HHsearch 1.5 NAME c5b7jA_ FAM FILE c5b7jA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5b7jA_.a3m DATE Tue Feb 28 11:19:26 2017 LENG 111 match states, 111 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4173 -0.6302 SEQ >ss_dssp CCCSSCSCSHHHHHHHHHHHHHTSSCCCSSCSHHHHHHHHHHTTTTSCCCCCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSSCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHC- >sa_dssp BEEEEDEEBCDBCBCAADBABEBBEDDCEEEECCBBCCACECBEEECEBDECEECBADECAEDBBEDBCEEDEDEEEEEEEDEDBDCACEBADCADDCCD CDEEDEEEEE- >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHCC >ss_conf 9611442029999999999998677876323789999998721243660110036789999999999999864207788789896789999999999999 99999986359 >Consensus akaqrthlsleekiklmrlvvrhkhelvdrktsefyakiarigyedeglaihtesacrnqiisimrvyeqrlahrqpgmkttpeedeldqlcdewkarls elqqyrekflv >c5b7jA_ AKAQRTHLSLEEKIKLMRLVVRHKHELVDRKTSEFYAKIARIGYEDEGLAIHTESACRNQIISIMRVYEQRLAHRQPGMKTTPEEDELDQLCDEWKARLS ELQQYREKFLV # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 K 2 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 A 3 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 4 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 R 5 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 T 6 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 H 7 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 S 9 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 E 11 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 E 12 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 K 13 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 I 14 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 K 15 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 M 17 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 R 18 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 L 19 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 V 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 V 21 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 R 22 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 H 23 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 K 24 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 H 25 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 E 26 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 L 27 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 V 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 D 29 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 R 30 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 K 31 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 T 32 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 S 33 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 E 34 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 F 35 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 36 0 * * * * * * 1000 0 0 A 37 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 K 38 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 I 39 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 A 40 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 R 41 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 I 42 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 G 43 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 44 0 * * * * * * 1000 0 0 E 45 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 D 46 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 E 47 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 G 48 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 L 49 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 A 50 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 I 51 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 H 52 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 T 53 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 E 54 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 S 55 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 A 56 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 C 57 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 R 58 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 N 59 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 60 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 I 61 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 I 62 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 S 63 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 I 64 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 M 65 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 R 66 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 V 67 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 68 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 68 0 * * * * * * 1000 0 0 E 69 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 70 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 R 71 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 L 72 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 A 73 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 H 74 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 R 75 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 76 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 P 77 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 G 78 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 M 79 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 K 80 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 T 81 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 T 82 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 P 83 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 E 84 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 E 85 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 D 86 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 E 87 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 L 88 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 D 89 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 90 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 L 91 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 C 92 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 D 93 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 E 94 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 W 95 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 K 96 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 A 97 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 R 98 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 L 99 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 S 100 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 E 101 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 L 102 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 103 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 104 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 105 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 105 0 * * * * * * 1000 0 0 R 106 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 E 107 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 K 108 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 F 109 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 L 110 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 V 111 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 111 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //