HHsearch 1.5 NAME c4lo8H_ FAM FILE c4lo8H_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4lo8H_.a3m DATE Sat Nov 2 08:26:24 2013 LENG 143 match states, 143 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.3 EVD 0.4385 -0.1773 SEQ >ss_dssp CCCSSCSEEEEEEETTCSSEEEEEETTEEEEEECCCSGGGCEEEEEETTTTEEEEEESSSTTCEEEECTTSBEEEESSSTTSCEEEEEEETTEEEEEESS CBTTBCEEEEECCSSSCCTTCCEEEEECCCSCCGGGCEEEEEC >sa_dssp EDEDADDCDBCABADCCEDBBABCDEECABACEEDEDECBDACADCBEEDEABBABACDDDEDBAABCEECDABBDDDDECACADBCDDDEDBBAABBDC EDEEDDCAABADDEEEDADECCABBCCCEDDEDDCBBADACDE >ss_pred CCEECCCCCEEEEEEECCCEEEEEECCCEEECCCCCCCCCEEEEEEEECCCCEEEEECCCCCCEEEECCEEEEEEECCCCCEEEEEEEEEEEEEEEEEEE EEEECEEEEEEEECCCCCCCCCCEECCCCCCCCCCCEEEEECC >ss_conf 9326647972344664371798752251564155556551456799843686576102374312223352579981257860453588875228999873 1110014789873577621171010456221377407876309 >Consensus ertflpngnyxiksifsxslylxxxsxxltfsnxssxxnqkwxxeyxxxxxxfxxsnvaepnkylxyxxxgfixlxsxsnxxxwxpikiainsyixxslx xvnxxdyawxiydxnxnixxqpxlxlpnfdixnsnqxxklekx >c4lo8H_ ERTFLPNGNYNIKSIFSGSLYLNPVSKSLTFSNESSANNQKWNVEYMAENRCFKISNVAEPNKYLSYDNFGFISLDSLSNRCYWFPIKIAVNTYIMLSLN KVNELDYAWDIYDTNENILSQPLLLLPNFDIYNSNQMFKLEKI >UniRef50_P46083(4-146:146) Hemagglutinin component HA-17 n=27 Tax=root RepID=HA17_CLOBO E=6e-47 s/c=1.31 id=62% cov=101% ERTFLPNGNYKIKSLFSDSLYLTYSSGALSFSNTSSLDNQKWKLEYISSSNGFRFSNVAEPNKYLAYNDYGFIYLSSSSNNSLWNPIKIAINSYIICTLS IVNVTDYAWTIYDNNNNITDQPILNLPNFDINNSNQILKLEKL >UniRef50_Q9R5N9(3-33:33) Neurotoxin type B HN+ 17 kDa SUBUNIT=SAMPLE 2 (Fragment) n=2 Tax=Clostridium botulinum RepID=Q9R5N9_CLOBO E=9e-05 s/c=1.55 id=88% cov=22% ERTFLPNGNYNIKSIFSGSLYLSPVSGNLTF--------------------------------------------------------------------- ------------------------------------------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * E 1 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1243 0 0 R 2 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 2 0 * * * * * * 1243 0 0 T 3 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 3 0 * * * * * * 1243 0 0 F 4 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1243 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1243 0 0 P 6 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1243 0 0 N 7 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1243 0 0 G 8 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1243 0 0 N 9 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1243 0 0 Y 10 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 10 0 * * * * * * 1243 0 0 N 11 * * * * * * * * 1462 * * 650 * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1243 0 0 I 12 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1243 0 0 K 13 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1243 0 0 S 14 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 14 0 * * * * * * 1243 0 0 I 15 * * * * * * * 650 * 1462 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1243 0 0 F 16 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1243 0 0 S 17 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 17 0 * * * * * * 1243 0 0 G 18 * * 1462 * * 650 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1243 0 0 S 19 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 19 0 * * * * * * 1243 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1243 0 0 Y 21 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 21 0 * * * * * * 1243 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1243 0 0 N 23 * * * * * * * * * * * 1632 * * * 1669 1462 * * * 23 0 * * * * * * 1243 0 0 P 24 * * * * * * * * * * * * 650 * * * * * * 1462 24 0 * * * * * * 1243 0 0 V 25 * * * * * * * * * * * * * * * 1462 * 650 * * 25 0 * * * * * * 1243 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 26 0 * * * * * * 1243 0 0 K 27 * * * * * 562 * * 1632 * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1243 0 0 S 28 1462 * * * * * * * * * * 1669 * * * 1632 * * * * 28 0 * * * * * * 1243 0 0 L 29 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1243 0 0 T 30 * * * * * * * * * * * * * * * 1462 650 * * * 30 0 * * * * * * 1243 0 0 F 31 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1243 0 0 S 32 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 32 0 * * * * * * 1293 0 0 N 33 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1293 0 0 E 34 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 34 0 * * * * * * 1293 0 0 S 35 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 35 0 * * * * * * 1293 0 0 S 36 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 36 0 * * * * * * 1293 0 0 A 37 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1293 0 0 N 38 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1293 0 0 N 39 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1293 0 0 Q 40 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 40 0 * * * * * * 1293 0 0 K 41 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1293 0 0 W 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 42 0 * * * * * * 1293 0 0 N 43 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1293 0 0 V 44 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 44 0 * * * * * * 1293 0 0 E 45 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1293 0 0 Y 46 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 46 0 * * * * * * 1293 0 0 M 47 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1293 0 0 A 48 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 48 0 * * * * * * 1293 0 0 E 49 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 49 0 * * * * * * 1293 0 0 N 50 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 50 0 * * * * * * 1293 0 0 R 51 * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * 51 0 * * * * * * 1293 0 0 C 52 * 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1293 0 0 F 53 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1293 0 0 K 54 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 54 0 * * * * * * 1293 0 0 I 55 * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1293 0 0 S 56 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 56 0 * * * * * * 1293 0 0 N 57 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1293 0 0 V 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 58 0 * * * * * * 1293 0 0 A 59 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1293 0 0 E 60 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1293 0 0 P 61 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1293 0 0 N 62 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1293 0 0 K 63 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1293 0 0 Y 64 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 64 0 * * * * * * 1293 0 0 L 65 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1293 0 0 S 66 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 66 0 * * * * * * 1293 0 0 Y 67 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 67 0 * * * * * * 1293 0 0 D 68 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1293 0 0 N 69 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1293 0 0 F 70 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 70 0 * * * * * * 1293 0 0 G 71 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1293 0 0 F 72 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1293 0 0 I 73 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1293 0 0 S 74 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 74 0 * * * * * * 1293 0 0 L 75 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1293 0 0 D 76 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 76 0 * * * * * * 1293 0 0 S 77 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 77 0 * * * * * * 1293 0 0 L 78 * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * 78 0 * * * * * * 1293 0 0 S 79 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 79 0 * * * * * * 1293 0 0 N 80 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1293 0 0 R 81 * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * 81 0 * * * * * * 1293 0 0 C 82 * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 82 0 * * * * * * 1293 0 0 Y 83 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 83 0 * * * * * * 1293 0 0 W 84 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 84 0 * * * * * * 1293 0 0 F 85 * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1293 0 0 P 86 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1293 0 0 I 87 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1293 0 0 K 88 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1293 0 0 I 89 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1293 0 0 A 90 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1293 0 0 V 91 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 91 0 * * * * * * 1293 0 0 N 92 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1293 0 0 T 93 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 93 0 * * * * * * 1293 0 0 Y 94 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 94 0 * * * * * * 1293 0 0 I 95 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1293 0 0 M 96 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1293 0 0 L 97 * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1293 0 0 S 98 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 98 0 * * * * * * 1293 0 0 L 99 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1293 0 0 N 100 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 100 0 * * * * * * 1293 0 0 K 101 * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1293 0 0 V 102 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 102 0 * * * * * * 1293 0 0 N 103 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1293 0 0 E 104 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 104 0 * * * * * * 1293 0 0 L 105 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * 105 0 * * * * * * 1293 0 0 D 106 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1293 0 0 Y 107 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 107 0 * * * * * * 1293 0 0 A 108 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1293 0 0 W 109 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 109 0 * * * * * * 1293 0 0 D 110 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 110 0 * * * * * * 1293 0 0 I 111 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1293 0 0 Y 112 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 112 0 * * * * * * 1293 0 0 D 113 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1293 0 0 T 114 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 114 0 * * * * * * 1293 0 0 N 115 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1293 0 0 E 116 * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1293 0 0 N 117 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1293 0 0 I 118 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1293 0 0 L 119 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * 119 0 * * * * * * 1293 0 0 S 120 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 120 0 * * * * * * 1293 0 0 Q 121 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 121 0 * * * * * * 1293 0 0 P 122 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1293 0 0 L 123 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1293 0 0 L 124 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1293 0 0 L 125 * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1293 0 0 L 126 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1293 0 0 P 127 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1293 0 0 N 128 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1293 0 0 F 129 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1293 0 0 D 130 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1293 0 0 I 131 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1293 0 0 Y 132 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 132 0 * * * * * * 1293 0 0 N 133 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1293 0 0 S 134 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 134 0 * * * * * * 1293 0 0 N 135 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1293 0 0 Q 136 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 136 0 * * * * * * 1293 0 0 M 137 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1293 0 0 F 138 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1293 0 0 K 139 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1293 0 0 L 140 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1293 0 0 E 141 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1293 0 0 K 142 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1293 0 0 I 143 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 143 0 * * 0 * * * 1293 0 0 //