HHsearch 1.5 NAME c4c3hM_ FAM FILE c4c3hM_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4c3hM_.a3m DATE Sat Oct 26 08:24:40 2013 LENG 105 match states, 105 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.8 EVD 0.4408 1.5124 SEQ >ss_dssp CCCEEEEEECSSCCCEEECCSSCCCCSCCCEEEEECCCCCCEEEEEECSSEEEEEECCHHHHTTCCCEEEEECTTTCEEEEEECCEEEEEEEETTCSCCC CSSCC >sa_dssp EEDEDEDEDEDDEDDEDDCEEECEDDEECEDDDEDEEEECDBDBCAECEEDCADBEADEECBEEEEDDDDEEDEEEDCCCCCCBBCADBEDCDEEDEEEE DEEEE >ss_pred CCEEEEECCCCCEEEEEECCCCEECCCCCCEEEEECCCCCEEEEECCCCEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCEEEEECCCEEEEHHHHHHHHHCC CCCCC >ss_conf 9416432188972870103035015898734324505667389951686478526116882123646999866574402552165431002333333204 87659 >Consensus xelrvxsxxdqpsvavGsFFnGxrxpsDTxFeLyqxKxkxxfliHGENerLeYxGxtdxxxxdxxxYxvalydPxxkSveLykAPxivsxVxSkxxrxxx GPkiK >c4c3hM_ SEIEIESVQDQPSVAVGSFFKGFRAPSDTTFDLYKKKEKDEFVLHGENERLEYEGYTDSSSQASNQYVVGLFNPEKKSIQLYKAPVLVSKVVSKSSKNLR GPKIK >UniRef50_C4Y5K1(9-110:408) Putative uncharacterized protein n=1 Tax=Clavispora lusitaniae ATCC 42720 RepID=C4Y5K1_CLAL4 E=2e-40 s/c=1.63 id=39% cov=98% TELRVAACAPQPVAVVGSFFNGMRVSPDTNFELFQNKQNGSFLVHGENSTLEYNGV---DADDACDYAVALYDPAHKSVELFPAPMVHGRVTSLDARVHK GPKIK >UniRef50_C4R562(8-211:413) RNA polymerase I subunit A49 n=1 Tax=Pichia pastoris GS115 RepID=C4R562_PICPG E=6e-83 s/c=0.71 id=43% cov=99% ASLRVSSFDDGSSVAIGNFFNGLSIPSDTEFELYQTKSKKhpQYLIHGENERLLYDGQTD--PEDNSNYCIAIYDPDSASVELYKAPLIVSQVSSKLKRK SSGPAVK # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 1613 * * * * * * * * * * * * * * 1541 1602 * * * 1 0 * * * * * * 1807 0 0 E 2 * * * 571 * * * * * * * * * * * 1613 * * * * 2 0 * * * * * * 1807 0 0 I 3 * * * * * * * 1541 * 607 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1807 0 0 E 4 * * * 1541 * * * * * * * * * * 607 * * * * * 4 0 * * * * * * 1807 0 0 I 5 * * * * * * * 1541 * * * * * * * * * 607 * * 5 0 * * * * * * 1807 0 0 E 6 1602 * * 1541 * * * * * * * * * * * 1613 * * * * 6 0 * * * * * * 1807 0 0 S 7 1602 * * * * * * * * * * * * * * 576 * * * * 7 0 * * * * * * 1807 0 0 V 8 * 1602 * * 1613 * * * * * * * * * * * * 1541 * * 8 0 * * * * * * 1807 0 0 Q 9 1602 * 1613 * * * * * * * * * * 1541 * * * * * * 9 0 * * * * * * 1807 0 0 D 10 * * 576 * * * * * * * * * 1602 * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1807 0 0 Q 11 * * * * * 1613 * * * * * * * 571 * * * * * * 11 0 * * * * * * 1807 0 0 P 12 * * * * * * * * * * * * 571 * * 1613 * * * * 12 0 * * * * * * 1807 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 576 * 1602 * * 13 0 * * * * * * 1807 0 0 V 14 1602 * * * * * * * * * * * * * * * * 576 * * 14 0 * * * * * * 1807 0 0 A 15 576 * * * * * * * * * * * * * * * * 1602 * * 15 0 * * * * * * 1807 0 0 V 16 * * * * * * * 1613 * * * * * * * * * 571 * * 16 0 * * * * * * 1807 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1807 0 0 S 18 * * * * * * * * * * * 1613 * * * 571 * * * * 18 0 * * * * * * 1807 0 0 F 19 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1807 0 0 F 20 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1807 0 0 K 21 * * * * * * * * 1541 * * 607 * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1807 0 0 G 22 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1807 0 0 F 23 * * * * 1541 * * * * 1613 1602 * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1807 0 0 R 24 * * * * * * * * * * * * * * 571 1613 * * * * 24 0 * * * * * * 1807 0 0 A 25 1541 * * * * * * 1613 * * * * * * * * * 1602 * * 25 0 * * * * * * 1807 0 0 P 26 * * * * * * * * * * * * 576 * * 1602 * * * * 26 0 * * * * * * 1807 0 0 S 27 * * * * * * * * * * * * 1602 * * 576 * * * * 27 0 * * * * * * 1807 0 0 D 28 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1807 0 0 T 29 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 29 0 * * * * * * 1807 0 0 T 30 * * * 1613 * * * * * * * 1602 * * * * 1541 * * * 30 0 * * * * * * 1807 0 0 F 31 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1807 0 0 D 32 * * 1541 607 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1807 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1807 0 0 Y 34 * * * * 1602 * * * * * * * * * * * * * * 576 34 0 * * * * * * 1807 0 0 K 35 * * * * * * * * 1541 * * * * 607 * * * * * * 35 0 * * * * * * 1807 0 0 K 36 * * * * * * * * 1541 * * 1602 * * * * 1613 * * * 36 0 * * * * * * 1807 0 0 K 37 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1807 0 0 E 38 * * * 1541 * * * * * * * * * 1602 * 1613 * * * * 38 0 * * * * * * 1807 0 0 K 39 * * * * * * * * 576 * * 1602 * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1807 0 0 D 40 * * 1541 * * 1602 * * 1613 * * * * * * * * * * * 40 571 1613 * 1000 1000 * * 1807 1000 0 E 41 * * * 1541 * * * * * * * * * 1613 * 1602 * * * * 41 0 * * * * * * 1807 0 0 F 42 * * * * 571 * * * * * * * * * * * * * * 1613 42 0 * * * * * * 1807 0 0 V 43 * * * * * * * * * 607 * * * * * * * 1541 * * 43 0 * * * * * * 1807 0 0 L 44 * * * * * * * 1613 * 1541 * * * * * * * 1602 * * 44 0 * * * * * * 1807 0 0 H 45 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1807 0 0 G 46 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1807 0 0 E 47 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1807 0 0 N 48 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1807 0 0 E 49 * * * 576 * * * * * * * * * * * 1602 * * * * 49 0 * * * * * * 1807 0 0 R 50 * * * * * * * * * * * * * * 576 * 1602 * * * 50 0 * * * * * * 1807 0 0 L 51 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1807 0 0 E 52 * * * 571 * * * * * 1613 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1807 0 0 Y 53 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 53 0 * * * * * * 1807 0 0 E 54 * * 1613 1541 * * * * * * * 1602 * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1807 0 0 G 55 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1807 0 0 Y 56 * * * * * * * * * * * * * 1613 * * * 1602 * 1541 56 576 * 1602 * * * * 1807 0 0 T 57 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 57 0 * * * * * 0 1466 0 1000 D 58 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 58 973 * 1028 * * * 0 1466 0 1000 S 59 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 59 0 * * * * 1014 986 1000 0 1492 S 60 * * 1042 * * * * * * * * * * * * 959 * * * * 60 0 * * * * 0 * 1505 0 1000 S 61 1602 * * * * * * * * * * * 1613 * * 1541 * * * * 61 0 * * * * * * 1807 0 0 Q 62 * * 1602 1613 * * * * * * * * * 1541 * * * * * * 62 0 * * * * * * 1807 0 0 A 63 1541 * 607 * * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1807 0 0 S 64 1602 * * * * * * * * * * 1613 * * * 1541 * * * * 64 0 * * * * * * 1807 0 0 N 65 * 1602 * * * * * * * * * 1541 * * * 1613 * * * * 65 0 * * * * * * 1807 0 0 Q 66 * * 1602 * * * * * * * * 1613 * 1541 * * * * * * 66 0 * * * * * * 1807 0 0 Y 67 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 67 0 * * * * * * 1807 0 0 V 68 1602 1613 * * * * * * * * * * * * * * * 1541 * * 68 0 * * * * * * 1807 0 0 V 69 * * * * * * * 1613 * * * * * * * * * 571 * * 69 0 * * * * * * 1807 0 0 G 70 607 * * * * 1541 * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1807 0 0 L 71 * * * * * * * 1613 * 571 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1807 0 0 F 72 * * * * 1541 * * * * * * * * * * * * * * 607 72 0 * * * * * * 1807 0 0 N 73 * * 607 * * * * * * * * 1541 * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1807 0 0 P 74 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1807 0 0 E 75 1602 * 1613 1541 * * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1807 0 0 K 76 * * * * * * 1602 * 1541 * * * * * * 1613 * * * * 76 0 * * * * * * 1807 0 0 K 77 1613 * * * * * * * 571 * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1807 0 0 S 78 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 78 0 * * * * * * 1807 0 0 I 79 * * * * * * * 1541 * * * * * * * * * 607 * * 79 0 * * * * * * 1807 0 0 Q 80 * * * 607 * * * * * * * * * 1541 * * * * * * 80 0 * * * * * * 1807 0 0 L 81 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1807 0 0 Y 82 * * * * 1602 * * * * * * * * * * * * * * 576 82 0 * * * * * * 1807 0 0 K 83 * * * * * * * * 576 * * * 1602 * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1807 0 0 A 84 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1807 0 0 P 85 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1807 0 0 V 86 * * * * * * * * * 1613 1602 * * * * * * 1541 * * 86 0 * * * * * * 1807 0 0 L 87 * * * * * * * 1613 * 1541 * * * * * * * 1602 * * 87 0 * * * * * * 1807 0 0 V 88 * * * * * * 1602 * * * * * * * * * * 576 * * 88 0 * * * * * * 1807 0 0 S 89 * * * * * 1602 * * * * * * * * * 576 * * * * 89 0 * * * * * * 1807 0 0 K 90 * * * * * * * * 1541 * * * * 1613 1602 * * * * * 90 0 * * * * * * 1807 0 0 V 91 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 91 0 * * * * * * 1807 0 0 V 92 * * * * * * * * * * * * * * * 1613 1602 1541 * * 92 0 * * * * * * 1807 0 0 S 93 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 93 0 * * * * * * 1807 0 0 K 94 * * * * * * * * 576 1602 * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1807 0 0 S 95 * * 1602 * * * * * * 1613 * * * * * 1541 * * * * 95 0 * * * * * * 1807 0 0 S 96 1602 * * * * * * * 1613 * * * * * * 1541 * * * * 96 0 * * * * * * 1807 0 0 K 97 * * * * * * * * 1541 * * * * * 607 * * * * * 97 0 * * * * * * 1807 0 0 N 98 * * * * * * * * 1613 * * 1541 * * * * * 1602 * * 98 0 * * * * * * 1807 0 0 L 99 * * * * * * 1602 * * 1541 * * * * * 1613 * * * * 99 0 * * * * * * 1807 0 0 R 100 * * * * * * * * 1602 * * * * * 1541 1613 * * * * 100 0 * * * * * * 1807 0 0 G 101 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1807 0 0 P 102 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1807 0 0 K 103 1613 * * * * * * * 571 * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1807 0 0 I 104 * * * * * * * 571 * * * * * * * * * 1613 * * 104 0 * * * * * * 1807 0 0 K 105 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 105 0 * * 0 * * * 1807 0 0 //