HHsearch 1.5 NAME c4luqD_ FAM FILE c4luqD_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4luqD_.a3m DATE Sat Sep 21 08:26:29 2013 LENG 126 match states, 126 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.4053 -0.9122 SEQ >ss_dssp CGGGEEEEEECTTSEEEEEETTEEEEECSSEEEEEESSCCSSCCEEEEEEESSCCCTTCEEEEETTEEEEEEEEEEEEETTEEEEEEEEEEEETTEEEEE EEEEEESSSCCCCHHHHHHHHHCEEC >sa_dssp EEEDBDDECEBECCABABCADEBEDEECEDABCACCCEEEEDDCDACACCCEDEBDEECDDDEBEEDDADCDCDEEEDDECBCDBDACAACECEEDCABA CBCCCCEEDEBEBDCBBCAADCADCE >ss_pred CCCCCHHHCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCEEEECCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHCCCCEEEEEEEECCCCCCCCEEEEEEECCCCCEEEEE EECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCC >ss_conf 9555101012798448862035532112553787353442661788961467898335655530464024775302688876215899821358718999 73231225882189999987641169 >Consensus xxxxxxxxiTxPxGLxVxxPxGFxAxxxxExxxxxxxGxxRxxxxixxxxxxxxxxxxLxxRRLGxxxARYrxxxxxxGSxGxExxLxAxxxxGxxxIxx xASxQxxDGEPxFxxAWaxLxxARxx >c4luqD_ SHMDFDKTLTHPNGLVVERPVGFDARRSAEGFRFDEGGKLRNPRQLEVQRQDAPPPPDLASRRLGDGEARYKVEEDDGGSAGSEYRLWAAKPAGARWIVV SASEQSEDGEPTFALAWALLERARLQ >UniRef50_A9VWC7(44-165:170) Putative uncharacterized protein n=4 Tax=Methylobacterium extorquens group RepID=A9VWC7_METEP E=0.0005 s/c=0.38 id=35% cov=93% --------ITAPGGcrLTVDIPKGFSAQSYGESIILRPIGQegRRSVFEIKLTPGHGRDATALTERRpLGATIARYRMTHETEGSGGEETTLIAEVQRGG GVIRLEASAQRDDGaEPDFKAAWSALATAR-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 H 2 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 M 3 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 D 4 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 F 5 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 D 6 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 K 7 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 T 8 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 L 9 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1565 0 0 T 10 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 10 0 * * * * * * 1565 0 0 H 11 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1565 0 0 P 12 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1565 0 0 N 13 * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1565 0 0 G 14 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 14 1000 1000 * 1000 1000 * * 1565 1000 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1565 0 0 V 16 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 16 0 * * * * * * 1565 0 0 V 17 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 17 0 * * * * * * 1565 0 0 E 18 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1565 0 0 R 19 * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * 19 0 * * * * * * 1565 0 0 P 20 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1565 0 0 V 21 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * 21 0 * * * * * * 1565 0 0 G 22 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1565 0 0 F 23 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1565 0 0 D 24 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 24 0 * * * * * * 1565 0 0 A 25 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1565 0 0 R 26 * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * 26 0 * * * * * * 1565 0 0 R 27 * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * 27 0 * * * * * * 1565 0 0 S 28 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 28 0 * * * * * * 1565 0 0 A 29 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1565 0 0 E 30 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1565 0 0 G 31 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 31 0 * * * * * * 1565 0 0 F 32 * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1565 0 0 R 33 * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * 33 0 * * * * * * 1565 0 0 F 34 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1565 0 0 D 35 * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 35 0 * * * * * * 1565 0 0 E 36 * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1565 0 0 G 37 * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1565 0 0 G 38 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1565 0 0 K 39 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 39 1000 1000 * 1000 1000 * * 1565 1000 0 L 40 * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * 40 0 * * * * * * 1565 0 0 R 41 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 41 0 * * * * * * 1565 0 0 N 42 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 42 0 * * * * * * 1565 0 0 P 43 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * 43 0 * * * * * * 1565 0 0 R 44 * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * 44 0 * * * * * * 1565 0 0 Q 45 * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 45 0 * * * * * * 1565 0 0 L 46 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1565 0 0 E 47 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1565 0 0 V 48 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 48 0 * * * * * * 1565 0 0 Q 49 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * 49 0 * * * * * * 1565 0 0 R 50 * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * 50 0 * * * * * * 1565 0 0 Q 51 * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * 51 0 * * * * * * 1565 0 0 D 52 * * 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1565 0 0 A 53 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1565 0 0 P 54 * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * 54 0 * * * * * * 1565 0 0 P 55 * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1565 0 0 P 56 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1565 0 0 P 57 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * 57 0 * * * * * * 1565 0 0 D 58 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1565 0 0 L 59 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1565 0 0 A 60 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 60 0 * * * * * * 1565 0 0 S 61 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 61 0 * * * * * * 1565 0 0 R 62 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 62 0 * * * * * * 1565 0 0 R 63 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 63 1000 1000 * 0 * * * 1565 1000 0 L 64 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1565 0 0 G 65 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1565 0 0 D 66 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1565 0 0 G 67 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * 67 0 * * * * * * 1565 0 0 E 68 * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1565 0 0 A 69 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1565 0 0 R 70 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 70 0 * * * * * * 1565 0 0 Y 71 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 71 0 * * * * * * 1565 0 0 K 72 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 72 0 * * * * * * 1565 0 0 V 73 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * 73 0 * * * * * * 1565 0 0 E 74 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 74 0 * * * * * * 1565 0 0 E 75 * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1565 0 0 D 76 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1565 0 0 D 77 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 77 0 * * * * * * 1565 0 0 G 78 * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1565 0 0 G 79 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1565 0 0 S 80 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 80 0 * * * * * * 1565 0 0 A 81 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1565 0 0 G 82 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1565 0 0 S 83 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 83 0 * * * * * * 1565 0 0 E 84 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1565 0 0 Y 85 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 85 0 * * * * * * 1565 0 0 R 86 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * 86 0 * * * * * * 1565 0 0 L 87 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1565 0 0 W 88 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * 88 0 * * * * * * 1565 0 0 A 89 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1565 0 0 A 90 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1565 0 0 K 91 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * 91 0 * * * * * * 1565 0 0 P 92 * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * 92 0 * * * * * * 1565 0 0 A 93 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 93 0 * * * * * * 1565 0 0 G 94 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1565 0 0 A 95 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1565 0 0 R 96 * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * 96 0 * * * * * * 1565 0 0 W 97 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * 97 0 * * * * * * 1565 0 0 I 98 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1565 0 0 V 99 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * 99 0 * * * * * * 1565 0 0 V 100 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 100 0 * * * * * * 1565 0 0 S 101 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 101 0 * * * * * * 1565 0 0 A 102 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1565 0 0 S 103 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 103 0 * * * * * * 1565 0 0 E 104 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1565 0 0 Q 105 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 105 0 * * * * * * 1565 0 0 S 106 * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * 106 0 * * * * * * 1565 0 0 E 107 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1565 0 0 D 108 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1565 0 0 G 109 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 109 1000 1000 * 0 * * * 1565 1000 0 E 110 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1565 0 0 P 111 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1565 0 0 T 112 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 112 0 * * * * * * 1565 0 0 F 113 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1565 0 0 A 114 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1565 0 0 L 115 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1565 0 0 A 116 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1565 0 0 W 117 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 117 0 * * * * * * 1565 0 0 A 118 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 118 0 * * * * * * 1565 0 0 L 119 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1565 0 0 L 120 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1565 0 0 E 121 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1565 0 0 R 122 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * 122 0 * * * * * * 1565 0 0 A 123 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1565 0 0 R 124 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 124 0 * * * * * * 1565 0 0 L 125 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 126 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 126 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //