HHsearch 1.5 NAME c4lm6A_ FAM FILE c4lm6A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4lm6A_.a3m DATE Sat Jun 21 08:20:57 2014 LENG 62 match states, 62 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4882 2.6148 SEQ >ss_dssp CCCCSCEEEEEEEEECTTSCCCSSCCSSCCTTSTTEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHTTCC >sa_dssp EEEEDEDDEDECEDDDEEDEEDEEEEEEEDEEEECDDEDECEDEEEEEEEDEEDEEEDEDEE >ss_pred CCCCCCCCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 97643448566754301377785333200047983178750545443245555666776309 >Consensus kmatdskaplielfderdgckgpaankasdvgepglcvkvsmqkvamnaaaaksvatnymrk >c4lm6A_ KMATDSKAPLIELFDERDGCKGPAANKASDVGEPGLCVKVSMQKVAMNAAAAKSVATNYMRK # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * K 1 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 M 2 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 A 3 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 D 5 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 S 6 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 K 7 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 P 9 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 I 11 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 E 12 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 F 14 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 D 15 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 E 16 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 R 17 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 D 18 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 G 19 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 C 20 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 K 21 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 G 22 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 P 23 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 A 24 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 A 25 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 N 26 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 K 27 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 A 28 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 S 29 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 D 30 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 V 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 G 32 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 E 33 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 P 34 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 G 35 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 L 36 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 C 37 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 V 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 K 39 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 V 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 S 41 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 M 42 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 43 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 K 44 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 V 45 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 A 46 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 M 47 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 N 48 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 A 49 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 A 50 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 A 51 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 A 52 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 K 53 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 S 54 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 V 55 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 A 56 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 T 57 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 N 58 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 59 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 59 0 * * * * * * 1000 0 0 M 60 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 R 61 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 K 62 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 62 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //