HHsearch 1.5 NAME c4d8jD_ FAM FILE c4d8jD_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4d8jD_.a3m DATE Wed Jan 9 20:50:57 2013 LENG 149 match states, 149 columns in multiple alignment FILT 5 out of 9 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.6 EVD 0.4082 -1.0939 SEQ >ss_dssp CCSCCCTTTHHHHHHHHHHHHHTTTCCCSSCCCSSHHHHHHHHHHTCSSCHHHHHHHHHHSCCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSTTTCCCCCCCCHHH HHHHHHHHHHHSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSSCC >sa_dssp EEDEDCEEDBBCCCCEBBCEDDEEECDBBEDEDEDCCDEBBEEBDEBEEDCEDBCCBBEDCBBEDADEDBEDCBECDCDEDCBDEEDECDEEEEEDEEDD DEECCCCBEEDEDECEDADDDDDEEEEEEDEEDECDDDDDEEEDEEEEE >ss_pred CCHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCHHHHH HHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9667753111187057877654203489999986577999999996155627899999960795788999999999987511266665565421145999 9999999998211189999999982444899999999999999997369 >Consensus MKYQqLENlExgWKWxYLvkKHrEGExITryiExSaaxxavxxLlxlenePvxvxxWIxxHmnpxLxxrmkQtIRARRKRhFNaEhQHTrKKSIDLefxV WxRLaxlaxrrgxTLSeTivqlIedaExKekyanqMsslKxdLxxxLxk >c4d8jD_ MKYQQLENLESGWKWKYLVKKHREGELITRYIEASAAQEAVDVLLSLENEPVLVNGWIDKHMNPELVNRMKQTIRARRKRHFNAEHQHTRKKSIDLEFIV WQRLAGLAQRRGKTLSETIVQLIEDAENKEKYANKMSSLKQDLQALLGK >UniRef50_A4W8W8(1-149:151) UPF0268 protein Ent638_1468 n=156 Tax=Gammaproteobacteria RepID=Y1468_ENT38 E=2e-73 s/c=1.85 id=88% cov=101% MKYQQLENLESGWKWKYLVKKHREGELITCYIEASAAKEAVDLLLTLENEPVHVNSWIEKHINPALLNRMKQTIRARRKRHFNAEHQHTRKKSIDLEFMV WQRLAGLAQRRGKTLSETVVQLIEDAEHKEKYANQMSTLKNDLQAMLGK >UniRef50_Q7N603(1-149:151) UPF0268 protein plu1774 n=9 Tax=Enterobacteriaceae RepID=Y1774_PHOLL E=2e-56 s/c=1.47 id=78% cov=101% MKYQQLENLECGWKWTYLMKKHQEGELITKYIENSAAHAAVDKLIELESEPVRVLKWIEQHMNPDLSNRMKQTIRARRKRHFNAEHQHTRKKSIDLDFPV WHRLSALSQRRGNTLSETIIQLIEDAERKEKYANQMSSLKHDLEAILGK >UniRef50_B2JYT3(1-149:151) UPF0268 protein YPTS_1558 n=46 Tax=Gammaproteobacteria RepID=Y1558_YERPB E=2e-53 s/c=1.40 id=79% cov=101% MKYQQLENLESGWKWAYLVKKHREGEAITRHIENSAAQDAVEQLMKLENEPVKVQEWIDAHMNVNLATRMKQTIRARRKRHFNAEHQHTRKKSIDLEFLV WQRLAVLARRRGNTLSDTVVQLIEDAERKEKYASQMSSLKQDLKDILDK >UniRef50_A5UEY9(1-147:148) UPF0268 protein CGSHiGG_01275 n=27 Tax=Pasteurellaceae RepID=Y1275_HAEIG E=4e-46 s/c=1.26 id=50% cov=99% MKYQKLENQEANWKWIYLIRKHREGENITRYEERSLQEAKAQELLESQNYPSQIEEWIKNHLSPALPIKLDQAIRARRKRFFNGEKQHTKKKSIDLEYAV WLRLSKYSRKMKMTLSETITYMIDERESKAQFENQMAAMKTSLKNLL-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1593 0 0 K 2 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1593 0 0 Y 3 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 3 0 * * * * * * 1593 0 0 Q 4 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 4 0 * * * * * * 1593 0 0 Q 5 * * * * * * * * 1790 * * * * 492 * * * * * * 5 0 * * * * * * 1593 0 0 L 6 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1593 0 0 E 7 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1593 0 0 N 8 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1593 0 0 L 9 * * * * * * * * * 492 * * * 1790 * * * * * * 9 0 * * * * * * 1593 0 0 E 10 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1593 0 0 S 11 1790 2421 * * * * * * * * * * * * * 932 * * * * 11 0 * * * * * * 1593 0 0 G 12 * * * * * 492 * * * * * 1790 * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1593 0 0 W 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 13 0 * * * * * * 1593 0 0 K 14 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1593 0 0 W 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 15 0 * * * * * * 1593 0 0 K 16 2426 * * * * * * 1790 1564 * * * * * * * 2421 * * * 16 0 * * * * * * 1593 0 0 Y 17 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 17 0 * * * * * * 1593 0 0 L 18 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1593 0 0 V 19 * * * * * * * 1790 * * 2421 * * * * * * 932 * * 19 0 * * * * * * 1593 0 0 K 20 * * * * * * * * 492 * * * * * 1790 * * * * * 20 0 * * * * * * 1593 0 0 K 21 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1593 0 0 H 22 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1593 0 0 R 23 * * * * * * * * * * * * * 2421 298 * * * * * 23 0 * * * * * * 1593 0 0 E 24 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1593 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1593 0 0 E 26 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1593 0 0 L 27 2426 * * * * * * * * 930 * 1790 * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1593 0 0 I 28 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1593 0 0 T 29 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 29 0 * * * * * * 1593 0 0 R 30 * 2545 * * * * * * 2421 * * * * * 639 * * * * * 30 0 * * * * * * 1593 0 0 Y 31 * * * * * * 2426 * * * * * * * * * * * * 297 31 0 * * * * * * 1593 0 0 I 32 * * * 1790 * * * 492 * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1593 0 0 E 33 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1593 0 0 A 34 1564 * * * * * * * * * * 1424 * * 1790 * * * * * 34 0 * * * * * * 1593 0 0 S 35 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 35 0 * * * * * * 1593 0 0 A 36 492 * * * * * * * * 1790 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1593 0 0 A 37 492 * * * * * * * * * * * * 1790 * * * * * * 37 0 * * * * * * 1593 0 0 Q 38 * * * 1790 * * 2421 * 2545 * * * * 1503 * * * * * * 38 0 * * * * * * 1593 0 0 E 39 1072 * 2426 1564 * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1593 0 0 A 40 492 * * * * * * * 1790 * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1593 0 0 V 41 1790 * * * * * * * * * * * * * * * * 492 * * 41 0 * * * * * * 1593 0 0 D 42 * * 930 2426 * * * * * * * * * 1790 * * * * * * 42 0 * * * * * * 1593 0 0 V 43 * * * 1790 * * * * 2421 2545 * * * 2426 * * * 2583 * * 43 0 * * * * * * 1593 0 0 L 44 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1593 0 0 L 45 * * * * * * * 2421 * 673 2426 * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1593 0 0 S 46 * * * 1072 * * * * 2426 * * * * * * 2583 2545 * * * 46 0 * * * * * * 1593 0 0 L 47 * * * * * * * * * 492 * * * * * 1790 * * * * 47 0 * * * * * * 1593 0 0 E 48 * * * 492 * * * * * * * * * 1790 * * * * * * 48 0 * * * * * * 1593 0 0 N 49 * * * * * * * * * * * 298 * * * 2421 * * * * 49 0 * * * * * * 1593 0 0 E 50 * * * 492 * * * * * * * * * * * * * * * 1790 50 0 * * * * * * 1593 0 0 P 51 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1593 0 0 V 52 * * * * * * * * * * * * * * * 1790 * 492 * * 52 0 * * * * * * 1593 0 0 L 53 * * * * * * 2545 * 2426 2583 * * * 1790 2421 * * * * * 53 0 * * * * * * 1593 0 0 V 54 * * * * * * * 1790 * * * * * * * * * 492 * * 54 0 * * * * * * 1593 0 0 N 55 * * * 1790 * * * * * 2421 * 1564 * 2426 * * * * * * 55 0 * * * * * * 1593 0 0 G 56 * * * 1074 * 2583 * * 2421 * * * * * * 2545 * * * * 56 0 * * * * * * 1593 0 0 W 57 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 57 0 * * * * * * 1593 0 0 I 58 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1593 0 0 D 59 * * 1503 1482 * * * * 1790 * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1593 0 0 K 60 2426 * * * * * * * 1564 * * 1790 * 2421 * * * * * * 60 0 * * * * * * 1593 0 0 H 61 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1593 0 0 M 62 * * * * * * * 2545 * 1790 890 * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1593 0 0 N 63 * * * * * * * * * * * 492 * * * 1790 * * * * 63 0 * * * * * * 1593 0 0 P 64 * * * * * * * * * * * * 297 * * * * 2426 * * 64 0 * * * * * * 1593 0 0 E 65 1119 * 2421 2583 * * * * * * * 2426 * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1593 0 0 L 66 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1593 0 0 V 67 2426 * * * * * * * * 2545 * * 1790 * * 2421 * 2583 * * 67 0 * * * * * * 1593 0 0 N 68 * * * * * * * 1790 * * * 930 * * * * 2426 * * * 68 0 * * * * * * 1593 0 0 R 69 * * * * * * * * 1790 * * * * * 492 * * * * * 69 0 * * * * * * 1593 0 0 M 70 * * * * * * * * * 1790 492 * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1593 0 0 K 71 * * 1790 * * * * * 492 * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1593 0 0 Q 72 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 72 0 * * * * * * 1593 0 0 T 73 1790 * * * * * * * * * * * * * * * 492 * * * 73 0 * * * * * * 1593 0 0 I 74 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1593 0 0 R 75 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 75 0 * * * * * * 1593 0 0 A 76 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1593 0 0 R 77 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 77 0 * * * * * * 1593 0 0 R 78 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 78 0 * * * * * * 1593 0 0 K 79 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1593 0 0 R 80 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 80 0 * * * * * * 1593 0 0 H 81 * * * * 1790 * 492 * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1593 0 0 F 82 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1593 0 0 N 83 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1593 0 0 A 84 492 * * * * 1790 * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1593 0 0 E 85 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1593 0 0 H 86 * * * * * * 492 * 1790 * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1593 0 0 Q 87 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 87 0 * * * * * * 1593 0 0 H 88 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1593 0 0 T 89 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 89 0 * * * * * * 1593 0 0 R 90 * * * * * * * * 1790 * * * * * 492 * * * * * 90 0 * * * * * * 1593 0 0 K 91 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1593 0 0 K 92 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1593 0 0 S 93 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 93 0 * * * * * * 1593 0 0 I 94 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1593 0 0 D 95 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1593 0 0 L 96 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1593 0 0 E 97 * * 2421 298 * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1593 0 0 F 98 * * * * 492 * * * * * * * * * * * * * * 1790 98 0 * * * * * * 1593 0 0 I 99 1790 * * * * * * 2583 * 2426 2545 * 2421 * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1593 0 0 V 100 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 100 0 * * * * * * 1593 0 0 W 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 101 0 * * * * * * 1593 0 0 Q 102 * * * * * * 2421 * * 1790 * * * 932 * * * * * * 102 0 * * * * * * 1593 0 0 R 103 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 103 0 * * * * * * 1593 0 0 L 104 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1593 0 0 A 105 932 * * * * * * * * * * * * * * 1072 * * * * 105 0 * * * * * * 1593 0 0 G 106 2421 * * * * 1564 * * 1790 * * * * * * * * 2426 * * 106 0 * * * * * * 1593 0 0 L 107 * * * * * * * * * 492 * * * * * * * * * 1790 107 0 * * * * * * 1593 0 0 A 108 932 * * * * * * * * * * * * * * 1072 * * * * 108 0 * * * * * * 1593 0 0 Q 109 * * * * * * * * * * * * * 930 1074 * * * * * 109 0 * * * * * * 1593 0 0 R 110 * * * * * * * * 1790 * * * * * 492 * * * * * 110 0 * * * * * * 1593 0 0 R 111 * * * * * * * * * * 1790 * * * 492 * * * * * 111 0 * * * * * * 1593 0 0 G 112 * * * * * 492 * * 1790 * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1593 0 0 K 113 * * * * * * * * 1564 * 1790 1424 * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1593 0 0 T 114 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 114 0 * * * * * * 1593 0 0 L 115 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1593 0 0 S 116 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 116 0 * * * * * * 1593 0 0 E 117 * * 2426 297 * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1593 0 0 T 118 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 118 0 * * * * * * 1593 0 0 I 119 * * * * * * * 638 * * * * * * * * * 1484 * * 119 0 * * * * * * 1593 0 0 V 120 * * * * * * * 2421 * * * * * * * * 1790 932 * * 120 0 * * * * * * 1593 0 0 Q 121 * * * * * * * * * * * * * 492 * * * * * 1790 121 0 * * * * * * 1593 0 0 L 122 * * * * * * * * * 492 1790 * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1593 0 0 I 123 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1593 0 0 E 124 * * 1790 492 * * * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1593 0 0 D 125 * * 492 1790 * * * * * * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1593 0 0 A 126 492 * * * * * * * * * * * * * 1790 * * * * * 126 0 * * * * * * 1593 0 0 E 127 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1593 0 0 N 128 * * * * * * 2545 * * * * 2583 * * 1424 1790 * * * * 128 0 * * * * * * 1593 0 0 K 129 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1593 0 0 E 130 1790 * * 492 * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1593 0 0 K 131 * * * * * * * * 492 * * * * 1790 * * * * * * 131 0 * * * * * * 1593 0 0 Y 132 * * * * 1790 * * * * * * * * * * * * * * 492 132 0 * * * * * * 1593 0 0 A 133 492 * * 1790 * * * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1593 0 0 N 134 * * * * * * * * * * * 297 * * * 2426 * * * * 134 0 * * * * * * 1593 0 0 K 135 * * * * * * * * 2583 * * * * 263 * * * * * * 135 0 * * * * * * 1593 0 0 M 136 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1593 0 0 S 137 1790 * * * * * * * * * * * * * * 492 * * * * 137 0 * * * * * * 1593 0 0 S 138 1790 * * * * * * * * * * * * * * 890 2545 * * * 138 0 * * * * * * 1593 0 0 L 139 * * * * * * * * * 492 1790 * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1593 0 0 K 140 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1593 0 0 Q 141 * * * * * * 2421 * * * * 2545 * 1503 * * 1790 * * * 141 0 * * * * * * 1593 0 0 D 142 * * 492 * * * * * * * * * * * * 1790 * * * * 142 0 * * * * * * 1593 0 0 L 143 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1593 0 0 Q 144 * * * 2421 * * * * 1074 * * * * 1564 * * * * * * 144 0 * * * * * * 1593 0 0 A 145 930 * 2426 * * * * * * * * 1790 * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1593 0 0 L 146 * * * * * * * 1424 * 1133 2545 * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1593 0 0 L 147 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1593 0 0 G 148 * * 1937 * * 437 * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1287 0 0 K 149 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 149 0 * * 0 * * * 1287 0 0 //