HHsearch 1.5 NAME c5abkA_ FAM FILE c5abkA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5abkA_.a3m DATE Sat Aug 29 08:18:53 2015 LENG 84 match states, 84 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4199 0.0287 SEQ >ss_dssp CCSSCCCCCCSSTHHHHHHHHHHHHTSSCSSCCHHHHHHHHHHHHHHGGGTSSCCCCCCCCCSSCCCCCCCSSCCCCCCCCCCC >sa_dssp EEEEEDCECEDEEACEDAEEBADEEEDBDEEBDEECBECACCDBCBCCEEEEDDBECEDCDEDEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE >ss_pred CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC >ss_conf 973317520001278999999997187877766777878899999999851145514787999999999999986310852359 >Consensus gamaqtpidlgvvnedkliemlvrtgqipadasdvdkrialeryleekirsgfkgdaqfgkkaleqrakilkvidkqkgphkar >c5abkA_ GAMAQTPIDLGVVNEDKLIEMLVRTGQIPADASDVDKRIALERYLEEKIRSGFKGDAQFGKKALEQRAKILKVIDKQKGPHKAR # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 A 2 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 M 3 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 A 4 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 5 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 T 6 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 P 7 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 I 8 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 D 9 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 G 11 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 V 12 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 V 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 N 14 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 E 15 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 D 16 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 K 17 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 L 18 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 I 19 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 E 20 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 M 21 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 V 23 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 R 24 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 T 25 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 G 26 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 27 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 I 28 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 P 29 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 A 30 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 D 31 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 A 32 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 S 33 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 D 34 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 V 35 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 D 36 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 K 37 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 R 38 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 I 39 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 A 40 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 R 43 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 44 0 * * * * * * 1000 0 0 L 45 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 E 46 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 E 47 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 K 48 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 I 49 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 R 50 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 S 51 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 G 52 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 F 53 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 K 54 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 G 55 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 D 56 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 A 57 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 58 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 F 59 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 G 60 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 K 61 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 K 62 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 A 63 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 L 64 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 E 65 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 66 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 R 67 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 A 68 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 K 69 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 I 70 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 L 71 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 K 72 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 V 73 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 I 74 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 D 75 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 K 76 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 77 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 K 78 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 G 79 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 P 80 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 H 81 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 K 82 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 A 83 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 R 84 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 84 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //