HHsearch 1.5 NAME c4c3bB_ FAM FILE c4c3bB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4c3bB_.a3m DATE Sat Jan 25 08:11:26 2014 LENG 164 match states, 164 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.7 EVD 0.4078 -1.2727 SEQ >ss_dssp CCSCSCCCCBCHHHHTSCCCCGGGCCSBCCGGGSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTCTTCCHHHHHHHHHHHHHHSCHHH HHHHHTTSCTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTC >sa_dssp EEEEEEEEECAEEBCEADCEDEEECEDBDDDEDBDEEBCECBDECCEEDDEEEEDEEEEDCEECDCDBBADBBCEEEDEBECDDAADBABEBAEEBDBED ADECCEECEEECEDCECBDDABDBBCDBEEDCEDBBDDADECEDEDACEBADCABDBCEDCEEE >ss_pred CCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCCEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHH HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC >ss_conf 9765433287102322320389810313653237725576655589999998520445688887789999997313331124456899999997628747 8875321100701458898999999750236689999998603999999999999676600059 >Consensus xxxxMSrRnPCkfEirGxCxrGxxCxfsHnYweWPxhxLlvRqNyMLNrilrxxDxxRTxeyaLGxxgVlxsYiexxnnITKsxACxslxxilxxLxxxd vkxxRDsxxedxxxirxxNtilSYidxxxKnxxqxIhxLKRLPxxvLkklikxxlxixxxixxx >c4c3bB_ PLGSMSRRNPCKFEIRGHCLNGKRCHFSHNYFEWPPHALLVRQNFMLNRILKSMDKSRTEEYALGVVGVLESYIGSINNITKQSACVAMSKLLTELNSDD IKKLRDNEELNSPKIRVYNTVISYIESNRKNNKQTIHLLKRLPADVLKKTIKNTLDIHKSITIN >UniRef50_Q5MKM1(1-169:176) Matrix M2-1 n=2 Tax=Murine pneumonia virus RepID=M21_MPV15 E=1e-30 s/c=0.79 id=46% cov=95% ----MSVR-PCKFEVQGFCSRGRNCKYSHKYWEWPLKTLMLRQNYMLNRIYRFLDTntdamsdvsgfdapQRTAEYALGTIGVLKSYLEKTNNITKSIAC GSLITVLQNLDVGLVIQARDSNTEDTNYLRSCNTILSYIDKIHK-KRQIIHILKRLPVGVLCNLIQSVISIEEKI--- >UniRef50_P33494(1-165:186) Matrix M2 n=32 Tax=root RepID=VMA2_TRTV E=6e-51 s/c=1.22 id=42% cov=93% ----MSRRNPCRYEIRGKCNRGSSCTFNHNYWSWPDHVLLVRANYMLNQLLRNTDRTdglslisgagredRTQDFVLGSANVVQNYIEGNTTITKSAACY SLYNIIKQLQENDVKTSRDSMLEDPKHVALHNLILSYVDMS-KNPASLINSLKRLPREKLKKLAKIILQL------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * P 1 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 L 2 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 G 3 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 S 4 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 M 5 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1790 0 0 S 6 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 6 0 * * * * * * 1790 0 0 R 7 * * * * * * * * * * * * * * 569 * * 1618 * * 7 0 * * * * * * 1790 0 0 R 8 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 8 569 * 1618 * * * * 1790 0 0 N 9 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 9 0 * * * * 0 * 1490 0 1000 P 10 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1790 0 0 C 11 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1790 0 0 K 12 * * * * * * * * 604 * * * * * 1548 * * * * * 12 0 * * * * * * 1790 0 0 F 13 * * * * 604 * * * * * * * * * * * * * * 1548 13 0 * * * * * * 1790 0 0 E 14 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1790 0 0 I 15 * * * * * * * 569 * * * * * * * * * 1618 * * 15 0 * * * * * * 1790 0 0 R 16 * * * * * * * * * * * * * 1618 569 * * * * * 16 0 * * * * * * 1790 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1790 0 0 H 18 * * * * 1618 * 1590 * 1548 * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1790 0 0 C 19 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1790 0 0 L 20 * * * * * * * * * 1590 * 1548 * * * 1618 * * * * 20 0 * * * * * * 1790 0 0 N 21 * * * * * * * * * * * 1590 * * 583 * * * * * 21 0 * * * * * * 1790 0 0 G 22 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1790 0 0 K 23 * * * * * * * * 1590 * * * * * 1618 1548 * * * * 23 0 * * * * * * 1790 0 0 R 24 * * * * * * * * * * * 1618 * * 1590 1548 * * * * 24 0 * * * * * * 1790 0 0 C 25 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1790 0 0 H 26 * * * * * * 1590 * 1618 * * * * * * * 1548 * * * 26 0 * * * * * * 1790 0 0 F 27 * * * * 569 * * * * * * * * * * * * * * 1618 27 0 * * * * * * 1790 0 0 S 28 * * * * * * * * * * * 1548 * * * 604 * * * * 28 0 * * * * * * 1790 0 0 H 29 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1790 0 0 N 30 * * * * * * * * 1618 * * 569 * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1790 0 0 Y 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 31 0 * * * * * * 1790 0 0 F 32 * * * * 1590 * * * * * * * * * * * * * 583 * 32 0 * * * * * * 1790 0 0 E 33 * * * 604 * * * * * * * * * * * 1548 * * * * 33 0 * * * * * * 1790 0 0 W 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 34 0 * * * * * * 1790 0 0 P 35 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1790 0 0 P 36 * * 1548 * * * * * * 1618 * * 1590 * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1790 0 0 H 37 * * * * * * 569 * 1618 * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1790 0 0 A 38 1590 * * * * * * * * * * * * * * * 1618 1548 * * 38 0 * * * * * * 1790 0 0 L 39 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1790 0 0 L 40 * * * * * * * * * 569 1618 * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1790 0 0 V 41 * * * * * * * * * 1618 * * * * * * * 569 * * 41 0 * * * * * * 1790 0 0 R 42 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 42 0 * * * * * * 1790 0 0 Q 43 1548 * * * * * * * * * * * * 604 * * * * * * 43 0 * * * * * * 1790 0 0 N 44 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1790 0 0 F 45 * * * * 1590 * * * * * * * * * * * * * * 583 45 0 * * * * * * 1790 0 0 M 46 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1790 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1790 0 0 N 48 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1790 0 0 R 49 * * * * * * * * * * * * * 1548 604 * * * * * 49 0 * * * * * * 1790 0 0 I 50 * * * * * * * 604 * 1548 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1790 0 0 L 51 * * * * * * * * * 569 * * * * * * * * * 1618 51 0 * * * * * * 1790 0 0 K 52 * * * * * * * * 1590 * * * * * 583 * * * * * 52 0 * * * * * * 1790 0 0 S 53 * * * * 1618 * * * * * * 1548 * * * 1590 * * * * 53 0 * * * * * * 1790 0 0 M 54 * * * * * * * * * 1618 1590 * * * * * 1548 * * * 54 0 * * * * * * 1790 0 0 D 55 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1790 0 0 K 56 * * * * * * * * 1590 * * * * * 1548 * 1618 * * * 56 569 1618 * 3807 107 * * 1790 1000 0 S 57 * * * * * * * * * * * * * 1618 * 1590 1548 * * * 57 604 1548 * 3700 115 * * 1790 1000 0 R 58 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 58 0 * * * * * * 1790 0 0 T 59 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 59 0 * * * * * * 1790 0 0 E 60 1618 * * 1590 * * * * * * * * * 1548 * * * * * * 60 0 * * * * * * 1790 0 0 E 61 * * 1548 604 * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1790 0 0 Y 62 * * * * 1548 * * * * * * * * * * * * * * 604 62 0 * * * * * * 1790 0 0 A 63 604 * * * * * * * * * * * * * * * * 1548 * * 63 0 * * * * * * 1790 0 0 L 64 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1790 0 0 G 65 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1790 0 0 V 66 * * * * * * * * * * * * * * * 1548 1618 1590 * * 66 0 * * * * * * 1790 0 0 V 67 1548 * * * * * * 1618 * * * * * * * * * 1590 * * 67 0 * * * * * * 1790 0 0 G 68 * * * * * 604 * * * * * 1548 * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1790 0 0 V 69 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 69 0 * * * * * * 1790 0 0 L 70 * * * * * * * * * 604 * * * * * * * 1548 * * 70 0 * * * * * * 1790 0 0 E 71 * * * 1590 * * * * 1618 * * * * 1548 * * * * * * 71 0 * * * * * * 1790 0 0 S 72 * * * * * * * * * * * 1548 * * * 604 * * * * 72 0 * * * * * * 1790 0 0 Y 73 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 73 0 * * * * * * 1790 0 0 I 74 * * * * * * * 569 * 1618 * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1790 0 0 G 75 * * * 583 * 1590 * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1790 0 0 S 76 * * * * * 1548 * * 1618 * * * * * * 1590 * * * * 76 0 * * * * * * 1790 0 0 I 77 * * * * * * * 1590 * * * 1548 * * * * 1618 * * * 77 0 * * * * * * 1790 0 0 N 78 * * * * * * * * * * * 604 * * * * 1548 * * * 78 0 * * * * * * 1790 0 0 N 79 * * * * * * * * * * * 604 * * * * 1548 * * * 79 0 * * * * * * 1790 0 0 I 80 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1790 0 0 T 81 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 81 0 * * * * * * 1790 0 0 K 82 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1790 0 0 Q 83 * * * * * * * * * * * * * 1590 * 583 * * * * 83 0 * * * * * * 1790 0 0 S 84 1548 * * * * * * 1618 * * * * * * * 1590 * * * * 84 0 * * * * * * 1790 0 0 A 85 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1790 0 0 C 86 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1790 0 0 V 87 * * * * * 1618 * * * * * * * * * * * 1590 * 1548 87 0 * * * * * * 1790 0 0 A 88 1590 * * * * * * * * * * * * * * 583 * * * * 88 0 * * * * * * 1790 0 0 M 89 * * * * * * * * * 583 1590 * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1790 0 0 S 90 * * * * * * * 1618 * * * * * * * 1590 * * * 1548 90 0 * * * * * * 1790 0 0 K 91 * * * * * * * * 1590 * * 1548 * * * * 1618 * * * 91 0 * * * * * * 1790 0 0 L 92 * * * * * * * 1548 * 1590 * * * * * * * 1618 * * 92 0 * * * * * * 1790 0 0 L 93 * * * * * * * 1548 * 604 * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1790 0 0 T 94 * * * * * * * * 1548 * * * * 1618 * * 1590 * * * 94 0 * * * * * * 1790 0 0 E 95 * * * 1590 * * * * * * * 1618 * 1548 * * * * * * 95 0 * * * * * * 1790 0 0 L 96 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1790 0 0 N 97 * * 1618 * * * * * * * * 1590 * 1548 * * * * * * 97 0 * * * * * * 1790 0 0 S 98 * * * 1548 * * * * * * * * * * * 1590 * 1618 * * 98 0 * * * * * * 1790 0 0 D 99 * * 1590 * * 1618 * * * * * 1548 * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1790 0 0 D 100 * * 569 * * * * * * 1618 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1790 0 0 I 101 * * * * * * * 1590 * * * * * * * * * 583 * * 101 0 * * * * * * 1790 0 0 K 102 * * * * * * * 1618 569 * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1790 0 0 K 103 * * * * * * * * 1590 * * * * 1618 * * 1548 * * * 103 0 * * * * * * 1790 0 0 L 104 1618 * * * * * * * * 1590 * * * * * 1548 * * * * 104 0 * * * * * * 1790 0 0 R 105 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 105 0 * * * * * * 1790 0 0 D 106 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1790 0 0 N 107 * * * * * * * * * * * 1590 * * * 583 * * * * 107 0 * * * * * * 1790 0 0 E 108 * * * 1590 * * * * * * 1548 1618 * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1790 0 0 E 109 * * * 1590 * * * * * 1548 * * * * * * 1618 * * * 109 0 * * * * * * 1790 0 0 L 110 * * * 583 * * * * * 1590 * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1790 0 0 N 111 * * 583 * * * * * * * * 1590 * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1790 0 0 S 112 * * * * * * * * * * * * 1548 * * 1590 1618 * * * 112 0 * * * * * * 1790 0 0 P 113 * * * * * * * * 1548 * * 1618 1590 * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1790 0 0 K 114 * * * * * * 1548 * 1590 * * * * * * * * * * 1618 114 0 * * * * * * 1790 0 0 I 115 * * * * * * * 1590 * 1618 * * * * * * * 1548 * * 115 0 * * * * * * 1790 0 0 R 116 1548 * * * * * * * * * * * * * 604 * * * * * 116 0 * * * * * * 1790 0 0 V 117 * * * * * * * * * 1548 * * * * * 1618 * 1590 * * 117 0 * * * * * * 1790 0 0 Y 118 * 1618 * * * * 1548 * * * * * * * * * * * * 1590 118 0 * * * * * * 1790 0 0 N 119 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1790 0 0 T 120 * * * * * * * * * 1548 * * * * * * 604 * * * 120 0 * * * * * * 1790 0 0 V 121 * * * * * * * 583 * * * * * * * * * 1590 * * 121 0 * * * * * * 1790 0 0 I 122 * * * * * * * 1590 * 583 * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1790 0 0 S 123 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 123 0 * * * * * * 1790 0 0 Y 124 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 124 0 * * * * * * 1790 0 0 I 125 * * * * * * * 604 * * * * * * * * * 1548 * * 125 0 * * * * * * 1790 0 0 E 126 * * 583 1590 * * * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1790 0 0 S 127 * * * * * * * * 1618 * 1548 * * * * 1590 * * * * 127 0 * * * * * * 1790 0 0 N 128 * * * * * * * 1618 * * * 1590 * * * 1548 * * * * 128 604 * 1548 * * * * 1790 0 0 R 129 * * * * * * 1018 * * * * * * * 982 * * * * * 129 0 * * * * 0 * 1449 0 1000 K 130 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 130 569 * 1618 * * * * 1790 0 0 N 131 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 131 0 * * * * 0 * 1490 0 1000 N 132 * * * * * * * * 1618 * * 1590 1548 * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1790 0 0 K 133 1548 * * * * * * * 1590 * * * * * 1618 * * * * * 133 0 * * * * * * 1790 0 0 Q 134 * * * * * * * * * * * * * 604 * 1548 * * * * 134 0 * * * * * * 1790 0 0 T 135 * * * * * * * 1618 * 1548 * * * * * * 1590 * * * 135 0 * * * * * * 1790 0 0 I 136 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1790 0 0 H 137 * * * * * * 604 * * * * 1548 * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1790 0 0 L 138 * * * * * * * 1618 * 1590 * * * * * 1548 * * * * 138 0 * * * * * * 1790 0 0 L 139 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1790 0 0 K 140 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1790 0 0 R 141 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 141 0 * * * * * * 1790 0 0 L 142 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1790 0 0 P 143 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1790 0 0 A 144 1590 * * * * * * * * * * * * * 1548 * * 1618 * * 144 0 * * * * * * 1790 0 0 D 145 * * 1590 1548 * 1618 * * * * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1790 0 0 V 146 * * * * * * * * 1548 * * * * * * * * 604 * * 146 0 * * * * * * 1790 0 0 L 147 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1790 0 0 K 148 * 1618 * * * * * * 569 * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1790 0 0 K 149 * * * * * * * * 569 * * 1618 * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1790 0 0 T 150 * * * * * * * * * 583 * * * * * * 1590 * * * 150 0 * * * * * * 1790 0 0 I 151 1548 * * * * * * 604 * * * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1790 0 0 K 152 * * * * * * * * 569 * * * * 1618 * * * * * * 152 0 * * * * * * 1790 0 0 N 153 * * * * * * * 1548 * * * 1590 * * * 1618 * * * * 153 0 * * * * * * 1790 0 0 T 154 * * * * * * * 1548 * * * * * * * * 1590 1618 * * 154 0 * * * * * * 1790 0 0 L 155 * * * * * * * 1618 * 569 * * * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1790 0 0 D 156 * * 1590 * * * * * * * * * * 1548 * 1618 * * * * 156 0 * * * * * * 1790 0 0 I 157 * * * * * * * 604 * 1548 * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1790 0 0 H 158 * * * 1018 * * 982 * * * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1449 0 0 K 159 * * * 1018 * * * * 982 * * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1449 0 0 S 160 * * * * * * * * 1018 * * * * * * 982 * * * * 160 0 * * * * * * 1449 0 0 I 161 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1449 0 0 T 162 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 I 163 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 N 164 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 164 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //