HHsearch 1.5 NAME c4cs7A_ FAM FILE c4cs7A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4cs7A_.a3m DATE Sat May 31 08:12:51 2014 LENG 166 match states, 166 columns in multiple alignment FILT 4 out of 8 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.9 EVD 0.4106 -0.7129 SEQ >ss_dssp CCBCHHHHSSCCCSGGGCCSBCCGGGSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCBTTBCCCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHTTCTTCCHHHHHHHHHHHHH TCCHHHHHHHHTTCTTCHHHHHHHHHHHHHHHHTTSHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHCC >sa_dssp EDCAEEBBDBEBEDEEEBEDCDDDEDBDEEDDEDCDEDCEEDEEEEEEEEDDECEDDDECDEBCECBEEDDCDEABCBBCEEDEEBDDCABACAABBBAC EBEEDDADECCDEEEEDEECCDDBDCACDBBECCEDBCCABEDADEBEDEDABEBADCABDBDECE >ss_pred CCCCCEEEEEECCCCCEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH HHCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC >ss_conf 9973024222114898013237632378011432333789999973032002344416674234677887679899986234310345566799999998 747767887552148673223678899999960367689999997604999999999887520579 >Consensus rxPCkfEvrGxCxrGxxCxysHnYwxWPxxxLlvRxNymLNxilrxxDxtDxlSxiSGaxxxdRTxeyxLGxxxVlxxYixxxxnITKsxACxslxxilx xlxxxxvxxxRDxxxxdsxxvxxxNxvlSYiexxkxxxqxIxxLKRLPxxxLkklxkxiixisagx >c4cs7A_ KAPCKYEVRGKCNRGSECKFNHNYWSWPDRYLLIRSNYLLNQLLRNTDRADGLSIISGAGREDRTQDFVLGSTNVVQGYIDDNQSITKAAACYSLHNIIK QLQEVEVRQARDNKLSDSKHVALHNLVLSYMEMSKTPASLINNLKRLPREKLKKLAKLIIDLSAGA >UniRef50_P33494(4-168:186) Matrix M2 n=32 Tax=root RepID=VMA2_TRTV E=7e-74 s/c=1.68 id=77% cov=100% RNPCRYEIRGKCNRGSSCTFNHNYWSWPDHVLLVRANYMLNQLLRNTDRTDGLSLISGAGREDRTQDFVLGSANVVQNYIEGNTTITKSAACYSLYNIIK QLQENDVKTSRDSMLEDPKHVALHNLILSYVDMSKNPASLINSLKRLPREKLKKLAKIILQLSAG- >UniRef50_Q5MKM1(5-165:176) Matrix M2-1 n=2 Tax=Murine pneumonia virus RepID=M21_MPV15 E=9e-28 s/c=0.77 id=38% cov=97% --PCKFEVQGFCSRGRNCKYSHKYWEWPLKTLMLRQNYMLNRIYRFLDTnTDAMSDVSGFDAPQRTAEYALGTIGVLKSYLEKTNNITKSIACGSLITVL QNLDVGLVIQARDSNTEDTNYLRSCNTILSYIDKIHKKRQIIHILKRLPVGVLCNLIQSVISI---- >UniRef50_O42050(4-167:195) Matrix M2-1 n=10 Tax=Pneumovirus RepID=M21_HRSVB E=4e-60 s/c=1.41 id=39% cov=98% RNPCKFEIRGHCLNGRRCHYSHNYFEWPPHALLVRQNFMLNKILKSMDKSiDTLSEISGAAELDRTEEYALGIVGVLESYIGSINNITKQSACVAMSKLL IEINSDDIKKLRDNEEPNSPKIRVYNTVISYIESNrKNNKQTIHLLKRLPADVLKKTIKNTLDI---- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * K 1 * * * * * * * * 1708 * * * * * 527 * * * * * 1 0 * * * * * * 1626 0 0 A 2 1708 * * * * * * * * * * 527 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1626 0 0 P 3 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1924 0 0 C 4 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1924 0 0 K 5 * * * * * * * * 358 * * * * * 2186 * * * * * 5 0 * * * * * * 1924 0 0 Y 6 * * * * 846 * * * * * * * * * * * * * * 1172 6 0 * * * * * * 1924 0 0 E 7 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1924 0 0 V 8 * * * * * * * 1012 * * * * * * * * * 988 * * 8 0 * * * * * * 1924 0 0 R 9 * * * * * * * * * * * * * 1835 474 * * * * * 9 0 * * * * * * 1924 0 0 G 10 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1924 0 0 K 11 * * * * 1835 * 1857 * 1172 * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1924 0 0 C 12 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1924 0 0 N 13 * * * * * * * * * 1857 * 1172 * * * 1835 * * * * 13 0 * * * * * * 1924 0 0 R 14 * * * * * * * * * * * 1857 * * 466 * * * * * 14 0 * * * * * * 1924 0 0 G 15 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1924 0 0 S 16 * * * * * * * * * * * * * * 846 1172 * * * * 16 0 * * * * * * 1924 0 0 E 17 * * * 2159 * * * * * * * 1835 * * 1857 2186 * * * * 17 0 * * * * * * 1924 0 0 C 18 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1924 0 0 K 19 * * * * * * 1857 * 988 * * * * * * * 2186 * * * 19 0 * * * * * * 1924 0 0 F 20 * * * * 1172 * * * * * * * * * * * * * * 846 20 0 * * * * * * 1924 0 0 N 21 * * * * * * * * * * * 1172 * * * 846 * * * * 21 0 * * * * * * 1924 0 0 H 22 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1924 0 0 N 23 * * * * * * * * 1835 * * 474 * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1924 0 0 Y 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 24 0 * * * * * * 1924 0 0 W 25 * * * * 1857 * * * * * * * * * * * * * 466 * 25 0 * * * * * * 1924 0 0 S 26 * * * 846 * * * * * * * * * * * 1172 * * * * 26 0 * * * * * * 1924 0 0 W 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 27 0 * * * * * * 1924 0 0 P 28 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1924 0 0 D 29 * * 1172 * * * * * * 1835 * * 1857 * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1924 0 0 R 30 * * * * * * 1012 * 1835 * * * * * 2159 * * * * * 30 0 * * * * * * 1924 0 0 Y 31 1857 * * * * * * * * * * * * * * * 1835 2186 * 2159 31 0 * * * * * * 1924 0 0 L 32 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1924 0 0 L 33 * * * * * * * * * 474 1835 * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1924 0 0 I 34 * * * * * * * 2159 * 1835 * * * * * * * 1012 * * 34 0 * * * * * * 1924 0 0 R 35 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 35 0 * * * * * * 1924 0 0 S 36 2186 * * * * * * * * * * * * 846 * 2159 * * * * 36 0 * * * * * * 1924 0 0 N 37 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1924 0 0 Y 38 * * * * 1857 * * * * * * * * * * * * * * 466 38 0 * * * * * * 1924 0 0 L 39 * * * * * * * * * 2159 366 * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1924 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1924 0 0 N 41 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1924 0 0 Q 42 * * * * * * * * 1857 * * * * 1172 1835 * * * * * 42 0 * * * * * * 1924 0 0 L 43 * * * * * * * 846 * 1172 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1924 0 0 L 44 * * * * * * * * * 474 * * * * * * * * * 1835 44 0 * * * * * * 1924 0 0 R 45 * * * * * * * * 1857 * * * * * 466 * * * * * 45 0 * * * * * * 1924 0 0 N 46 * * * * 1835 * * * * * * 1172 * * * 1857 * * * * 46 0 * * * * * * 1924 0 0 T 47 * * * * * * * * * 1835 1857 * * * * * 1172 * * * 47 0 * * * * * * 1924 0 0 D 48 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1924 0 0 R 49 * * * * * * * * 1857 * * * * * 1172 * 1835 * * * 49 474 1835 * 0 * * * 1924 1000 0 A 50 2159 * * * * * * * * * * * * * * 1857 1000 * * * 50 466 1857 * 0 * * * 1924 1000 0 D 51 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1924 0 0 G 52 1835 * * * * 1172 * * * * * * * * * * 1857 * * * 52 0 * * * * * * 1924 0 0 L 53 * * * * * * * * * 474 1835 * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1924 0 0 S 54 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 54 0 * * * * * * 1924 0 0 I 55 * * 1835 1857 * * * 2159 * 2186 * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1924 0 0 I 56 * * * * * * * 474 * * * * * * * * * 1835 * * 56 0 * * * * * * 1924 0 0 S 57 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 57 0 * * * * * * 1924 0 0 G 58 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1924 0 0 A 59 474 * * * 1835 * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1924 0 0 G 60 1857 * 1835 * * 1172 * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1924 0 0 R 61 1835 * * 1857 * * * * * * * * * * 1172 * * * * * 61 0 * * * * * * 1924 0 0 E 62 * * * 1172 * * * * * 1857 * * 1835 * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1924 0 0 D 63 * * 474 * * * * * * * * * * 1835 * * * * * * 63 0 * * * * * * 1924 0 0 R 64 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 64 0 * * * * * * 1924 0 0 T 65 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 65 0 * * * * * * 1924 0 0 Q 66 1835 * * 1857 * * * * * * * * * 1172 * * * * * * 66 0 * * * * * * 1924 0 0 D 67 * * 1172 846 * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1924 0 0 F 68 * * * * 1172 * * * * * * * * * * * * * * 846 68 0 * * * * * * 1924 0 0 V 69 846 * * * * * * * * * * * * * * * * 1172 * * 69 0 * * * * * * 1924 0 0 L 70 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1924 0 0 G 71 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1924 0 0 S 72 * * * * * * * 1857 * * * * * * * 1172 1835 * * * 72 0 * * * * * * 1924 0 0 T 73 2186 * * * * * * 1835 * * * * * * * * 2159 1857 * * 73 0 * * * * * * 1924 0 0 N 74 * * * * * 846 * * * * * 1172 * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1924 0 0 V 75 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 75 0 * * * * * * 1924 0 0 V 76 * * * * * * * * * 846 * * * * * * * 1172 * * 76 0 * * * * * * 1924 0 0 Q 77 * * * 1857 * * * * 1835 * * * * 1172 * * * * * * 77 0 * * * * * * 1924 0 0 G 78 * * * * * 2159 * * * * * 2186 * * * 846 * * * * 78 0 * * * * * * 1924 0 0 Y 79 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 79 0 * * * * * * 1924 0 0 I 80 * * * * * * * 474 * 1835 * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1924 0 0 D 81 * * 2159 1000 * 1857 * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1924 0 0 D 82 * * 2159 * * 2186 * * 1835 * * * * * * 1857 * * * * 82 0 * * * * * * 1924 0 0 N 83 * * * * * * * 1857 * * * 1172 * * * * 1835 * * * 83 0 * * * * * * 1924 0 0 Q 84 * * * * * * * * * * * 846 * 2159 * * 2186 * * * 84 0 * * * * * * 1924 0 0 S 85 * * * * * * * * * * * 846 * * * 2159 2186 * * * 85 0 * * * * * * 1924 0 0 I 86 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1924 0 0 T 87 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 87 0 * * * * * * 1924 0 0 K 88 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1924 0 0 A 89 2159 * * * * * * * * * * * * 1857 * 1000 * * * * 89 0 * * * * * * 1924 0 0 A 90 1172 * * * * * * 1835 * * * * * * * 1857 * * * * 90 0 * * * * * * 1924 0 0 A 91 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1924 0 0 C 92 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1924 0 0 Y 93 * * * * * 1835 * * * * * * * * * * * 1857 * 1172 93 0 * * * * * * 1924 0 0 S 94 1857 * * * * * * * * * * * * * * 466 * * * * 94 0 * * * * * * 1924 0 0 L 95 * * * * * * * * * 466 1857 * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1924 0 0 H 96 * * * * * * 2159 1835 * * * * * * * 1857 * * * 2186 96 0 * * * * * * 1924 0 0 N 97 * * * * * * * * 1857 * * 1172 * * * * 1835 * * * 97 0 * * * * * * 1924 0 0 I 98 * * * * * * * 1172 * 1857 * * * * * * * 1835 * * 98 0 * * * * * * 1924 0 0 I 99 * * * * * * * 1172 * 846 * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1924 0 0 K 100 * * * * * * * 1857 1172 * * * * 1835 * * * * * * 100 0 * * * * * * 1924 0 0 Q 101 * * * 1857 * * * * * * * 1835 * 1172 * * * * * * 101 0 * * * * * * 1924 0 0 L 102 * * * * * * * 1857 * 466 * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1924 0 0 Q 103 * * 1835 * * * * * * * * 1857 * 1172 * * * * * * 103 0 * * * * * * 1924 0 0 E 104 * * * 1172 * * * * * * * * * * * 1857 * 1835 * * 104 0 * * * * * * 1924 0 0 V 105 * * 1857 * * 1835 * * * * * 2186 * * * * * 2159 * * 105 0 * * * * * * 1924 0 0 E 106 * * 1012 2159 * * * * * 1835 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1924 0 0 V 107 * * * * * * * 1857 * * * * * * * * * 466 * * 107 0 * * * * * * 1924 0 0 R 108 * * * * * * * 1835 1012 * * * * * 2159 * * * * * 108 0 * * * * * * 1924 0 0 Q 109 * * * * * * * * 1857 * * * * 988 * * 2186 * * * 109 0 * * * * * * 1924 0 0 A 110 988 * * * * * * * * 1857 * * * * * 2186 * * * * 110 0 * * * * * * 1924 0 0 R 111 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 111 0 * * * * * * 1924 0 0 D 112 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1924 0 0 N 113 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 113 0 * * * * * * 1924 0 0 K 114 * * * 1857 * * * * 2159 * 2186 1835 * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1924 0 0 L 115 * * * 1857 * * * * * 1172 * * * * * * 1835 * * * 115 0 * * * * * * 1924 0 0 S 116 * * * 1000 * * * * * * * * 1857 * * 2159 * * * * 116 0 * * * * * * 1924 0 0 D 117 * * 466 * * * * * * * * 1857 * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1924 0 0 S 118 * * * * * * * * * * * * 2186 * * 1000 1835 * * * 118 0 * * * * * * 1924 0 0 K 119 * * * * * * * * 1172 * * 1835 1857 * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1924 0 0 H 120 * * * * * * 1172 * 1857 * * * * * * * * * * 1835 120 0 * * * * * * 1924 0 0 V 121 * * * * * * * 1857 * 1835 * * * * * * * 1172 * * 121 0 * * * * * * 1924 0 0 A 122 1172 * * * * * * * * * * * * * 846 * * * * * 122 0 * * * * * * 1924 0 0 L 123 * * * * * * * * * 1172 * * * * * 1835 * 1857 * * 123 0 * * * * * * 1924 0 0 H 124 * 1835 * * * * 1172 * * * * * * * * * * * * 1857 124 0 * * * * * * 1924 0 0 N 125 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1924 0 0 L 126 * * * * * * * * * 1172 * * * * * * 846 * * * 126 0 * * * * * * 1924 0 0 V 127 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 127 0 * * * * * * 1924 0 0 L 128 * * * * * * * 1857 * 466 * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1924 0 0 S 129 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 129 0 * * * * * * 1924 0 0 Y 130 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 130 0 * * * * * * 1924 0 0 M 131 * * * * * * * 846 * * 2159 * * * * * * 2186 * * 131 0 * * * * * * 1924 0 0 E 132 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1924 0 0 M 133 * * * * * * * * 1835 * 1172 * * * * 1857 * * * * 133 0 * * * * * * 1924 0 0 S 134 * * * * * * * 1835 * * * 1857 * * * 1172 * * * * 134 466 1857 * 0 * * * 1924 1000 0 K 135 * * * * * * 1835 * 474 * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1924 0 0 T 136 * * * * * * * * 1835 * * 1012 * * * * 2159 * * * 136 0 * * * * * * 1924 0 0 P 137 * * * * * * * * 1835 * * 1857 1172 * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1924 0 0 A 138 1172 * * * * * * * 1857 * * * * * 1835 * * * * * 138 0 * * * * * * 1924 0 0 S 139 * * * * * * * * * * * * * 846 * 1172 * * * * 139 0 * * * * * * 1924 0 0 L 140 * * * * * * * 1835 * 1172 * * * * * * 1857 * * * 140 0 * * * * * * 1924 0 0 I 141 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1924 0 0 N 142 * * * * * * 846 * * * * 1172 * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1924 0 0 N 143 * * * * * * * 1835 * 1857 * 2159 * * * 2186 * * * * 143 0 * * * * * * 1924 0 0 L 144 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1924 0 0 K 145 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1924 0 0 R 146 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 146 0 * * * * * * 1924 0 0 L 147 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1924 0 0 P 148 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1924 0 0 R 149 1857 * * * * * * * * * * * * * 1172 * * 1835 * * 149 0 * * * * * * 1924 0 0 E 150 * * 1857 1172 * 1835 * * * * * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1924 0 0 K 151 * * * * * * * * 1172 * * * * * * * * 846 * * 151 0 * * * * * * 1924 0 0 L 152 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1924 0 0 K 153 * 1835 * * * * * * 474 * * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1924 0 0 K 154 * * * * * * * * 474 * * 1835 * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1924 0 0 L 155 * * * * * * * * * 466 * * * * * * 1857 * * * 155 0 * * * * * * 1924 0 0 A 156 1172 * * * * * * 846 * * * * * * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1924 0 0 K 157 * * * * * * * * 474 * * * * 1835 * * * * * * 157 0 * * * * * * 1924 0 0 L 158 * * * * * * * 2186 * 2159 * 1857 * * * 1835 * * * * 158 0 * * * * * * 1924 0 0 I 159 * * * * * * * 1172 * * * * * * * * 1857 1835 * * 159 0 * * * * * * 1924 0 0 I 160 * * * * * * * 988 * 1012 * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1924 0 0 D 161 * * 1000 * * * * * * * * * * 2186 * 1835 * * * * 161 0 * * * * * * 1924 0 0 L 162 * * * * * * * 846 * 1172 * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1924 0 0 S 163 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 163 0 * * * * * * 1173 0 0 A 164 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 164 0 * * * * * * 1173 0 0 G 165 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1173 0 0 A 166 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 166 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //