HHsearch 1.5 NAME c4wxmD_ FAM FILE c4wxmD_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4wxmD_.a3m DATE Sat Sep 26 08:29:56 2015 LENG 129 match states, 129 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4120 -0.3394 SEQ >ss_dssp CCCCCEEEEECSCHHHHHHHHHHHHHHTCCEEEECTTTHHHHGGGSSCGGGEEEEEECCCCSTTHHHHHHHHHHHHCTTCCEEEESSCCCTTSCHHHHTT EEEEECSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHTC >sa_dssp EECEBDAAAAACDEEBBEDACECAEECECECCDACBEDBEECBEEBEECCCAAAAAABCBEDEDDCCDABDCACEDBEDAABBBBDCEECEEBDEEBDEC CCBCBECECDEEDBCEBBDDACEBBDEDE >ss_pred CCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCCEEECHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCCCHHHHHHH HHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHC >ss_conf 9754048887277100111999997652441110768999998300011100033430211546199999998412114747896088877454999999 87521688527899988879899898509 >Consensus mwretkxlliddxxdrxrdlxvilnflxedxlxcxsxxwxxxxaglxxsrxxxxvxlgxvxsxggaielxkqxxxwdexxpxxligepapadwpeexrrr vlxslemppsynklldslhraqiyremyx >c4wxmD_ MWRETKLLLIDDNLDRSRDLAVILNFLGEDQLTCNSEDWREVAAGLSNSREALCVLLGSVESKGGAVELLKQLASWDEYLPILLIGEPAPADWPEELRRR VLASLEMPPSYNKLLDSLHRAQVYREMYD >UniRef50_A4VMJ3(17-145:504) Transcriptional regulator FleQ n=69 Tax=Gammaproteobacteria RepID=A4VMJ3_PSEU5 E=2e-56 s/c=1.70 id=69% cov=101% MWRETKILLIDDDRDRRRDLTVILNFLSEDHLACSSSEWQDAVAGLESSRVVNGVMLGDVTTRGGAIELIKQMSKWDENVPLMLIGEPAPADWPEEIRRR VLTSLEMPPSYNKLLDSLHRAQIYREMYE # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1233 0 0 W 2 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 2 0 * * * * * * 1233 0 0 R 3 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 3 0 * * * * * * 1233 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1233 0 0 T 5 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 5 0 * * * * * * 1233 0 0 K 6 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1233 0 0 L 7 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1233 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1233 0 0 L 9 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1233 0 0 I 10 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1233 0 0 D 11 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1233 0 0 D 12 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1233 0 0 N 13 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1233 0 0 L 14 * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * 14 0 * * * * * * 1233 0 0 D 15 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1233 0 0 R 16 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 16 0 * * * * * * 1233 0 0 S 17 * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * 17 0 * * * * * * 1233 0 0 R 18 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 18 0 * * * * * * 1233 0 0 D 19 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1233 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1233 0 0 A 21 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 21 0 * * * * * * 1233 0 0 V 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 22 0 * * * * * * 1233 0 0 I 23 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1233 0 0 L 24 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1233 0 0 N 25 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1233 0 0 F 26 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1233 0 0 L 27 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1233 0 0 G 28 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 28 0 * * * * * * 1233 0 0 E 29 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1233 0 0 D 30 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1233 0 0 Q 31 * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * 31 0 * * * * * * 1233 0 0 L 32 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1233 0 0 T 33 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 33 0 * * * * * * 1233 0 0 C 34 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1233 0 0 N 35 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 35 0 * * * * * * 1233 0 0 S 36 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 36 0 * * * * * * 1233 0 0 E 37 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 37 0 * * * * * * 1233 0 0 D 38 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1233 0 0 W 39 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 39 0 * * * * * * 1233 0 0 R 40 * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * 40 0 * * * * * * 1233 0 0 E 41 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1233 0 0 V 42 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 42 0 * * * * * * 1233 0 0 A 43 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 43 0 * * * * * * 1233 0 0 A 44 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1233 0 0 G 45 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1233 0 0 L 46 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1233 0 0 S 47 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 47 0 * * * * * * 1233 0 0 N 48 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 48 0 * * * * * * 1233 0 0 S 49 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 49 0 * * * * * * 1233 0 0 R 50 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 50 0 * * * * * * 1233 0 0 E 51 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 51 0 * * * * * * 1233 0 0 A 52 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 52 0 * * * * * * 1233 0 0 L 53 * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1233 0 0 C 54 * 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1233 0 0 V 55 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 55 0 * * * * * * 1233 0 0 L 56 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1233 0 0 L 57 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1233 0 0 G 58 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1233 0 0 S 59 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 59 0 * * * * * * 1233 0 0 V 60 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 60 0 * * * * * * 1233 0 0 E 61 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 61 0 * * * * * * 1233 0 0 S 62 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 62 0 * * * * * * 1233 0 0 K 63 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 63 0 * * * * * * 1233 0 0 G 64 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1233 0 0 G 65 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1233 0 0 A 66 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1233 0 0 V 67 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 67 0 * * * * * * 1233 0 0 E 68 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1233 0 0 L 69 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1233 0 0 L 70 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1233 0 0 K 71 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1233 0 0 Q 72 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 72 0 * * * * * * 1233 0 0 L 73 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1233 0 0 A 74 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 74 0 * * * * * * 1233 0 0 S 75 * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * 75 0 * * * * * * 1233 0 0 W 76 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 76 0 * * * * * * 1233 0 0 D 77 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1233 0 0 E 78 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1233 0 0 Y 79 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 79 0 * * * * * * 1233 0 0 L 80 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 80 0 * * * * * * 1233 0 0 P 81 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1233 0 0 I 82 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1233 0 0 L 83 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1233 0 0 L 84 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1233 0 0 I 85 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1233 0 0 G 86 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1233 0 0 E 87 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1233 0 0 P 88 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1233 0 0 A 89 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1233 0 0 P 90 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1233 0 0 A 91 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1233 0 0 D 92 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1233 0 0 W 93 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 93 0 * * * * * * 1233 0 0 P 94 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1233 0 0 E 95 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1233 0 0 E 96 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1233 0 0 L 97 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1233 0 0 R 98 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 98 0 * * * * * * 1233 0 0 R 99 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 99 0 * * * * * * 1233 0 0 R 100 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 100 0 * * * * * * 1233 0 0 V 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 101 0 * * * * * * 1233 0 0 L 102 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1233 0 0 A 103 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 103 0 * * * * * * 1233 0 0 S 104 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 104 0 * * * * * * 1233 0 0 L 105 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1233 0 0 E 106 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1233 0 0 M 107 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1233 0 0 P 108 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1233 0 0 P 109 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1233 0 0 S 110 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 110 0 * * * * * * 1233 0 0 Y 111 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 111 0 * * * * * * 1233 0 0 N 112 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1233 0 0 K 113 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1233 0 0 L 114 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1233 0 0 L 115 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1233 0 0 D 116 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1233 0 0 S 117 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 117 0 * * * * * * 1233 0 0 L 118 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1233 0 0 H 119 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1233 0 0 R 120 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 120 0 * * * * * * 1233 0 0 A 121 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1233 0 0 Q 122 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 122 0 * * * * * * 1233 0 0 V 123 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 123 0 * * * * * * 1233 0 0 Y 124 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 124 0 * * * * * * 1233 0 0 R 125 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 125 0 * * * * * * 1233 0 0 E 126 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1233 0 0 M 127 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1233 0 0 Y 128 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 128 0 * * * * * * 1233 0 0 D 129 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * 0 * * * 1233 0 0 //