HHsearch 1.5 NAME c4jppE_ FAM FILE c4jppE_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4jppE_.a3m DATE Sat Jan 11 09:31:53 2014 LENG 121 match states, 121 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.3987 -2.2738 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC >sa_dssp EEEDDDEDEDEEDDEEEDDEEEDDDEEEDDDEEEEDDDDDDDEECEEEEEDDDEDEEEDEEDDDDEEEEDDEDEEDEDDDDEDEDEDEEEDDCDEEDDEE DEEDEEEDDEDDEEDEEEEEE >ss_pred CCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9758999996301479999985321455664555442101123566456788777677798999997215202578899999999997775321224689 999999975468988765369 >Consensus fxnqkelxkmqldnqkeiakmqxxxxxeiagiqsxtsrqntkdxvyaqnemlxynqkesxarvxsilxntxltxqqxtxeimrxxltxaqxagqxxtnxq ixxlxrkvxaeixxvxqxtqn >c4jppE_ FENQKELTKMQLDNQKEIAEMQNETQKEIAGIQSATSRQNTKDQVYAQNEMLAYQQKESTARVASIMENTNLSKQQQVSEIMRQMLTQAQTAGQYFTNDQ IKEMTRKVSAEVDLVHQQTQN >UniRef50_P03647(143-261:337) Minor spike protein n=69 Tax=root RepID=VGH_BPG4 E=9e-51 s/c=1.68 id=80% cov=99% FQNQKELTKMQLDNQKEIAKMQNETQKEIAGLQSITSRENTKDTVYAQNEMLAYNQKESMSRVGAILENTSLTKQQQTSEIMRQMLTQAQTAGQYFTNDQ IKELTRKVGADIDAVRANT-- >UniRef50_P03649(163-280:332) Minor spike protein n=14 Tax=Microvirus RepID=VGH_BPPHK E=1e-34 s/c=1.25 id=63% cov=98% ---QKEMLKMQLDNQKDIAKMQMNNNLQIAGIQSATSRQNTKDSVYAQNEMLQYNQRESQARVASILANTDLTTKQATHEIMRMALTRAQETGQHLTNSQ IMALEKKVYAEIGKIHQDTQN # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * F 1 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1143 0 0 E 2 * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 2 0 * * * * * * 1143 0 0 N 3 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1143 0 0 Q 4 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 4 0 * * * * * * 1367 0 0 K 5 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1367 0 0 E 6 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1367 0 0 L 7 * * * * * * * * * 655 1454 * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1367 0 0 T 8 * * * * * * * * * 1454 * * * * * * 655 * * * 8 0 * * * * * * 1367 0 0 K 9 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1367 0 0 M 10 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 11 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 11 0 * * * * * * 1367 0 0 L 12 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1367 0 0 D 13 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1367 0 0 N 14 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 15 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 15 0 * * * * * * 1367 0 0 K 16 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1367 0 0 E 17 * * 1454 655 * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1367 0 0 I 18 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1367 0 0 A 19 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1367 0 0 E 20 * * * 1665 * * * * 547 * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1367 0 0 M 21 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 22 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 22 0 * * * * * * 1367 0 0 N 23 * * * * * * * * * * 1454 655 * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1367 0 0 E 24 * * * 655 * * * * * * * 1454 * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1367 0 0 T 25 * * * * * * * * * * * 1454 * * * * 655 * * * 25 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 26 * * * * * * * * * * * 1454 * 655 * * * * * * 26 0 * * * * * * 1367 0 0 K 27 * * * * * * * * 655 1454 * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1367 0 0 E 28 * * * 655 * * * * * * * * * 1454 * * * * * * 28 0 * * * * * * 1367 0 0 I 29 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1367 0 0 A 30 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1367 0 0 G 31 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1367 0 0 I 32 * * * * * * * 556 * 1645 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 33 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 33 0 * * * * * * 1367 0 0 S 34 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 34 0 * * * * * * 1367 0 0 A 35 556 * * * * * * 1645 * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1367 0 0 T 36 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 36 0 * * * * * * 1367 0 0 S 37 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 37 0 * * * * * * 1367 0 0 R 38 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 38 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 39 * * * 1645 * * * * * * * * * 556 * * * * * * 39 0 * * * * * * 1367 0 0 N 40 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1367 0 0 T 41 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 41 0 * * * * * * 1367 0 0 K 42 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1367 0 0 D 43 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 44 * * * * * * * * * * * * * 1665 * 1454 1645 * * * 44 0 * * * * * * 1367 0 0 V 45 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 45 0 * * * * * * 1367 0 0 Y 46 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 46 0 * * * * * * 1367 0 0 A 47 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 48 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 48 0 * * * * * * 1367 0 0 N 49 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1367 0 0 E 50 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1367 0 0 M 51 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1367 0 0 L 52 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1367 0 0 A 53 655 * * * * * * * * * * * * 1454 * * * * * * 53 0 * * * * * * 1367 0 0 Y 54 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 54 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 55 * * * * * * * * * * * 547 * 1665 * * * * * * 55 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 56 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 56 0 * * * * * * 1367 0 0 K 57 * * * * * * * * 655 * * * * * 1454 * * * * * 57 0 * * * * * * 1367 0 0 E 58 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1367 0 0 S 59 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 59 0 * * * * * * 1367 0 0 T 60 * * * * * * * * * * 1645 * * 1454 * * 1665 * * * 60 0 * * * * * * 1367 0 0 A 61 556 * * * * * * * * * * * * * * 1645 * * * * 61 0 * * * * * * 1367 0 0 R 62 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 62 0 * * * * * * 1367 0 0 V 63 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 63 0 * * * * * * 1367 0 0 A 64 556 * * * * 1645 * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1367 0 0 S 65 1645 * * * * * * * * * * * * * * 556 * * * * 65 0 * * * * * * 1367 0 0 I 66 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1367 0 0 M 67 * * * * * * * * * 547 1665 * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1367 0 0 E 68 1454 * * 655 * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1367 0 0 N 69 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1367 0 0 T 70 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 70 0 * * * * * * 1367 0 0 N 71 * * 1454 * * * * * * * * 1665 * * * 1645 * * * * 71 0 * * * * * * 1367 0 0 L 72 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1367 0 0 S 73 * * * * * * * * * * * * * * * 1665 547 * * * 73 0 * * * * * * 1367 0 0 K 74 * * * * * * * * 655 * * * * * * * 1454 * * * 74 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 75 * * * * * * * * 1454 * * * * 655 * * * * * * 75 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 76 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 76 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 77 1454 * * * * * * * * * * * * 655 * * * * * * 77 0 * * * * * * 1367 0 0 V 78 * * * * * * * * * * * * * * * * 547 1665 * * 78 0 * * * * * * 1367 0 0 S 79 * * * * * * 1454 * * * * * * * * 655 * * * * 79 0 * * * * * * 1367 0 0 E 80 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1367 0 0 I 81 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1367 0 0 M 82 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1367 0 0 R 83 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 83 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 84 * * * * * * * * * * 1454 * * 655 * * * * * * 84 0 * * * * * * 1367 0 0 M 85 1454 * * * * * * * * * 655 * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1367 0 0 L 86 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1367 0 0 T 87 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 87 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 88 * * * * * * * * * * * * * 655 1454 * * * * * 88 0 * * * * * * 1367 0 0 A 89 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 90 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 90 0 * * * * * * 1367 0 0 T 91 * * * 1454 * * * * * * * * * * * * 655 * * * 91 0 * * * * * * 1367 0 0 A 92 655 * * * * * * * * * * * * * * * 1454 * * * 92 0 * * * * * * 1367 0 0 G 93 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 94 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 94 0 * * * * * * 1367 0 0 Y 95 * * * * * * 1454 * * * * * * * * * * * * 655 95 0 * * * * * * 1367 0 0 F 96 * * * * 655 * * * * 1454 * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1367 0 0 T 97 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 97 0 * * * * * * 1367 0 0 N 98 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1367 0 0 D 99 * * 655 * * * * * * * * * * * * 1454 * * * * 99 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 100 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 100 0 * * * * * * 1367 0 0 I 101 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1367 0 0 K 102 * * * * * * * * 655 * 1454 * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1367 0 0 E 103 1454 * * 655 * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1367 0 0 M 104 * * * * * * * * * 547 1665 * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1367 0 0 T 105 * * * 1454 * * * * * * * * * * * * 655 * * * 105 0 * * * * * * 1367 0 0 R 106 * * * * * * * * 1454 * * * * * 655 * * * * * 106 0 * * * * * * 1367 0 0 K 107 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1367 0 0 V 108 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 108 0 * * * * * * 1367 0 0 S 109 * * * * * 1645 * * * * * * * * * 1665 * * * 1454 109 0 * * * * * * 1367 0 0 A 110 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1367 0 0 E 111 * * 1645 556 * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1367 0 0 V 112 * * * * * * * 547 * * * * * * * * * 1665 * * 112 0 * * * * * * 1367 0 0 D 113 * * 655 * * 1454 * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1367 0 0 L 114 1645 * * * * * * * 1454 1665 * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1367 0 0 V 115 * * * * * * * 1454 * * * * * * * * * 655 * * 115 0 * * * * * * 1367 0 0 H 116 * * * * * * 556 * * * * * * * 1645 * * * * * 116 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 117 1645 * * * * * * * * * * * * 556 * * * * * * 117 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 118 * * 1454 * * * * * * * * 1645 * 1665 * * * * * * 118 0 * * * * * * 1367 0 0 T 119 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 119 0 * * * * * * 1367 0 0 Q 120 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 120 0 * * * * * * 1287 0 0 N 121 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 121 0 * * 0 * * * 1287 0 0 //