HHsearch 1.5 NAME c3wwtB_ FAM FILE c3wwtB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3wwtB_.a3m DATE Sat Jul 4 08:20:57 2015 LENG 107 match states, 107 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.4349 0.3842 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHHSHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCHHHHHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSTTCCSHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHH HHHTTCC >sa_dssp CEDBDDBBEEADECECAEEBBEDACDCAEECEEBEDADEBCECEEDDBCECABECACDAADCAADCEEBDDECADEBCDECDECAEEBDBBCBAADCACD CACECCE >ss_pred CCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHCC >ss_conf 9269999999711134699999999875310488326687642878899999999999999985036001799999999998999986899999987666 7765109 >Consensus xxxiExLIxrlYxxxiGEExxQxvxLRlWamEesPEaxxILxMxxxxRxxlixMKxERWiRTLlRGkxxxLkxfqxryxevxpxlxxxkxexvxmeeawx lxxhxiq >c3wwtB_ HHMLETLINKIYTGPLGEELVQTLYLRIWAMEETPESLKILQMREDIRDQVLKMKTERWLRTLIRGEKTKLKDFQKRYEEVHPYLMKEKVEQVIMEEAWS LAAHIVQ >UniRef50_P06164(64-198:201) Protein C n=5 Tax=Respirovirus RepID=C_PI3B E=2e-28 s/c=0.70 id=46% cov=101% RQRIEMLIRRLYREEIGEEAAQIVELRLWSLEESPEAAQILTMEPKSRKVLITMKLERWIRTLLRGKCDNLKMFQSRYQEVMPFLQQNKMETVMMEEAWN LSVHLIQ >UniRef50_O55443(14-133:133) Nonstructural protein C (Fragment) n=1 Tax=Ovine parainfluenza virus 3 RepID=O55443_9PARA E=8e-39 s/c=0.92 id=43% cov=67% KQKIEMLIKRLYREEIGEEAAQVVELRLWAMEGSPEAARILAMDPKSRRVLITMKLERWIRTLLRGKCDNL----------------------------- ------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * H 1 * * * * * * 1313 * 1752 * * * * * 1735 * * * * * 1 0 * * * * * * 1557 0 0 H 2 * * * * * * 1313 * * * * * * 743 * * * * * * 2 0 * * * * * * 1557 0 0 M 3 * * * * * * * * 1752 * 1313 * * * 1735 * * * * * 3 0 * * * * * * 1557 0 0 L 4 * * * * * * * 743 * 1313 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1557 0 0 E 5 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1557 0 0 T 6 * * * * * * * * * * 743 * * * * * 1313 * * * 6 0 * * * * * * 1557 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1557 0 0 I 8 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1557 0 0 N 9 * * * * * * * * 1752 * * 1313 * * 1735 * * * * * 9 0 * * * * * * 1557 0 0 K 10 * * * * * * * * 1313 * * * * * 743 * * * * * 10 0 * * * * * * 1557 0 0 I 11 * * * * * * * 1313 * 743 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1557 0 0 Y 12 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 12 0 * * * * * * 1557 0 0 T 13 * * * * * * * * * * * * * * 743 * 1313 * * * 13 0 * * * * * * 1557 0 0 G 14 * * * 743 * 1313 * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1557 0 0 P 15 * * * 743 * * * * * * * * 1313 * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1557 0 0 L 16 * * * * * * * 743 * 1313 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1557 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1557 0 0 E 18 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1557 0 0 E 19 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1557 0 0 L 20 743 * * * * * * * * 1313 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1557 0 0 V 21 743 * * * * * * * * * * * * * * * * 1313 * * 21 0 * * * * * * 1557 0 0 Q 22 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 22 0 * * * * * * 1557 0 0 T 23 * * * * * * * 1735 * * * * * * * * 1313 1752 * * 23 0 * * * * * * 1557 0 0 L 24 * * * * * * * * * 1313 * * * * * * * 743 * * 24 0 * * * * * * 1557 0 0 Y 25 * * * 743 * * * * * * * * * * * * * * * 1313 25 0 * * * * * * 1557 0 0 L 26 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1557 0 0 R 27 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 27 0 * * * * * * 1557 0 0 I 28 * * * * * * * 1313 * 743 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1557 0 0 W 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 29 0 * * * * * * 1557 0 0 A 30 516 * * * * * * * * * * * * * * 1735 * * * * 30 0 * * * * * * 1557 0 0 M 31 * * * * * * * * * 1735 516 * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1557 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1557 0 0 E 33 * * * 508 * 1752 * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1557 0 0 T 34 * * * * * * * * * * * * * * * 743 1313 * * * 34 0 * * * * * * 1557 0 0 P 35 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1557 0 0 E 36 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1557 0 0 S 37 743 * * * * * * * * * * * * * * 1313 * * * * 37 0 * * * * * * 1557 0 0 L 38 743 * * * * * * * * 1313 * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1557 0 0 K 39 * * * * * * * * 1313 * * * * 1735 1752 * * * * * 39 0 * * * * * * 1557 0 0 I 40 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1557 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1557 0 0 Q 42 1752 * * * * * * * * * * * * 1313 * * 1735 * * * 42 0 * * * * * * 1557 0 0 M 43 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1557 0 0 R 44 * * 1752 1735 * * * * * * * * * * 1313 * * * * * 44 0 * * * * * * 1557 0 0 E 45 * * * 1313 * * * * * * * * 743 * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1557 0 0 D 46 * * 1313 * * * * * 743 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1557 0 0 I 47 * * * * * * * 1313 * * * * * * * 743 * * * * 47 0 * * * * * * 1557 0 0 R 48 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 48 0 * * * * * * 1557 0 0 D 49 * * 1313 * * * * * 1735 * * * * * 1752 * * * * * 49 0 * * * * * * 1557 0 0 Q 50 * * * * * * * * * * * * * 1313 * * * 743 * * 50 0 * * * * * * 1557 0 0 V 51 * * * * * * * * * 743 * * * * * * * 1313 * * 51 0 * * * * * * 1557 0 0 L 52 * * * * * * * 743 * 1313 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1557 0 0 K 53 * * * * * * * * 1313 * * * * * * * 743 * * * 53 0 * * * * * * 1557 0 0 M 54 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1557 0 0 K 55 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1557 0 0 T 56 * * * * * * * * * 743 * * * * * * 1313 * * * 56 0 * * * * * * 1557 0 0 E 57 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1557 0 0 R 58 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 58 0 * * * * * * 1557 0 0 W 59 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 59 0 * * * * * * 1557 0 0 L 60 * * * * * * * 743 * 1313 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1557 0 0 R 61 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 61 0 * * * * * * 1557 0 0 T 62 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 62 0 * * * * * * 1557 0 0 L 63 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1557 0 0 I 64 * * * * * * * 1313 * 743 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1557 0 0 R 65 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 65 0 * * * * * * 1557 0 0 G 66 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1557 0 0 E 67 * * * 1313 * * * * 743 * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1557 0 0 K 68 * 743 * * * * * * 1313 * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1557 0 0 T 69 * * 743 * * * * * * * * * * * * * 1313 * * * 69 0 * * * * * * 1557 0 0 K 70 * * * * * * * * 1313 * * 743 * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1557 0 0 L 71 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1557 0 0 K 72 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1447 0 0 D 73 * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1447 0 0 F 74 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1447 0 0 Q 75 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 75 0 * * * * * * 1447 0 0 K 76 * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * 76 0 * * * * * * 1447 0 0 R 77 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 77 0 * * * * * * 1447 0 0 Y 78 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 78 0 * * * * * * 1447 0 0 E 79 * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 79 0 * * * * * * 1447 0 0 E 80 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1447 0 0 V 81 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 81 0 * * * * * * 1447 0 0 H 82 * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1447 0 0 P 83 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1447 0 0 Y 84 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 84 0 * * * * * * 1447 0 0 L 85 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1447 0 0 M 86 * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * 86 0 * * * * * * 1447 0 0 K 87 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 87 0 * * * * * * 1447 0 0 E 88 * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1447 0 0 K 89 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1447 0 0 V 90 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * 90 0 * * * * * * 1447 0 0 E 91 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1447 0 0 Q 92 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * 92 0 * * * * * * 1447 0 0 V 93 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 93 0 * * * * * * 1447 0 0 I 94 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1447 0 0 M 95 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1447 0 0 E 96 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1447 0 0 E 97 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1447 0 0 A 98 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1447 0 0 W 99 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 99 0 * * * * * * 1447 0 0 S 100 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 100 0 * * * * * * 1447 0 0 L 101 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1447 0 0 A 102 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 102 0 * * * * * * 1447 0 0 A 103 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 103 0 * * * * * * 1447 0 0 H 104 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1447 0 0 I 105 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1447 0 0 V 106 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 106 0 * * * * * * 1447 0 0 Q 107 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 107 0 * * 0 * * * 1447 0 0 //