HHsearch 1.5 NAME c4rfuB_ FAM FILE c4rfuB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4rfuB_.a3m DATE Sat Oct 10 08:15:12 2015 LENG 117 match states, 117 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.3 EVD 0.4094 -0.2252 SEQ >ss_dssp CCEECCSCEEGGGCCSSCEEGGGGCCHHHHTCCTTCEEEEEEEEEEEEEEETTEEEEEEEEEEEEECCBTTBTTCEEEEEEEETTTTEEEECCCCCCSSC CCCEEECTTCEEEECCC >sa_dssp EECDAECCACBEDBDEDCADAEDADAEDACEBDECABBDBDDDACABCCEDEDECDDCDBDBACACDDEEECEBACACAAEBCEEEEDCEDCCDBDEDEC EECDBACECACBEDCCE >ss_pred CCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCEEEECCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHCCCCCCEECCCCCCCCCC CEEEEEECCCEEEECCC >ss_conf 9720124332454365782157753650102558737884474101231144640389999999631556774221012100011000001411126537 50754512001100059 >Consensus apixtqxxlxndslxxxxfksillgstxldiapxxavfxxdrplxidyxlgxgdvdravywhlxkxagxxxxpagxfxwgxwdxfnktftxgxxyysdeq prqillpxgtxxtrvds >c4rfuB_ APIMTQGSLYNDSLSTNDFKSILLGSTPLDIAPDGAVFQLDRPLSIDYSLGTGDVDRAVYWHLKKFAGNAGTPAGWFRWGIWDNFNKTFTDGVAYYSDEQ PRQILLPVGTVCTRVDS >UniRef50_Q88162(220-338:340) Coat protein n=276 Tax=Nodaviridae RepID=Q88162_SJNNV E=5e-52 s/c=1.71 id=68% cov=101% APITTQAPLHNDSINNgyTGFRSILLGSTQLDLAPANAVFVTDKPLPIDYNLGVGDVDRAVYWHLQKKAGDTQVPAGYFDWGLWDDFNKTFTVGAPYYSD QQPRQILLPAGTLFTRVDS >UniRef50_Q695P5(123-230:237) Coat protein (Fragment) n=8 Tax=Betanodavirus RepID=Q695P5_SJNNV E=2e-38 s/c=1.48 id=82% cov=86% APIMTQGSLYNDSLSTNDFKSILLGSTPLDIAPDGAIFQLDRPLSIDYSLGlemltvlSIGTSRSLLEMLAHLqAGFAGH---------LDNFNKTFTDG VAYYSDEQPRQILLPVG-------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1351 0 0 P 2 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1351 0 0 I 3 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1351 0 0 M 4 * * * * * * * * * * 688 * * * * * 1399 * * * 4 0 * * * * * * 1351 0 0 T 5 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 5 0 * * * * * * 1351 0 0 Q 6 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 6 0 * * * * * * 1351 0 0 G 7 1399 * * * * 688 * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1351 0 0 S 8 * * * * * * * * * * * * 1399 * * 688 * * * * 8 0 * * * * * * 1351 0 0 L 9 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1351 0 0 Y 10 * * * * * * 1399 * * * * * * * * * * * * 688 10 0 * * * * * * 1351 0 0 N 11 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1351 0 0 D 12 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1351 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 13 0 * * * * * * 1351 0 0 L 14 * * * * * * * 1399 * 688 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1351 0 0 S 15 * * * * * * * * * * * 1399 * * * 688 * * * * 15 0 * * * * * * 1351 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * 1399 * * * * 688 * * * 16 688 1399 * 1000 1000 * * 1351 1000 0 N 17 * * * * * * * * * * * 688 * * * * 1399 * * * 17 0 * * * * * * 1351 0 0 D 18 * * 688 * * 1399 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1351 0 0 F 19 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1351 0 0 K 20 * * * * * * * * 688 * * * * * 1399 * * * * * 20 0 * * * * * * 1351 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 21 0 * * * * * * 1351 0 0 I 22 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1351 0 0 L 23 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1351 0 0 L 24 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1351 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1351 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 26 0 * * * * * * 1351 0 0 T 27 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 27 0 * * * * * * 1351 0 0 P 28 * * * * * * * * * * * * 688 1399 * * * * * * 28 0 * * * * * * 1351 0 0 L 29 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1351 0 0 D 30 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1351 0 0 I 31 * * * * * * * 688 * 1399 * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1351 0 0 A 32 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1351 0 0 P 33 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1351 0 0 D 34 1399 * 688 * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1351 0 0 G 35 * * * * * 688 * * * * * 1399 * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1351 0 0 A 36 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1351 0 0 V 37 * * * * * * * 1720 * * * * * * * * * 522 * * 37 0 * * * * * * 1351 0 0 F 38 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1351 0 0 Q 39 * * * * * * * * * * * * * 688 * * * 1399 * * 39 0 * * * * * * 1351 0 0 L 40 * * * * * * * * * 688 * * * * * * 1399 * * * 40 0 * * * * * * 1351 0 0 D 41 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1351 0 0 R 42 * * * * * * * * 1399 * * * * * 688 * * * * * 42 0 * * * * * * 1351 0 0 P 43 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1351 0 0 L 44 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1351 0 0 S 45 * * * * * * * * * * * * 1399 * * 688 * * * * 45 0 * * * * * * 1351 0 0 I 46 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1351 0 0 D 47 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1351 0 0 Y 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 48 0 * * * * * * 1351 0 0 S 49 * * * * * * * * * * * 1399 * * * 688 * * * * 49 0 * * * * * * 1351 0 0 L 50 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1351 0 0 G 51 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 51 522 1720 * 2807 222 * * 1351 1000 0 T 52 * * * * * * * * * * * * * * * 1720 1656 1399 * * 52 0 * * * * * * 1351 0 0 G 53 * * * * * 522 * 1720 * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1351 0 0 D 54 * * 522 * * 1720 * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1351 0 0 V 55 * * * * * * * * * * * * * * * * 1720 522 * * 55 0 * * * * * * 1351 0 0 D 56 * * 522 * * * * * * * * * * * * 1720 * * * * 56 0 * * * * * * 1351 0 0 R 57 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 57 0 * * * * * * 1351 0 0 A 58 522 * * * * * * * * * * * * * * 1720 * * * * 58 0 * * * * * * 1351 0 0 V 59 * * * * * * * * * 1720 * * * * * * * 522 * * 59 0 * * * * * * 1351 0 0 Y 60 * * * * * * * * * 1720 * * * * * * * * * 522 60 0 * * * * * * 1351 0 0 W 61 * * * 1720 * * * * * * * * * * * * * * 522 * 61 0 * * * * * * 1351 0 0 H 62 * * * * * * 522 * * * 1720 * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1351 0 0 L 63 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1351 0 0 K 64 1720 * * * * * * * 1656 * * * * 1399 * * * * * * 64 0 * * * * * * 1351 0 0 K 65 * * * * * * 1720 * 522 * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1351 0 0 F 66 * * * * 1656 * * * 1399 1720 * * * * * * * * * * 66 522 1720 * 0 * * * 1351 1000 0 A 67 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1351 0 0 G 68 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1351 0 0 N 69 * * 1399 * 1720 * * * * * * 1656 * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1351 0 0 A 70 688 * * * * * * * * * * * * * * * 1399 * * * 70 0 * * * * * * 1351 0 0 G 71 * * * * * 688 * * * * * * * 1399 * * * * * * 71 0 * * * * * * 1351 0 0 T 72 * * * * * * 1720 * * * * * * * * * 1656 1399 * * 72 522 * 1720 * * * * 1351 0 0 P 73 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 73 0 * * * * * 0 1245 0 1000 A 74 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * 0 1245 0 1000 G 75 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * 0 1245 0 1000 W 76 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 76 0 * * * * * 0 1245 0 1000 F 77 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * 0 1245 0 1000 R 78 * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 78 0 * * * * * 0 1245 0 1000 W 79 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 79 0 * * * * * 0 1245 0 1000 G 80 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * 0 1245 0 1000 I 81 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 81 0 * * * * 0 * 1245 0 1000 W 82 * * * * * * * * * 1720 * * * * * * * * 522 * 82 0 * * * * * * 1351 0 0 D 83 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1351 0 0 N 84 * * 1399 * * * * * * * * 688 * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1351 0 0 F 85 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1351 0 0 N 86 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1351 0 0 K 87 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1351 0 0 T 88 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 88 0 * * * * * * 1351 0 0 F 89 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1351 0 0 T 90 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 90 0 * * * * * * 1351 0 0 D 91 * * 688 * * * * * * * * * * * * * * 1399 * * 91 0 * * * * * * 1351 0 0 G 92 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1351 0 0 V 93 1399 * * * * * * * * * * * * * * * * 688 * * 93 0 * * * * * * 1351 0 0 A 94 688 * * * * * * * * * * * 1399 * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1351 0 0 Y 95 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 95 0 * * * * * * 1351 0 0 Y 96 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 96 0 * * * * * * 1351 0 0 S 97 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 97 0 * * * * * * 1351 0 0 D 98 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1351 0 0 E 99 * * * 688 * * * * * * * * * 1399 * * * * * * 99 0 * * * * * * 1351 0 0 Q 100 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 100 0 * * * * * * 1351 0 0 P 101 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1351 0 0 R 102 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 102 0 * * * * * * 1351 0 0 Q 103 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 103 0 * * * * * * 1351 0 0 I 104 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1351 0 0 L 105 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1351 0 0 L 106 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1351 0 0 P 107 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1351 0 0 V 108 1399 * * * * * * * * * * * * * * * * 688 * * 108 0 * * * * * * 1351 0 0 G 109 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1351 0 0 T 110 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 110 0 * * * * * * 1245 0 0 V 111 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 111 0 * * * * * * 1245 0 0 C 112 * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1245 0 0 T 113 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 113 0 * * * * * * 1245 0 0 R 114 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 114 0 * * * * * * 1245 0 0 V 115 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 115 0 * * * * * * 1245 0 0 D 116 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1245 0 0 S 117 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 117 0 * * 0 * * * 1245 0 0 //