HHsearch 1.5 NAME c4v1bB_ FAM FILE c4v1bB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4v1bB_.a3m DATE Sat Jan 23 08:26:45 2016 LENG 149 match states, 149 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.3828 -2.2766 SEQ >ss_dssp CCCCCTTTEEECEECGGGEEECSSCCTTEEEEEEEECTTEEEEEEEEEEEEEETTEEEEEEEEEEESSSEEEEEETTCCSEEEEEETTEEEECCCHHHHH HHHHHHTTCSEEEEEEEEEEETTSCBCSSGGGGEEEEEEEEECHHHHCC >sa_dssp EDECDEEDCCDBEDEEECCADBECDBCECABACADBCEEBCCACAAABBEBDCEEDDBCAAADBEBEECECCCBDADDCEDBCBDEEEEEEECEDEECCE DABDDACECEDBCBCCDDABCEEEEDCEEBEEACEDBCAAABCEECEEE >ss_pred CCCCCCCHHHHHCCCCCCEEEECCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEEECCCEEEEEEEEEECCCCCEEEEECCCEEEEEEECCCCCCCCHHHHHH HHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCCCC >ss_conf 9764672123202688631450123577389998548865200240343442067436899998412568279983176046666506621035278999 9999874012201479984178765455200012233058723444569 >Consensus laplADxxKxxxKxxsEGxVxFxxAixxxxxxxIxxxxDxxxxNGxLGxSxxiDGKxYWxxxxWqxxxSxxixiDmxxxxqixxxiGTexqeVxDxDxIx xxxdxixxexxxxxQVWYAsxxtgkqidpADsxxxsxxVYIxsAsadea >c4v1bB_ LAPLADGEKLYGKKGSEGTVTFTKAIGDNAFVEIKTGADTGFMNGCLGFSESIDGKNYWVAYVWQTKKSDTISIDMSSPVQIAEIIGTETQEVTDADTIK KLTDKIKTEKSALLQVWYASDKTGKQIDPADSASESIEVYIPSASADEA >UniRef50_UPI0001C37689(546-677:777) glycoside hydrolase family protein n=1 Tax=Ruminococcus flavefaciens FD-1 RepID=UPI0001C37689 E=1e-06 s/c=0.41 id=32% cov=87% ----ADPNKSFAKlSNAEGNVNikFPEA-SQTVYLRIDLPDDCTYANGGLGVSIPVDGKYYWANVKWEATASGDVKVDLIDNL-LNVTLGTDA--VEDED IIAAVKEALVKQTDFQGQVWYAANG-------ADALDSTDGVYISAA----- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * L 1 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 A 2 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 P 3 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 L 4 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 A 5 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1543 0 0 D 6 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1543 0 0 G 7 * * * * * 891 * * * * * * 1118 * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1543 0 0 E 8 * * * 891 * * * * * * * 1118 * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1543 0 0 K 9 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1543 0 0 L 10 * * * * * * * * * 891 * * * * * 1118 * * * * 10 0 * * * * * * 1543 0 0 Y 11 * * * * 1118 * * * * * * * * * * * * * * 891 11 0 * * * * * * 1543 0 0 G 12 1118 * * * * 891 * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1543 0 0 K 13 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 13 891 1118 * 0 * * * 1543 1000 0 K 14 * * * * * * * * 891 * * * * * * 1118 * * * * 14 0 * * * * * * 1543 0 0 G 15 * * * * * 891 * * * * * 1118 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1543 0 0 S 16 1118 * * * * * * * * * * * * * * 891 * * * * 16 0 * * * * * * 1543 0 0 E 17 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1543 0 0 G 18 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1543 0 0 T 19 * * * * * * * * * * * 1118 * * * * 891 * * * 19 0 * * * * * * 1543 0 0 V 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 20 0 * * * * * * 1543 0 0 T 21 * * * * * * * * * * * 1118 * * * * 891 * * * 21 891 1118 * 1000 1000 * * 1543 1000 0 F 22 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1543 0 0 T 23 * * * * * * * * * * * * 1118 * * * 891 * * * 23 0 * * * * * * 1543 0 0 K 24 * * * 1118 * * * * 891 * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1543 0 0 A 25 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 891 * 1118 * * * * 1543 0 0 I 26 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 G 27 * * * * * 891 * * * * * * * * * 1118 * * * * 27 0 * * * * * * 1543 0 0 D 28 * * 891 * * * * * * * * * * 1118 * * * * * * 28 0 * * * * * * 1543 0 0 N 29 * * * * * * * * * * * 891 * * * * 1118 * * * 29 0 * * * * * * 1543 0 0 A 30 891 * * * * * * * * * * * * * * * * 1118 * * 30 0 * * * * * * 1543 0 0 F 31 * * * * 891 * * * * * * * * * * * * * * 1118 31 0 * * * * * * 1543 0 0 V 32 * * * * * * * * * 1118 * * * * * * * 891 * * 32 0 * * * * * * 1543 0 0 E 33 * * * 891 * * * * * * * * * * 1118 * * * * * 33 0 * * * * * * 1543 0 0 I 34 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1543 0 0 K 35 * * 1118 * * * * * 891 * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1543 0 0 T 36 * * * * * * * * * 1118 * * * * * * 891 * * * 36 0 * * * * * * 1543 0 0 G 37 * * * * * 891 * * * * * * 1118 * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1543 0 0 A 38 891 * 1118 * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1543 0 0 D 39 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1543 0 0 T 40 * 1118 * * * * * * * * * * * * * * 891 * * * 40 0 * * * * * * 1543 0 0 G 41 * * * * * 891 * * * * * * * * * * 1118 * * * 41 0 * * * * * * 1543 0 0 F 42 * * * * 891 * * * * * * * * * * * * * * 1118 42 0 * * * * * * 1543 0 0 M 43 1118 * * * * * * * * * 891 * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1543 0 0 N 44 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1543 0 0 G 45 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1543 0 0 C 46 * 891 * * * 1118 * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1543 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1543 0 0 G 48 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1543 0 0 F 49 * * * * 891 * * * * * * * * * * * * 1118 * * 49 0 * * * * * * 1543 0 0 S 50 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 50 0 * * * * * * 1543 0 0 E 51 * * * 891 * * * 1118 * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1543 0 0 S 52 * * * * * * * * * * * * 1118 * * 891 * * * * 52 0 * * * * * * 1543 0 0 I 53 * * * * * * * 891 * * * * * * * * * 1118 * * 53 0 * * * * * * 1543 0 0 D 54 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1543 0 0 G 55 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1543 0 0 K 56 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1543 0 0 N 57 * * * * * * * * * * * 891 * * * * * * * 1118 57 0 * * * * * * 1543 0 0 Y 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 58 0 * * * * * * 1543 0 0 W 59 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 59 0 * * * * * * 1543 0 0 V 60 1118 * * * * * * * * * * * * * * * * 891 * * 60 0 * * * * * * 1543 0 0 A 61 891 * * * * * * * * * * 1118 * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1543 0 0 Y 62 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1118 * 891 62 0 * * * * * * 1543 0 0 V 63 * * * * * * * * 1118 * * * * * * * * 891 * * 63 0 * * * * * * 1543 0 0 W 64 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 64 0 * * * * * * 1543 0 0 Q 65 * * * 1118 * * * * * * * * * 891 * * * * * * 65 0 * * * * * * 1543 0 0 T 66 1118 * * * * * * * * * * * * * * * 891 * * * 66 0 * * * * * * 1543 0 0 K 67 * * * * * * * * 891 * * * * * * * 1118 * * * 67 0 * * * * * * 1543 0 0 K 68 1118 * * * * * * * 891 * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1543 0 0 S 69 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 69 0 * * * * * * 1543 0 0 D 70 * * 891 * * 1118 * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1543 0 0 T 71 * * 1118 * * * * * * * * * * * * * 891 * * * 71 0 * * * * * * 1543 0 0 I 72 * * * * * * * 891 * * * * * * * * * 1118 * * 72 0 * * * * * * 1543 0 0 S 73 * * * * * * * * 1118 * * * * * * 891 * * * * 73 0 * * * * * * 1543 0 0 I 74 * * * * * * * 891 * * * * * * * * * 1118 * * 74 0 * * * * * * 1543 0 0 D 75 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1543 0 0 M 76 * * * * * * * * * 1118 891 * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1543 0 0 S 77 * * * * * * * 1118 * * * * * * * 891 * * * * 77 0 * * * * * * 1543 0 0 S 78 * * 1118 * * * * * * * * * * * * 891 * * * * 78 0 * * * * * * 1543 0 0 P 79 * * * * * * * * * * * 1118 891 * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1543 0 0 V 80 * * * * * * * * * 1118 * * * * * * * 891 * * 80 891 * 1118 * * * * 1543 0 0 Q 81 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 81 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 I 82 * * * * * * * 891 * 1118 * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1543 0 0 A 83 891 * * * * * * * * * * 1118 * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1543 0 0 E 84 * * * 891 * * * * * * * * * * * * * 1118 * * 84 0 * * * * * * 1543 0 0 I 85 * * * * * * * 891 * * * * * * * * 1118 * * * 85 0 * * * * * * 1543 0 0 I 86 * * * * * * * 891 * 1118 * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1543 0 0 G 87 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1543 0 0 T 88 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 88 0 * * * * * * 1543 0 0 E 89 * * 1118 891 * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1543 0 0 T 90 1118 * * * * * * * * * * * * * * * 891 * * * 90 891 * 1118 * * * * 1543 0 0 Q 91 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 91 0 * * * * * 0 1000 0 1000 E 92 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 V 93 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 93 0 * * * * * * 1543 0 0 T 94 * * * 1118 * * * * * * * * * * * * 891 * * * 94 0 * * * * * * 1543 0 0 D 95 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1543 0 0 A 96 891 * * 1118 * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1543 0 0 D 97 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1543 0 0 T 98 * * * * * * * 1118 * * * * * * * * 891 * * * 98 0 * * * * * * 1543 0 0 I 99 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1543 0 0 K 100 1118 * * * * * * * 891 * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1543 0 0 K 101 1118 * * * * * * * 891 * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1543 0 0 L 102 * * * * * * * * * 891 * * * * * * * 1118 * * 102 0 * * * * * * 1543 0 0 T 103 * * * * * * * * 1118 * * * * * * * 891 * * * 103 0 * * * * * * 1543 0 0 D 104 * * 891 1118 * * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1543 0 0 K 105 1118 * * * * * * * 891 * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1543 0 0 I 106 * * * * * * * 891 * 1118 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1543 0 0 K 107 * * * * * * * * 891 * * * * * * * * 1118 * * 107 0 * * * * * * 1543 0 0 T 108 * * * * * * * * 1118 * * * * * * * 891 * * * 108 0 * * * * * * 1543 0 0 E 109 * * * 891 * * * * * * * * * 1118 * * * * * * 109 0 * * * * * * 1543 0 0 K 110 * * * * * * * * 891 * * * * * * * 1118 * * * 110 0 * * * * * * 1543 0 0 S 111 * * 1118 * * * * * * * * * * * * 891 * * * * 111 0 * * * * * * 1543 0 0 A 112 891 * * * 1118 * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1543 0 0 L 113 * * * * * * * * * 891 * * * 1118 * * * * * * 113 0 * * * * * * 1543 0 0 L 114 * * * * * 1118 * * * 891 * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1543 0 0 Q 115 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 115 0 * * * * * * 1543 0 0 V 116 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 116 0 * * * * * * 1543 0 0 W 117 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 117 0 * * * * * * 1543 0 0 Y 118 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 118 0 * * * * * * 1543 0 0 A 119 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1543 0 0 S 120 1118 * * * * * * * * * * * * * * 891 * * * * 120 0 * * * * * * 1543 0 0 D 121 * * 891 * * * * * * * * 1118 * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1543 0 0 K 122 * * * * * 1118 * * 891 * * * * * * * * * * * 122 891 * 1118 * * * * 1543 0 0 T 123 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 123 0 * * * * * 0 1000 0 1000 G 124 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * 0 1000 0 1000 K 125 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * 0 1000 0 1000 Q 126 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 126 0 * * * * * 0 1000 0 1000 I 127 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * 0 1000 0 1000 D 128 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * 0 1000 0 1000 P 129 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 129 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 A 130 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1543 0 0 D 131 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1543 0 0 S 132 1118 * * * * * * * * * * * * * * 891 * * * * 132 0 * * * * * * 1543 0 0 A 133 891 * * * * * * * * 1118 * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1543 0 0 S 134 * * 1118 * * * * * * * * * * * * 891 * * * * 134 0 * * * * * * 1543 0 0 E 135 * * * 891 * * * * * * * * * * * 1118 * * * * 135 0 * * * * * * 1543 0 0 S 136 * * * * * * * * * * * * * * * 891 1118 * * * 136 0 * * * * * * 1543 0 0 I 137 * * 1118 * * * * 891 * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1543 0 0 E 138 * * * 891 * 1118 * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1543 0 0 V 139 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 139 0 * * * * * * 1543 0 0 Y 140 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 140 0 * * * * * * 1543 0 0 I 141 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1543 0 0 P 142 * * * * * * * * * * * * 891 * * 1118 * * * * 142 0 * * * * * * 1543 0 0 S 143 1118 * * * * * * * * * * * * * * 891 * * * * 143 0 * * * * * * 1543 0 0 A 144 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1543 0 0 S 145 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 A 146 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 D 147 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 E 148 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 A 149 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 149 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //