HHsearch 1.5 NAME c4mi7A_ FAM FILE c4mi7A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4mi7A_.a3m DATE Sat Feb 15 08:15:07 2014 LENG 124 match states, 124 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.3568 -3.1544 SEQ >ss_dssp CBCHHHHHHHHHHHTCEECCCCHHHHHHHHHHTTCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHTCSEEEEEECCCCEEEEEEEEEETTTTEEEEEECCCSCEEEEHHH HHHHHHHHHCCTTCEEEECGGGCC >sa_dssp ECDDDEADDDBEECECCDBDECECBDDACDBADEDECDEEACEDACDAADDACEDBBCABAACDDEDDBDCBCADCCDDDEDDACADDEDEECEDBCADD AADCACEBCDEEBBAABCCEEEDE >ss_pred CCEEEEHHHHHHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCEEEEEEECCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCC EEEEEEEEEEEEEEEEEECCCCCC >ss_conf 9502237888854073227403466659998867863112333477663231104685799803443001012340032112899973799831002531 012467877300445542240178 >Consensus gidiiecenllkemnvqkipesslftnikealqaevfnstveddfesfisyelqnhgplmlirpsseclhaecivgydsevkkvliydsntspewqsnid vydkltlafncsicglyydgvyep >c4mi7A_ GIDIIECENLLKEMNVQKIPESSLFTNIKEALQAEVFNSTVEDDFESFISYELQNHGPLMLIRPSSECLHAECIVGYDSEVKKVLIYDSNTSPEWQSNID VYDKLTLAFNCSICGLYYDGVYEP # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 I 2 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 D 3 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 I 4 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 I 5 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 E 6 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 C 7 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 E 8 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 N 9 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 L 11 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 K 12 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 E 13 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 M 14 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 N 15 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 V 16 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 17 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 K 18 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 I 19 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 P 20 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 E 21 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 S 22 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 S 23 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 L 24 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 F 25 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 T 26 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 N 27 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 I 28 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 K 29 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 E 30 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 A 31 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 L 32 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 33 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 A 34 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 E 35 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 V 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 F 37 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 N 38 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 T 40 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 V 41 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 D 43 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 D 44 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 F 45 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 E 46 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 S 47 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 F 48 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 I 49 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 S 50 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 51 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 51 0 * * * * * * 1000 0 0 E 52 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 L 53 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 54 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 N 55 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 H 56 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 G 57 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 P 58 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 L 59 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 M 60 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 L 61 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 I 62 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 R 63 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 P 64 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 S 65 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 S 66 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 E 67 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 C 68 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 L 69 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 H 70 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 A 71 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 E 72 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 C 73 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 I 74 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 V 75 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 G 76 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 77 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 77 0 * * * * * * 1000 0 0 D 78 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 S 79 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 E 80 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 V 81 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 K 82 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 K 83 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 V 84 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 L 85 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 I 86 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 87 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 87 0 * * * * * * 1000 0 0 D 88 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 S 89 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 N 90 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 T 91 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 S 92 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 P 93 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 E 94 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 W 95 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 96 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 S 97 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 N 98 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 I 99 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 D 100 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 V 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 102 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 102 0 * * * * * * 1000 0 0 D 103 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 K 104 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 L 105 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 T 106 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 L 107 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 A 108 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 F 109 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 N 110 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 C 111 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 S 112 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 I 113 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 C 114 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 G 115 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 L 116 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 117 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 117 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 118 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 118 0 * * * * * * 1000 0 0 D 119 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 G 120 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 V 121 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 122 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 122 0 * * * * * * 1000 0 0 E 123 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 P 124 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 124 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //