HHsearch 1.5 NAME c4mkqA_ FAM FILE c4mkqA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4mkqA_.a3m DATE Sat Mar 14 08:17:09 2015 LENG 169 match states, 169 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 2.0 EVD 0.3905 -1.8903 SEQ >ss_dssp CTHHHHSCEECSHHHHHHHHSCSSSCCSEEEECCCCEEEEEEETTEEEEEEEEEEEEEEEEEEEECSSSCEEEEEEEEEEEEEETTTTTTCTTSSSSEEE EEETTEEEEEEEEEEEEEEEEEEETTTCCCCCCHHHHHHHHTTTTEETTTTEESCCCCGGGGGCGGGBC >sa_dssp EEEAEEBDEDEDEEDBBECACCEDDBCCAABBDCEBCBBECEBEEDDBBABBBCAAABADDCEEDEDEDDDBCACAABACABAABDABEEBDEDDECCCD CEDEEDCAABBBCDDDCEEECEACDEDCCECCDDDCABDBAADECBDBDDCDEDBDBDDDADECEECDE >ss_pred CCCCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEEEEEEEECCCCCCCEEECHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCEECCEE EEECCCCCEEEEEEECCCEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEECHHHCCHHHCC >ss_conf 9741226112552333101105543567611200254400231686532021218998766531047833899999887764111133101340200010 000055544775321000366642777746767899999998864157877665033013214822059 >Consensus xxxxdxyPxkxGsfxIexYLlxxdxxhxGCWvdgxTvYGdxxxgxxxwxtyTRPVFAYlqyVeTvsGsgtxvxYQvxlVYAHxxtsagxqxaxxfxyxkx xxxgxrxdixxLSsvxxdxxvxvxxsxxxkplxwxqvxxxvlfnxxxxaxgxxxwsFdxsaxxxxxxxy >c4mkqA_ SGRFDQYPTKKGDFAIDGYLLDYSSPKQGCWVDGITVYGDIYIGKQNWGTYTRPVFAYLQYVETISGSGTFVIYQVVLVYAHNATSAGRQNANAFAYSKT QAVGSRVDLYYLSAITQRKRVIVPSSNAVTPLDWDTVQRNVLMENYNPGSNSGHFSFDWSAYNDPHRRY >UniRef50_A5VZB5(15-242:242) Putative uncharacterized protein n=1 Tax=Pseudomonas putida F1 RepID=A5VZB5_PSEP1 E=3e-58 s/c=0.99 id=43% cov=92% -----RYPLKRGSFEIEQYLIG-DQLHAGCWVDADTTYGDVRCGNYDWATYTRPVFAYLQHVatirsnvqteherevvvcegfsksfsqgvefkvgfsad fgpananaeltamfsvsETVSGSestkrslrvkgdGTIMVYQVHMVYAHHMTSAGVL-AGYVPYTKSSDIFNddgrlvRQDITMLSSVVCDQLVPVRNEK SIKPLTWSQVNQAVLFNQFEKAPGARRWTFDFSVF------- >UniRef50_A5VZB4(10-239:239) Putative uncharacterized protein n=1 Tax=Pseudomonas putida F1 RepID=A5VZB4_PSEP1 E=2e-55 s/c=0.94 id=27% cov=98% ----DAFPVLNGSYLIERYLLSTDEFHPGCWIEGETVYGGFGFPSGKKKVLTRPVFAYFDYVGTyktlsagdceidlsrasghevwfahdaegfsapsgi glvsvksdllsgcsaeewrplssvghtvrVAGAECYVAYQLKLVYAHWVKQGDAQCSELFKVQPVRVQGDNKGVFFLSSVATDLMWVGHGSDNTKAPISR QALYHLIFNLAYGAAGDAGWSFNDQAASNRFLQY # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 G 2 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 R 3 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 F 4 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 D 5 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1662 0 0 Q 6 1472 * * * * * * * * * * * * 1620 1670 * * * * * 6 0 * * * * * * 2007 0 0 Y 7 * * * * 1472 * * * * * * * * * * * * * * 645 7 0 * * * * * * 2007 0 0 P 8 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 8 0 * * * * * * 2007 0 0 T 9 * * * * * * * * * 1670 * * * * * * 1620 1472 * * 9 0 * * * * * * 2007 0 0 K 10 * * * * * * * * 645 1472 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 2007 0 0 K 11 * * * * * * * * 1620 * * 1472 * * 1670 * * * * * 11 0 * * * * * * 2007 0 0 G 12 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 2007 0 0 D 13 * * 1620 * * * * * * * * * * * * 568 * * * * 13 0 * * * * * * 2007 0 0 F 14 * * * * 645 * * * * * * * * * * * * * * 1472 14 0 * * * * * * 2007 0 0 A 15 1620 * * 1670 * * * * * 1472 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 2007 0 0 I 16 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 2007 0 0 D 17 * * 1620 568 * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 2007 0 0 G 18 * * * * * 1620 * * * * * * * 1670 1472 * * * * * 18 0 * * * * * * 2007 0 0 Y 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 19 0 * * * * * * 2007 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 2007 0 0 L 21 * * * * * * * 1670 * 544 * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 2007 0 0 D 22 * * 1620 * * 1670 * * * * * * * * * 1472 * * * * 22 544 * 1670 * * * * 2007 0 0 Y 23 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 23 0 * * * * 0 * 1662 0 1000 S 24 * * 568 * * * * * * * * * * * * 1620 * * * * 24 0 * * * * * * 2007 0 0 S 25 * * * 1472 * * * * * * * * * 1670 * 1620 * * * * 25 0 * * * * * * 2007 0 0 P 26 * * * * 1472 * * * * 1670 * * 1620 * * * * * * * 26 0 * * * * * * 2007 0 0 K 27 * * * * * * 568 * 1620 * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 2007 0 0 Q 28 1670 * * * * * * * * * * * 1472 1620 * * * * * * 28 0 * * * * * * 2007 0 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 2007 0 0 C 30 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 2007 0 0 W 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 31 0 * * * * * * 2007 0 0 V 32 * * * * * * * 1472 * * * * * * * * * 645 * * 32 0 * * * * * * 2007 0 0 D 33 * * 645 1472 * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 2007 0 0 G 34 1670 * * * * 544 * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 2007 0 0 I 35 * * 1670 1472 * * * 1620 * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 2007 0 0 T 36 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 36 0 * * * * * * 2007 0 0 V 37 * * * * * * * * * * * * * * * * 1670 544 * * 37 0 * * * * * * 2007 0 0 Y 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 38 0 * * * * * * 2007 0 0 G 39 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 2007 0 0 D 40 * * 645 * * 1472 * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 2007 0 0 I 41 * * * * 1472 * * 1620 * * * * * * * * * 1670 * * 41 0 * * * * * * 2007 0 0 Y 42 * * * * * 1472 * * * * * * * * 1670 * * * * 1620 42 0 * * * * * * 2007 0 0 I 43 * 1670 * * 1472 * * 1620 * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 2007 0 0 G 44 * * * * * 645 * * * * * * 1472 * * * * * * * 44 0 * * * * * * 2007 0 0 K 45 * * * * * * * * 1620 * * 1670 * * * 1472 * * * * 45 0 * * * * * * 2007 0 0 Q 46 * * * * * 1472 * * * * * * * 1620 * * * * * 1670 46 0 * * * * * * 2007 0 0 N 47 * * 1670 * * * * * 1472 * * 1620 * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 2007 0 0 W 48 * * * * * * * * 1472 * * * * * * * * * 645 * 48 0 * * * * * * 2007 0 0 G 49 1670 * * * * 1620 * * 1472 * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 2007 0 0 T 50 * * * * * * * * * * * * * * * * 645 1472 * * 50 0 * * * * * * 2007 0 0 Y 51 * * * * * * * * * 1472 * * * * * * * * * 645 51 0 * * * * * * 2007 0 0 T 52 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 52 0 * * * * * * 2007 0 0 R 53 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 53 0 * * * * * * 2007 0 0 P 54 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 54 0 * * * * * * 2007 0 0 V 55 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 55 0 * * * * * * 2007 0 0 F 56 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 2007 0 0 A 57 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 2007 0 0 Y 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 58 0 * * * * * * 2007 0 0 L 59 * * * * 1472 * * * * 645 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 2007 0 0 Q 60 * * 1472 * * * * * * * * * * 645 * * * * * * 60 0 * * * * * * 2007 0 0 Y 61 * * * * * * 1670 * * * * * * * * * * * * 544 61 0 * * * * * * 2007 0 0 V 62 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 62 544 1670 * 5781 26 * * 2007 1000 0 E 63 * * * 645 * 1472 * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 2007 0 0 T 64 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 64 645 1472 * 6022 22 * * 2007 1000 0 I 65 * * * * * * * 1620 * * * * * * * * * 568 * * 65 0 * * * * * * 2007 0 0 S 66 1472 * * * * * * * * * * * * * * 645 * * * * 66 0 * * * * * * 2007 0 0 G 67 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 2007 0 0 S 68 1472 * * * * * * * * * * * * * * 645 * * * * 68 544 1670 * 3585 126 * * 2007 1000 0 G 69 * * * 1472 * 645 * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 2007 0 0 T 70 * 1472 * * * * * * * * * * * * * * 645 * * * 70 0 * * * * * * 2007 0 0 F 71 * * * * 1620 * * 1670 * * * * * * * * * * * 1472 71 0 * * * * * * 2007 0 0 V 72 * * * * * * * * * * 1670 * * * * * * 544 * * 72 0 * * * * * * 2007 0 0 I 73 1472 * * * * * * 1620 * * * * * * * * * 1670 * * 73 0 * * * * * * 2007 0 0 Y 74 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 74 0 * * * * * * 2007 0 0 Q 75 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 75 0 * * * * * * 2007 0 0 V 76 * * * * * * * * * 1472 * * * * * * * 645 * * 76 0 * * * * * * 2007 0 0 V 77 * * * * * * 1670 * 1472 * * * * * * * * 1620 * * 77 0 * * * * * * 2007 0 0 L 78 * * * * * * * * * 544 1670 * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 2007 0 0 V 79 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 79 0 * * * * * * 2007 0 0 Y 80 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 80 0 * * * * * * 2007 0 0 A 81 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 2007 0 0 H 82 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 2007 0 0 N 83 * * * * * * 1670 * * * * 1620 * * * * * * 1472 * 83 0 * * * * * * 2007 0 0 A 84 1620 * * * * * * * * * 1670 * * * * * * 1472 * * 84 0 * * * * * * 2007 0 0 T 85 * * * * * * * * 1472 * * * * * * * 645 * * * 85 0 * * * * * * 2007 0 0 S 86 * * * * * * * * * * * * * 1472 * 645 * * * * 86 0 * * * * * * 2007 0 0 A 87 645 * * * * 1472 * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 2007 0 0 G 88 * * 1472 * * 645 * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 2007 0 0 R 89 1472 * * * * * * * * * * * * * 1620 * * 1670 * * 89 0 * * * * * * 2007 0 0 Q 90 * * * * * * * * * 1670 * * * 544 * * * * * * 90 544 * 1670 * * * * 2007 0 0 N 91 * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 91 0 * * * * 0 * 1662 0 1000 A 92 645 * * * * * * * * * * * * * * 1472 * * * * 92 0 * * * * * * 2007 0 0 N 93 * * * 1472 * 1670 * * * * * 1620 * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 2007 0 0 A 94 1620 * * * * * * * * 1472 * * * * * * * * * 1670 94 0 * * * * * * 2007 0 0 F 95 * * * * 544 * * * * * * * * * * * * 1670 * * 95 0 * * * * * * 2007 0 0 A 96 1620 * * * * * * * 1472 * * * 1670 * * * * * * * 96 0 * * * * * * 2007 0 0 Y 97 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1472 * 645 97 0 * * * * * * 2007 0 0 S 98 * * * * * * * * * * * * * 1472 * 1620 1670 * * * 98 0 * * * * * * 2007 0 0 K 99 * * * * * * * * 645 * * * 1472 * * * * * * * 99 0 * * * * * * 2007 0 0 T 100 * * * * * * * * * * * * * * * 1670 1620 1472 * * 100 0 * * * * * * 2007 0 0 Q 101 * * * * * * * * * * * * * 1620 1472 1670 * * * * 101 0 * * * * * * 2007 0 0 A 102 1620 * 1670 * * * * * * * * * * * * * * 1472 * * 102 0 * * * * * * 2007 0 0 V 103 * * * * * * * 1670 * * * * * 1472 * * * 1620 * * 103 0 * * * * * * 2007 0 0 G 104 * * * * 1670 544 * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 2007 0 0 S 105 * * 1472 * * * * * * * * 1670 * * * 1620 * * * * 105 544 1670 * 2585 263 * * 2007 1000 0 R 106 * * * * * * * * * * * 1472 * * 645 * * * * * 106 0 * * * * * * 2007 0 0 V 107 * * * * * * * * 1472 * * * * 1670 * * * 1620 * * 107 0 * * * * * * 2007 0 0 D 108 * * 645 * * 1472 * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 2007 0 0 L 109 * * * * * * * 1670 * 1620 * * * * * * * 1472 * * 109 0 * * * * * * 2007 0 0 Y 110 * * * * 1472 * * * * * * * * * * * 1670 * * 1620 110 0 * * * * * * 2007 0 0 Y 111 * * * * 1472 * * * * * 1670 * * * * * * * * 1620 111 0 * * * * * * 2007 0 0 L 112 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 2007 0 0 S 113 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 113 0 * * * * * * 2007 0 0 A 114 1620 * * * * * * * * * * * * * * 568 * * * * 114 0 * * * * * * 2007 0 0 I 115 * * * * * * * 1620 * * * * * * * * * 568 * * 115 0 * * * * * * 2007 0 0 T 116 1472 * * * * * * * * * * * * * * * 1620 1670 * * 116 0 * * * * * * 2007 0 0 Q 117 * 1670 * * * * * * * * * * * 1620 * * 1472 * * * 117 0 * * * * * * 2007 0 0 R 118 * * 568 * * * * * * * * * * * 1620 * * * * * 118 0 * * * * * * 2007 0 0 K 119 * * * * * * * * 1620 1472 * * * 1670 * * * * * * 119 0 * * * * * * 2007 0 0 R 120 * * * * * * * * * 1670 1472 * * * 1620 * * * * * 120 0 * * * * * * 2007 0 0 V 121 * * * * * * * * * * * * * * * * * 645 1472 * 121 0 * * * * * * 2007 0 0 I 122 * * * * * * * 1620 * * * * 1670 * * * * 1472 * * 122 0 * * * * * * 2007 0 0 V 123 * * * * * 1472 * * * * * * * * * * * 645 * * 123 0 * * * * * * 2007 0 0 P 124 * * * * * * 1472 * * * * * 1620 * 1670 * * * * * 124 0 * * * * * * 2007 0 0 S 125 * * * * * 1472 * * * * * 1670 * * * 1620 * * * * 125 0 * * * * * * 2007 0 0 S 126 * * * 1670 * * * * * * * * * * * 544 * * * * 126 0 * * * * * * 2007 0 0 N 127 * * 1472 * * * * * 1670 * * 1620 * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 2007 0 0 A 128 1620 * * * * * * * * * * 1472 * * * 1670 * * * * 128 0 * * * * * * 2007 0 0 V 129 * * * * * * * 1670 * * * * * * * * 1472 1620 * * 129 0 * * * * * * 2007 0 0 T 130 * * * * * * * * 568 * * * * * * * 1620 * * * 130 0 * * * * * * 2007 0 0 P 131 1472 * * * * * * * * * * * 645 * * * * * * * 131 0 * * * * * * 2007 0 0 L 132 * * * * * * * * * 645 * * 1472 * * * * * * * 132 0 * * * * * * 2007 0 0 D 133 * * 1620 * * * * 1472 * * * * * * * * 1670 * * * 133 0 * * * * * * 2007 0 0 W 134 * * * * * * * * * * * * * * * 1472 * * 645 * 134 0 * * * * * * 2007 0 0 D 135 * * 1620 * * * * * * * * * * * 1472 1670 * * * * 135 0 * * * * * * 2007 0 0 T 136 * * * * * * * * * * * * * 568 * * 1620 * * * 136 0 * * * * * * 2007 0 0 V 137 1472 * * * * * * * * * * * * * * * * 645 * * 137 0 * * * * * * 2007 0 0 Q 138 * * * * * * * * * 1472 * 1670 * 1620 * * * * * * 138 0 * * * * * * 2007 0 0 R 139 * * * * * * * * * * * * * 1670 1620 * * * * 1472 139 0 * * * * * * 2007 0 0 N 140 1670 * * * * * 1472 * * * * 1620 * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 2007 0 0 V 141 * * * * * * * * * 1472 * * * * * * * 645 * * 141 0 * * * * * * 2007 0 0 L 142 * * * * * * * 1472 * 645 * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 2007 0 0 M 143 * * * * 568 * * * * * 1620 * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 2007 0 0 E 144 * * * 1620 * * * * * * * 568 * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 2007 0 0 N 145 * * * * * * * * * 1472 * 1620 * 1670 * * * * * * 145 0 * * * * * * 2007 0 0 Y 146 1472 * * * 1670 * * * * * * * * * * * * * * 1620 146 0 * * * * * * 2007 0 0 N 147 * * * 1670 * * * * * * * 1620 * * * * * * * 1472 147 0 * * * * * * 2007 0 0 P 148 * * * * * 1472 * * 1670 * * * 1620 * * * * * * * 148 0 * * * * * * 2007 0 0 G 149 568 * * * * 1620 * * * * * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 2007 0 0 S 150 1472 * * * * * * * * * * * 1670 * * 1620 * * * * 150 0 * * * * * * 2007 0 0 N 151 * * * * * 568 * * * * * 1620 * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 2007 0 0 S 152 1670 * 1472 * * * * * * * * * * * * 1620 * * * * 152 0 * * * * * * 2007 0 0 G 153 1472 * * * * 1620 * * * * * * * * 1670 * * * * * 153 0 * * * * * * 2007 0 0 H 154 * * * * * 1472 1620 * * * * * * * 1670 * * * * * 154 0 * * * * * * 2007 0 0 F 155 * * * * 1620 * * * * * * * * * * * * * 568 * 155 0 * * * * * * 2007 0 0 S 156 * * * * * * * * * * * * * * * 544 1670 * * * 156 0 * * * * * * 2007 0 0 F 157 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 2007 0 0 D 158 * * 645 * * * * * * * * 1472 * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 2007 0 0 W 159 * * 1472 * 1670 * * * * * * * * * * * * * 1620 * 159 0 * * * * * * 2007 0 0 S 160 * * * * * * * * * * * * * 1472 * 645 * * * * 160 0 * * * * * * 2007 0 0 A 161 544 * * * * * * * * * * * * * * * * 1670 * * 161 0 * * * * * * 2007 0 0 Y 162 1472 * * * 1670 * * * * * * * * * * * * * * 1620 162 0 * * * * * * 2007 0 0 N 163 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 163 0 * * * * * * 1662 0 0 D 164 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 164 0 * * * * * * 1662 0 0 P 165 * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * 165 0 * * * * * * 1662 0 0 H 166 * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * 166 0 * * * * * * 1662 0 0 R 167 * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * 167 0 * * * * * * 1662 0 0 R 168 * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * 168 0 * * * * * * 1662 0 0 Y 169 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 169 0 * * 0 * * * 1662 0 0 //