HHsearch 1.5 NAME c3x2dM_ FAM FILE c3x2dM_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3x2dM_.a3m DATE Sat Feb 28 08:12:25 2015 LENG 152 match states, 152 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.3908 -0.9416 SEQ >ss_dssp CCEETTTEECCCCCCTTSEEEEEEEGGGGTCCCSHHHHHHTEEEESSCCCCEEECSEECCEEEEEEEEEECTTSCBCSBCCCTTCCCCSCEEEEEEEEEE CTTCCSEEEESSSCEEEETTEEESSCBTTCCBEEEEEEEEECTTHHHHHHTC >sa_dssp ECBCDEEDEEEEEEEEDADBCCADAABEEECDCDCEDADEBCDCEEEDDDEDDEBDCDDEBEBAACBCCCBEEDECCBCECDEDADDBDECEDDCEDEDE DEECECCBCBEEEBCAAACDBAACABBCDCBAABADCDECCBCEECCEEEEE >ss_pred CCEEEECCCCCCCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCCCCHHHCCHHHCCCCCCCEEECCCCCCCCEEEEEEECCCCCEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEEECC CCCCCCEEEEECCCEEEEEECCCCEEEEEEEEECCEEEEEEEHHHHHHHHCC >ss_conf 9035313677420121112455456435622256300010001215888431220156200225636876678752000572134788443157753048 9984560255212002111001102661024303306666603467766319 >Consensus pvleiasnsqgtLxxTxxxxxxGxxLxGxxiAxxxxxAsKRWxFRsGVPPKxVxYxxGExAxxCYNixixxxxGxxxLxxPPxxiRxxPrCrxVHxiQGx xPxxxxiAxHxxGAFFLYDRxASTxxYRGxxFxEGxIAxxIxxxtvhrmifs >c3x2dM_ PVLEIASNSQGTLQKTEDVHLMGFTLSGQKVADSPLEASKRWAFRTGVPPKNVEYTEGEEAKTCYNISVTDPSGKSLLLDPPSNIRDYPKCKTVHHIQGQ NPHAQGIALHLWGAFFLYDRVASTTMYRGKVFTEGNIAAMIVNKTVHRMIFS >UniRef50_Q91DD8(58-189:677) GP2-delta n=52 Tax=Ebola-like viruses RepID=VGP_EBORE E=3e-29 s/c=0.98 id=44% cov=88% ------------LSSTSQLKSVGLNLEGNGIATDVPSATKRWGFRSGVPPKVVSYEAGEWAENCYNLEIKKSDGSECLPLPPDGVRGFPRCRYVHKVQGT GPCPGDLAFHKNGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVIAFLILSE-------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * P 1 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 V 2 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 I 5 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 A 6 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 S 7 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 N 8 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 S 9 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 10 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 G 11 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 T 12 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1467 0 0 Q 14 * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * 14 0 * * * * * * 1467 0 0 K 15 * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * 15 0 * * * * * * 1467 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 16 0 * * * * * * 1467 0 0 E 17 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 17 0 * * * * * * 1467 0 0 D 18 * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 18 0 * * * * * * 1467 0 0 V 19 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 19 0 * * * * * * 1467 0 0 H 20 * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1467 0 0 L 21 * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * 21 0 * * * * * * 1467 0 0 M 22 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * 22 0 * * * * * * 1467 0 0 G 23 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1467 0 0 F 24 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1467 0 0 T 25 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 25 0 * * * * * * 1467 0 0 L 26 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1467 0 0 S 27 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 27 0 * * * * * * 1467 0 0 G 28 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1467 0 0 Q 29 * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * 29 0 * * * * * * 1467 0 0 K 30 * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1467 0 0 V 31 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 31 0 * * * * * * 1467 0 0 A 32 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1467 0 0 D 33 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 33 0 * * * * * * 1467 0 0 S 34 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 34 0 * * * * * * 1467 0 0 P 35 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * 35 0 * * * * * * 1467 0 0 L 36 * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1467 0 0 E 37 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 37 0 * * * * * * 1467 0 0 A 38 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1467 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 39 0 * * * * * * 1467 0 0 K 40 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1467 0 0 R 41 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 41 0 * * * * * * 1467 0 0 W 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 42 0 * * * * * * 1467 0 0 A 43 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1467 0 0 F 44 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1467 0 0 R 45 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 45 0 * * * * * * 1467 0 0 T 46 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 46 0 * * * * * * 1467 0 0 G 47 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1467 0 0 V 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 48 0 * * * * * * 1467 0 0 P 49 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1467 0 0 P 50 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1467 0 0 K 51 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1467 0 0 N 52 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * 52 0 * * * * * * 1467 0 0 V 53 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 53 0 * * * * * * 1467 0 0 E 54 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 54 0 * * * * * * 1467 0 0 Y 55 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 55 0 * * * * * * 1467 0 0 T 56 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 56 0 * * * * * * 1467 0 0 E 57 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1467 0 0 G 58 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1467 0 0 E 59 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1467 0 0 E 60 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 60 0 * * * * * * 1467 0 0 A 61 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1467 0 0 K 62 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1467 0 0 T 63 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 63 0 * * * * * * 1467 0 0 C 64 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1467 0 0 Y 65 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 65 0 * * * * * * 1467 0 0 N 66 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1467 0 0 I 67 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1467 0 0 S 68 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 68 0 * * * * * * 1467 0 0 V 69 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 69 0 * * * * * * 1467 0 0 T 70 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 70 0 * * * * * * 1467 0 0 D 71 * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1467 0 0 P 72 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 72 0 * * * * * * 1467 0 0 S 73 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 73 0 * * * * * * 1467 0 0 G 74 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1467 0 0 K 75 * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * 75 0 * * * * * * 1467 0 0 S 76 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 76 0 * * * * * * 1467 0 0 L 77 * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1467 0 0 L 78 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1467 0 0 L 79 * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1467 0 0 D 80 * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1467 0 0 P 81 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1467 0 0 P 82 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1467 0 0 S 83 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 83 0 * * * * * * 1467 0 0 N 84 * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1467 0 0 I 85 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 85 0 * * * * * * 1467 0 0 R 86 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 86 0 * * * * * * 1467 0 0 D 87 * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1467 0 0 Y 88 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 88 0 * * * * * * 1467 0 0 P 89 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1467 0 0 K 90 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 90 0 * * * * * * 1467 0 0 C 91 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1467 0 0 K 92 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 92 0 * * * * * * 1467 0 0 T 93 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 93 0 * * * * * * 1467 0 0 V 94 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 94 0 * * * * * * 1467 0 0 H 95 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1467 0 0 H 96 * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1467 0 0 I 97 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 97 0 * * * * * * 1467 0 0 Q 98 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 98 0 * * * * * * 1467 0 0 G 99 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1467 0 0 Q 100 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * 100 0 * * * * * * 1467 0 0 N 101 * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1467 0 0 P 102 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1467 0 0 H 103 * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1467 0 0 A 104 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1467 0 0 Q 105 * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * 105 0 * * * * * * 1467 0 0 G 106 * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1467 0 0 I 107 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1467 0 0 A 108 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1467 0 0 L 109 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1467 0 0 H 110 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1467 0 0 L 111 * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1467 0 0 W 112 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * 112 0 * * * * * * 1467 0 0 G 113 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1467 0 0 A 114 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1467 0 0 F 115 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1467 0 0 F 116 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1467 0 0 L 117 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1467 0 0 Y 118 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 118 0 * * * * * * 1467 0 0 D 119 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1467 0 0 R 120 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 120 0 * * * * * * 1467 0 0 V 121 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 121 0 * * * * * * 1467 0 0 A 122 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1467 0 0 S 123 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 123 0 * * * * * * 1467 0 0 T 124 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 124 0 * * * * * * 1467 0 0 T 125 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 125 0 * * * * * * 1467 0 0 M 126 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1467 0 0 Y 127 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 127 0 * * * * * * 1467 0 0 R 128 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 128 0 * * * * * * 1467 0 0 G 129 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1467 0 0 K 130 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 130 0 * * * * * * 1467 0 0 V 131 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 131 0 * * * * * * 1467 0 0 F 132 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1467 0 0 T 133 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 133 0 * * * * * * 1467 0 0 E 134 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1467 0 0 G 135 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1467 0 0 N 136 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * 136 0 * * * * * * 1467 0 0 I 137 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1467 0 0 A 138 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1467 0 0 A 139 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1467 0 0 M 140 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1467 0 0 I 141 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1467 0 0 V 142 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 142 0 * * * * * * 1467 0 0 N 143 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 143 0 * * * * * * 1467 0 0 K 144 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1467 0 0 T 145 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 V 146 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 H 147 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 R 148 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 M 149 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 I 150 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 F 151 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 S 152 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 152 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //