HHsearch 1.5 NAME c3wb1D_ FAM FILE c3wb1D_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3wb1D_.a3m DATE Sat Feb 8 08:26:20 2014 LENG 157 match states, 157 columns in multiple alignment FILT 4 out of 8 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 2.0 EVD 0.3698 -2.0950 SEQ >ss_dssp CCHHHHHHHHHHHHHTTCCCSCCHHHHHHHHHHHHTCCEEEECCSCHHHHHHHHHHHTTTCCCEEEECSSCCGGGGGSSSHHHHHHHHHHHHCCCSEEEE EEECSSTTSCEEEEEEETTCCEEEEEEECCTTTSCCCHHHHHHHHHHHHHHTTTCCC >sa_dssp EEBDDBCDDBEDCEEEEECEEEDEDBCECCCDCADEAECAABACDDEECBDBBCDBADECBEBECCCAEDDBEEADEDEDAACCCADCACEDCEBDABAA CBCCCEEEDBCBAAAAADECCEBACBDBDCDEEEEDDCDDBACDAADDAADEBEBED >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHEEECCCEEEEE ECCCCCCCCCEEEEEECCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC >ss_conf 9069999999875430222471079999999983056579987598317999999998629952389960567754356835765533214148607996 033368888618999907852887327835642076699999999999999627679 >Consensus xxxeExixkAxxeSxnxxRxGDxxeExxxixeyixxaxxixVxxxnxxKxxvinxvlxxxxlpxaxxlxixTxxaDxtrxPAxxKaimaldvxxADlvIA RGRLGxPGSGsmlvxmDxrgRiLtaxlSPshxxhxxsixeavxxExxEALxriGxxx >c3wb1D_ VVMEEIIKKAFIESINNIRRGDKEEELKKIQEKIVNAKKIVVATNNQKKFKVIRDIMLRVCNAEIKMLDIDTRFADLTRMPALTKGLIALDIEKADLYIA RGRLGAPGSGSMLVILDEKGRVLTASLSPSSVIHKEDIEERIKKELIEALSRIGISI >UniRef50_A5UKQ1(1-154:159) Putative uncharacterized protein n=3 Tax=Methanobrevibacter smithii RepID=A5UKQ1_METS3 E=4e-60 s/c=1.51 id=46% cov=99% MAFEEMIKKALDESRNNCRLGDTLEEVREIQNYIKNAEKIYIPNKNGIKVDVLNKVLREYNLPSAKILQINTNEADSNRSPAFAKAIMALDVCDADLIIA RGRLGLPGSGSLLLFVDNKGRILTCGTSPSHAISQKTLEDAVYEEANEALQKIG--- >UniRef50_A2SU94(10-157:163) Uncharacterized protein-like protein n=2 Tax=Euryarchaeota RepID=A2SU94_METLZ E=5e-58 s/c=1.51 id=46% cov=95% ------VSSAYSQSLNGTRLGDTAEETMSIREYIKSSRHIVVPNHDDRKIAVINSVLSSFGLPRAVHLCIPTNSPDLTRTPAVSKALMALDITGADLVIA RGRLGVPGSGSMLVIMDSRGRILSASLSPSHLYHAKSISDAVTHEMEEALVRVG--- >UniRef50_Q8TZB7(1-154:160) Uncharacterized protein conserved in archaea n=1 Tax=Methanopyrus kandleri RepID=Q8TZB7_METKA E=6e-56 s/c=1.42 id=38% cov=99% -MLKETLLKAWWESWEGTRRGDEEREVEGLREYLTSADRLAVVTGNEDKLRAVNKVLRRFGLPEAEMIRVPTEMADATPCPAIFKAIMGVQVSDADVVIA RGRLGVPGSGAMTVFMDARCRLLTAALSPPHVLHEMSVKEAMEREAEEALRRLGM-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * V 1 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * 1 0 * * * * * * 1453 0 0 V 2 1618 * * * * * * * * * 1534 * * * * * * 1604 * * 2 0 * * * * * * 1824 0 0 M 3 * * * * 1618 * * * * 1534 1604 * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1824 0 0 E 4 * * * 611 * * * * 1534 * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1824 0 0 E 5 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1824 0 0 I 6 * * * * * * * 1604 * * 1618 * * * * * 1534 * * * 6 0 * * * * * * 1824 0 0 I 7 * * * * * * * 1003 * 1921 * * * * * * * 2077 * * 7 0 * * * * * * 1982 0 0 K 8 * * * * * * * * 1003 1921 * * * * * 2077 * * * * 8 0 * * * * * * 1982 0 0 K 9 * * * * * * * * 390 * * * * * * 2077 * * * * 9 0 * * * * * * 1982 0 0 A 10 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1982 0 0 F 11 * * * * 1984 * * * * 2023 * * * * * * * * 1921 2077 11 0 * * * * * * 1982 0 0 I 12 * * 2023 * * * * 1984 * * * * * * * 2077 * * 1921 * 12 0 * * * * * * 1982 0 0 E 13 * * * 390 * * * * * * * * * 2077 * * * * * * 13 0 * * * * * * 1982 0 0 S 14 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 14 0 * * * * * * 1982 0 0 I 15 * * * * * * * 1984 * 2077 * * * * 2023 * * * 1921 * 15 0 * * * * * * 1982 0 0 N 16 * * * 1921 * * * * * * * 442 * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1982 0 0 N 17 * * * * * 997 * * * * * 1003 * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1982 0 0 I 18 * 2023 * * * * * 1984 * * * * * * * * 997 * * * 18 0 * * * * * * 1982 0 0 R 19 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 19 0 * * * * * * 1982 0 0 R 20 * * * * * * * * * 1050 * * * * 952 * * * * * 20 0 * * * * * * 1982 0 0 G 21 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1982 0 0 D 22 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1982 0 0 K 23 * * * 1921 * * * * 1984 * * * * * * * 1050 * * * 23 0 * * * * * * 1982 0 0 E 24 2077 * * 952 * * * * * 2023 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1982 0 0 E 25 * * * 442 * * * * * * * * * * 1921 * * * * * 25 0 * * * * * * 1982 0 0 E 26 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1982 0 0 L 27 * * * * * * * * * 1984 * * * * * * 2077 971 * * 27 0 * * * * * * 1982 0 0 K 28 * * * 1921 * * * * 1984 * 2077 * * * 2023 * * * * * 28 0 * * * * * * 1982 0 0 K 29 * * * 2023 * 1921 * * 1984 * * * * * * 2077 * * * * 29 0 * * * * * * 1982 0 0 I 30 * * * * * * * 442 * 1921 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1982 0 0 Q 31 * * * * * * * * * * * * * 1003 997 * * * * * 31 0 * * * * * * 1982 0 0 E 32 * * * 407 * * * * * * * 2023 * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1982 0 0 K 33 * * * * * * * * 1984 * * * * * * * * * * 420 33 0 * * * * * * 1982 0 0 I 34 * * * * * * * 442 * 1921 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1982 0 0 V 35 * * * * * * * * 1050 * * * * * * * 1921 1984 * * 35 0 * * * * * * 1982 0 0 N 36 * * * * * * * * * * * 1003 * * * 997 * * * * 36 0 * * * * * * 1982 0 0 A 37 390 * * * * * * * * * * * * * * 2077 * * * * 37 0 * * * * * * 1982 0 0 K 38 * * 1921 2023 * * * * 1984 * * * * * 2077 * * * * * 38 0 * * * * * * 1982 0 0 K 39 * * * * * * 2077 * 1003 * * * * * 1921 * * * * * 39 0 * * * * * * 1982 0 0 I 40 * * * * * * * 442 * 1921 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1982 0 0 V 41 1921 * * * * * * * * * * * * * * * * 1030 * 2023 41 0 * * * * * * 1982 0 0 V 42 * * * * * * * 2023 * * * * * * * * * 407 * * 42 0 * * * * * * 1982 0 0 A 43 1984 * * * * * * * * * * * 1050 * * * * 1921 * * 43 0 * * * * * * 1982 0 0 T 44 * * * * * * * * * * * 1050 * * * * 952 * * * 44 0 * * * * * * 1982 0 0 N 45 * * * * * 1921 2077 * 2023 * * 1984 * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1982 0 0 N 46 * * 2077 * * * * * * * * 390 * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1982 0 0 Q 47 * * 2077 1921 * 2023 * * * * * * * 1984 * * * * * * 47 0 * * * * * * 1982 0 0 K 48 * * 1921 * * * * 2023 1984 * * * * * 2077 * * * * * 48 0 * * * * * * 1982 0 0 K 49 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1982 0 0 F 50 * * * * 1984 * * 2077 * 1921 * * * * * * * 2023 * * 50 0 * * * * * * 1982 0 0 K 51 2077 * 2023 * * * * * 1984 * * * * * 1921 * * * * * 51 0 * * * * * * 1982 0 0 V 52 1921 * * * * * * * * * * * * * * * * 442 * * 52 0 * * * * * * 1982 0 0 I 53 * * * * * * * 1030 * 2023 * * * * * * * 1921 * * 53 0 * * * * * * 1982 0 0 R 54 * * * * * * * * * * * 420 * * 1984 * * * * * 54 0 * * * * * * 1982 0 0 D 55 * * 1984 * * * * * 971 * * * * * * 2077 * * * * 55 0 * * * * * * 1982 0 0 I 56 * * * * * * * 1984 * * * * * * * * * 420 * * 56 0 * * * * * * 1982 0 0 M 57 * * * * * * * * * 420 1984 * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1982 0 0 L 58 * * * * * * * * * 1984 * * * * 971 2077 * * * * 58 0 * * * * * * 1982 0 0 R 59 * * * 2023 * * * * * * * * * * 952 2077 * * * * 59 0 * * * * * * 1982 0 0 V 60 * * * * 997 * * * * * * * * * * * * 1984 * 2023 60 0 * * * * * * 1982 0 0 C 61 * 1984 * * * 997 * * * * * 2023 * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1982 0 0 N 62 * * * * * * * * * 420 * 1984 * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1982 0 0 A 63 1984 * * * * * * * * * * * 420 * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1982 0 0 E 64 * * * 952 * * * * * * * * * * 2077 2023 * * * * 64 0 * * * * * * 1982 0 0 I 65 420 * * * * * * 1984 * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1982 0 0 K 66 * * * 1921 * * * * 1003 * * * * * * * * 2077 * * 66 0 * * * * * * 1982 0 0 M 67 * * * * * * 2077 2023 * * 952 * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1982 0 0 L 68 * * * * * * * 1921 * 442 * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1982 0 0 D 69 * 2077 1984 * * * * * * * * * * 2023 1921 * * * * * 69 0 * * * * * * 1982 0 0 I 70 * * * * * * * 442 * * * * * * * * * 1921 * * 70 0 * * * * * * 1982 0 0 D 71 * * 1984 * * * * * * * * 2023 997 * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1982 0 0 T 72 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 72 0 * * * * * * 1982 0 0 R 73 * * * 1921 * * * * * * * 1050 * * 1984 * * * * * 73 0 * * * * * * 1982 0 0 F 74 * * * 2023 1984 * * * * * 1921 * * * * 2077 * * * * 74 0 * * * * * * 1982 0 0 A 75 390 * * * * * * * * * * * 2077 * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1982 0 0 D 76 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1982 0 0 L 77 1921 * * * * * * * * 1030 * * * * * 2023 * * * * 77 0 * * * * * * 1982 0 0 T 78 * * * * * * * * * * * 2023 * * * * 407 * * * 78 0 * * * * * * 1982 0 0 R 79 * * * * * * * * * * * * 1921 * 442 * * * * * 79 0 * * * * * * 1982 0 0 M 80 * 1921 * * * * * * * * 1984 * * * * 2023 2077 * * * 80 0 * * * * * * 1982 0 0 P 81 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1982 0 0 A 82 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1982 0 0 L 83 * * * * 2023 * * 1921 * 1984 * * * * * * * 2077 * * 83 0 * * * * * * 1982 0 0 T 84 2023 * * * 1921 * * * * * * * * * * 2077 1984 * * * 84 0 * * * * * * 1982 0 0 K 85 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1982 0 0 G 86 420 * * * * 1984 * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1982 0 0 L 87 * * * * * * * 971 * 1030 * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1982 0 0 I 88 * * * * * * * 1984 * * 420 * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1982 0 0 A 89 442 * * * * 1921 * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1982 0 0 L 90 * * * * * * * * * 442 * * * * * * * 1921 * * 90 0 * * * * * * 1982 0 0 D 91 * * 442 * * * * * * * * * * 1921 * * * * * * 91 0 * * * * * * 1982 0 0 I 92 * * * * * * * 1030 * * * * * * * * * 971 * * 92 0 * * * * * * 1982 0 0 E 93 * 2023 * 1984 * * * * * * * * * * * 1921 2077 * * * 93 0 * * * * * * 1982 0 0 K 94 * * 971 * * 2077 * * 1984 * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1982 0 0 A 95 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1982 0 0 D 96 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1982 0 0 L 97 * * * * * * * * * 442 * * * * * * * 1921 * * 97 0 * * * * * * 1982 0 0 Y 98 * * * * * * * 2023 * * * * * * * * * 997 * 1984 98 0 * * * * * * 1982 0 0 I 99 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1982 0 0 A 100 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1982 0 0 R 101 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 101 0 * * * * * * 1982 0 0 G 102 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1982 0 0 R 103 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 103 0 * * * * * * 1982 0 0 L 104 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1982 0 0 G 105 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1982 0 0 A 106 1984 * * * * * * * * 2023 * * * * * * * 997 * * 106 0 * * * * * * 1982 0 0 P 107 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1982 0 0 G 108 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1982 0 0 S 109 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 109 0 * * * * * * 1982 0 0 G 110 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1982 0 0 S 111 1921 * * * * * * * * * * * * * * 442 * * * * 111 0 * * * * * * 1982 0 0 M 112 * * * * * * * * * 2023 407 * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1982 0 0 L 113 * * * * * * * * * 442 * * * * * * 1921 * * * 113 0 * * * * * * 1982 0 0 V 114 * * * * * * * * * 2023 * * * * * * * 407 * * 114 0 * * * * * * 1982 0 0 I 115 * * * * 971 * * 1030 * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1982 0 0 L 116 * * * * * * * * * 1984 997 * * * * * * 2023 * * 116 0 * * * * * * 1982 0 0 D 117 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1982 0 0 E 118 1921 * * 1984 * * * * * * * 2023 * * * 2077 * * * * 118 0 * * * * * * 1982 0 0 K 119 * * * * * * * * 1003 * * * * * 997 * * * * * 119 0 * * * * * * 1982 0 0 G 120 * 1921 * * * 442 * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1982 0 0 R 121 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 121 0 * * * * * * 1982 0 0 V 122 * * * * * * * 1050 * 1921 * * * * * * * 1984 * * 122 0 * * * * * * 1982 0 0 L 123 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1982 0 0 T 124 * * * * * * * * * * * * * * * 2077 390 * * * 124 0 * * * * * * 1982 0 0 A 125 407 2023 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1982 0 0 S 126 1921 * * * * 2023 * * * * * * * * * 1030 * * * * 126 0 * * * * * * 1982 0 0 L 127 * * * * * * * * * 407 * * * * * * 2023 * * * 127 0 * * * * * * 1982 0 0 S 128 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 128 0 * * * * * * 1982 0 0 P 129 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1982 0 0 S 130 * * * * * * * * * * * * 1921 * * 442 * * * * 130 0 * * * * * * 1982 0 0 S 131 * * * * * * 420 * * * * * * * * 1984 * * * * 131 0 * * * * * * 1982 0 0 V 132 2023 * * * * * * * * 2077 * * * * * * * 952 * * 132 0 * * * * * * 1982 0 0 I 133 * * * * * * * 1003 * 1921 * * * * * * * * * 2077 133 0 * * * * * * 1982 0 0 H 134 * * * * * * 407 * * * * * * * * 2023 * * * * 134 0 * * * * * * 1982 0 0 K 135 2077 * * 1921 * * * * 1984 * * * * 2023 * * * * * * 135 0 * * * * * * 1982 0 0 E 136 * * * 1984 * * * * 1050 * 1921 * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1982 0 0 D 137 * * 1984 * * * * * * * * * * * * 997 2023 * * * 137 0 * * * * * * 1982 0 0 I 138 * * * * * * * 1030 * 2023 * * * * * * * 1921 * * 138 0 * * * * * * 1982 0 0 E 139 * * * 1003 * * * * 1921 * * * * * * 2077 * * * * 139 0 * * * * * * 1982 0 0 E 140 * * 1050 952 * * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1982 0 0 R 141 420 * * * * * * * * * * * * * 1984 * * * * * 141 0 * * * * * * 1982 0 0 I 142 * * * * * * * 1984 * * 1921 * * * * * * 1050 * * 142 0 * * * * * * 1982 0 0 K 143 * * * 1921 * * * * 1984 * * * * * * * 2077 * * 2023 143 0 * * * * * * 1982 0 0 K 144 * * * 2023 * * 2077 * 1984 * * * * * 1921 * * * * * 144 0 * * * * * * 1982 0 0 E 145 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1982 0 0 L 146 971 * * * * * * * * 1984 2077 * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1982 0 0 I 147 * * * 997 * * * 1984 * * * 2023 * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1982 0 0 E 148 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1982 0 0 A 149 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1982 0 0 L 150 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1982 0 0 S 151 * * * * * * * * * * * * * 2023 1921 1984 * 2077 * * 151 0 * * * * * * 1982 0 0 R 152 * * * * * * * * 2023 * * * * * 407 * * * * * 152 0 * * * * * * 1982 0 0 I 153 * * * * * * * 1003 * 1921 * * * * * * * 2077 * * 153 0 * * * * * * 1982 0 0 G 154 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1982 0 0 I 155 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1534 0 0 S 156 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 I 157 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 157 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //