HHsearch 1.5 NAME c4kqdA_ FAM FILE c4kqdA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4kqdA_.a3m DATE Sat Jul 5 08:21:17 2014 LENG 114 match states, 114 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4259 0.6344 SEQ >ss_dssp CCHHHHHHHHHTTCSSCEEEEETTSCEEEECHHHHHHHCTTCCCHHHHHHHCSSCHHHHHHHHHHHTCSCCCCCEEEEEEEETTEEEEEEEEEEEETTEE EEEEEEESCCCCCC >sa_dssp EDDCEEBCEEBDECECBAAABCCECEBDCBADCADECBBEEECDBDEBCEDCEDAEEADDBBEDABECEDCEDECDBEEBDBEEDEBBAAACBCDCEEEB BABABACEEDEEEE >ss_pred CCHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEEEEHEEECCCCC EEEEEEECHHHCCC >ss_conf 9168889999850898213001667678517899987520210034453238377665515554544103311215564211353377882101028786 79999610210159 >Consensus ixllenlxxviqxxxnpacirxxsgkfxfcnxlfxexflxxxxsaekwllsqxdfxelisitemexyrnehthlnlvedifiqnrfwtisvqxfxxxxxx iixwxfxdaxhvrh >c4kqdA_ IDLLENLTAVIQDYPNPACIRDETGKFIFCNTLFHESFLTQDQSAEKWLLSQRDFCELISVTEMEAYRNEHTHLNLVEDVFIQNRFWTISVQSFLNGHRN IILWQFYDAAHVRH >UniRef50_Q8L368(15-128:160) TraJ n=1 Tax=Salmonella enterica subsp. enterica serovar Pullorum RepID=Q8L368_SALPU E=2e-50 s/c=1.75 id=70% cov=101% INLLENLITVIQHFHNPACIRNVSGKFLFCNALFRELFLKETYSAEKWLLSQPDFSELISITEMEVYRNEHTHLNLVEDIFIQNRFWTISVQFFYSKPDG IVVWEFFDATHVRH # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * I 1 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1230 0 0 D 2 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1230 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1230 0 0 L 4 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1230 0 0 E 5 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1230 0 0 N 6 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1230 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1230 0 0 T 8 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * 8 0 * * * * * * 1230 0 0 A 9 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 9 0 * * * * * * 1230 0 0 V 10 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 10 0 * * * * * * 1230 0 0 I 11 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1230 0 0 Q 12 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 12 0 * * * * * * 1230 0 0 D 13 * * 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1230 0 0 Y 14 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 14 0 * * * * * * 1230 0 0 P 15 * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1230 0 0 N 16 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1230 0 0 P 17 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1230 0 0 A 18 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1230 0 0 C 19 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1230 0 0 I 20 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1230 0 0 R 21 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 21 0 * * * * * * 1230 0 0 D 22 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1230 0 0 E 23 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 23 0 * * * * * * 1230 0 0 T 24 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 24 0 * * * * * * 1230 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1230 0 0 K 26 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1230 0 0 F 27 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1230 0 0 I 28 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1230 0 0 F 29 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1230 0 0 C 30 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1230 0 0 N 31 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1230 0 0 T 32 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 32 0 * * * * * * 1230 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1230 0 0 F 34 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1230 0 0 H 35 * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * 35 0 * * * * * * 1230 0 0 E 36 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1230 0 0 S 37 * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * 37 0 * * * * * * 1230 0 0 F 38 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1230 0 0 L 39 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1230 0 0 T 40 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 40 0 * * * * * * 1230 0 0 Q 41 * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 41 0 * * * * * * 1230 0 0 D 42 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 42 0 * * * * * * 1230 0 0 Q 43 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 43 0 * * * * * * 1230 0 0 S 44 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 44 0 * * * * * * 1230 0 0 A 45 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1230 0 0 E 46 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1230 0 0 K 47 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1230 0 0 W 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 48 0 * * * * * * 1230 0 0 L 49 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1230 0 0 L 50 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1230 0 0 S 51 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 51 0 * * * * * * 1230 0 0 Q 52 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 52 0 * * * * * * 1230 0 0 R 53 * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * 53 0 * * * * * * 1230 0 0 D 54 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1230 0 0 F 55 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1230 0 0 C 56 * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 56 0 * * * * * * 1230 0 0 E 57 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1230 0 0 L 58 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1230 0 0 I 59 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1230 0 0 S 60 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 60 0 * * * * * * 1230 0 0 V 61 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 61 0 * * * * * * 1230 0 0 T 62 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 62 0 * * * * * * 1230 0 0 E 63 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1230 0 0 M 64 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1230 0 0 E 65 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1230 0 0 A 66 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 66 0 * * * * * * 1230 0 0 Y 67 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 67 0 * * * * * * 1230 0 0 R 68 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 68 0 * * * * * * 1230 0 0 N 69 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1230 0 0 E 70 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1230 0 0 H 71 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1230 0 0 T 72 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 72 0 * * * * * * 1230 0 0 H 73 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1230 0 0 L 74 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1230 0 0 N 75 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1230 0 0 L 76 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1230 0 0 V 77 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 77 0 * * * * * * 1230 0 0 E 78 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1230 0 0 D 79 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1230 0 0 V 80 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 80 0 * * * * * * 1230 0 0 F 81 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1230 0 0 I 82 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1230 0 0 Q 83 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 83 0 * * * * * * 1230 0 0 N 84 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1230 0 0 R 85 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 85 0 * * * * * * 1230 0 0 F 86 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1230 0 0 W 87 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 87 0 * * * * * * 1230 0 0 T 88 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 88 0 * * * * * * 1230 0 0 I 89 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1230 0 0 S 90 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 90 0 * * * * * * 1230 0 0 V 91 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 91 0 * * * * * * 1230 0 0 Q 92 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 92 0 * * * * * * 1230 0 0 S 93 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * 93 0 * * * * * * 1230 0 0 F 94 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1230 0 0 L 95 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 95 0 * * * * * * 1230 0 0 N 96 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 96 0 * * * * * * 1230 0 0 G 97 * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1230 0 0 H 98 * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1230 0 0 R 99 * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 99 0 * * * * * * 1230 0 0 N 100 * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1230 0 0 I 101 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1230 0 0 I 102 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 102 0 * * * * * * 1230 0 0 L 103 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 103 0 * * * * * * 1230 0 0 W 104 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 104 0 * * * * * * 1230 0 0 Q 105 * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 105 0 * * * * * * 1230 0 0 F 106 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1230 0 0 Y 107 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 107 0 * * * * * * 1230 0 0 D 108 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1230 0 0 A 109 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1230 0 0 A 110 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 110 0 * * * * * * 1230 0 0 H 111 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1230 0 0 V 112 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 112 0 * * * * * * 1230 0 0 R 113 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 113 0 * * * * * * 1230 0 0 H 114 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * 0 * * * 1230 0 0 //