HHsearch 1.5 NAME c4cgsB_ FAM FILE c4cgsB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4cgsB_.a3m DATE Sat Feb 8 08:23:38 2014 LENG 168 match states, 168 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.6 EVD 0.3770 -2.8172 SEQ >ss_dssp CCGGGCCTTSCHHHHHHGGGCSTGGGSSSHHHHHHHHHHHHHHCCCSTTCEETTEESEEECTTSCHHHHHHHHHHHTCCCCSSSCCSEEETTTTEEEEEE EECSSSCCCCCCCCTTEEEEEEETTSCBCHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSSHHHHHHHHC >sa_dssp ECEEDCBECACEECADDAEEBEEBDEDECDCBBBACBAACCBABDACEECECEEEEBBCCBBCDDEEDADECBEECEBDCEDEECABAAACDDDCAABAD BCDCEDDBDCEECDEDBBCABAABCCCCADDADECADEEACEDACEBADDBCDCBDEEEBBEDADDCD >ss_pred CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCCCEEEECCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHCCCCCCEEEEE EEECCCCCCCCCCCCEEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC >ss_conf 9755375101356675433368998742167999999977666520120210697500021158888999997322311568999511023435346999 99728898756545516999997155431689999724537677889999999997334799999739 >Consensus xxxxxkPxxIxSxiWxLSETxxxWxsxxxxxxxRiVECxKYTvCxISxMHxHxGxPxYxVxxWxxxxxxxxxxxrxxxxxxxxxxPDLxDxxxxkxVxxK VxxxxxxxxxxxTaxxxxxxxxxLxGxxxxxxxxxLxxxQxQDvxxFLxxxxxxxxxxNLxxxxxExx >c4cgsB_ AMDRHKPKSISSEIWALSETSKEWMSNLRPLEARIVECIKYTVCHISDMHLHNGVPRYIVNMWTPPEVADQEMKRQNLIFARPNVPDLLDLKERKGVYVK VYPDNGTPTDYQTAENEIFVRVSLSGQMSPITREYLDEVQRQDVTNFLVTIYNESLESNLLERMQELY >UniRef50_P27194(4-163:622) Polymerase acidic protein n=9 Tax=Thogoto virus RepID=PA_THOGV E=6e-11 s/c=0.43 id=29% cov=95% -----RPDHIDSRVWELSETQEDWITQVHGHVRRVVECWKYTICClISNMHTHRGAPQYDVFKWQDRSTIEWICSKKKVQYPERDTPDLYD--NERAVAY KVLLVSDLSDHSPTSGIYHDLAFNLEGEAEESCALVLRGSQLQDIKGFLCRALEWVVSNNLTQEVVE-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 M 2 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 D 3 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 R 4 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 H 5 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 K 6 * * * * * * * * 982 * * * * * 1018 * * * * * 6 0 * * * * * * 1627 0 0 P 7 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1627 0 0 K 8 * * 1018 * * * * * 982 * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1627 0 0 S 9 * * * * * * 1018 * * * * * * * * 982 * * * * 9 0 * * * * * * 1627 0 0 I 10 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1627 0 0 S 11 * * 1018 * * * * * * * * * * * * 982 * * * * 11 0 * * * * * * 1627 0 0 S 12 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 12 0 * * * * * * 1627 0 0 E 13 * * * 982 * * * * * * * * * * 1018 * * * * * 13 0 * * * * * * 1627 0 0 I 14 * * * * * * * 982 * * * * * * * * * 1018 * * 14 0 * * * * * * 1627 0 0 W 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 15 0 * * * * * * 1627 0 0 A 16 982 * * 1018 * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1627 0 0 L 17 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1627 0 0 S 18 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 18 0 * * * * * * 1627 0 0 E 19 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1627 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 20 0 * * * * * * 1627 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * 1018 * 982 * * * * 21 0 * * * * * * 1627 0 0 K 22 * * * 1018 * * * * 982 * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1627 0 0 E 23 * * 1018 982 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1627 0 0 W 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 24 0 * * * * * * 1627 0 0 M 25 * * * * * * * 1018 * * 982 * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1627 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * * 982 1018 * * * 26 0 * * * * * * 1627 0 0 N 27 * * * * * * * * * * * 982 * 1018 * * * * * * 27 0 * * * * * * 1627 0 0 L 28 * * * * * * * * * 982 * * * * * * * 1018 * * 28 0 * * * * * * 1627 0 0 R 29 * * * * * * 1018 * * * * * * * 982 * * * * * 29 0 * * * * * * 1627 0 0 P 30 * * * * * 1018 * * * * * * 982 * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1627 0 0 L 31 * * * * * * 1018 * * 982 * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1627 0 0 E 32 * * * 982 * * * * * * * * * * * * * 1018 * * 32 0 * * * * * * 1627 0 0 A 33 982 * * * * * * * * * * * * * 1018 * * * * * 33 0 * * * * * * 1627 0 0 R 34 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 34 0 * * * * * * 1627 0 0 I 35 * * * * * * * 982 * * * * * * * * * 1018 * * 35 0 * * * * * * 1627 0 0 V 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 36 0 * * * * * * 1627 0 0 E 37 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1627 0 0 C 38 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1627 0 0 I 39 * * * * * * * 982 * * * * * * * * * * 1018 * 39 0 * * * * * * 1627 0 0 K 40 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1627 0 0 Y 41 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 41 0 * * * * * * 1627 0 0 T 42 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 42 0 * * * * * * 1627 0 0 V 43 * * * * * * * 1018 * * * * * * * * * 982 * * 43 0 * * * * * * 1627 0 0 C 44 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1627 0 0 H 45 * 1018 * * * * 982 * * * * * * * * * * * * * 45 982 1018 * 0 * * * 1627 1000 0 I 46 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1627 0 0 S 47 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 47 0 * * * * * * 1627 0 0 D 48 * * 982 * * * * * * * * 1018 * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1627 0 0 M 49 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1627 0 0 H 50 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1627 0 0 L 51 * * * * * * * * * 982 * * * * * * 1018 * * * 51 0 * * * * * * 1627 0 0 H 52 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1627 0 0 N 53 * * * * * * * * * * * 982 * * 1018 * * * * * 53 0 * * * * * * 1627 0 0 G 54 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1627 0 0 V 55 1018 * * * * * * * * * * * * * * * * 982 * * 55 0 * * * * * * 1627 0 0 P 56 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1627 0 0 R 57 * * * * * * * * * * * * * 1018 982 * * * * * 57 0 * * * * * * 1627 0 0 Y 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 58 0 * * * * * * 1627 0 0 I 59 * * 1018 * * * * 982 * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1627 0 0 V 60 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 60 0 * * * * * * 1627 0 0 N 61 * * * * 1018 * * * * * * 982 * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1627 0 0 M 62 * * * * * * * * 1018 * 982 * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1627 0 0 W 63 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 63 0 * * * * * * 1627 0 0 T 64 * * * * * * * * * * * * * 1018 * * 982 * * * 64 0 * * * * * * 1627 0 0 P 65 * * 1018 * * * * * * * * * 982 * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1627 0 0 P 66 * * * * * * * * * * * * 982 * 1018 * * * * * 66 0 * * * * * * 1627 0 0 E 67 * * * 982 * * * * * * * * * * * 1018 * * * * 67 0 * * * * * * 1627 0 0 V 68 * * * * * * * * * * * * * * * * 1018 982 * * 68 0 * * * * * * 1627 0 0 A 69 982 * * * * * * 1018 * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1627 0 0 D 70 * * 982 1018 * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1627 0 0 Q 71 * * * * * * * * * * * * * 982 * * * * 1018 * 71 0 * * * * * * 1627 0 0 E 72 * * * 982 * * * 1018 * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1627 0 0 M 73 * 1018 * * * * * * * * 982 * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1627 0 0 K 74 * * * * * * * * 982 * * * * * * 1018 * * * * 74 0 * * * * * * 1627 0 0 R 75 * * * * * * * * 1018 * * * * * 982 * * * * * 75 0 * * * * * * 1627 0 0 Q 76 * * * * * * * * 1018 * * * * 982 * * * * * * 76 0 * * * * * * 1627 0 0 N 77 * * * * * * * * 1018 * * 982 * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1627 0 0 L 78 * * * * * * * * * 982 * * * * * * * 1018 * * 78 0 * * * * * * 1627 0 0 I 79 * * * * * * * 982 * * * * * 1018 * * * * * * 79 0 * * * * * * 1627 0 0 F 80 * * * * 982 * * * * * * * * * * * * * * 1018 80 0 * * * * * * 1627 0 0 A 81 982 * * * * * * * * * * * 1018 * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1627 0 0 R 82 * * * 1018 * * * * * * * * * * 982 * * * * * 82 0 * * * * * * 1627 0 0 P 83 * * * * * * * * * * * * 982 * 1018 * * * * * 83 0 * * * * * * 1627 0 0 N 84 * * 1018 * * * * * * * * 982 * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1627 0 0 V 85 * * * * * * * * * * * * * * * * 1018 982 * * 85 0 * * * * * * 1627 0 0 P 86 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1627 0 0 D 87 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1627 0 0 L 88 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1627 0 0 L 89 * * * * * * * * * 982 * * * * * * * * * 1018 89 0 * * * * * * 1627 0 0 D 90 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 90 982 * 1018 * * * * 1627 0 0 L 91 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * 0 1000 0 1000 K 92 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 E 93 * * * 982 * * * * * * * 1018 * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1627 0 0 R 94 * * * 1018 * * * * * * * * * * 982 * * * * * 94 0 * * * * * * 1627 0 0 K 95 * * * * * * * * 982 * * * * * 1018 * * * * * 95 0 * * * * * * 1627 0 0 G 96 1018 * * * * 982 * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1627 0 0 V 97 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 97 0 * * * * * * 1627 0 0 Y 98 1018 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 982 98 0 * * * * * * 1627 0 0 V 99 * * * * * * * * * * * * * * * * * 982 * 1018 99 0 * * * * * * 1627 0 0 K 100 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1627 0 0 V 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 101 0 * * * * * * 1627 0 0 Y 102 * * * * * * * * * 1018 * * * * * * * * * 982 102 0 * * * * * * 1627 0 0 P 103 * * * * * * * * * 1018 * * 982 * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1627 0 0 D 104 * * 982 * * * * * * * * * * * * * * 1018 * * 104 0 * * * * * * 1627 0 0 N 105 * * * * * * * * * * * 982 * * * 1018 * * * * 105 0 * * * * * * 1627 0 0 G 106 * * 1018 * * 982 * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1627 0 0 T 107 * * * * * * * * * 1018 * * * * * * 982 * * * 107 0 * * * * * * 1627 0 0 P 108 * * * * * * * * * * * * 982 * * 1018 * * * * 108 0 * * * * * * 1627 0 0 T 109 * * 1018 * * * * * * * * * * * * * 982 * * * 109 0 * * * * * * 1627 0 0 D 110 * * 982 * * * 1018 * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1627 0 0 Y 111 * * * * * * * * * * * * * * * 1018 * * * 982 111 0 * * * * * * 1627 0 0 Q 112 * * * * * * * * * * * * 1018 982 * * * * * * 112 0 * * * * * * 1627 0 0 T 113 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 113 0 * * * * * * 1627 0 0 A 114 982 * * * * * * * * * * * * * * 1018 * * * * 114 0 * * * * * * 1627 0 0 E 115 * * * 982 * 1018 * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1627 0 0 N 116 * * * * * * * 1018 * * * 982 * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1627 0 0 E 117 * * * 982 * * * * * * * * * * * * * * * 1018 117 0 * * * * * * 1627 0 0 I 118 * * * * * * 1018 982 * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1627 0 0 F 119 * * 1018 * 982 * * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1627 0 0 V 120 * * * * * * * * * 1018 * * * * * * * 982 * * 120 0 * * * * * * 1627 0 0 R 121 1018 * * * * * * * * * * * * * 982 * * * * * 121 0 * * * * * * 1627 0 0 V 122 * * * * 1018 * * * * * * * * * * * * 982 * * 122 0 * * * * * * 1627 0 0 S 123 * * * * * * * * * * * 1018 * * * 982 * * * * 123 0 * * * * * * 1627 0 0 L 124 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1627 0 0 S 125 * * * 1018 * * * * * * * * * * * 982 * * * * 125 0 * * * * * * 1627 0 0 G 126 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1627 0 0 Q 127 * * * 1018 * * * * * * * * * 982 * * * * * * 127 0 * * * * * * 1627 0 0 M 128 1018 * * * * * * * * * 982 * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1627 0 0 S 129 * * * 1018 * * * * * * * * * * * 982 * * * * 129 0 * * * * * * 1627 0 0 P 130 * * * 1018 * * * * * * * * 982 * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1627 0 0 I 131 * * * * * * * 982 * * * * * * * 1018 * * * * 131 0 * * * * * * 1627 0 0 T 132 * 1018 * * * * * * * * * * * * * * 982 * * * 132 0 * * * * * * 1627 0 0 R 133 1018 * * * * * * * * * * * * * 982 * * * * * 133 0 * * * * * * 1627 0 0 E 134 * * * 982 * * * * * 1018 * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1627 0 0 Y 135 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1018 * 982 135 0 * * * * * * 1627 0 0 L 136 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1627 0 0 D 137 * * 982 * * * * * * * * * * * 1018 * * * * * 137 0 * * * * * * 1627 0 0 E 138 * * * 982 * 1018 * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1627 0 0 V 139 * * * * * * * * * * * * * * * 1018 * 982 * * 139 0 * * * * * * 1627 0 0 Q 140 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 140 0 * * * * * * 1627 0 0 R 141 * * * * * * * * * 1018 * * * * 982 * * * * * 141 0 * * * * * * 1627 0 0 Q 142 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 142 0 * * * * * * 1627 0 0 D 143 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1627 0 0 V 144 * * * * * * * 1018 * * * * * * * * * 982 * * 144 0 * * * * * * 1627 0 0 T 145 * * * * * * * * 1018 * * * * * * * 982 * * * 145 0 * * * * * * 1627 0 0 N 146 * * * * * 1018 * * * * * 982 * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1627 0 0 F 147 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1627 0 0 L 148 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1627 0 0 V 149 * 1018 * * * * * * * * * * * * * * * 982 * * 149 0 * * * * * * 1627 0 0 T 150 * * * * * * * * * * * * * * 1018 * 982 * * * 150 0 * * * * * * 1627 0 0 I 151 1018 * * * * * * 982 * * * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1627 0 0 Y 152 * * * * * * * * * 1018 * * * * * * * * * 982 152 0 * * * * * * 1627 0 0 N 153 * * * 1018 * * * * * * * 982 * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1627 0 0 E 154 * * * 982 * * * * * * * * * * * * * * 1018 * 154 0 * * * * * * 1627 0 0 S 155 * * * * * * * * * * * * * * * 982 * 1018 * * 155 0 * * * * * * 1627 0 0 L 156 * * * * * * * * * 982 * * * * * * * 1018 * * 156 0 * * * * * * 1627 0 0 E 157 * * * 982 * * * * * * * * * * * 1018 * * * * 157 0 * * * * * * 1627 0 0 S 158 * * * * * * * * * * * 1018 * * * 982 * * * * 158 0 * * * * * * 1627 0 0 N 159 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1627 0 0 L 160 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1627 0 0 L 161 * * * * * * * * * 982 * * * * * * 1018 * * * 161 0 * * * * * * 1627 0 0 E 162 * * * 982 * * * * * * * * * 1018 * * * * * * 162 0 * * * * * * 1627 0 0 R 163 * * * 1018 * * * * * * * * * * 982 * * * * * 163 0 * * * * * * 1627 0 0 M 164 * * * * * * * * * * 982 * * * * * * 1018 * * 164 0 * * * * * * 1627 0 0 Q 165 * * * * * * * * * * * * * 982 * * * 1018 * * 165 0 * * * * * * 1627 0 0 E 166 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 166 0 * * * * * * 1627 0 0 L 167 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 167 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 168 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 168 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //