HHsearch 1.5 NAME c4p55A_ FAM FILE c4p55A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4p55A_.a3m DATE Sat Apr 18 08:12:35 2015 LENG 105 match states, 105 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.8 EVD 0.4148 0.1604 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHTCBTTCCEEETTTTEEEEECSSSCCCCCSSCBCHHHHHHHHHHHTTCCCCCTTCCHHHHHHHHHHHTTSEECCSCSEEEETTEEEE EEEEC >sa_dssp DEBACDBACEBBEDDDBCCBCCDCEEEDBABABBDDDEDEDDEEDDDBBDCACDCBDEDEDEECDEEDDBCBBABDCADECECADCDEEDDDDEEEBCBC BBBBE >ss_pred CHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCEEEECCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEECCHHHH HHCCC >ss_conf 9258998886554588663356514672775037875777895578999999999986289853212342568899986567764318803540710223 22039 >Consensus seWxtxfIIdALdsxkfpxvxWlDrxxxxFxaPaxxrxxxiPxgxxxfyxaFxeEcxrxglpxxxxxxtxxgxFGrllrtsrRarxxxxxxxxxxxxxxx xxxxx >c4p55A_ SEWLTDFIIDALDSGRFWGVGWLDEQKRIFTVPGRNRRERXPEGFDDFYEAFLEERRRHGLPEIPETETGLGCFGRLLRTANRARQERPFTIYKGKXKLN RWIXT >UniRef50_D0UZS2(7-91:911) K10 n=5 Tax=root RepID=D0UZS2_HHV8 E=1e-34 s/c=1.73 id=39% cov=81% SEWATLWIIDALENNKFPYFSWFDRNNLLFAAPAPlPAGSDIPPGWYSVYHAFDEECDRVYGPSPVVGQTVYGRFGRLLRGTRRA--------------- ------ >UniRef50_Q99AM3(8-90:567) B-cell specific latent nuclear protein n=6 Tax=root RepID=Q99AM3_HHV8 E=3e-05 s/c=0.60 id=30% cov=80% --WISEFIVGALDSDKYPLVKWLDRSTGTFLAPAA-RNDVIPLDSLQFFIDFKRECLSKGLHPRDLLGSPITAFGKICTTSRRLRR-------------- ----- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1511 0 0 E 2 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1511 0 0 W 3 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 3 0 * * * * * * 2018 0 0 L 4 1585 * * * * * * 1520 * 1652 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 2018 0 0 T 5 * * * * * * * * * * * * * * * 1520 618 * * * 5 0 * * * * * * 2018 0 0 D 6 * * 1652 1520 * * * * * 1585 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 2018 0 0 F 7 * * * * 585 * * * * * * * * * * * * * 1585 * 7 0 * * * * * * 2018 0 0 I 8 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 2018 0 0 I 9 * * * * * * * 618 * * * * * * * * * 1520 * * 9 0 * * * * * * 2018 0 0 D 10 * * 618 * * 1520 * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 2018 0 0 A 11 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 2018 0 0 L 12 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 2018 0 0 D 13 * * 585 1585 * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 2018 0 0 S 14 * * * * * * * * * * * 1585 * * * 585 * * * * 14 0 * * * * * * 2018 0 0 G 15 * * 1520 * * 1652 * * * * * 1585 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 2018 0 0 R 16 * * * * * * * * 552 * * * * * 1652 * * * * * 16 0 * * * * * * 2018 0 0 F 17 * * * * 618 * * * * * * * * * * * * * * 1520 17 0 * * * * * * 2018 0 0 W 18 * * * * * * * * * * * * 552 * * * * * 1652 * 18 0 * * * * * * 2018 0 0 G 19 * * * * * 1652 * * * 1520 * * * * * * * * * 1585 19 0 * * * * * * 2018 0 0 V 20 * * * * 1585 * * * * * * * * * * * * 585 * * 20 0 * * * * * * 2018 0 0 G 21 * * * * * 1652 * * 1520 * * * * * * 1585 * * * * 21 0 * * * * * * 2018 0 0 W 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 22 0 * * * * * * 2018 0 0 L 23 * * * * 1585 * * * * 585 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 2018 0 0 D 24 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 2018 0 0 E 25 * * * 1652 * * * * * * * * * * 552 * * * * * 25 0 * * * * * * 2018 0 0 Q 26 * * * * * * * * * * * 1585 * 1652 * 1520 * * * * 26 0 * * * * * * 2018 0 0 K 27 * * * * * * * * 1652 * * 1585 * * * * 1520 * * * 27 0 * * * * * * 2018 0 0 R 28 * * * * * 1520 * * * 1585 * * * * 1652 * * * * * 28 0 * * * * * * 2018 0 0 I 29 * * * * * * * 1652 * 1585 * * * * * * 1520 * * * 29 0 * * * * * * 2018 0 0 F 30 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 2018 0 0 T 31 1585 * * * * * * * * 1520 * * * * * * 1652 * * * 31 0 * * * * * * 2018 0 0 V 32 552 * * * * * * * * * * * * * * * * 1652 * * 32 0 * * * * * * 2018 0 0 P 33 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 33 0 * * * * * * 2018 0 0 G 34 552 * * * * 1652 * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 2018 0 0 R 35 1520 * * * * * * * * * * * 1585 * 1652 * * * * * 35 1652 1585 1520 0 * * * 2018 1000 0 N 36 * * * * * * * * * * * 1017 983 * * * * * * * 36 0 * * * * 0 * 1511 0 1000 R 37 1585 * * * * * * * * * * * * * 585 * * * * * 37 0 * * * * * * 2018 0 0 R 38 * * * * * 1585 * * * * * 1520 * * 1652 * * * * * 38 0 * * * * * * 2018 0 0 E 39 * * 1520 1652 * * * * * * * * * * * 1585 * * * * 39 0 * * * * * * 2018 0 0 R 40 * * 1585 * * * * * * * * * * * 1652 * * 1520 * * 40 0 * * * * * * 2018 0 0 X 41 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1647 0 0 P 42 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 42 0 * * * * * * 2018 0 0 E 43 * * * 1652 * * * * * 1520 * * 1585 * * * * * * * 43 0 * * * * * * 2018 0 0 G 44 * * 1520 * * 618 * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 2018 0 0 F 45 * * * * 1652 * * * * * * * * * * 1520 * * 1585 * 45 0 * * * * * * 2018 0 0 D 46 * * 1652 * * * * * * 1520 * * * * * * * * * 1585 46 0 * * * * * * 2018 0 0 D 47 * * 1652 * * * * * * * * * * 1520 * 1585 * * * * 47 0 * * * * * * 2018 0 0 F 48 * * * * 585 * * * * * * * * * * * * 1585 * * 48 0 * * * * * * 2018 0 0 Y 49 * * * * 1520 * * * * * * * * * * * * * * 618 49 0 * * * * * * 2018 0 0 E 50 * * * 1652 * * 1585 1520 * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 2018 0 0 A 51 618 * 1520 * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 2018 0 0 F 52 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 2018 0 0 L 53 * * 1585 * * * * * 1520 1652 * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 2018 0 0 E 54 * * * 618 * * * * * * * * * * 1520 * * * * * 54 0 * * * * * * 2018 0 0 E 55 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 2018 0 0 R 56 * 552 * * * * * * * * * * * * 1652 * * * * * 56 0 * * * * * * 2018 0 0 R 57 * * 1585 * * * * * * 1520 * * * * 1652 * * * * * 57 0 * * * * * * 2018 0 0 R 58 * * * * * * * * * * * * * * 618 1520 * * * * 58 0 * * * * * * 2018 0 0 H 59 * * * * * * 1652 * 1520 * * * * * * * * 1585 * * 59 0 * * * * * * 2018 0 0 G 60 * * * * * 585 * * * * * * * * * * * * * 1585 60 0 * * * * * * 2018 0 0 L 61 * * * * * 1585 * * * 585 * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 2018 0 0 P 62 * * * * * * 1520 * * * * * 618 * * * * * * * 62 0 * * * * * * 2018 0 0 E 63 * * * 1652 * * * * * * * * 1520 * * 1585 * * * * 63 0 * * * * * * 2018 0 0 I 64 * * * * * * * 1652 * * * * 1585 * 1520 * * * * * 64 0 * * * * * * 2018 0 0 P 65 * * 1520 * * * * * * * * * 1652 * * * * 1585 * * 65 0 * * * * * * 2018 0 0 E 66 * * * 1652 * * * * * 1520 * * * * * * * 1585 * * 66 0 * * * * * * 2018 0 0 T 67 * * * * * 1585 * * * 1520 * * * * * * 1652 * * * 67 0 * * * * * * 2018 0 0 E 68 * * * 1652 * 1520 * * * * * * * 1585 * * * * * * 68 0 * * * * * * 2018 0 0 T 69 * * * * * * * * * * * * * * * 1520 618 * * * 69 0 * * * * * * 2018 0 0 G 70 * * * * * 1652 * * * * * * 1520 * * * * 1585 * * 70 0 * * * * * * 2018 0 0 L 71 * * * * * * * 1520 * 1652 * * * * * * * * * 1585 71 0 * * * * * * 2018 0 0 G 72 * * * * * 618 * * * * * * * * * * 1520 * * * 72 0 * * * * * * 2018 0 0 C 73 1520 1652 * * * * * * * * * * * * 1585 * * * * * 73 0 * * * * * * 2018 0 0 F 74 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 2018 0 0 G 75 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 2018 0 0 R 76 * * * * * * * * 1520 * * * * * 618 * * * * * 76 0 * * * * * * 2018 0 0 L 77 * * * * * * * 1520 * 618 * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 2018 0 0 L 78 * 1520 * * * * * * * 618 * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 2018 0 0 R 79 * * * * * * * * * * * * * * 618 * 1520 * * * 79 0 * * * * * * 2018 0 0 T 80 * * * * * 1585 * * * * * * * * * * 585 * * * 80 0 * * * * * * 2018 0 0 A 81 1652 * * * * * * * * * * * * * * 1520 1585 * * * 81 0 * * * * * * 2018 0 0 N 82 * * * * * * * * * * * 1652 * * 552 * * * * * 82 0 * * * * * * 2018 0 0 R 83 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 83 0 * * * * * * 2018 0 0 A 84 618 * * * * * * * * 1520 * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 2018 0 0 R 85 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 85 0 * * * * * * 1601 0 0 Q 86 * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * 86 0 * * * * * * 1601 0 0 E 87 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 R 88 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 P 89 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 F 90 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 T 91 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 I 92 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 93 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 93 0 * * * * * * 1000 0 0 K 94 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 G 95 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 K 96 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 X 97 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 97 * * * * * * * 1000 0 0 K 98 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 L 99 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 N 100 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 R 101 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 W 102 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 I 103 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 X 104 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 104 * * * * * * * 1000 0 0 T 105 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 105 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //