HHsearch 1.5 NAME c5dfnA_ FAM FILE c5dfnA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5dfnA_.a3m DATE Sat Oct 31 08:17:15 2015 LENG 166 match states, 166 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4110 -1.4202 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEHHHHHCCHHHHHHHHTTSCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSEEEEEEETTEEEEEECHHHHHHHHHH HHHHHHTTGGGCCCHHHHHHHHHHHHCCTTSSSCSCCHHHHHHHHHHHHHTTSCCCCCCCCCCCCC >sa_dssp EEDBCBDBAABAABBAADBBDDCDEEEEBDADACCABDCEDADDBADEDCEBDEDDDBBEBACDCAECADDBEABDCDCEEDEEBBBDBCDEBADDACDC ADEBCEEDEEECDEDDCBCDCACEECECDEBEBDBAAECAACCABDCBDEEEECECEEEEEEEEEE >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEHHHHHHHHHH HHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCEEECC >ss_conf 9607876657899999999999963114788889665034321202467765106889999998698766367888888765783357756889999987 766443211235726999987674207566214002257999999995018527860531100049 >Consensus tlkykeliagelmrithklliqklqqqeviikiqeiakdqqlydtlsiqyqvdqkeqyyakiaqsledfvsisalkmvsyiypnisyqvsigffqnildi atktvkdrgalgcnykylkdkltkalnlqqisyplisesyisylvhlfqdfniieienehkfyykq >c5dfnA_ TLKYKELIAGELMRITHKLLIQKLQQQEVIIKIQEIAKDQQLYDTLSIQYQVDQKEQYYAKIAQSLEDFVSISALKMVSYIYPNISYQVSIGFFQNILDI ATKTVKDRGALGCNYKYLKDKLTKALNLQQISYPLISESYISYLVHLFQDFNIIEIENEHKFYYKQ # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * T 1 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 L 2 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 K 3 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 4 0 * * * * * * 1000 0 0 K 5 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 E 6 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 I 8 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 A 9 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 G 10 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 E 11 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 L 12 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 M 13 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 R 14 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 I 15 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 H 17 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 K 18 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 L 19 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 I 21 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 22 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 K 23 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 L 24 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 25 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 26 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 27 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 E 28 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 V 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 I 30 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 I 31 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 K 32 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 I 33 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 34 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 E 35 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 I 36 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 A 37 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 K 38 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 D 39 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 40 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 41 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 L 42 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 43 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 43 0 * * * * * * 1000 0 0 D 44 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 T 45 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 L 46 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 S 47 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 I 48 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 49 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 50 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 50 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 51 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 V 52 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 D 53 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 54 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 K 55 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 E 56 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 57 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 58 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 59 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 59 0 * * * * * * 1000 0 0 A 60 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 K 61 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 I 62 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 A 63 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 64 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 S 65 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 L 66 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 E 67 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 D 68 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 F 69 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 V 70 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 S 71 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 I 72 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 S 73 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 A 74 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 L 75 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 K 76 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 M 77 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 V 78 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 S 79 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 80 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 80 0 * * * * * * 1000 0 0 I 81 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 82 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 82 0 * * * * * * 1000 0 0 P 83 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 N 84 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 I 85 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 S 86 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 87 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 87 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 88 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 V 89 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 S 90 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 I 91 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 G 92 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 F 93 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 F 94 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 95 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 N 96 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 I 97 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 L 98 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 D 99 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 I 100 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 A 101 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 T 102 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 K 103 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 T 104 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 V 105 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 K 106 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 D 107 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 R 108 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 G 109 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 A 110 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 L 111 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 G 112 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 C 113 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 N 114 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 115 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 115 0 * * * * * * 1000 0 0 K 116 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 117 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 117 0 * * * * * * 1000 0 0 L 118 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 K 119 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 D 120 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 K 121 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 L 122 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 T 123 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 K 124 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 A 125 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 L 126 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 N 127 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 L 128 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 129 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 130 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 I 131 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 S 132 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 133 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 133 0 * * * * * * 1000 0 0 P 134 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 L 135 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 I 136 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 S 137 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 E 138 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 S 139 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 140 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 140 0 * * * * * * 1000 0 0 I 141 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 S 142 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 143 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 143 0 * * * * * * 1000 0 0 L 144 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 V 145 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 H 146 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 L 147 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 F 148 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 149 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 D 150 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 F 151 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 N 152 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 I 153 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 I 154 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1000 0 0 E 155 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1000 0 0 I 156 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 E 157 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 N 158 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 E 159 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 H 160 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 K 161 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1000 0 0 F 162 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 163 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 163 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 164 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 164 0 * * * * * * 1000 0 0 K 165 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 166 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 166 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //