HHsearch 1.5 NAME c4acvA_ FAM FILE c4acvA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4acvA_.a3m DATE Mon Jan 14 11:29:05 2013 LENG 119 match states, 119 columns in multiple alignment FILT 5 out of 9 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 2.6 EVD 0.4062 -0.9987 SEQ >ss_dssp CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCBSSCCSCCCSCEEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEEEESSCCHHHHHHHHHHHHHCCCCSTTEEEEEEEEEEEEEEEE ETTEEEEEEEEEEEEEECC >sa_dssp DCBDDEEABDCACDBACDDCECEADCEDCEDCEEDDBBACCDDDDEDECADACAABBBBCEDECEECCEDBCDBADECBEBDDCCECECCDDCEDDDEDD CEEACBBCBBABABACCEE >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCCCCEEEEEEECCCCCEEEEEEEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCHHHHHC CCCCEEEEEEEEEEEEECC >ss_conf 9541899999999985412794799715467999657777416882204578899999833798741049999999875078843567862100544204 3431655432357865309 >Consensus KkLslxxlxxaVxxxieextgLxcxdxxpnxepxPfyfiexIxxrpewxexyxxxIHaisxexxxxxvxxxdxixxxxealpExyxlxxqxxxGxQxlxe exgxxHAixxfeixicxxx >c4acvA_ KSLSFMRVLEAVRTMLQEKGGLDVSIVMRNQVEMPTTMIEMIDQEEEWKEKYRFAIHHYTNEQDLAGVEMIDTLIQMGFILPEGYKLVAVRHCGKQNLVK ENTLIHAKTSFEVSICREL >UniRef50_UPI00016938D3(3-129:136) antigen B n=1 Tax=Paenibacillus larvae subsp. larvae BRL-230010 RepID=UPI00016938D3 E=4e-41 s/c=1.32 id=31% cov=97% QKLSFVEVLSAVQKKVEENTGLRCYDSIPNNEPVPFYFVEIVGQTPEpsktmWKEKYQIFIHAFADGRN-GSVPIFDLIQKLEEALteririPEPFDLLM QTPTGVQRiLIEEDGTKHAIMGYDIVIC--- >UniRef50_Q1CP97(3-128:136) Antigen B n=5 Tax=Streptococcus RepID=Q1CP97_STRPF E=8e-13 s/c=0.59 id=23% cov=97% KKLGLVDLHASIKQKIEDKTGLMAYDHVPEDMPSPFYFIEVVDKRPEdtkvmWCEVFTVWIHAIA-EAGKSKIAIYDMIEKLEEAlteelvLPEEIDILR QSEVGMQSLQEdETGEMHAIVAYEIKV---- >UniRef50_Q9K751(3-124:136) BH3522 protein n=1 Tax=Bacillus halodurans RepID=Q9K751_BACHD E=1e-05 s/c=0.42 id=22% cov=92% KKLSLLDLHIPIQERIHEGTDLKCLDDIPRSEKPPFTFLEFINSRPRntktmFVHEYQVHVHIIS--PPGSSVPHYRNIQAVDEAlteyirLPEGYELWG QVESGlISNYIEPQTKEhHAVLGF-------- >UniRef50_B9CN39(6-130:137) Antigen B n=1 Tax=Atopobium rimae ATCC 49626 RepID=B9CN39_9ACTN E=2e-26 s/c=0.96 id=23% cov=97% KRLPLSELIAAVVSQVEDSTGLRC-VTDANNEPSPFYSIGAITTRPDksktmYLDVFTLQIHAISKpgETREEVFEMLDALSEAMSTRVElacPYRVVRQ VDDGVQTIKRdETGEWHAISEFEITV---- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * K 1 * * * * * * * * 277 * * * * 2515 * * * * * * 1 0 * * * * * * 2678 0 0 S 2 * * * * * * * * 830 * * * * * 2257 2132 * * * * 2 0 * * * * * * 2678 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 2678 0 0 S 4 * * * * * 2477 * * * * * * 2257 * * 710 * * * * 4 0 * * * * * * 2678 0 0 F 5 * * * * 1311 * * * * 744 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 2678 0 0 M 6 * * * * * * * * * 2265 2132 * * * * 2257 * 1496 * * 6 0 * * * * * * 2678 0 0 R 7 * * 1367 1380 * * * * * * * * * * 2132 * * * * * 7 0 * * * * * * 2678 0 0 V 8 * * * * * * * * * 744 * * * * * * * 1311 * * 8 0 * * * * * * 2678 0 0 L 9 * * * * * * 1367 2257 * 1311 * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 2678 0 0 E 10 1363 * * 2132 * * * 2265 * * * * * * * 2515 * * * * 10 0 * * * * * * 2678 0 0 A 11 708 * * * * * * * * * * * 2265 * * 2477 * * * * 11 0 * * * * * * 2678 0 0 V 12 * * * * * * * 1367 * * * * * * * * * 708 * * 12 0 * * * * * * 2678 0 0 R 13 * * * * * * * * 2477 * * * * 1384 2132 * * 2257 * * 13 0 * * * * * * 2678 0 0 T 14 * * * 2265 * * * * 2515 * * * * 2477 * 2257 2132 * * * 14 0 * * * * * * 2678 0 0 M 15 * * * * * * * * 1496 * 2132 * * 2257 2265 * * * * * 15 0 * * * * * * 2678 0 0 L 16 * * * * * * * 1367 * 2132 * * * * * * * 1380 * * 16 0 * * * * * * 2678 0 0 Q 17 * * * 827 * * 2265 * * * * * * 2132 * * * * * * 17 0 * * * * * * 2678 0 0 E 18 * * 1363 710 * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 2678 0 0 K 19 * * * * * 2265 * * 1294 * * 2515 * * * 2257 * * * * 19 0 * * * * * * 2678 0 0 G 20 * * * * * 2132 * * * * * * * * * * 374 * * * 20 0 * * * * * * 2678 0 0 G 21 * * 2265 * * 337 * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 2678 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 2678 0 0 D 23 * * 2132 * * * * * 2265 * 2477 * * * 1380 * * * * * 23 0 * * * * * * 2678 0 0 V 24 2477 756 * * * * * * * * * * * * * * * 2132 * * 24 339 * 2257 * * * * 2678 0 0 S 25 * * * * * * * * * 1978 * * * * * 1813 * * * 1115 25 0 * * * * 0 * 2347 0 1000 I 26 * * 830 * * * * 2132 * * * * * * * * * 2257 * * 26 0 * * * * * * 2678 0 0 V 27 * * 2265 * * * 2477 * * * * * * * * 2515 2257 2132 * * 27 0 * * * * * * 2678 0 0 M 28 * * 2257 * * * * 1384 * * 2132 * * * * * * 2477 * * 28 0 * * * * * * 2678 0 0 R 29 2257 * * * * * * * * * * * 830 * 2132 * * * * * 29 0 * * * * * * 2678 0 0 N 30 * * * 2477 * * * * * * * 708 * * 2265 * * * * * 30 0 * * * * * * 2678 0 0 Q 31 * * 2477 * * * * * * * * 1380 * 2132 * 2265 * * * * 31 0 * * * * * * 2678 0 0 V 32 * * * 756 * * * * * * 2477 * * * * * * 2132 * * 32 0 * * * * * * 2678 0 0 E 33 * * * 2132 * * * * 2265 * * * 827 * * * * * * * 33 0 * * * * * * 2678 0 0 M 34 * * * * * * * * * * 2132 * 2265 * * 1363 * 2515 * * 34 0 * * * * * * 2678 0 0 P 35 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 35 0 * * * * * * 2678 0 0 T 36 * * * * 374 * * * * * * * * * * * 2132 * * * 36 0 * * * * * * 2678 0 0 T 37 * * * * * * * * * * * * * * * * 1197 * * 827 37 0 * * * * * * 2678 0 0 M 38 * * * * 830 * * * * * 2132 * * * * 2257 * * * * 38 0 * * * * * * 2678 0 0 I 39 * * * * * * * 697 * 2265 * * * * * * * 2515 * * 39 0 * * * * * * 2678 0 0 E 40 * * * 339 * 2257 * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 2678 0 0 M 41 2257 * * * 2265 * * 2515 * * 2132 * * * * * * 2477 * * 41 0 * * * * * * 2678 0 0 I 42 * * * * * * * 632 * * * * * * * * * 1496 * * 42 0 * * * * * * 2678 0 0 D 43 * * 1294 * * 2515 * * * * * 2265 * * * * 2257 * * * 43 0 * * * * * * 2678 0 0 Q 44 * * * * * * * * 2477 * * * * 1311 * 2265 2257 * * * 44 0 * * * * * * 2678 0 0 E 45 * * * 2132 * * * * * * * * * * 744 * 2515 * * * 45 0 * * * * * * 2678 0 0 E 46 * * * 2132 * * * * * * * * 374 * * * * * * * 46 0 * * * * * * 2678 0 0 E 47 * * 2257 779 * * * * * * * * * * 2265 * * * * * 47 2132 374 * 2322 322 * * 2678 2260 0 W 48 * * * * 2265 * * * * * * * * * * * * * 779 2257 48 0 * * * * * * 2678 0 0 K 49 * 2477 * * * * * * 1311 2257 * * * * * * * 2265 * * 49 0 * * * * * * 2678 0 0 E 50 * * 2257 779 * * 2265 * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 2678 0 0 K 51 * * * 2265 * * * * 1311 * * * * * * * * 1363 * * 51 0 * * * * * * 2678 0 0 Y 52 * * * * 1363 * * * * * * * * * * * * * * 710 52 0 * * * * * * 2678 0 0 R 53 * * * * * * * * * * * * * 1384 2132 * 1363 * * * 53 0 * * * * * * 2678 0 0 F 54 * * * * 2132 * * 2515 * 2257 * * * * * * * 1367 * * 54 0 * * * * * * 2678 0 0 A 55 2132 * * * 2515 * 2265 * * * * * * 2257 * * * * 2477 * 55 0 * * * * * * 2678 0 0 I 56 * * * * * * * 337 * * * * * * * * * 2265 * * 56 0 * * * * * * 2678 0 0 H 57 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 2678 0 0 H 58 827 * * * * * 2132 2265 * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 2678 0 0 Y 59 * * * * 2515 * * 744 * * * * * * * * * * * 2132 59 0 * * * * * * 2678 0 0 T 60 1496 * * * * * * * * * * * * * * 1261 2132 * * * 60 708 * 1367 * * * * 2678 0 0 N 61 * * 1643 * * * * * 1566 * * 1548 * * * * * * * * 61 594 1566 * 1000 1000 987 1013 2101 1000 1584 E 62 * * * 378 * 2118 * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * 0 * 2354 0 1000 Q 63 2477 * * * * * * * * * * * 2265 2132 2515 * 2257 * * * 63 0 * * * * * * 2678 0 0 D 64 * * 2132 * * 2477 * * * * * 2515 2265 * 2257 * * * * * 64 277 * 2515 * * * * 2678 0 0 L 65 * * * 2009 * 2009 * * 2117 1876 * * * * * * * * * * 65 0 * * * * 0 * 2529 0 1000 A 66 2132 * * 2257 * 2515 * * * * * * * * * 1367 * * * * 66 0 * * * * * * 2678 0 0 G 67 * * * * * 2132 * * 2477 * * * * * * 1384 * 2257 * * 67 0 * * * * * * 2678 0 0 V 68 * * * * 2257 * * 2477 * * * * * * * * * 710 * * 68 0 * * * * * * 2678 0 0 E 69 2477 * * 1193 * * * * * * * * 1384 * * * * * * * 69 0 * * * * * * 2678 0 0 M 70 * * * * * * 2265 1496 * * 1193 * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 2678 0 0 I 71 * * * * 2515 * * 2132 * 2257 * * * * * * * * * 1367 71 0 * * * * * * 2678 0 0 D 72 * * 337 * * * * * * * * * * * 2265 * * * * * 72 0 * * * * * * 2678 0 0 T 73 2257 * * * * * * * * 2515 2477 2265 * * * * 2132 * * * 73 0 * * * * * * 2678 0 0 L 74 * * * * * * * 830 * 1193 * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 2678 0 0 I 75 * * * 2477 * * * 2132 * * * * * 1384 * 2257 * * * * 75 0 * * * * * * 2678 0 0 Q 76 2265 * * 2257 * * * * 1496 * * * * 2132 * * * * * * 76 0 * * * * * * 2678 0 0 M 77 2257 * * * * * * * * 1496 2132 * * * * * * 2265 * * 77 0 * * * * * * 2678 0 0 G 78 * * 2265 1496 * 2132 * * * * 2257 * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 2678 0 0 F 79 * * * 830 2132 * * * * * * * * * * 2257 * * * * 79 0 * * * * * * 2678 0 0 I 80 830 * * * * * * 2132 * * * * * * * * 2257 * * * 80 708 1367 * 2585 263 * * 2678 1581 0 L 81 * * * * * * * * * 339 * * * * 2257 * * * * * 81 277 2515 * 2585 263 * * 2678 1000 0 P 82 * * * * * * * * * * * * 339 * * * * 2257 * * 82 0 * * * * * * 2678 0 0 E 83 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 83 339 2257 * 1585 585 * * 2678 1000 0 G 84 * * * 2477 * 1197 * * * * * * 1380 * * * * * * * 84 0 * * * * * * 2678 0 0 Y 85 * * * * 2515 * * 2477 * * * * * * * * * * * 632 85 0 * * * * * * 2678 0 0 K 86 * * 1496 2265 * * * * 2132 * * * * * 2257 * * * * * 86 0 * * * * * * 2678 0 0 L 87 * * * * * * * 2477 * 710 * * * * * * * 2257 * * 87 0 * * * * * * 2678 0 0 V 88 * * * * * * * * * 1496 * * * * * * * 1193 2265 * 88 0 * * * * * * 2678 0 0 A 89 2132 * * * * 2265 * * * * 2515 * * * 1363 * * * * * 89 0 * * * * * * 2678 0 0 V 90 * * * * * * * * * * * * * 374 * * * 2132 * * 90 0 * * * * * * 2678 0 0 R 91 * * * * * * * * * * * * * * 2132 2477 2515 1261 * * 91 0 * * * * * * 2678 0 0 H 92 * * 2257 1367 * * 2132 * * * * * 2515 * * * * * * * 92 0 * * * * * * 2678 0 0 C 93 * 2132 2257 * * * * * * * * * * * * 2265 2515 2477 * * 93 0 * * * * * * 2678 0 0 G 94 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 94 337 2265 * 0 * * * 2678 1000 0 K 95 * * * * * * * 2265 2132 * 2477 * * * * * * 1380 * * 95 0 * * * * * * 2678 0 0 Q 96 * * * * * * * * * * * * * 337 * 2265 * * * * 96 0 * * * * * * 2678 0 0 N 97 * * * * * * * * * * * 1197 * * 2515 2477 2257 * * * 97 277 2515 * 0 * * * 2678 1000 0 L 98 * * * * * * * 2257 * 779 * * * * * * * * * 2265 98 0 * * * * * * 2678 0 0 V 99 * * * * * * * 1384 2257 * * * * 2477 * * * 2132 * * 99 0 * * * * * * 2678 0 0 K 100 * * * 830 * * * * 2132 * * * * * 2257 * * * * * 100 710 1363 * 0 * * * 2678 1532 0 E 101 * * * 337 * * * * * * * * 2265 * * * * * * * 101 0 * * * * * * 2678 0 0 N 102 * * 2515 * * * * * * * * 2132 * 2265 * * 1363 * * * 102 0 * * * * * * 2678 0 0 T 103 * * * * * 827 * * * * * * * * * * 1197 * * * 103 0 * * * * * * 2678 0 0 L 104 * * * 1363 * * * * 2265 2132 * * * * * * 2515 * * * 104 0 * * * * * * 2678 0 0 I 105 * * * 2265 * * * 2132 2515 * 2477 * * * * * * * 2257 * 105 337 2265 * 0 * * * 2678 1000 0 H 106 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 2678 0 0 A 107 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 2678 0 0 K 108 * * * * * * * 827 2132 * * * * * * * * 2265 * * 108 0 * * * * * * 2678 0 0 T 109 * * * * * * * * * 2265 2515 * * * * 2257 2132 2477 * * 109 0 * * * * * * 2678 0 0 S 110 2477 * * 2257 * 1384 * * * * * * * * * 2132 * * * * 110 0 * * * * * * 2678 0 0 F 111 * * * * 632 * * * * * * * * * * * * * * 1496 111 0 * * * * * * 2678 0 0 E 112 * * 2118 378 * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 2354 0 0 V 113 * * * * * * * 478 * * * * * * * * * 1827 * * 113 0 * * * * * * 2354 0 0 S 114 * * * * * * * * 2100 * * * * * * 1827 1975 2118 * * 114 0 * * * * * * 2354 0 0 I 115 * * * * * * * 965 * * * * * * * * * 1036 * * 115 0 * * * * * * 2354 0 0 C 116 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1603 0 0 R 117 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 E 118 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 L 119 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 119 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //