HHsearch 1.5 NAME c4dwlA_ FAM FILE c4dwlA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4dwlA_.a3m DATE Sat Mar 2 08:26:11 2013 LENG 109 match states, 109 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4330 -0.0316 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSSCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHC >sa_dssp EDBCDCAEDACECADDBADEBDEECCECCDEACECADDACEDADDBDECEDCDCADDADDBADDADDBAEDACDBDEDECBDEECCECACECADCADECA DECCEEDEE >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHCHHHHHHHHHHHCCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHCC >ss_conf 9038989999999977865221431323899999974221277882576414666652101599999999994015746888211257999999999999 999986439 >Consensus xliveryervisylypiaqsiprkhgvarexflkcllgqvelfivagksnqvsklyaadaglaxlrfwlrflagiqkphaxtphqvetaqvliaevgril gswiarvnr >c4dwlA_ XLIVERYERVISYLYPIAQSIPRKHGVAREXFLKCLLGQVELFIVAGKSNQVSKLYAADAGLAXLRFWLRFLAGIQKPHAXTPHQVETAQVLIAEVGRIL GSWIARVNR # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * X 1 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 1 * * * * * * * 0 0 0 L 2 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 I 3 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 V 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 E 5 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 R 6 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 7 0 * * * * * * 1000 0 0 E 8 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 R 9 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 V 10 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 I 11 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 S 12 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 13 0 * * * * * * 1000 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 15 0 * * * * * * 1000 0 0 P 16 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 I 17 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 A 18 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 19 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 S 20 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 I 21 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 P 22 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 R 23 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 K 24 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 H 25 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 G 26 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 V 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 A 28 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 R 29 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 E 30 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 X 31 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 31 * * * * * * * 1000 0 0 F 32 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 K 34 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 C 35 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 L 36 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 L 37 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 G 38 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 39 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 V 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 E 41 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 L 42 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 F 43 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 I 44 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 V 45 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 A 46 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 G 47 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 K 48 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 S 49 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 N 50 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 51 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 V 52 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 S 53 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 K 54 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 L 55 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 56 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 56 0 * * * * * * 1000 0 0 A 57 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 A 58 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 D 59 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 A 60 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 G 61 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 L 62 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 A 63 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 X 64 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 64 * * * * * * * 1000 0 0 L 65 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 R 66 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 F 67 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 W 68 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 L 69 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 R 70 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 F 71 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 L 72 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 A 73 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 G 74 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 I 75 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 76 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 K 77 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 P 78 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 H 79 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 A 80 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 X 81 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 81 * * * * * * * 1000 0 0 T 82 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 P 83 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 H 84 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 85 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 V 86 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 E 87 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 T 88 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 A 89 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 90 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 V 91 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 L 92 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 I 93 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 A 94 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 E 95 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 V 96 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 G 97 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 R 98 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 I 99 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 L 100 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 G 101 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 S 102 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 W 103 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 I 104 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 A 105 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 R 106 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 V 107 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 N 108 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 R 109 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 109 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //