HHsearch 1.5 NAME c4l3uA_ FAM FILE c4l3uA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4l3uA_.a3m DATE Sat Aug 3 08:25:03 2013 LENG 123 match states, 123 columns in multiple alignment FILT 5 out of 9 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 2.4 EVD 0.3967 -1.1272 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHTSCSSBCCSSSCCBCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCSSCCHHHHHHHHHHHHHTSCGGGSCHHHHHHHHHHHHHHHHHH TCCCCTTHHHHHHHHHHHHHHHC >sa_dssp EDECDEBCDDADDBCEDDBADDEEEEBEAAEEEECCEDBCDCABDBADDAADCBEEDDDBDEECACECACDBBEEBDCDDBDDDBBCCABDBADCABEBB DBEDBEDCBEEBBDCCDDEEEEE >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH CCCCCCCHHHHHHHCCCHHHHCC >ss_conf 9733589999999962023125785167878088889999999999999999830368864899999999888762466669688999999999999985 22232114775241268878609 >Consensus xnxnxxvixxlxefxaxkkFixdxxxYpGxxdxxxRxxaexxvnxxaxxlixxxexxnxPtKxxxlxxxxxxixxfxxxxxDtEDreRvxxyxeeiMDIv glESSdGxLNxwxYGfexsxxxx >c4l3uA_ QNSNSIVIQQLEKFKAQDHFAGDGQLYTGVQNSALRXSLNQKVADTAQAFIALYQQKNEPTKAELLQVLANGISQIDPDKLDTEDREQVATTFESFLDIV GLESSEGILNKWVYGEEISKLLE >UniRef50_Q12MI3(29-139:149) Putative uncharacterized protein n=1 Tax=Shewanella denitrificans OS217 RepID=Q12MI3_SHEDO E=0.0003 s/c=0.42 id=32% cov=89% ---NDQVVTKLEVLLAEKKFIEDPViMYPGAPDDATRISAEVIVNDlTSRILLGIVEN---PTKDFVLSQFKLTIGQF--GSFDSEDADRALRYMERIMD ILGIKSSDDLFNEWRYGFE------ >UniRef50_Q083Q4(25-139:141) Putative uncharacterized protein n=2 Tax=Shewanella RepID=Q083Q4_SHEFN E=2e-13 s/c=0.67 id=27% cov=92% -SNGSDVKVALRELQSQKKFIEDlGLFYPGAPDELSRVAAEKTINS---VLLKLIESSsdNLTEKEFWLT---LEVAAKQLGNMDSEEMDRGLSYMEEIM DIYKIESSDGRLNEWRYGFEPS---- >UniRef50_A3XG56(28-144:148) Putative uncharacterized protein n=1 Tax=Leeuwenhoekiella blandensis MED217 RepID=A3XG56_9FLAO E=2e-12 s/c=0.63 id=35% cov=94% ENAN----EKFAEFIAKKKFIAKNH-YAGIADEKMRPIFTEKVNRAAADFKNVAESEN-PTEKKYQEKIKIGLSRFAEvyMELDTEDRERVCTYFEELMD IVGLESSNGQLNRFMYGFDPNEM-- >UniRef50_C5SJA3(9-118:118) Putative uncharacterized protein n=1 Tax=Asticcacaulis excentricus CB 48 RepID=C5SJA3_9CAUL E=1e-08 s/c=0.55 id=31% cov=85% -------ITALKEFWSLPKFGPDDTRYPayvGFLPASLRPAAETELNAFVDQLIATLPET--PNKASVLKLFAQCLLWFAGH--DTEDRNRICDYLVEIM DIIGLESSDGLLNNFMY--------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * Q 1 * * * 1061 * * * * * * * * * 942 * * * * * * 1 0 * * * * * * 1518 0 0 N 2 * * * * * * * * * * * 599 * * * 1558 * * * * 2 0 * * * * * * 1984 0 0 S 3 1670 * * * * * * * * * * 1558 * * * 1531 * * * * 3 0 * * * * * * 1984 0 0 N 4 * * * * * 2043 * * * * * 401 * * * * * * * * 4 416 * 1996 * * * * 2215 0 0 S 5 * * 1704 * * * * * * * * * * * * 529 * * * * 5 0 * * * * * 0 1892 0 1000 I 6 * * 1663 * * * * 1407 * * * * * 1704 * * * * * * 6 0 * * * * * 0 1892 0 1000 V 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 7 0 * * * * * 0 1892 0 1000 I 8 * * * * * * * 900 2083 * * * * * * * * 2132 * * 8 0 * * * * 0 * 2252 0 1000 Q 9 * * * 2290 * * * * * * * * * 2178 * * 1395 2364 * * 9 0 * * * * * * 2517 0 0 Q 10 1360 * * * * * * * 1360 * * * * 2178 * * * * * * 10 0 * * * * * * 2517 0 0 L 11 * * * * 2290 * * * * 330 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 2517 0 0 E 12 2290 * * 1300 * * * * 2357 * * * * * 2364 * * * * * 12 0 * * * * * * 2517 0 0 K 13 * * * 752 * * * * 2178 * * * * * * * * 2433 * * 13 0 * * * * * * 2517 0 0 F 14 * * * * 688 * * * * 1398 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 2517 0 0 K 15 * * * * * * * 2290 2178 2433 * * * 2364 * * * * 2357 * 15 0 * * * * * * 2517 0 0 A 16 712 * * * * * * * * * * * * * * 1360 * * * * 16 0 * * * * * * 2517 0 0 Q 17 * * * 2433 * * * * 2290 2357 * * * 1268 * * * * * * 17 0 * * * * * * 2517 0 0 D 18 * * 2178 * * * * * 776 * * * 2357 * * * * * * * 18 0 * * * * * * 2517 0 0 H 19 * * * * * * 2178 * 360 * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 2517 0 0 F 20 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 2517 0 0 A 21 2178 * * * * 2357 * 776 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 2517 0 0 G 22 2290 * * 1398 * 2178 * * * * * * 2357 * * * * * * * 22 0 * * * * * * 2517 0 0 D 23 * * 330 * * * * * 2290 * * * * * * * * * * * 23 312 2364 * 0 * * * 2517 1000 0 G 24 * * 2357 * * 1268 * * * * * 2290 2433 * * * * * * * 24 0 * * * * * * 2517 0 0 Q 25 * * * * * * 2290 * * 2364 * * * 2178 * * 2357 2433 * * 25 712 2433 2290 0 * * * 2517 1000 0 L 26 * * * * 2083 * * * * 1807 2132 * * * 2000 * * * * * 26 0 * * * * 0 * 2252 0 1000 Y 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 27 0 * * * * * * 2517 0 0 T 28 2290 * * * * * * * * * * * 799 * * * 2178 * * * 28 313 2357 * 1585 585 * * 2517 1000 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 2517 0 0 V 30 1398 * * * 2357 * * 2290 * * * * * * * * * 2178 * * 30 0 * * * * * * 2517 0 0 Q 31 2290 * * * * * * * * 2357 * * 1398 2178 * * * * * * 31 0 * * * * * * 2517 0 0 N 32 * * 776 * * * * * * * * 2178 2357 * * * * * * * 32 0 * * * * * * 2517 0 0 S 33 2357 * 2433 1327 * * * * * * * * * * * 2178 * * * * 33 0 * * * * * * 2517 0 0 A 34 1300 * * * * * * * 2290 2364 * * * * * 2357 * * * * 34 0 * * * * * * 2517 0 0 L 35 * * * * * * * * * 1265 2290 * * * * 2364 2433 * * * 35 0 * * * * * * 2517 0 0 R 36 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 36 0 * * * * * * 2517 0 0 X 37 * * * * * * * 2093 * * * * 934 * * * * 2046 * * 37 0 * * * * * * 2201 0 0 S 38 1360 * * * * * * 2290 * * * * * * * 1300 * * * * 38 0 * * * * * * 2517 0 0 L 39 799 * * * 2290 * * * * 2178 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 2517 0 0 N 40 * * * 799 * * * * * * * 2178 * * * * 2290 * * * 40 0 * * * * * * 2517 0 0 Q 41 * * * 2290 * * * * 2364 * * * * 2178 * * 2357 2433 * * 41 0 * * * * * * 2517 0 0 K 42 * * * 2357 * * * 2433 1233 * * * * * * * 2364 * * * 42 0 * * * * * * 2517 0 0 V 43 * * * * * * * 2364 * 2357 * * * * * * * 712 * * 43 0 * * * * * * 2517 0 0 A 44 2178 * * * * * * * * * * 360 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 2517 0 0 D 45 2357 * 1300 * * * * * * * * * * * 2290 2364 * * * * 45 688 2433 2364 0 * * * 2517 1000 0 T 46 2032 * * * 2050 * * * * * * * * * * * 960 * * * 46 0 * * * * * 0 2270 0 1000 A 47 975 * * * * * * * * * * * * * * 2000 * 2050 * * 47 0 * * * * * 0 2270 0 1000 Q 48 2032 * 2050 * * * * * * * * * * 1921 2000 * * * * * 48 0 * * * * 0 * 2270 0 1000 A 49 2178 * 2290 * * * * 2433 * * * * * 2357 * * * 2364 * * 49 0 * * * * * * 2517 0 0 F 50 * * * * 1233 * * * * 799 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 2517 0 0 I 51 * * * * * * * 1265 2290 1398 * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 2517 0 0 A 52 1265 * * * * 2433 * * 2364 * * 2290 * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 2517 0 0 L 53 * * * * * * * 2433 * 1268 * * * * * * 2357 2290 * * 53 0 * * * * * * 2517 0 0 Y 54 2290 * * * * * * 2364 * 2357 * * * * * * * 2433 * 2178 54 0 * * * * * * 2517 0 0 Q 55 * * * 776 * * * * * * * * 2357 2178 * * * * * * 55 0 * * * * * * 2517 0 0 Q 56 * * * 2357 * * * * * * * 2433 * 2178 * 1327 * * * * 56 295 * 2433 * * * * 2517 0 0 K 57 * * * 2046 * * * * 1926 * * * * * * 1960 2074 * * * 57 984 1960 2074 1000 1000 * 0 2323 1000 1000 N 58 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 58 544 * 1670 * * * 0 1984 0 1536 E 59 * * * 940 * * * * * 1062 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * 0 * 1608 0 1957 P 60 * * * * * * * * * * * * 312 * * * 2364 * * * 60 0 * * * * * * 2517 0 0 T 61 * * * 2364 * * * * * * * 2357 * * * * 712 * * * 61 0 * * * * * * 2517 0 0 K 62 * * * 2290 * * * * 330 * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 2517 0 0 A 63 1265 * 2433 2364 * * * * 2290 * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 2517 0 0 E 64 * * * 2178 1398 * * * 2290 * * * * * * 2357 * * * * 64 0 * * * * * * 2517 0 0 L 65 * * * * * * * * * 2178 * * * * * * * 1395 2364 2290 65 0 * * * * * * 2517 0 0 L 66 * * * * * * * * * 330 * * * 2290 * * * * * * 66 0 * * * * * * 2517 0 0 Q 67 * * * 2290 * * * * 2357 * * * * 2178 * 2433 2364 * * * 67 312 * 2364 * * * * 2517 0 0 V 68 * * * * * * * * 2032 2050 * * * 2000 * * * 1921 * * 68 0 * * * * * 0 2270 0 1000 L 69 * * * * 1025 * * 2032 * 1921 * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * 0 2270 0 1000 A 70 984 * * * * * * * 1016 * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * 0 * 2270 0 1000 N 71 * * * * * * * 2290 * 1398 * 2178 * 2357 * * * * * * 71 0 * * * * * * 2517 0 0 G 72 * 2357 * 2364 * 1233 * * * * * * * * * * 2433 * * * 72 0 * * * * * * 2517 0 0 I 73 * * * * * * * 1300 * 1323 * * * * * * * 2364 * * 73 0 * * * * * * 2517 0 0 S 74 2364 * * * * 2433 * * * 2357 * * * * * 1233 * * * * 74 0 * * * * * * 2517 0 0 Q 75 2364 * * * * * * * * * * * * 1300 2290 * * * 2357 * 75 0 * * * * * * 2517 0 0 I 76 * * * * 774 * * 2178 2364 * * * * * * * * * * * 76 295 * 2433 * * * * 2517 0 0 D 77 1060 * 1926 * * * * * * * * * * 1960 * * * * * * 77 0 * * * * * 0 2323 0 1000 P 78 * * * 2046 * 2074 * * * 1960 * * 1926 * * * * * * * 78 400 2046 * 1000 1000 0 * 2323 1000 1000 D 79 * * 2178 * * 1398 2357 * * * 2290 * * * * * * * * * 79 313 * 2357 * * * * 2517 0 0 K 80 * * * 1996 * * * * 1871 * * 2043 * * * 2100 * * * * 80 0 * * * * * 0 2215 0 1000 L 81 * * * * 2100 * * * * 932 2043 * * * * * * * * * 81 0 * * * * 0 * 2215 0 1000 D 82 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 2517 0 0 T 83 * * * * * * * * * * * * * * * 1398 688 * * * 83 0 * * * * * * 2517 0 0 E 84 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 2517 0 0 D 85 * * 312 2364 * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 2517 0 0 R 86 2433 * * * * * * * * * 2364 * * * 688 * * * * * 86 0 * * * * * * 2517 0 0 E 87 * * 1398 1233 * * * * * * * 2357 * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 2517 0 0 Q 88 * * * * * * * * * * * * * 2178 360 * * * * * 88 0 * * * * * * 2517 0 0 V 89 2433 * * * * 2364 * 2357 * * * * * * * * * 1233 * * 89 0 * * * * * * 2517 0 0 A 90 2178 1323 * * * * * * * 1398 * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 2517 0 0 T 91 * * 2357 * * * * * * * * * * * 2433 2364 1233 * * * 91 0 * * * * * * 2517 0 0 T 92 * * * * * * * * * * * * * * * * 2178 * * 360 92 0 * * * * * * 2517 0 0 F 93 * * * * 1233 * * * * 2357 1398 * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 2517 0 0 E 94 * * * 313 * * * * * * * * * * * * * 2357 * * 94 0 * * * * * * 2517 0 0 S 95 * * * 752 * * * * * * * * * * 2433 2178 * * * * 95 0 * * * * * * 2517 0 0 F 96 * * * * 2178 * * 799 * 2290 * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 2517 0 0 L 97 * * * * * * * * * 2178 360 * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 2517 0 0 D 98 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 2517 0 0 I 99 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 2517 0 0 V 100 * * * * * * * 2357 * 2433 * * * * * * * 1233 * 2364 100 0 * * * * * * 2517 0 0 G 101 * * * * * 312 * * 2364 * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 2517 0 0 L 102 * * * * * * * 1398 * 688 * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 2517 0 0 E 103 * * * 295 * * * * 2433 * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 2517 0 0 S 104 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 104 0 * * * * * * 2517 0 0 S 105 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 105 0 * * * * * * 2517 0 0 E 106 * * 799 2178 * * * * * * * 2290 * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 2517 0 0 G 107 * * 2433 * * 295 * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 2517 0 0 I 108 * * * * * * * 2178 * 1395 * * * 2290 2364 * * * * * 108 0 * * * * * * 2517 0 0 L 109 * * * * 2433 * * * * 295 * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 2517 0 0 N 110 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 2517 0 0 K 111 * * * 1398 * * * * 2178 * * 2357 * * 2290 * * * * * 111 0 * * * * * * 2517 0 0 W 112 * * * * 1323 * * * * * * * * * * * * * 736 * 112 0 * * * * * * 2517 0 0 V 113 * * * * * * * * * * 1323 * * * 1398 * * 2178 * * 113 0 * * * * * * 2517 0 0 Y 114 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 114 0 * * * * * * 2517 0 0 G 115 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 2215 0 0 E 116 * * * 1871 461 * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 2215 0 0 E 117 * * 1996 416 * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 2215 0 0 I 118 * * * * * * * 1531 * * * * 613 * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1984 0 0 S 119 * * * * * * * * * * * 1670 * * * 544 * * * * 119 0 * * * * * * 1984 0 0 K 120 * * * 1061 * * * * 942 * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1518 0 0 L 121 * * * * * * * * * 942 1061 * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1518 0 0 L 122 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 E 123 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //