HHsearch 1.5 NAME c4hr6A_ FAM FILE c4hr6A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4hr6A_.a3m DATE Sat Aug 10 08:30:05 2013 LENG 41 match states, 41 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4592 2.2269 SEQ >ss_dssp CCCCSTTCCHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEETTEEEECSCC >sa_dssp EEDDEEEDEEDDEEECCDDDEEDDBBEEEDEEEEDDECEDE >ss_pred CCCEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEEEEEECC >ss_conf 96320025776167789999975252204663311000049 >Consensus anlrlseansgtyktfigrvreelgsetyrlygipvlkhsl >c4hr6A_ ANLRLSEANSGTYKTFIGRVREELGSETYRLYGIPVLKHSL # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 N 2 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 R 4 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 S 6 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 E 7 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 N 9 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 S 10 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 G 11 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 T 12 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 13 0 * * * * * * 1000 0 0 K 14 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 T 15 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 F 16 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 I 17 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 G 18 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 R 19 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 V 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 R 21 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 E 22 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 E 23 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 L 24 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 E 27 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 T 28 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 29 0 * * * * * * 1000 0 0 R 30 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 L 31 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 32 0 * * * * * * 1000 0 0 G 33 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 I 34 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 P 35 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 V 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 L 37 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 K 38 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 H 39 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 S 40 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //