HHsearch 1.5 NAME c4z5vA_ FAM FILE c4z5vA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4z5vA_.a3m DATE Sat Feb 13 08:14:29 2016 LENG 161 match states, 161 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.8 EVD 0.4072 -0.4178 SEQ >ss_dssp CCEEEEEECTTCHHHHHHHHHHHHHHHHTTCSEEECSSCEEEEEEEECCTTSHHHHHHHHHHHHTTGGGGCEEEEEEEEEEETTEEEEEEESCHHHHHHH HHHHHHTTCEESCSSCCCCEEEEEEESSSCCCCSCCCEEEEEECCCSSCTTCCCCCEEEEC >sa_dssp ECBCABBBADCBEDACDDADEABDCAEEDECECECCEEBCACAACADBEEECDEDADDABDCADEDCDDBDDDABADDBCCDDDCAAACBEDADEABECA BECADECEAEBCDEEECEBDACAADBEEEDEDDECEBEBDBDBEDDEEDEEEEDCBDCCEE >ss_pred CCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEECCCCEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCCEEEEEEECCHHHHHHHH HHHHHHCCCCCCCCCCCCCCEEEHHCCHHHHHCCCCEEECCEEEEECCCCCCCCCEEEEEC >ss_conf 9715640000003724565436677653488852210763269999438778677788999998753136761898381301118998500158889999 9999870842120014133302001121232014201100325687178677654057859 >Consensus PnHFinfPlxqfxgFxxxyxxLQxqlxxxGxdcKxQxAPHiSltmLdixxedyxxVexaiqeiiDdmxxxegxixfxNPHxlGrcxVlDVxGxeeLHddi VxxlRxxGcxaDQsRxWipHcTiaqlxdxxxxkxxdFxxxxxfxxKxxnpxxxArlExvkx >c4z5vA_ PNHFINFPLAQFSGFXGKYLKLQSQLVEXGLDCKLQKAPHVSITLLDIKADQYKQVEFAIQEIIDDLAAYEGDIVFDNPHXLGRCLVLDVRGFEELHEDI VEILRRRGCTADQSRHWIPHCTVAQFDEERETKGXQFYHKEPFYLKHNNLLTDAGLELVKI >UniRef50_Q91A27(9-173:278) Non-structural protein 2a n=44 Tax=Coronavirinae RepID=NS2A_CVBEN E=3e-70 s/c=1.61 id=52% cov=101% PNHFINFPLTQFQGFVLNYKGLQFQLLDEGVDCKIQTAPHISLAMLDIQPEDYRSVDVAIQEVIDDMHWGEGfQIKFENPHILGRCIVLDVKGVEELHDD LVNYIRDKGCVADQSRKWIGHCTIAQLTDAALSikENVDFINNMQFNYKITiNPSSPARLEIVKL >UniRef50_P0C6F3(4407-4559:4569) Non-structural protein 10 n=5 Tax=root RepID=R1A_BEV E=1e-18 s/c=0.61 id=31% cov=93% PTHFLSLPVVN-KNFLAAFYDLQE-----GFPGKKQVAPHISLTMLKLSDEDIEKVE----DILDEMVLPNSWVTITNPHMMGKHYVCDVEGLDSLHDEV VSVLREHGIACDQKRLWKPHLTIGELNDVSFDKFKDFAISCKLedcdFVKLGAPKANARYEFI-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * P 1 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1811 0 0 N 2 * * * * * * * * * * * 611 * * * * 1534 * * * 2 0 * * * * * * 1811 0 0 H 3 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1811 0 0 F 4 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1811 0 0 I 5 * * * * * * * 611 * 1534 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1811 0 0 N 6 * * * * * * * * * * * 611 * * * 1534 * * * * 6 0 * * * * * * 1811 0 0 F 7 * * * * 611 * * * * 1534 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1811 0 0 P 8 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1811 0 0 L 9 * * * * * * * * * 611 * * * * * * * 1534 * * 9 0 * * * * * * 1811 0 0 A 10 1622 * * * * * * * * * * * * * * * 1601 1534 * * 10 0 * * * * * * 1811 0 0 Q 11 * * * * * * * * * * * 1534 * 611 * * * * * * 11 611 * 1534 * * * * 1811 0 0 F 12 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * 0 * 1363 0 1000 S 13 * * * * * * * * 1534 * * * * 1601 * 1622 * * * * 13 0 * * * * * * 1811 0 0 G 14 * * * * * 611 * * * * * 1534 * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1811 0 0 F 15 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1811 0 0 X 16 * * * * * * * * * 1094 * * * * * * * 912 * * 16 0 * * * * * * 1518 0 0 G 17 1534 * * * * 1622 * * * 1601 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1811 0 0 K 18 1534 * * * * * * * 1622 * * 1601 * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1811 0 0 Y 19 * * * * 1534 * * * * * * * * * * * * * * 611 19 0 * * * * * * 1811 0 0 L 20 * * * * * * * * 1601 1622 * * * * * * * * * 1534 20 0 * * * * * * 1811 0 0 K 21 * * 1534 * * 1601 * * 1622 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1811 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1811 0 0 Q 23 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 23 0 * * * * * * 1811 0 0 S 24 * * * 1534 1601 * * * * * * * * * * 1622 * * * * 24 611 * 1534 * * * * 1811 0 0 Q 25 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 25 0 * * * * * 0 1363 0 1000 L 26 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * 0 1363 0 1000 V 27 * * * * * * * * * 965 * * * * * * * 1036 * * 27 0 * * * * * 0 1363 0 1000 E 28 * * 965 1036 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * 0 1363 0 1000 X 29 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 G 30 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1811 0 0 L 31 * * * * 1534 * * * * 1622 * * * * * * * 1601 * * 31 0 * * * * * * 1811 0 0 D 32 * * 611 * * * * * * * * * 1534 * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1811 0 0 C 33 * 611 * * * 1534 * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1811 0 0 K 34 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1811 0 0 L 35 * * * * * * * 1601 1534 1622 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1811 0 0 Q 36 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 36 0 * * * * * * 1811 0 0 K 37 * * * * * * * * 1622 * * * * * * * 1601 1534 * * 37 0 * * * * * * 1811 0 0 A 38 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1811 0 0 P 39 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1811 0 0 H 40 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1811 0 0 V 41 * * * * * * * 567 * * * * * * * * * 1622 * * 41 0 * * * * * * 1811 0 0 S 42 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 42 0 * * * * * * 1811 0 0 I 43 * * * * * * * 1622 * 567 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1811 0 0 T 44 1601 * * * * * * * * * * * * * * * 577 * * * 44 0 * * * * * * 1811 0 0 L 45 * * * * * * * * * 1622 567 * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1811 0 0 L 46 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1811 0 0 D 47 * * 611 * * * * * 1534 * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1811 0 0 I 48 * * * * * * * 611 * 1534 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1811 0 0 K 49 * * * * * * * * 1622 * * * * 1601 * 1534 * * * * 49 0 * * * * * * 1811 0 0 A 50 1622 * 1534 * * * * * * * * * 1601 * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1811 0 0 D 51 * * 1622 567 * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1811 0 0 Q 52 * * 567 * * * * * * * * * * 1622 * * * * * * 52 0 * * * * * * 1811 0 0 Y 53 * * * * * * * 1534 * * * * * * * * * * * 611 53 0 * * * * * * 1811 0 0 K 54 * * * 1534 * * * * 1622 * * * * * 1601 * * * * * 54 0 * * * * * * 1811 0 0 Q 55 * * * * * * * * 1534 * * * * 1622 * 1601 * * * * 55 0 * * * * * * 1811 0 0 V 56 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 56 0 * * * * * * 1811 0 0 E 57 * * 1601 577 * * * * * * * * * * * * * * * * 57 611 * 1534 * * * * 1811 0 0 F 58 * * * * 1036 * * * * * * * * * * * * 965 * * 58 0 * * * * * 0 1363 0 1000 A 59 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * 0 1363 0 1000 I 60 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * 0 1363 0 1000 Q 61 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 61 0 * * * * 0 * 1363 0 1000 E 62 * * 1534 611 * * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1811 0 0 I 63 * * * * * * * 577 * * * * * * * * * 1601 * * 63 0 * * * * * * 1811 0 0 I 64 * * * * * * * 611 * 1534 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1811 0 0 D 65 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1811 0 0 D 66 * * 611 1534 * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1811 0 0 L 67 * * * * * * * * * 1622 567 * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1811 0 0 A 68 1622 * * * * * 1601 * * * * * * * * * * 1534 * * 68 0 * * * * * * 1811 0 0 A 69 1622 * * * * * * * * 1534 * * * * * * * * 1601 * 69 0 * * * * * * 1811 0 0 Y 70 * * * * * 1601 * * * * * * 1534 * * * * * * 1622 70 0 * * * * * * 1811 0 0 E 71 * * * 611 * * * * * * * 1534 * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1811 0 0 G 72 * * * * * 611 * * * * * * * * * 1534 * * * * 72 577 1601 * 0 * * * 1811 1000 0 D 73 * * 1622 * * * * * * * * * * 1601 * * * * 1534 * 73 0 * * * * * * 1811 0 0 I 74 * * * * * * * 611 * * * * * * * * * 1534 * * 74 0 * * * * * * 1811 0 0 V 75 * * * * * * * * 1601 * * * * * * * 1534 1622 * * 75 0 * * * * * * 1811 0 0 F 76 * * * * 611 * * 1534 * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1811 0 0 D 77 * * 1622 1601 * * * * * * * * * * * * 1534 * * * 77 0 * * * * * * 1811 0 0 N 78 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1811 0 0 P 79 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1811 0 0 H 80 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1811 0 0 X 81 * * * * * * * 912 * * 1094 * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1518 0 0 L 82 * * * * * * * * * 611 1534 * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1811 0 0 G 83 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1811 0 0 R 84 * * * * * * * * 1534 * * * * * 611 * * * * * 84 0 * * * * * * 1811 0 0 C 85 * 611 * * * * 1534 * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1811 0 0 L 86 * * * * * * * 1601 * 1622 * * * * * * * * * 1534 86 0 * * * * * * 1811 0 0 V 87 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 87 0 * * * * * * 1811 0 0 L 88 * 1534 * * * * * * * 611 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1811 0 0 D 89 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1811 0 0 V 90 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 90 0 * * * * * * 1811 0 0 R 91 * * * 1534 * * * * 1601 * * * * * 1622 * * * * * 91 0 * * * * * * 1811 0 0 G 92 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1811 0 0 F 93 * * * * 1622 * * * * 1534 * * * * * * * 1601 * * 93 0 * * * * * * 1811 0 0 E 94 * * 1534 611 * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1811 0 0 E 95 * * * 611 * * * * * * * * * * * 1534 * * * * 95 0 * * * * * * 1811 0 0 L 96 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1811 0 0 H 97 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1811 0 0 E 98 * * 567 1622 * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1811 0 0 D 99 * * 611 1534 * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1811 0 0 I 100 * * * * * * * 1622 * 1601 * * * * * * * 1534 * * 100 0 * * * * * * 1811 0 0 V 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 101 0 * * * * * * 1811 0 0 E 102 * * * 1622 * * * * * * * 1601 * * * 1534 * * * * 102 0 * * * * * * 1811 0 0 I 103 * * * * * * * 1622 * * * * * * * * * 1534 * 1601 103 0 * * * * * * 1811 0 0 L 104 * * * * * * * 1601 * 577 * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1811 0 0 R 105 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 105 0 * * * * * * 1811 0 0 R 106 * * 1601 1534 * * * * * * * * * * 1622 * * * * * 106 0 * * * * * * 1811 0 0 R 107 * * * * * * 1534 * 1601 * * * * * 1622 * * * * * 107 0 * * * * * * 1811 0 0 G 108 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1811 0 0 C 109 * 611 * * * * * 1534 * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1811 0 0 T 110 1534 * * * * * * * * * * * * * * * 1622 1601 * * 110 0 * * * * * * 1811 0 0 A 111 611 1534 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1811 0 0 D 112 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1811 0 0 Q 113 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 113 0 * * * * * * 1811 0 0 S 114 * * * * * * * * 1534 * * * * * * 611 * * * * 114 0 * * * * * * 1811 0 0 R 115 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 115 0 * * * * * * 1811 0 0 H 116 * * * * * * 1622 * 1601 1534 * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1811 0 0 W 117 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 117 0 * * * * * * 1811 0 0 I 118 * * * * * * * 611 1534 * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1811 0 0 P 119 * * * * * 1601 * * * * * * 577 * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1811 0 0 H 120 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1811 0 0 C 121 * 611 * * * * * * * 1534 * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1811 0 0 T 122 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 122 0 * * * * * * 1811 0 0 V 123 * * * * * * * 567 * * * * * * * * * 1622 * * 123 0 * * * * * * 1811 0 0 A 124 611 * * * * 1534 * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1811 0 0 Q 125 * * * 1534 * * * * * * * * * 611 * * * * * * 125 0 * * * * * * 1811 0 0 F 126 * * * * 1622 * * * * 567 * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1811 0 0 D 127 * * 1622 * * * * * * * * 1534 * * * * 1601 * * * 127 0 * * * * * * 1811 0 0 E 128 * * 567 1622 * * * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1811 0 0 E 129 1601 * * 1622 * * * * * * * * * * * * * 1534 * * 129 0 * * * * * * 1811 0 0 R 130 1601 * * * * * * * * * * * * * 1622 1534 * * * * 130 0 * * * * * * 1811 0 0 E 131 * * * 1622 1534 * * * * 1601 * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1811 0 0 T 132 * * 1534 * * * * * * * * * * * * 1601 1622 * * * 132 577 1601 * 1000 1000 * * 1811 1000 0 K 133 * * * 1601 * * * * 577 * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1811 0 0 G 134 * * * * 1534 1622 * * * * * 1601 * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1811 0 0 X 135 * * * * * * * * 1094 * * * * * * * * 912 * * 135 0 * * * * * * 1518 0 0 Q 136 * * 567 * * * * * * * * * * 1622 * * * * * * 136 0 * * * * * * 1811 0 0 F 137 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1811 0 0 Y 138 1534 * * * * * * 1601 * * * * * * * * * * * 1622 138 0 * * * * * * 1811 0 0 H 139 * * * * * * 1622 1534 * * * 1601 * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1811 0 0 K 140 * * * * * * * * 1622 * * 1601 * * * 1534 * * * * 140 0 * * * * * * 1811 0 0 E 141 * 1534 * 1622 * * * * * * 1601 * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1811 0 0 P 142 * * * * * * * * 1534 * * * 1622 1601 * * * * * * 142 0 * * * * * * 1811 0 0 F 143 * * * * 611 * * * * 1534 * * * * * * * * * * 143 611 1534 * 2000 415 * * 1811 1000 0 Y 144 * * * * 1534 * * * * * * 1601 * * * * * * * 1622 144 0 * * * * * * 1811 0 0 L 145 * * * * * * * * * 1622 * * * * * * * 1534 * 1601 145 0 * * * * * * 1811 0 0 K 146 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1811 0 0 H 147 * * * * * * 1622 1601 * 1534 * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1811 0 0 N 148 * * * * * 1534 * * * * * 1622 * * * * 1601 * * * 148 577 1601 * 0 * * * 1811 1000 0 N 149 1534 * * * * * * * * * * 611 * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1811 0 0 L 150 * * * * * * * * * 1622 * * 567 * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1811 0 0 L 151 * * * * * * * * 1534 1622 * * * * * 1601 * * * * 151 0 * * * * * * 1811 0 0 T 152 1534 * * * * * * * * * * * * * * 1601 1622 * * * 152 0 * * * * * * 1811 0 0 D 153 * * 1622 * * * * * * * * 1534 1601 * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1811 0 0 A 154 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1811 0 0 G 155 * * * * * 1622 * * * * * * * * 567 * * * * * 155 0 * * * * * * 1811 0 0 L 156 * * * * * * * * * 611 * * * * * * * * * 1534 156 0 * * * * * * 1811 0 0 E 157 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1811 0 0 L 158 * * * * 1534 * * 1601 * 1622 * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1811 0 0 V 159 * * * * * * * 1534 * * * * * * * * * 611 * * 159 0 * * * * * * 1811 0 0 K 160 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1363 0 0 I 161 * * * * * * * 1036 * 965 * * * * * * * * * * 161 0 * * 0 * * * 1363 0 0 //