HHsearch 1.5 NAME c4f8lA_ FAM FILE c4f8lA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4f8lA_.a3m DATE Sat May 25 08:37:55 2013 LENG 139 match states, 139 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.4026 -0.9890 SEQ >ss_dssp CCCEEEEEECSSCCBSEECSSCEEEEEEEEECSSCCCEEEEEECGGGTTTEEEETTSCEEECEESSSEEEGGGTEEEEECCCSSCEEEEEEECTTCEECS SEEEEEEEEEEEEEETTEEEEEEEEEEEEEEECBCCCCC >sa_dssp EECDBEBCDCEDEBDCCEBECDCCAACACAAAECEBBAACABACEEAEDBDACBEDDDDBCBCBDDBDCDDEDCBACCECECDEDBEADABADDCCEADD BCADADBDABAADECEEECEDDDDDEBECDBDADECEEE >ss_pred CEEEEEEECCCCCEEECCCCCCCEEEEEEECCCCCCCCEEEEECCCCCCCEEEECCCCEEEEEEEEEEEEEECCCEEEECCCCCCEEEEEEEEECCEEEC CCEEEEEEEEEEEECCCCEEEEECCCCCEEEEHHHCCCC >ss_conf 9068996157782775136787236999852777657726676365668359821576764454344543105726770788212024588730666513 405872464346642742024403334404660305789 >Consensus xtFxVxFxxxxxEIxaGKxxxDxxxFxLxMxDsxxHxGWxvxPTGxSeGGxMvSADGxxVxLxsxxlSWxxxxxxWxIdDxSxrdvexxxylxAGxvvKx xxYqFTGRVEEYVfdnkqstvinskdvsgevtvkqgleg >c4f8lA_ NTFHVDFAPNTGEIFAGKQPGDVTMFTLTMGDTAPHGGWRLIPTGDSKGGYMISADGDYVGLYSYMMSWVGIDNNWYINDDSPKDIKDHLYVKAGTVLKP TTYKFTGRVEEYVFDNKQSTVINSKDVSGEVTVKQGLEG >UniRef50_Q56C51(1-89:90) Mucoid yersinia fimbriae (Fragment) n=1 Tax=Yersinia enterocolitica RepID=Q56C51_YEREN E=1e-30 s/c=1.37 id=48% cov=65% ---------------------DTPAFHLGMSDSGEHKGWDVRPTGVSEGGQMVSADGARVDLHSHDLSWGK--GHWWIDDGSQR-VEATFYLAAGDVVKA GEYQFTGRVEEYV-------------------------- >UniRef50_P33406(49-158:159) Fimbrial protein myfA n=3 Tax=Yersinia RepID=MYFA_YEREN E=3e-46 s/c=1.52 id=42% cov=80% GSFSVEFKATENEIVSGKLDADTPAFHLVMSDSGEHKGWNVRPTGASEGGQMVSADGTRVDLHTNELSW--DNDHWWIDDGSER-VEATFFLAAGDEVKA GEYQFTGRVEEYV-------------------------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * N 1 * * * * * 1039 * * * * * 962 * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1471 0 0 T 2 * * * * * * * * * * * * * * * 1039 962 * * * 2 0 * * * * * * 1471 0 0 F 3 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1471 0 0 H 4 * * * * * * 962 * * * * * * * * 1039 * * * * 4 0 * * * * * * 1471 0 0 V 5 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 5 0 * * * * * * 1471 0 0 D 6 * * 962 1039 * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1471 0 0 F 7 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1471 0 0 A 8 962 * * * * * * * 1039 * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1471 0 0 P 9 1039 * * * * * * * * * * * 962 * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1471 0 0 N 10 * * * * * * * * * * * 962 * * * * 1039 * * * 10 0 * * * * * * 1471 0 0 T 11 * * * 1039 * * * * * * * * * * * * 962 * * * 11 0 * * * * * * 1471 0 0 G 12 * * * * * 962 * * * * * 1039 * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1471 0 0 E 13 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1471 0 0 I 14 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1471 0 0 F 15 * * * * 962 * * * * * * * * * * * * 1039 * * 15 0 * * * * * * 1471 0 0 A 16 962 * * * * * * * * * * * * * * 1039 * * * * 16 0 * * * * * * 1471 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1471 0 0 K 18 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1471 0 0 Q 19 * * * * * * * * * 1039 * * * 962 * * * * * * 19 0 * * * * * * 1471 0 0 P 20 * * 1039 * * * * * * * * * 962 * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1471 0 0 G 21 1039 * * * * 962 * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1471 0 0 D 22 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1505 0 0 V 23 * * * * * * * * * * * * * * * * 762 1285 * * 23 0 * * * * * * 1505 0 0 T 24 * * * * * * * * * * * * 762 * * * 1285 * * * 24 0 * * * * * * 1505 0 0 M 25 762 * * * * * * * * * 1285 * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1505 0 0 F 26 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1505 0 0 T 27 * * * * * * 762 * * * * * * * * * 1285 * * * 27 0 * * * * * * 1505 0 0 L 28 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1505 0 0 T 29 * * * * * 1782 * * * * * * * * * * 1285 1742 * * 29 0 * * * * * * 1505 0 0 M 30 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1505 0 0 G 31 * * * * * 1285 * * * * * * * * * 762 * * * * 31 0 * * * * * * 1505 0 0 D 32 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1505 0 0 T 33 * * * * * * * * * * * * * * * 762 1285 * * * 33 0 * * * * * * 1505 0 0 A 34 1285 * * * * 762 * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1505 0 0 P 35 * * * 762 * * * * * * * * 1285 * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1505 0 0 H 36 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1505 0 0 G 37 * * * * * 1285 * * 762 * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1505 0 0 G 38 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1505 0 0 W 39 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 39 0 * * * * * * 1505 0 0 R 40 * * 1782 * * * * * * * * 1742 * * 1285 * * * * * 40 0 * * * * * * 1505 0 0 L 41 * * * * * * * * * 1285 * * * * * * * 762 * * 41 0 * * * * * * 1505 0 0 I 42 * * * * * * * 1285 * * * * * * 762 * * * * * 42 0 * * * * * * 1505 0 0 P 43 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1505 0 0 T 44 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 44 0 * * * * * * 1505 0 0 G 45 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1505 0 0 D 46 1742 * 1285 * * * * * * * * * * * * * * 1782 * * 46 0 * * * * * * 1505 0 0 S 47 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 47 0 * * * * * * 1505 0 0 K 48 * * * 762 * * * * 1285 * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1505 0 0 G 49 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1505 0 0 G 50 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1505 0 0 Y 51 * * * * * * * * * * * * * 762 * * * * * 1285 51 0 * * * * * * 1505 0 0 M 52 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1505 0 0 I 53 * * * * * * * 1285 * * * * * * * * * 762 * * 53 0 * * * * * * 1505 0 0 S 54 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 54 0 * * * * * * 1505 0 0 A 55 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1505 0 0 D 56 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1505 0 0 G 57 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1505 0 0 D 58 1782 * 1285 * * * * * * * * * * * * * 1742 * * * 58 0 * * * * * * 1505 0 0 Y 59 * * * * * * * * * * * * * * 762 * * * * 1285 59 0 * * * * * * 1505 0 0 V 60 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 60 0 * * * * * * 1505 0 0 G 61 * * 762 * * 1285 * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1505 0 0 L 62 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1505 0 0 Y 63 * * * * * * 762 * * * * * * * * * * * * 1285 63 0 * * * * * * 1505 0 0 S 64 * * * * * * * * * * * * * * * 512 1742 * * * 64 0 * * * * * * 1505 0 0 Y 65 * * * * * * 1782 * * * * 1742 * * * * * * * 1285 65 0 * * * * * * 1505 0 0 M 66 * * 1782 1742 * * * * * * 1285 * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1505 0 0 M 67 * * * * * * * * * 762 1285 * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1505 0 0 S 68 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 68 0 * * * * * * 1505 0 0 W 69 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 69 512 * 1742 * * * * 1505 0 0 V 70 * * * * * 1048 * * * * * * * * * * * 954 * * 70 0 * * * * * 0 1414 0 1000 G 71 * * * * * 954 * * 1048 * * * * * * * * * * * 71 954 * 1048 * * 0 * 1414 0 1000 I 72 * * 1039 * * * * 962 * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * 0 1471 0 1000 D 73 * * 962 * * * * * * * * 1039 * * * * * * * * 73 0 * * * * 0 * 1471 0 1000 N 74 * * 1742 * * 1782 * * * * * 1285 * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1505 0 0 N 75 * * * * * * 762 * * * * 1285 * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1505 0 0 W 76 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 76 0 * * * * * * 1505 0 0 Y 77 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 762 1285 77 0 * * * * * * 1505 0 0 I 78 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1505 0 0 N 79 * * 762 * * * * * * * * 1285 * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1505 0 0 D 80 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1505 0 0 D 81 * * 1285 * * 762 * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1505 0 0 S 82 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 82 0 * * * * * * 1505 0 0 P 83 * * * 1742 * * * * * * * * 1285 1782 * * * * * * 83 0 * * * * * * 1505 0 0 K 84 * * * * * * * * 1285 * * * * * 762 * * * * * 84 1285 * 762 * * * * 1505 0 0 D 85 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * 0 * 1000 0 1087 I 86 * * * * * * * 1285 * * * * * * * * * 762 * * 86 0 * * * * * * 1505 0 0 K 87 * * * 762 * * * * 1285 * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1505 0 0 D 88 762 * 1285 * * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1505 0 0 H 89 * * * * * * 1285 * * * * * * * * * 762 * * * 89 0 * * * * * * 1505 0 0 L 90 * * * * 762 * * * * 1285 * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1505 0 0 Y 91 * * * * 1742 * * * * * * * * * * * * * * 512 91 0 * * * * * * 1505 0 0 V 92 * * * * * * * * * 762 * * * * * * * 1285 * * 92 0 * * * * * * 1505 0 0 K 93 762 * * * * * * * 1285 * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1505 0 0 A 94 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1505 0 0 G 95 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1505 0 0 T 96 * * 762 * * * * * * * * * * * * * 1285 * * * 96 0 * * * * * * 1505 0 0 V 97 * * * 1742 * * * * * * * * * * * * * 512 * * 97 0 * * * * * * 1505 0 0 L 98 * * * * * * * * * 1285 * * * * * * * 762 * * 98 0 * * * * * * 1505 0 0 K 99 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1505 0 0 P 100 762 * * * * * * * * * * * 1285 * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1505 0 0 T 101 * * * * * 762 * * * * * * * * * * 1285 * * * 101 0 * * * * * * 1505 0 0 T 102 * * * 762 * * * * * * * * * * * * 1285 * * * 102 0 * * * * * * 1505 0 0 Y 103 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 103 0 * * * * * * 1505 0 0 K 104 * * * * * * * * 1285 * * * * 762 * * * * * * 104 0 * * * * * * 1505 0 0 F 105 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1505 0 0 T 106 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 106 0 * * * * * * 1505 0 0 G 107 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1505 0 0 R 108 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 108 0 * * * * * * 1505 0 0 V 109 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 109 0 * * * * * * 1505 0 0 E 110 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1505 0 0 E 111 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1505 0 0 Y 112 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 112 0 * * * * * * 1505 0 0 V 113 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 113 0 * * * * * * 1505 0 0 F 114 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 D 115 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 N 116 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 K 117 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 118 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 S 119 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 T 120 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 V 121 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 I 122 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 N 123 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 S 124 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 K 125 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 D 126 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 V 127 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 S 128 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 G 129 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 E 130 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 V 131 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 T 132 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 V 133 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 K 134 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 135 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 G 136 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 L 137 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 E 138 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 G 139 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //