HHsearch 1.5 NAME c4ktzB_ FAM FILE c4ktzB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4ktzB_.a3m DATE Sat Aug 17 08:17:54 2013 LENG 160 match states, 160 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.4019 -0.9755 SEQ >ss_dssp CCCEEEEECCCCCSTTCCEEEEEEETTEEEEEEECCCCTTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCTTCEEEEECCCCCSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTB SCEEEECHHHHHHHTTCCSSHHHHHHHHHHHHHHTTSSCTTCCCHHHHHHHHHHHHHHHC >sa_dssp EEDAAAABBBBADEEDDAAACAACCEEEBDCBCBEBDDEEDDBDDBADCAADCADEBBEECEAEDBCAAACCCEEDEDEEDBECCDEABDDABECADEDB ECDDDBDCDDABEDCEBEDEEECCBCCABEDADEDEDCDEECECDBBACACAAACCBCEE >ss_pred CCEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEECCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCEEECCCCCEEEEECCEEEEEEECCCC CCEEEECCCCEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHEEEEEEHCCC >ss_conf 9705888630355566645304604870999987338977577889999999999998411424138998324011125673699953703665441652 433770366235665524816654577677777618876432353200130000000029 >Consensus mxkxlaixfstaxkkgegtgyafrxxxxxxvgsikaxxxxkxxxerxxxixxxixxiixxxxlxxyxlxiexpixxxxxkxxitlxxxngxfigxxxxxx ngyxxixnsxwcsyhlixgkxxxrkexslellkaxxlvxxxxxxdxxadaxxilxyxehl >c4ktzB_ MKKILAINFSTASKKGEGTGYAFRKDGQVYVGSIKAYNPKKTAWERTFDIVNAIKDIIDEFDLKGYHLAIETPIMGRNRKHSITLANCNGYFIGAIDGLV NGYTFIDNSKWCSYHLISGKREQRKEESLELLKATGLVDSNCKDDNIADAYNILTYCEHL >UniRef50_O80273(1-155:161) Holliday junction endonuclease n=13 Tax=Lactococcus phage 936 sensu lato RepID=O80273_9CAUD E=4e-54 s/c=1.37 id=45% cov=96% MSKALAIDFSTSN-----TGYAFRNPltSEYVVGSI-AGGKSKDPLERAKIIADGITEVIEHYNLFDYFIYIEEPIITFKSKGNISLIRANGSFLGVMRN RHNiGYVDISNSMWCSYHLIKGKSKLRKEQSIEILKSYNIVPDDDINDDQADAFCILLYVE-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1439 0 0 K 2 * * * * * * * * 946 * * * * * * 1056 * * * * 2 0 * * * * * * 1439 0 0 K 3 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1439 0 0 I 4 1056 * * * * * * 946 * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1439 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1439 0 0 A 6 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1439 0 0 I 7 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1439 0 0 N 8 * * 1056 * * * * * * * * 946 * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1439 0 0 F 9 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1439 0 0 S 10 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 10 0 * * * * * * 1439 0 0 T 11 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 11 0 * * * * * * 1439 0 0 A 12 946 * * * * * * * * * * * * * * 1056 * * * * 12 0 * * * * * * 1439 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * 1056 * * * 946 * * * * 13 946 * 1056 * * * * 1439 0 0 K 14 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * 0 1000 0 1000 K 15 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * 0 1000 0 1000 G 16 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * 0 1000 0 1000 E 17 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * 0 1000 0 1000 G 18 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 T 19 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 19 0 * * * * * * 1439 0 0 G 20 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1439 0 0 Y 21 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 21 0 * * * * * * 1439 0 0 A 22 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1439 0 0 F 23 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1439 0 0 R 24 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 24 0 * * * * * * 1439 0 0 K 25 * * * * * * * * 946 * * 1056 * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1439 0 0 D 26 * * 946 * * * * * * * * * 1056 * * * * * * * 26 946 1056 * 1000 1000 * * 1439 1000 0 G 27 * * * * * 946 * * * * * * * * * 1056 * * * * 27 0 * * * * * * 1439 0 0 Q 28 * * * 1056 * * * * * * * * * 946 * * * * * * 28 0 * * * * * * 1439 0 0 V 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * 946 * 1056 29 0 * * * * * * 1439 0 0 Y 30 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1056 * 946 30 0 * * * * * * 1439 0 0 V 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 31 0 * * * * * * 1439 0 0 G 32 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1439 0 0 S 33 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 33 0 * * * * * * 1439 0 0 I 34 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 34 946 * 1056 * * * * 1439 0 0 K 35 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 A 36 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1439 0 0 Y 37 * * * * * 1056 * * * * * * * * * * * * * 946 37 0 * * * * * * 1439 0 0 N 38 * * * * * 1056 * * * * * 946 * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1439 0 0 P 39 * * * * * * * * 1056 * * * 946 * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1439 0 0 K 40 * * * * * * * * 946 * * * * * * 1056 * * * * 40 0 * * * * * * 1439 0 0 K 41 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1439 0 0 T 42 * * 1056 * * * * * * * * * * * * * 946 * * * 42 0 * * * * * * 1439 0 0 A 43 946 * * * * * * * * * * * 1056 * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1439 0 0 W 44 * * * * * * * * * 1056 * * * * * * * * 946 * 44 0 * * * * * * 1439 0 0 E 45 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1439 0 0 R 46 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 46 0 * * * * * * 1439 0 0 T 47 1056 * * * * * * * * * * * * * * * 946 * * * 47 0 * * * * * * 1439 0 0 F 48 * * * * 946 * * * 1056 * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1439 0 0 D 49 * * 946 * * * * 1056 * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1439 0 0 I 50 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1439 0 0 V 51 1056 * * * * * * * * * * * * * * * * 946 * * 51 0 * * * * * * 1439 0 0 N 52 * * 1056 * * * * * * * * 946 * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1439 0 0 A 53 946 * * * * 1056 * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1439 0 0 I 54 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1439 0 0 K 55 * * * * * * * * 946 * * * * * * * 1056 * * * 55 0 * * * * * * 1439 0 0 D 56 * * 946 1056 * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1439 0 0 I 57 * * * * * * * 946 * * * * * * * * * 1056 * * 57 0 * * * * * * 1439 0 0 I 58 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1439 0 0 D 59 * * 946 1056 * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1439 0 0 E 60 * * * 946 * * 1056 * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1439 0 0 F 61 * * * * 946 * * * * * * * * * * * * * * 1056 61 0 * * * * * * 1439 0 0 D 62 * * 946 * * * * * * * * 1056 * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1439 0 0 L 63 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1439 0 0 K 64 * * * * 1056 * * * 946 * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1439 0 0 G 65 * * 1056 * * 946 * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1439 0 0 Y 66 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 66 0 * * * * * * 1439 0 0 H 67 * * * * 1056 * 946 * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1439 0 0 L 68 * * * * * * * 1056 * 946 * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1439 0 0 A 69 946 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1056 69 0 * * * * * * 1439 0 0 I 70 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1439 0 0 E 71 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1439 0 0 T 72 * * * 1056 * * * * * * * * * * * * 946 * * * 72 0 * * * * * * 1439 0 0 P 73 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1439 0 0 I 74 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1439 0 0 M 75 * * * * * * * 1056 * * 946 * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1439 0 0 G 76 * * * * * 946 * * * * * * * * * * 1056 * * * 76 0 * * * * * * 1439 0 0 R 77 * * * * 1056 * * * * * * * * * 946 * * * * * 77 0 * * * * * * 1439 0 0 N 78 * * * * * * * * 1056 * * 946 * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1439 0 0 R 79 * * * * * * * * * * * * * * 946 1056 * * * * 79 0 * * * * * * 1439 0 0 K 80 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1439 0 0 H 81 * * * * * 1056 946 * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1439 0 0 S 82 * * * * * * * * * * * 1056 * * * 946 * * * * 82 0 * * * * * * 1439 0 0 I 83 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1439 0 0 T 84 * * * * * * * * * * * * * * * 1056 946 * * * 84 0 * * * * * * 1439 0 0 L 85 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1439 0 0 A 86 946 * * * * * * 1056 * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1439 0 0 N 87 * * * * * * * * * * * 946 * * 1056 * * * * * 87 0 * * * * * * 1439 0 0 C 88 1056 946 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1439 0 0 N 89 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1439 0 0 G 90 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1439 0 0 Y 91 * * * * * * * * * * * * * * * 1056 * * * 946 91 0 * * * * * * 1439 0 0 F 92 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1439 0 0 I 93 * * * * * * * 946 * 1056 * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1439 0 0 G 94 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1439 0 0 A 95 946 * * * * * * * * * * * * * * * * 1056 * * 95 0 * * * * * * 1439 0 0 I 96 * * * * * * * 946 * * 1056 * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1439 0 0 D 97 * * 946 * * * * * * * * * * * 1056 * * * * * 97 0 * * * * * * 1439 0 0 G 98 * * * * * 946 * * * * * 1056 * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1439 0 0 L 99 * * * * * * * * * 946 * * * * 1056 * * * * * 99 0 * * * * * * 1439 0 0 V 100 * * * * * * 1056 * * * * * * * * * * 946 * * 100 0 * * * * * * 1439 0 0 N 101 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 101 946 1056 * 0 * * * 1439 1000 0 G 102 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1439 0 0 Y 103 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 103 0 * * * * * * 1439 0 0 T 104 * * * * * * * * * * * * * * * * 946 1056 * * 104 0 * * * * * * 1439 0 0 F 105 * * 1056 * 946 * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1439 0 0 I 106 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1439 0 0 D 107 * * 946 * * * * * * * * * * * * 1056 * * * * 107 0 * * * * * * 1439 0 0 N 108 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1439 0 0 S 109 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 109 0 * * * * * * 1439 0 0 K 110 * * * * * * * * 946 * 1056 * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1439 0 0 W 111 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 111 0 * * * * * * 1439 0 0 C 112 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1439 0 0 S 113 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 113 0 * * * * * * 1439 0 0 Y 114 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 114 0 * * * * * * 1439 0 0 H 115 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1439 0 0 L 116 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1439 0 0 I 117 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1439 0 0 S 118 * * * * * * * * 1056 * * * * * * 946 * * * * 118 0 * * * * * * 1439 0 0 G 119 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1439 0 0 K 120 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1439 0 0 R 121 * * * * * * * * * * * * * * 946 1056 * * * * 121 0 * * * * * * 1439 0 0 E 122 * * * 946 * * * * 1056 * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1439 0 0 Q 123 * * * * * * * * * 1056 * * * 946 * * * * * * 123 0 * * * * * * 1439 0 0 R 124 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 124 0 * * * * * * 1439 0 0 K 125 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1439 0 0 E 126 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1439 0 0 E 127 * * * 946 * * * * * * * * * 1056 * * * * * * 127 0 * * * * * * 1439 0 0 S 128 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 128 0 * * * * * * 1439 0 0 L 129 * * * * * * * 1056 * 946 * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1439 0 0 E 130 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1439 0 0 L 131 * * * * * * * 1056 * 946 * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1439 0 0 L 132 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1439 0 0 K 133 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1439 0 0 A 134 946 * * * * * * * * * * * * * * 1056 * * * * 134 0 * * * * * * 1439 0 0 T 135 * * * * * * * * * * * * * * * * 946 * * 1056 135 0 * * * * * * 1439 0 0 G 136 * * * * * 946 * * * * * 1056 * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1439 0 0 L 137 * * * * * * * 1056 * 946 * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1439 0 0 V 138 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 138 0 * * * * * * 1439 0 0 D 139 * * 946 * * * * * * * * * 1056 * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1439 0 0 S 140 * * 1056 * * * * * * * * * * * * 946 * * * * 140 0 * * * * * * 1439 0 0 N 141 * * 1056 * * * * * * * * 946 * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1439 0 0 C 142 * 946 1056 * * * * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1439 0 0 K 143 * * * * * * * 1056 946 * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1439 0 0 D 144 * * 946 * * * * * * * * 1056 * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1439 0 0 D 145 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1439 0 0 N 146 * * 1056 * * * * * * * * 946 * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1439 0 0 I 147 * * * * * * * 946 * * * * * 1056 * * * * * * 147 0 * * * * * * 1439 0 0 A 148 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1439 0 0 D 149 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1439 0 0 A 150 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1439 0 0 Y 151 * * * * 1056 * * * * * * * * * * * * * * 946 151 0 * * * * * * 1439 0 0 N 152 * 1056 * * * * * * * * * 946 * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1439 0 0 I 153 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1439 0 0 L 154 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1439 0 0 T 155 * * * * * * * * * 1056 * * * * * * 946 * * * 155 0 * * * * * * 1439 0 0 Y 156 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 156 0 * * * * * * 1439 0 0 C 157 * 946 * * * * * * * * * * * * * * * 1056 * * 157 0 * * * * * * 1439 0 0 E 158 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1439 0 0 H 159 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 L 160 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 160 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //