HHsearch 1.5 NAME c4k7eA_ FAM FILE c4k7eA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4k7eA_.a3m DATE Sat Aug 10 08:30:49 2013 LENG 151 match states, 151 columns in multiple alignment FILT 5 out of 9 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.7 EVD 0.4047 -0.5868 SEQ >ss_dssp CCCHHHHHHHHHHHHTCCTTSCCEEEEESCTTSCSEEEEEETTTTEEEEEECCHHHHHHHHHHHSCTTCEEEESCCHHHHHHHHHTTCTTCEEEECCCCH HHHTTTHHHHHHHHGGGTCCCCCHHHHHHHHHHHHHTSCCCCCCEESSCCC >sa_dssp EBEEECCDCBDEABEDBDDECDAABBCDDDCEDADAAAAAABEDDCBABCDEEBDBCBDCBAECBCEEBDABADDBEEBCEBADEDEBECADCDDBECDE EDCEDBBEDACEDBBECCEEDEBAAABBAABBACEDEECBEDECEDBBEEE >ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEECCCCCCCEEEEEEECCCCCEEEEEECCCHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEECH HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCC >ss_conf 9126889999999610488884579806888882579988348998899851010079999973596608985170579999863274631688788724 899988899999853464687337888888776640436433554556689 >Consensus xLtxxqexxixexxxxlDpxxtxWlDIEgxxxDPVElAlfQPxxxqyIHcxRaxpGxxSxvIgxLPxxmVltxQGSDDIrKLldxhxRrDlkliDVxlTs eqaRxfexqVWdKfGxLCkephcalldcimfxsxxxgxlxxeexxpllpxx >c4k7eA_ NLTEIQEAVIREAVGKLDPTNTLWLDIEGPATDPVEMALFQPAGKQYIHCFRAMPGVLSYVIGLLPPDMVVTTQGSDDIRKLFDLHGRRDLKLVDVRLTS EQARQFDQQVWEKYGHLCKEPHCALLDCIMFQSVLDGKLYEEELTPLLPSS >UniRef50_P26578(355-547:564) Nucleoprotein n=78 Tax=New world arenaviruses RepID=NCAP_MACHU E=1e-65 s/c=1.30 id=82% cov=97% NLTEMQEAVIKEAVKKLDPTNTLWLDIEGPPTDPVELALYQPANKHYIHCFRkphdekgfkngsrhshgilmqdiedAMPGVLSYVIGLLPQDMVITTQG SDDIRKLLDIHGRKDLKLVDVKLTSDQARLYDQQIWEKFGHLCKhhngvvvnkkkrekdspfklssgEPHCALLDCIMYQSVMDGKMVDEEPV------ >UniRef50_P07400(358-536:558) Nucleoprotein n=36 Tax=Arenavirus RepID=NCAP_LYCVW E=2e-58 s/c=1.26 id=50% cov=93% -LSYSQTMLLKDLMGGIDPNAPTWIDIEGRFNDPVEIAIFQPQNGQFIHFYReptdqkqfkqdskyshgmdladlfnAQAGLTSSVIGALPQGMVLSCQG SDDIRKLLDSQNRRDIKLIDVEMTKEASREYEDKVWDKYGWLCKmhtgvvrdkkkkeiTPHCALMDCIIFESASKARLPD---------- >UniRef50_Q8V5C3(42-185:205) Nucleoprotein (Fragment) n=46 Tax=New world arenaviruses RepID=Q8V5C3_PIRVV E=3e-35 s/c=1.03 id=53% cov=78% -LSHAKEEQILEGLKRLDSKATTWVDIEGTPNDPVELAIFQPESGNYIHCYRephdvksfkdqskyshgmllkdltnTQPGLISFIIKNLPAGIVLTAQG SDDIEKLLEMHARRDISIIDVRLTSEQARQFEDKVWDKFGILC--------------------------------- >UniRef50_P18140(361-557:570) Nucleoprotein n=144 Tax=Arenaviridae RepID=NCAP_TACV E=2e-63 s/c=1.23 id=71% cov=99% SLTEGQELIVRAAISELDPSNTIWLDIEDLQLDPVELALYQPAKKQYIHCFRkphdekgfkngsrhshgilmkdiedAVPGVLSYVIGLLPPNMVITTQG SDDIRKLLDIHGRKDLKLIDVKFTSDQARLFEHQVWDKFGHLCKqhngviiskknkskdsppspspdEPHCALLDCIMFHSAVSGELPKEEPIPLLP-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * N 1 * * * * * * * * * * * 620 * * * 1517 * * * * 1 0 * * * * * * 1273 0 0 L 2 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1727 0 0 T 3 * * * * * * * * * * * * * * * 1090 916 * * * 3 0 * * * * * * 1727 0 0 E 4 * * * 916 * * 2122 * * * * * * * * * * * * 2058 4 0 * * * * * * 1727 0 0 I 5 2122 * * * * 2412 * 2537 * * 2558 * * * * 2058 * * * * 5 0 * * * * * * 1727 0 0 Q 6 * * * * * * * * 2122 * * * * 377 * * * * * * 6 0 * * * * * * 1727 0 0 E 7 * * * 396 * * * * * * * * * * * * 2058 * * * 7 0 * * * * * * 1727 0 0 A 8 1547 * * 2122 * * * * * 2412 2058 * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1727 0 0 V 9 * * * * * * * 2412 * 2058 * * * 2122 * * * 1547 * * 9 0 * * * * * * 1727 0 0 I 10 * * * * * * * 806 * 2058 * * * * * * * 2412 * * 10 0 * * * * * * 1727 0 0 R 11 * * * * * * * * 1286 2122 * * * * 1473 * * * * * 11 0 * * * * * * 1727 0 0 E 12 2412 * 2058 806 * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1727 0 0 A 13 916 * * * * 2122 * * * 2058 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1727 0 0 V 14 * * * * * * * 2412 * 2122 2058 * * * * * * 1547 * * 14 0 * * * * * * 1727 0 0 G 15 * * * * * 1278 * * 1323 * * * * * * 2412 * * * * 15 0 * * * * * * 1727 0 0 K 16 * * * 2412 * 2058 * * 1547 * * * * * 2122 * * * * * 16 0 * * * * * * 1727 0 0 L 17 * * * * * * * 2058 * 396 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1727 0 0 D 18 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1727 0 0 P 19 * * * * * * * * * * * * 377 * * 2122 * * * * 19 0 * * * * * * 1727 0 0 T 20 * * * * * * * * 2122 * * 2058 * * * 2412 1547 * * * 20 0 * * * * * * 1727 0 0 N 21 1090 * * * * * * * * * * 916 * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1727 0 0 T 22 * * * * * * * * * * * * 2058 * * * 396 * * * 22 0 * * * * * * 1727 0 0 L 23 * * * * * * * 2412 * 1547 * * * * * * 1090 * * * 23 0 * * * * * * 1727 0 0 W 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 24 0 * * * * * * 1727 0 0 L 25 * * * * * * * 2058 * 916 * * * * * * * 2122 * * 25 0 * * * * * * 1727 0 0 D 26 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1727 0 0 I 27 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1727 0 0 E 28 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1727 0 0 G 29 * * 2412 * * 300 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1727 0 0 P 30 * * * * * * * * * 2412 * * 1547 * 2058 * 2122 * * * 30 0 * * * * * * 1727 0 0 A 31 2537 * * * 2058 * * * * * * * 1323 2412 * * * * * * 31 0 * * * * * * 1727 0 0 T 32 * * * * * * * * * 2412 * 1090 * * * * 1547 * * * 32 0 * * * * * * 1727 0 0 D 33 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1727 0 0 P 34 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1727 0 0 V 35 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 35 0 * * * * * * 1727 0 0 E 36 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1727 0 0 M 37 * * * * * * * 2058 * 767 2537 * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1727 0 0 A 38 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1727 0 0 L 39 * * * * * * * 1090 * 916 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1727 0 0 F 40 * * * * 639 * * * * * * * * * * * * * * 1483 40 0 * * * * * * 1727 0 0 Q 41 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 41 0 * * * * * * 1727 0 0 P 42 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1727 0 0 A 43 916 * * 2122 * * * * * * * * * 2058 * * * * * * 43 0 * * * * * * 1727 0 0 G 44 * * * * * 2537 * * 2412 * * 1286 * * * 2122 * * * * 44 0 * * * * * * 1727 0 0 K 45 * * * * * 1090 * * 916 * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1727 0 0 Q 46 * * * * * * 2558 * * * * 2122 * 736 * * * * * * 46 0 * * * * * * 1727 0 0 Y 47 * * * * 2058 * * * * * * * * * * * * * * 396 47 0 * * * * * * 1727 0 0 I 48 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1727 0 0 H 49 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1727 0 0 C 50 * 396 * * 2058 * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1727 0 0 F 51 * * * * 916 * * * * * * * * * * * * * * 1090 51 0 * * * * * * 1727 0 0 R 52 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 52 2537 273 * 4644 59 * * 1727 1714 0 A 53 377 * * * * * * * * * * * * * * * 2122 * * * 53 0 * * * * * * 1727 0 0 M 54 * * * * * * * * * * 1547 * * 1090 * * * 2412 * * 54 0 * * * * * * 1727 0 0 P 55 2058 * * * * * * * * * * * 396 * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1727 0 0 G 56 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1727 0 0 V 57 * * * * * * * * * 1090 * * * * * * * 916 * * 57 0 * * * * * * 1727 0 0 L 58 * * * * * * * 2122 * 916 * * * * * * 2058 * * * 58 0 * * * * * * 1727 0 0 S 59 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 59 0 * * * * * * 1727 0 0 Y 60 * * * * 2122 * * * * * * * * * * 2058 * * * 916 60 0 * * * * * * 1727 0 0 V 61 * * * * * * * 2122 * * * * * * * * * 377 * * 61 0 * * * * * * 1727 0 0 I 62 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1727 0 0 G 63 * * * * * 377 * * 2122 * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1727 0 0 L 64 2058 * * * * * * * * 916 * 2122 * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1727 0 0 L 65 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1727 0 0 P 66 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1727 0 0 P 67 2122 * * * * * * * * * * * 1473 1286 * * * * * * 67 0 * * * * * * 1727 0 0 D 68 * * 1547 * * 1090 * * * * * 2412 * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1727 0 0 M 69 * * * * * * * 2122 * * 377 * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1727 0 0 V 70 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 70 0 * * * * * * 1727 0 0 V 71 * * * * * * * 1483 * 1090 * * * * * * * 2537 * * 71 0 * * * * * * 1727 0 0 T 72 * * * * * * * * * * * * * * * 2058 396 * * * 72 0 * * * * * * 1727 0 0 T 73 2122 2058 * * * * * * * * * * * * * * 916 * * * 73 0 * * * * * * 1727 0 0 Q 74 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 74 0 * * * * * * 1727 0 0 G 75 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1727 0 0 S 76 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 76 0 * * * * * * 1727 0 0 D 77 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1727 0 0 D 78 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1727 0 0 I 79 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1727 0 0 R 80 * * * 2122 * * * * * * * * * * 377 * * * * * 80 0 * * * * * * 1727 0 0 K 81 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1727 0 0 L 82 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1727 0 0 F 83 * * * * 2537 * * * * 273 * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1727 0 0 D 84 * * 377 2122 * * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1727 0 0 L 85 * * * * * * * 1483 * 2537 2122 * * * * 2058 * * * * 85 0 * * * * * * 1727 0 0 H 86 * * * * * * 396 * * * * * * 2058 * * * * * * 86 0 * * * * * * 1727 0 0 G 87 2122 * * * * 916 * * * * * 2058 * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1727 0 0 R 88 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 88 0 * * * * * * 1727 0 0 R 89 * * * * * * * * 1483 * * * * * 639 * * * * * 89 0 * * * * * * 1727 0 0 D 90 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1727 0 0 L 91 * * * * * * * 1090 * 916 * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1727 0 0 K 92 * * * * * * * * 377 * * * * * * 2122 * * * * 92 0 * * * * * * 1727 0 0 L 93 * * * * * * * 2122 * 377 * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1727 0 0 V 94 * * * * * * * 604 * * * * * * * * * 1547 * * 94 0 * * * * * * 1727 0 0 D 95 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1727 0 0 V 96 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 96 0 * * * * * * 1727 0 0 R 97 * * * 2058 * * * * 1483 * * * * * 1314 * * * * * 97 0 * * * * * * 1727 0 0 L 98 * * * * 2412 * * * * 806 2058 * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1727 0 0 T 99 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 99 0 * * * * * * 1727 0 0 S 100 * * * * * * * * 2058 * * * * * * 396 * * * * 100 0 * * * * * * 1727 0 0 E 101 * * 1483 639 * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1727 0 0 Q 102 2058 * * * * * * * * * * * * 396 * * * * * * 102 0 * * * * * * 1727 0 0 A 103 396 * * * * * * * * * * * * * * 2058 * * * * 103 0 * * * * * * 1727 0 0 R 104 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 104 0 * * * * * * 1727 0 0 Q 105 * * * 2058 * * * * * 1483 * * * 1314 * * * * * * 105 0 * * * * * * 1727 0 0 F 106 * * * * 761 * * * * * * * * * * * * * * 1286 106 0 * * * * * * 1727 0 0 D 107 * * 1547 604 * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1727 0 0 Q 108 * * 1090 * * * 2412 * * * * * * 1547 * * * * * * 108 0 * * * * * * 1727 0 0 Q 109 * * * * * * * * 1090 * * * * 916 * * * * * * 109 0 * * * * * * 1727 0 0 V 110 * * * * * * * 2558 * * * * * * * * * 269 * * 110 0 * * * * * * 1727 0 0 W 111 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 111 0 * * * * * * 1727 0 0 E 112 * * 604 1547 * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1727 0 0 K 113 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1727 0 0 Y 114 * * * * 767 * * * * * * * * * * * * * * 1278 114 0 * * * * * * 1727 0 0 G 115 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1727 0 0 H 116 * * * * * * 916 2122 * * * * * * * * * * 2058 * 116 0 * * * * * * 1727 0 0 L 117 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1727 0 0 C 118 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1727 0 0 K 119 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 119 2163 364 * 4288 76 * * 1567 1536 0 E 120 * * * 548 * * * * * * * * * * * * 1662 * * * 120 0 * * * * * * 1567 0 0 P 121 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1567 0 0 H 122 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1567 0 0 C 123 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1567 0 0 A 124 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1567 0 0 L 125 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1567 0 0 L 126 * * * * * * * * * 548 1662 * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1567 0 0 D 127 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1567 0 0 C 128 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1567 0 0 I 129 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1567 0 0 M 130 * * * * * * * 1662 * * 548 * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1567 0 0 F 131 * * * * 364 * * * * * * * * * * * * * * 2163 131 0 * * * * * * 1567 0 0 Q 132 * * * 1662 * * 2074 * * * * * * 1163 * * * * * * 132 0 * * * * * * 1567 0 0 S 133 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 133 0 * * * * * * 1567 0 0 V 134 853 * * * * * * * * * * * * * * * * 1163 * * 134 0 * * * * * * 1567 0 0 L 135 * * * * * * * * * 2163 2163 * * * * 1662 * 2074 * * 135 0 * * * * * * 1567 0 0 D 136 * * 1163 * * * * * 1662 * * * * * * 2074 * * * * 136 0 * * * * * * 1567 0 0 G 137 1662 * * * * 548 * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1567 0 0 K 138 * * * 2074 * * * * 1163 * * * * * 1662 * * * * * 138 0 * * * * * * 1567 0 0 L 139 * * * * * * * * * 364 2163 * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1567 0 0 Y 140 * * * * * * * * * * * * 853 * * * * 2163 * 2163 140 0 * * * * * * 1567 0 0 E 141 * * 891 2163 * * * * 2074 * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1567 0 0 E 142 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1273 0 0 E 143 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1273 0 0 L 144 * * * * * * * * * 1605 * * 575 * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1273 0 0 T 145 * * * * * * * 1517 * * * * * * * * 1605 1636 * * 145 0 * * * * * * 1273 0 0 P 146 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1216 0 0 L 147 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1216 0 0 L 148 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1216 0 0 P 149 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1216 0 0 S 150 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 S 151 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 151 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //