HHsearch 1.5 NAME c4yqxA_ FAM FILE c4yqxA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4yqxA_.a3m DATE Sat Jul 4 08:16:31 2015 LENG 122 match states, 122 columns in multiple alignment FILT 5 out of 9 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.6 EVD 0.4080 -0.7322 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCTTCCHHHHCEEEEECCCSCCCGGGHHHHHHTHHHHHHHHHHHHHHSSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHTCSSSCCCCCCCEE EEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHC >sa_dssp EDBEDACDBADDABDCADEDEDADCACEDDDEBCBBCDDDEDDCABAACDBADDBCEBADEBCDEAECBEDBEDBBDDADDBADEBCEEDEEEECECEDD DBBABDAADDABDBADDBDEEE >ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCCEEEEEECCC HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9489999999999973268667432034566640564124668799999986769999721433567601189875000057889737987278863520 2149999999999999876339 >Consensus xxleqllxdlxxllxxvxNyxnxkLxrMxTFkFyxPKxaTELKhLqCLxeELkpLexVLnlaxsKnxxxxxxxxxisNIxvxvlxLkGSetxFxCeydDx txtiveFLnrWItFCQSIiSts >c4yqxA_ SHLEQLLMDLQELLSRMENYRNLKLPRMLTFKFYLPKQATELKDLQCLEDELGPLRHVLDLTQSKSFQLEDAENFISNIRVTVVKLKGSDNTFECQFDDE SATVVDFLRRWIAFCQSIISTS >UniRef50_Q29138(1-116:116) Interleukin 2 (Fragment) n=1 Tax=Trichechus manatus RepID=Q29138_TRIMA E=3e-39 s/c=1.40 id=56% cov=96% -QLEQLLLDLRMLLVRVKNYKPRRLSMMFTFKFNMPKKATELKHLQCLVEELKPLEDVLNVAPSK----QNTRELISNINVTALELQGSKTPFMCEYDDK AATIEEFLNNWIAFCQSIIST- >UniRef50_P60568(43-151:153) Interleukin-2 n=86 Tax=Eutheria RepID=IL2_HUMAN E=6e-37 s/c=1.41 id=63% cov=90% -----------MILNGINNYKNPKLTRMLTFKFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRP-RDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADE TATIVEFLNRWITFCQSIIST- >UniRef50_P05016(47-153:155) Interleukin-2 n=39 Tax=Eutheria RepID=IL2_BOVIN E=3e-31 s/c=1.26 id=48% cov=88% ---------------KVKNPENLKLSRMHTFDFYVPKvNATELKHLKCLLEELKLLEEVLNLAPSKNLNPREIKDSMDNIKRIVLELQGSETRFTCEYDD ATVNAVEFLNKWITFCQSIYST- >UniRef50_Q9MZR9(49-131:133) Interleukin 2 variant IL2delta2 n=2 Tax=Oryctolagus cuniculus RepID=Q9MZR9_RABIT E=6e-20 s/c=1.19 id=58% cov=69% -------------------------------------NVTELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQGKNSHGGNTRESISNINVTVLKLKGSET-FMCEY-DE TVTIVEFLNRWITFCQSIISAS # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 H 2 * * * * * * 953 * * * * * * 1049 * * * * * * 2 0 * * * * * * 1342 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1342 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1342 0 0 Q 5 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 5 0 * * * * * * 1342 0 0 L 6 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1342 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1342 0 0 M 8 * * * * * * * * * 1049 953 * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1342 0 0 D 9 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1342 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1342 0 0 Q 11 * * * * * * * * * * * * * 953 1049 * * * * * 11 0 * * * * * * 1342 0 0 E 12 * * * 1475 * * * * * * 644 * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1444 0 0 L 13 * * * * * * * 1659 * 549 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1444 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1444 0 0 S 15 * * * * * * * * * * * 1659 * * * 1475 * 1628 * * 15 0 * * * * * * 1444 0 0 R 16 * * * * * 2204 * * 1903 * * * * * 955 * * * * * 16 0 * * * * * * 1607 0 0 M 17 * * * * * * * 2204 * * 1849 * * * * * * 984 * * 17 0 * * * * * * 1607 0 0 E 18 * * * 1849 * * * * 984 * * 2204 * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1607 0 0 N 19 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1607 0 0 Y 20 * * * * * * * * * * * * 1903 * * * * * * 449 20 0 * * * * * * 1607 0 0 R 21 * * * 1903 * * * * 1135 * * * * * 1849 * * * * * 21 0 * * * * * * 1607 0 0 N 22 * * * * * * * * * * * 393 2070 * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1607 0 0 L 23 * * * * * * * * * 876 * * 2204 * 2070 * * * * * 23 0 * * * * * * 1607 0 0 K 24 * * * * * * * * 393 * * * * * 2070 * * * * * 24 0 * * * * * * 1607 0 0 L 25 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1607 0 0 P 26 * * * * * * * * * * * * 1849 * * 984 2204 * * * 26 0 * * * * * * 1607 0 0 R 27 * * * * * * * * * * 2070 * * * 393 * * * * * 27 0 * * * * * * 1607 0 0 M 28 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1607 0 0 L 29 * * * * 2070 * 1903 * * 1016 * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1607 0 0 T 30 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 30 0 * * * * * * 1607 0 0 F 31 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1607 0 0 K 32 * * 1903 * * * * * 449 * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1607 0 0 F 33 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1607 0 0 Y 34 * * * * * * * * * * * 2070 * * * * * * * 393 34 0 * * * * * * 1607 0 0 L 35 * * * * * * * * * 1849 1135 * * * * * * 1903 * * 35 0 * * * * * * 1607 0 0 P 36 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1607 0 0 K 37 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 37 449 1903 * 0 * * * 1607 1000 0 Q 38 * * * * * * * * 1514 * * 1322 * 2001 * * * * * * 38 0 * * * * * * 1602 0 0 A 39 279 * * * * * * * * * * * * * * * * 2508 * * 39 0 * * * * * * 1602 0 0 T 40 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 40 0 * * * * * * 1602 0 0 E 41 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1602 0 0 L 42 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1602 0 0 K 43 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1602 0 0 D 44 * * 2001 * * * 415 * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1602 0 0 L 45 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1602 0 0 Q 46 * * * * * * * * 2158 * * * * 366 * * * * * * 46 0 * * * * * * 1602 0 0 C 47 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1602 0 0 L 48 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1602 0 0 E 49 * * * 763 * * * * * 2158 * * * * * * * 2421 * * 49 0 * * * * * * 1602 0 0 D 50 * * 2001 415 * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1602 0 0 E 51 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1602 0 0 L 52 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1602 0 0 G 53 * * * * * 2001 * * 415 * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1602 0 0 P 54 * * * * * * * * * 2158 * * 366 * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1602 0 0 L 55 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1602 0 0 R 56 * * * 415 * * * * * * * * * * 2001 * * * * * 56 0 * * * * * * 1602 0 0 H 57 * * 2421 828 * * 2001 * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1602 0 0 V 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 58 0 * * * * * * 1602 0 0 L 59 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1602 0 0 D 60 * * 2001 * * * * * * * * 415 * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1602 0 0 L 61 * * * * * * * * * 298 * * * * * * * 2421 * * 61 0 * * * * * * 1602 0 0 T 62 415 * * * * * * * * * * * * * * * 2001 * * * 62 0 * * * * * * 1602 0 0 Q 63 * * * * * * * * * * * * 1283 763 * * * * * * 63 0 * * * * * * 1602 0 0 S 64 * * * * * 2508 * * * * * * * * * 279 * * * * 64 0 * * * * * * 1602 0 0 K 65 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 65 298 * 2421 * * * * 1602 0 0 S 66 * * * * * * * * * * * 502 * * * 1768 * * * * 66 0 * * * * * 0 1541 0 1000 F 67 * * * * 986 * * * * 1874 * * * * * 2170 * * * * 67 0 * * * * * 0 1541 0 1000 Q 68 * * * * * * 1206 * * * * 1874 * 1768 * * * * * * 68 0 * * * * * 0 1541 0 1000 L 69 * * * * * 2170 * * * 986 * * 1874 * * * * * * * 69 0 * * * * 0 * 1541 0 1000 E 70 * * * 2001 * 2508 * * * * * * * 2421 1368 * * * * * 70 0 * * * * * * 1602 0 0 D 71 * * 2001 2158 * * * * * * * 1464 2613 * * * * * * * 71 257 * 2613 * * * * 1602 0 0 A 72 1792 * * * * * * 1911 * * * * * * * * 1167 * * * 72 0 * * * * 0 * 1624 0 1000 E 73 * * * 2001 * * * * 2158 * * * * * 927 * * * * * 73 0 * * * * * * 1602 0 0 N 74 * * 1368 1464 * * * * * * * 2001 * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1602 0 0 F 75 * * * * 2001 * * * * 1514 * * * * * 1322 * * * * 75 0 * * * * * * 1602 0 0 I 76 * * * * * * * 366 * * 2158 * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1602 0 0 S 77 * * 2158 * * * * * * * * * * * * 366 * * * * 77 0 * * * * * * 1602 0 0 N 78 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1602 0 0 I 79 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1602 0 0 R 80 * * * * * * * * 2158 * * 927 * * 2001 * * * * * 80 0 * * * * * * 1602 0 0 V 81 * * * * * * * * * * * * * * 2158 * * 366 * * 81 0 * * * * * * 1602 0 0 T 82 * * * * * * * 1368 * * * * * * * * 707 * * * 82 0 * * * * * * 1602 0 0 V 83 2421 * * * * * * * * * * * * * * * * 298 * * 83 0 * * * * * * 1602 0 0 V 84 * * * * * * * * * 415 * * * * * * * 2001 * * 84 0 * * * * * * 1602 0 0 K 85 * * * 800 * * * * 1232 * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1602 0 0 L 86 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1602 0 0 K 87 * * * * * * * * 763 * * * * 1283 * * * * * * 87 0 * * * * * * 1602 0 0 G 88 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1602 0 0 S 89 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 89 0 * * * * * * 1602 0 0 D 90 * * 2001 828 * * * * 2421 * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1602 0 0 N 91 * * * * * * * * * * * 2001 * * * * 415 * * * 91 279 * 2508 * * * * 1602 0 0 T 92 * * * * * * * * * * * * 2070 * 1903 * 1016 * * * 92 0 * * * * 0 * 1607 0 1000 F 93 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1602 0 0 E 94 * * * 2001 * * * * * * 927 * * * * * 2158 * * * 94 0 * * * * * * 1602 0 0 C 95 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1602 0 0 Q 96 * * * 415 * * * * * * * * * 2001 * * * * * * 96 0 * * * * * * 1602 0 0 F 97 * * * * 2001 * * * * * * * * * * * * * * 415 97 279 * 2508 * * * * 1602 0 0 D 98 2204 * 353 * * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * 0 * 1607 0 1000 D 99 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1602 0 0 E 100 2158 * * 763 * * * * 2421 * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1602 0 0 S 101 2421 * * * * * * * * * * * * * * 2001 828 * * * 101 0 * * * * * * 1602 0 0 A 102 737 * * * * * * * * * * * * * * * * 1322 * * 102 0 * * * * * * 1602 0 0 T 103 * * * * * * * * * * * 2158 * * * * 366 * * * 103 0 * * * * * * 1602 0 0 V 104 2158 * * * * * * 927 * * * * * * * * * 2001 * * 104 0 * * * * * * 1602 0 0 V 105 * * * 2421 * * * * * * * * * * * * * 298 * * 105 0 * * * * * * 1602 0 0 D 106 * * 2001 415 * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1602 0 0 F 107 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1602 0 0 L 108 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1602 0 0 R 109 * * * * * * * * * * * 415 * * 2001 * * * * * 109 0 * * * * * * 1602 0 0 R 110 * * * * * * * * 2158 * * 2421 * * 763 * * * * * 110 0 * * * * * * 1602 0 0 W 111 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 111 0 * * * * * * 1602 0 0 I 112 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1602 0 0 A 113 1195 * * * * * * * * * * * * * * * 828 * * * 113 0 * * * * * * 1602 0 0 F 114 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1602 0 0 C 115 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1602 0 0 Q 116 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 116 0 * * * * * * 1602 0 0 S 117 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 117 0 * * * * * * 1602 0 0 I 118 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1602 0 0 I 119 * * * * * * * 366 * * * * * * * * * * * 2158 119 0 * * * * * * 1602 0 0 S 120 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 120 0 * * * * * * 1602 0 0 T 121 2508 * * * * * * * * * * * * * * * 279 * * * 121 0 * * * * * * 1602 0 0 S 122 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 122 0 * * 0 * * * 1319 0 0 //