HHsearch 1.5 NAME c4m8aA_ FAM FILE c4m8aA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4m8aA_.a3m DATE Sat Sep 20 10:31:55 2014 LENG 67 match states, 67 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4132 0.6587 SEQ >ss_dssp CBCCHHHHHHHHHCTTCCEEEEEECTTSEEEEEETTSCEEEEECGGGTTCHHHHHHHHHTTCEEEEC >sa_dssp EEBDCECACECADDEECCBDDACBCEEACADACBEEEDDCCAEADEACECDEBDEDAEEDEBECDEE >ss_pred CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCC >ss_conf 9550889999976547566644200387799993188189732772026889999997422102379 >Consensus sklsytsfvqmvedersvvsevvirddgvlrvytkdgrvyevdapwavndsqlieklvskgikvsge >c4m8aA_ SKLSYTSFVQMVEDERSVVSEVVIRDDGVLRVYTKDGRVYEVDAPWAVNDSQLIEKLVSKGIKVSGE # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 K 2 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 S 4 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 5 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 5 0 * * * * * * 1000 0 0 T 6 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 S 7 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 F 8 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 V 9 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 10 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 M 11 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 V 12 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 E 13 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 D 14 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 E 15 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 R 16 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 S 17 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 V 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 V 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 S 20 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 E 21 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 V 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 V 23 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 I 24 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 R 25 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 D 26 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 D 27 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 G 28 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 V 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 L 30 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 R 31 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 V 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 33 0 * * * * * * 1000 0 0 T 34 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 K 35 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 D 36 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 G 37 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 R 38 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 V 39 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 40 0 * * * * * * 1000 0 0 E 41 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 V 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 D 43 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 A 44 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 P 45 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 W 46 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 A 47 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 V 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 N 49 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 D 50 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 S 51 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 52 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 L 53 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 I 54 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 E 55 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 K 56 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 L 57 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 V 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 S 59 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 K 60 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 G 61 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 I 62 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 K 63 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 V 64 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 S 65 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 G 66 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 E 67 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //