HHsearch 1.5 NAME c3zcoA_ FAM FILE c3zcoA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3zcoA_.a3m DATE Sat Apr 6 08:23:08 2013 LENG 127 match states, 127 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.3882 -2.0778 SEQ >ss_dssp CCHHHHHHTSCHHHHHHHHHHHHHHSSSCCCEEEHHHHHHHHHHHHHHCTTSHHHHHHHHHHCCTTCCSCCHHHHTTSCHHHHHHHHHHTTSEEEEECSS SCCEEEEECCHHHHHHHHHHCGGGCCC >sa_dssp EDDBEDACECDCCBBAAAAAABCDBEEEEECBCCCDDABDCABDBAEECDBBDAADDBCEEBBDEEBECBDCECADECDBEDBBEEACEEEBADDCEDEE DEDDBACBDDCECADEACDDAECADEE >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEECCC CCEEEEEEECCEEEEEEEECCHHHHCC >ss_conf 9256777759999999999875420576510123899999999996058873026889987411367320189764111799998621244799998188 842899986123542222012564049 >Consensus etiskkiigmsllmrtflytlaqetegtnrhtlaletvlikmvkmlrdnpgykaskeikkvicgawepaitieklkqfswisvvndlvgeklvvvvleep sasimvelklpleinyafsmdeefknm >c3zcoA_ ETISKKIIGMSLLMRTFLYTLAQETEGTNRHTLALETVLIKMVKMLRDNPGYKASKEIKKVICGAWEPAITIEKLKQFSWISVVNDLVGEKLVVVVLEEP SASIMVELKLPLEINYAFSMDEEFKNM # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * E 1 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 T 2 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 I 3 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 S 4 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 K 5 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 K 6 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 I 7 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 I 8 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 G 9 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 M 10 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 S 11 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 L 12 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 M 14 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 R 15 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 F 17 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 L 18 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 19 0 * * * * * * 1000 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 L 21 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 A 22 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 23 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 E 24 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 T 25 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 E 26 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 G 27 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 T 28 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 N 29 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 R 30 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 H 31 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 T 32 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 A 34 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 L 35 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 E 36 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 T 37 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 V 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 L 39 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 I 40 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 K 41 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 M 42 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 V 43 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 K 44 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 M 45 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 L 46 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 R 47 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 D 48 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 N 49 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 P 50 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 G 51 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 52 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 52 0 * * * * * * 1000 0 0 K 53 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 A 54 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 S 55 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 K 56 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 E 57 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 I 58 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 K 59 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 K 60 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 V 61 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 I 62 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 C 63 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 G 64 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 A 65 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 W 66 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 E 67 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 P 68 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 A 69 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 I 70 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 T 71 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 I 72 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 E 73 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 K 74 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 L 75 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 K 76 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 77 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 F 78 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 S 79 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 W 80 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 I 81 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 S 82 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 V 83 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 V 84 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 N 85 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 D 86 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 L 87 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 V 88 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 G 89 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 E 90 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 K 91 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 L 92 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 V 93 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 V 94 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 V 95 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 V 96 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 L 97 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 E 98 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 E 99 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 P 100 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 S 101 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 A 102 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 S 103 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 I 104 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 M 105 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 V 106 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 E 107 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 L 108 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 K 109 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 L 110 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 P 111 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 L 112 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 E 113 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 I 114 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 N 115 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 116 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 116 0 * * * * * * 1000 0 0 A 117 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 F 118 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 S 119 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 M 120 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 D 121 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 E 122 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 E 123 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 F 124 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 K 125 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 N 126 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 M 127 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 127 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //