssp EEBDCBCCEEDDBCACBEEBBADBCCDDEDDADEEECCDAEECEDADDBBECEDCBDAACCAAEDBDBDBEEBDDBBABCCEEEEDBAABADBBCDEEBD EBAEDACDBADECAEDBCCDBEEEDDBBABADDCECCEEBE >ss_pred CCCCEEEEECCEEEEECCCEEEEEEECCEEEEEEECCEEEECHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEECCCCCCCCEEEEEEEEECCCHH HHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCC >ss_conf 9860135406268985164289999722268843133002085566665244025789999874428541137652211444566504798743213047 88999998789884005461124644689983056755688 >Consensus xlPxlCmlNxshxyxkGgxxsfkixxxDisvLxxexDvxixxPxdxsxCxnxxDxxwlxxWFxnalgHDwxxdPpxlCrNxtKxEgxxxqvNxskxxxxe xyxkkxxxgMrhlfrxfxdpCxxgkkcxxxxxxtxwxxqcx >c5en2C_ DLPLLCTLNKSHLYIKGGNASFKISFDDIAVLLPEYDVIIQHPADMSWCSKSDDQIWLSQWFMNAVGHDWYLDPPFLCRNRTKTEGFIFQVNTSKTGINE NYAKKFKTGMHHLYREYPDSCLDGKLCLMKAQPTSWPLQCP >UniRef50_Q6IUF7(87-215:496) Glycoprotein G2 n=136 Tax=New world arenaviruses RepID=GLYC_MACHU E=6e-30 s/c=1.02 id=48% cov=92% ELPSLCMLNNSFYYMKGGVNTFLIRVSDISVLMKEHDVSIYEPEDLGNCLNKSDSSWAIHWFSNALGHDWLMDPPMLCRNKTKKEGSNIQFNISKADDVR VYGKKIRNGMRHLFRGFHDPCEEGKKCYL------------ >UniRef50_Q911P0(81-220:480) Glycoprotein G2 n=5 Tax=New world arenaviruses RepID=GLYC_WWAVU E=9e-48 s/c=1.36 id=23% cov=95% -VPMPCMINDTHFLLRGpfeASWAIKLEITDVTTLVVDTDN-VANPTNISKCfANNQDERLLGftmEWFLSGLEHDHHFTPQIICGNVSKGE-----VNA QVNITMEDHCSQVFLKMRRIFGVFKNPCTSHGKQNVLISVSNWTNQC- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * D 1 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1433 0 0 L 2 * * * * * * * * * 640 * * * * * * * 1482 * * 2 0 * * * * * * 2005 0 0 P 3 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 3 0 * * * * * * 2005 0 0 L 4 * * * * * * * * * 1631 1482 * * * * 1648 * * * * 4 0 * * * * * * 2005 0 0 L 5 * * * * * * * * * 640 * * 1482 * * * * * * * 5 0 * * * * * * 2005 0 0 C 6 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 2005 0 0 T 7 * * * * * * * * * * 563 * * * * * 1631 * * * 7 0 * * * * * * 2005 0 0 L 8 * * * * * * * 1482 * 640 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 2005 0 0 N 9 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 2005 0 0 K 10 * * 1482 * * * * * 1631 * * 1648 * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 2005 0 0 S 11 * * * * * * * * * * * * * * * 640 1482 * * * 11 0 * * * * * * 2005 0 0 H 12 * * * * 1648 * 554 * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 2005 0 0 L 13 * * * * 1482 * * * * 1631 * * * * * * * * * 1648 13 0 * * * * * * 2005 0 0 Y 14 * * * * * * * * * 1482 * * * * * * * * * 640 14 0 * * * * * * 2005 0 0 I 15 * * * * * * * 1631 * 1482 1648 * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 2005 0 0 K 16 * * * * * * * * 640 * * * * * 1482 * * * * * 16 0 * * * * * * 2005 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 640 1482 * 1585 585 * * 2005 1000 0 G 18 1482 * * * * 640 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 2005 0 0 N 19 * * * * * * * * * * * 1631 * * * 1482 * 1648 * * 19 0 * * * * * * 2005 0 0 A 20 1631 * * * * * * * * * * 1648 * * * * * * 1482 * 20 0 * * * * * * 2005 0 0 S 21 1482 * * * * * * * * * * * * * * 1631 1648 * * * 21 0 * * * * * * 2005 0 0 F 22 * * * * 640 * * 1482 * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 2005 0 0 K 23 * * * * * * * * 554 1648 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 2005 0 0 I 24 * * * * * * * 640 * 1482 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 2005 0 0 S 25 * * * 1482 * * * * * * * * * * 1648 1631 * * * * 25 0 * * * * * * 2005 0 0 F 26 * * * * 1631 * * 1482 * * * * * * * * * 1648 * * 26 0 * * * * * * 2005 0 0 D 27 * * 1631 * * * * * * * * * * * * 1648 1482 * * * 27 0 * * * * * * 2005 0 0 D 28 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 2005 0 0 I 29 * * * * * * * 640 * * * * * * * * * 1482 * * 29 0 * * * * * * 2005 0 0 A 30 1631 * * * * * * * * * * * * * * 1648 1482 * * * 30 0 * * * * * * 2005 0 0 V 31 * * * * * * * * * * * * * * * * 1482 640 * * 31 0 * * * * * * 2005 0 0 L 32 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 2005 0 0 L 33 * * * * * * * * * 1631 1648 * * * * * * 1482 * * 33 0 * * * * * * 2005 0 0 P 34 * * * * * * * * 1648 * * * 1631 * * * * 1482 * * 34 0 * * * * * * 2005 0 0 E 35 * * 1482 640 * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 2005 0 0 Y 36 * * * * * * 1648 * * * * * * * * * 1482 * * 1631 36 0 * * * * * * 2005 0 0 D 37 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 2005 0 0 V 38 * * * * * * * * * * * 1482 * * * * * 640 * * 38 640 * 1482 * * * * 2005 0 0 I 39 * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * 39 0 * * * * 0 * 1433 0 1000 I 40 * * * * * * * 640 * * * * * * * * * 1482 * * 40 0 * * * * * * 2005 0 0 Q 41 1482 * * * * * * * * * * * * 1631 * * * * * 1648 41 0 * * * * * * 2005 0 0 H 42 * * * 1648 * * 1631 * * * * 1482 * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 2005 0 0 P 43 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 43 0 * * * * * * 2005 0 0 A 44 1631 * * 1648 * * * * * * * * * * * * 1482 * * * 44 0 * * * * * * 2005 0 0 D 45 * * 640 * * * * * * * * 1482 * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 2005 0 0 M 46 * * * * * * * 1482 * 1648 1631 * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 2005 0 0 S 47 * * * * * 1648 * * * * * * * * * 554 * * * * 47 0 * * * * * * 2005 0 0 W 48 * * * * * * * * 1482 * * 1648 * * * * * * 1631 * 48 0 * * * * * * 2005 0 0 C 49 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 640 1482 * 0 * * * 2005 1000 0 S 50 1482 * * * * * * * * 1648 * * * * * 1631 * * * * 50 0 * * * * * * 2005 0 0 K 51 * * * * * * * * 1631 * * 563 * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 2005 0 0 S 52 * * * * * * * * 1648 * * 1482 * * * 1631 * * * * 52 0 * * * * * * 2005 0 0 D 53 * * 1631 * * * * * * * * * * 1482 * 1648 * * * * 53 0 * * * * * * 2005 0 0 D 54 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 2005 0 0 Q 55 * * * 1482 * * * * * * * * * 1631 * 1648 * * * * 55 0 * * * * * * 2005 0 0 I 56 * * * * * * * 1631 * * * * * * 1482 1648 * * * * 56 0 * * * * * * 2005 0 0 W 57 * * * * * * * * * 1482 * * * * * * * * 640 * 57 0 * * * * * * 2005 0 0 L 58 1648 * * * * * * * * 554 * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 2005 0 0 S 59 * * * * * 1482 * 1648 * * * * * * * 1631 * * * * 59 640 1482 * 1585 585 * * 2005 1000 0 Q 60 * * * 1482 * * 1648 * * * * * * 1631 * * * * * * 60 0 * * * * * * 2005 0 0 W 61 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 61 0 * * * * * * 2005 0 0 F 62 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 2005 0 0 M 63 * * * * * * * * * 1482 1631 * * * * 1648 * * * * 63 0 * * * * * * 2005 0 0 N 64 * * * * * * * * * * * 640 * * * 1482 * * * * 64 0 * * * * * * 2005 0 0 A 65 640 * * * * 1482 * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 2005 0 0 V 66 * * * * * * * * * 563 * * * * * * * 1631 * * 66 0 * * * * * * 2005 0 0 G 67 * * * 1482 * 640 * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 2005 0 0 H 68 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 2005 0 0 D 69 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 2005 0 0 W 70 * * * * * * 1482 * * * * * * * * * * * 640 * 70 0 * * * * * * 2005 0 0 Y 71 * * * * * * 1482 * * 1648 * * * * * * * * * 1631 71 0 * * * * * * 2005 0 0 L 72 * * * * 1482 * * * * 1631 1648 * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 2005 0 0 D 73 * * 640 * * * * * * * * * * * * * 1482 * * * 73 0 * * * * * * 2005 0 0 P 74 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 74 0 * * * * * * 2005 0 0 P 75 * * * * * * * * * * * * 640 1482 * * * * * * 75 0 * * * * * * 2005 0 0 F 76 * * * * 1631 * * 1482 * * 1648 * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 2005 0 0 L 77 * * * * * * * 1482 * 640 * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 2005 0 0 C 78 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 2005 0 0 R 79 * * * * * 1482 * * * * * * * * 640 * * * * * 79 0 * * * * * * 2005 0 0 N 80 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 2005 0 0 R 81 * * * * * * * * 1648 * * * * * 1631 * * 1482 * * 81 0 * * * * * * 2005 0 0 T 82 * * * * * * * * * * * * * * * 1482 640 * * * 82 0 * * * * * * 2005 0 0 K 83 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 2005 0 0 T 84 * * * * * 1482 * * 1648 * * * * * * * 1631 * * * 84 0 * * * * * * 2005 0 0 E 85 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 85 640 * 1482 * * * * 2005 0 0 G 86 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * 0 1433 0 1000 F 87 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * 87 0 * * * * * 0 1433 0 1000 I 88 * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * * * 88 0 * * * * * 0 1433 0 1000 F 89 * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * 0 1433 0 1000 Q 90 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 90 0 * * * * 0 * 1433 0 1000 V 91 * * * * 1648 * * * * * * * * * * * * 554 * * 91 0 * * * * * * 2005 0 0 N 92 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 2005 0 0 T 93 1482 * * * * * * 1648 * * * * * * * * 1631 * * * 93 0 * * * * * * 2005 0 0 S 94 * * * * * * * * * * * * * 1482 * 640 * * * * 94 0 * * * * * * 2005 0 0 K 95 * * * * * * * * 640 * * * * * * * * 1482 * * 95 0 * * * * * * 2005 0 0 T 96 1648 * * * * * * * * * * 1482 * * * * 1631 * * * 96 0 * * * * * * 2005 0 0 G 97 * * 1648 * * 1631 * 1482 * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 2005 0 0 I 98 * * 1648 * * * * 1631 * * * * * * * * 1482 * * * 98 0 * * * * * * 2005 0 0 N 99 * * * * * * * * * * 1482 1631 * * * * * 1648 * * 99 0 * * * * * * 2005 0 0 E 100 * * * 554 * * * * * * * * * * 1648 * * * * * 100 0 * * * * * * 2005 0 0 N 101 * * 1482 * * * * * * * * 1631 * * * * * 1648 * * 101 0 * * * * * * 2005 0 0 Y 102 * * * * * * 1482 * * * * * * * * * * * * 640 102 0 * * * * * * 2005 0 0 A 103 1631 1482 * * * 1648 * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 2005 0 0 K 104 * * * * * * * * 640 * * * * * * 1482 * * * * 104 0 * * * * * * 2005 0 0 K 105 * * * * * * * * 640 * * * * 1482 * * * * * * 105 0 * * * * * * 2005 0 0 F 106 * * * * 1631 * * 1648 * * * * * * * * * 1482 * * 106 0 * * * * * * 2005 0 0 K 107 * * * * 1482 * * * 1631 * * * * * 1648 * * * * * 107 0 * * * * * * 2005 0 0 T 108 * * * * * * * * * 1482 * 1648 * * * * 1631 * * * 108 0 * * * * * * 2005 0 0 G 109 * * * * * 640 * * 1482 * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 2005 0 0 M 110 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 2005 0 0 H 111 * * * * * * 1631 * * * * * * * 563 * * * * * 111 0 * * * * * * 2005 0 0 H 112 * * * * * * 640 * * * * * * * 1482 * * * * * 112 0 * * * * * * 2005 0 0 L 113 * * * * * * * 1482 * 640 * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 2005 0 0 Y 114 * * * * 563 * * * * * * * * * * * * * * 1631 114 0 * * * * * * 2005 0 0 R 115 * * * * * 1482 * * * * * * * * 640 * * * * * 115 0 * * * * * * 2005 0 0 E 116 * * * 1631 * 1648 * * * * * * * * * * * 1482 * * 116 0 * * * * * * 2005 0 0 Y 117 * * * * 563 * * * * * * * * * * * * * * 1631 117 0 * * * * * * 2005 0 0 P 118 * * * * * * 1648 * 1482 * * * 1631 * * * * * * * 118 0 * * * * * * 2005 0 0 D 119 * * 640 * * * * * * * * 1482 * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 2005 0 0 S 120 * * * * * * * * * * * * 563 * * 1631 * * * * 120 0 * * * * * * 2005 0 0 C 121 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 2005 0 0 L 122 * * * 1648 * * * * * 1631 * * * * * * 1482 * * * 122 0 * * * * * * 2005 0 0 D 123 * * 1631 1648 * * * * * * * * * * * 1482 * * * * 123 0 * * * * * * 2005 0 0 G 124 * * * * * 640 1482 * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 2005 0 0 K 125 * * * * * 1482 * * 640 * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 2005 0 0 L 126 * * * * * * * * 563 1631 * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 2005 0 0 C 127 * 640 * * * * * * * * * * * 1482 * * * * * * 127 0 * * * * * * 2005 0 0 L 128 * * * * * * * * * 1631 * 1482 * * * * * * * 1648 128 0 * * * * * * 2005 0 0 M 129 * * * * * * * * * 1648 1631 * * * * * * 1482 * * 129 0 * * * * * * 2005 0 0 K 130 * * * * * * * * 939 1064 * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1662 0 0 A 131 939 * * * * * * 1064 * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1662 0 0 Q 132 * * * * * * * * * * * * * 939 * 1064 * * * * 132 0 * * * * * * 1662 0 0 P 133 * * * * * * * * * * * * 939 * * * * 1064 * * 133 0 * * * * * * 1662 0 0 T 134 * * * * * * * * * * * * * * * 1064 939 * * * 134 0 * * * * * * 1662 0 0 S 135 * * * * * * * * * * * 1064 * * * 939 * * * * 135 0 * * * * * * 1662 0 0 W 136 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 136 0 * * * * * * 1662 0 0 P 137 * * * * * * * * * * * * 939 * * * 1064 * * * 137 0 * * * * * * 1662 0 0 L 138 * * * * * * * * * 939 * 1064 * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1662 0 0 Q 139 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 139 0 * * * * * * 1662 0 0 C 140 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1662 0 0 P 141 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 141 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //