HHsearch 1.5 NAME c3s88J_ FAM FILE c3s88J_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3s88J_.a3m DATE Sat Dec 10 17:59:03 2011 LENG 106 match states, 106 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.4129 0.0061 SEQ >ss_dssp CCCCCEEEEECCCCCSSCCSCCSTTTSCCGGGSCEEEEECSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCSSCCTHHHHHHHHHHHHHHSSCCCSSCCSSC CCCCCC >sa_dssp EDDDDDEDEDDEDEEEEEEEDECEEECEDEEDDDDEBDDEDDDEEBCDDDDEDEEDDEEDDDDDEECEDEECEDCEEEEDEDDEEEDEEEEDCDDEDECD DDEEEE >ss_pred CCCCCCEEEEEEECCCCCCEEEECCCCCCCCHHEHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEECCHHC CCCCCC >ss_conf 9876614888750585344132013265322001022310566210357886335689999999753201223344268899999751943477660112 353559 >Consensus xcxxxlxxwtxqexxxaaglawipxfgpgxegiytxglmxnqnxlvcxlrxlanettqalqlxlrxttexrtxsllnrxaidfllxrwggtcrilgpdcc ixxxdx >c3s88J_ KCNPNLHYWTAQEQHNAAGIAWIPYFGPGAEGIYTEGLMHNQNALVCGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTYTILNRKAIDFLLRRWGGTCRILGPDCC IEPHDW >UniRef50_Q91DD8(511-616:677) GP2-delta n=52 Tax=Ebola-like viruses RepID=VGP_EBORE E=9e-55 s/c=2.02 id=84% cov=101% KCNPDLHYWTAVDEGAAAGLAWIPYFGPAAEGIYIEGVMHNQNGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTYSLLNRKAIDFLLQRWGGTCRILGPSCC IEPHDW >UniRef50_Q6UY66(454-676:681) GP2 n=27 Tax=Lake Victoria marburgvirus RepID=VGP_MABVO E=1e-68 s/c=0.79 id=60% cov=101% DCDAELRIWSVQEDDLAAGLSWIPFFGPGIEGLYTAGLIKNQNNLVCRLRRLANQTAKSLELLLRVTTEERTFSLINRHAIDFLLTRWGGTCKVLGPDCC IGIEDL # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * K 1 * * 1406 * * * * * 684 * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1387 0 0 C 2 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1387 0 0 N 3 * * 1406 * * * * * * * * 684 * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1387 0 0 P 4 1406 * * * * * * * * * * * 684 * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1387 0 0 N 5 * * 1662 1406 * * * * * * * 1706 * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1387 0 0 L 6 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1387 0 0 H 7 * * * * * * 684 * * * * * * * 1406 * * * * * 7 0 * * * * * * 1387 0 0 Y 8 * * * * * * * 1406 * * * * * * * * * * * 684 8 0 * * * * * * 1387 0 0 W 9 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 9 0 * * * * * * 1387 0 0 T 10 * * * * * * * * * * * * * * * 1406 684 * * * 10 0 * * * * * * 1387 0 0 A 11 684 * * * * * * * * * * * * * * * * 1406 * * 11 0 * * * * * * 1387 0 0 Q 12 * * * * * * * * * * * * * 548 * * * 1662 * * 12 0 * * * * * * 1387 0 0 E 13 * * 1662 548 * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1387 0 0 Q 14 * * 1406 1662 * * * * * * * * * 1706 * * * * * * 14 0 * * * * * * 1387 0 0 H 15 * * 1406 * * 1662 1706 * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1387 0 0 N 16 1662 * * * * * * * * 1406 * 1706 * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1387 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1387 0 0 A 18 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1387 0 0 G 19 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1387 0 0 I 20 * * * * * * * 1706 * 528 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1387 0 0 A 21 684 * * * * * * * * * * * * * * 1406 * * * * 21 0 * * * * * * 1387 0 0 W 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 22 0 * * * * * * 1387 0 0 I 23 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1387 0 0 P 24 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1387 0 0 Y 25 * * * * 1406 * * * * * * * * * * * * * * 684 25 0 * * * * * * 1387 0 0 F 26 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1387 0 0 G 27 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1387 0 0 P 28 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1387 0 0 G 29 1662 * * * * 548 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1387 0 0 A 30 684 * * * * * * 1406 * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1387 0 0 E 31 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1387 0 0 G 32 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1387 0 0 I 33 * * * * * * * 684 * 1406 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1387 0 0 Y 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 34 0 * * * * * * 1387 0 0 T 35 * * * * * * * 1662 * * * * * * * * 548 * * * 35 0 * * * * * * 1387 0 0 E 36 1406 * * 684 * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1387 0 0 G 37 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1387 0 0 L 38 * * * * * * * * * 548 * * * * * * * 1662 * * 38 0 * * * * * * 1387 0 0 M 39 * * * * * * * 1406 * * 684 * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1387 0 0 H 40 * * * * * * 684 * 1406 * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1387 0 0 N 41 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1387 0 0 Q 42 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 42 0 * * * * * * 1387 0 0 N 43 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1387 0 0 A 44 1706 * * * * 1662 * * * * * 1406 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1387 0 0 L 45 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1387 0 0 V 46 * * * * * * * 1662 * * * * * * * * * 548 * * 46 0 * * * * * * 1387 0 0 C 47 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1387 0 0 G 48 * * * * * 684 * * * * * * * * 1406 * * * * * 48 0 * * * * * * 1387 0 0 L 49 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1387 0 0 R 50 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 50 0 * * * * * * 1387 0 0 Q 51 * * * * * * * * * * * * * 684 1406 * * * * * 51 0 * * * * * * 1387 0 0 L 52 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1387 0 0 A 53 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1387 0 0 N 54 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1387 0 0 E 55 * * * 684 * * * * * * * * * 1406 * * * * * * 55 0 * * * * * * 1387 0 0 T 56 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 56 0 * * * * * * 1387 0 0 T 57 1406 * * * * * * * * * * * * * * * 684 * * * 57 0 * * * * * * 1387 0 0 Q 58 * * * * * * * * 1406 * * * * 684 * * * * * * 58 0 * * * * * * 1387 0 0 A 59 684 * * * * * * * * * * * * * * 1406 * * * * 59 0 * * * * * * 1387 0 0 L 60 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1387 0 0 Q 61 * * * 1406 * * * * * * * * * 684 * * * * * * 61 0 * * * * * * 1387 0 0 L 62 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1387 0 0 F 63 * * * * 684 * * * * 1406 * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1387 0 0 L 64 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1387 0 0 R 65 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 65 0 * * * * * * 1387 0 0 A 66 684 * * * * * * * * * * * * * * * * 1406 * * 66 0 * * * * * * 1387 0 0 T 67 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 67 0 * * * * * * 1387 0 0 T 68 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 68 0 * * * * * * 1387 0 0 E 69 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1387 0 0 L 70 * * * 1406 * * * * * 684 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1387 0 0 R 71 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 71 0 * * * * * * 1387 0 0 T 72 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 72 0 * * * * * * 1387 0 0 Y 73 * * * * 1406 * * * * * * * * * * * * * * 684 73 0 * * * * * * 1387 0 0 T 74 * * * * * * * * * * * * * * * 528 1706 * * * 74 0 * * * * * * 1387 0 0 I 75 * * * * * * * 1706 * 528 * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1387 0 0 L 76 * * * * * * * 1406 * 684 * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1387 0 0 N 77 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1387 0 0 R 78 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 78 0 * * * * * * 1387 0 0 K 79 * * * * * * 1406 * 684 * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1387 0 0 A 80 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1387 0 0 I 81 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1387 0 0 D 82 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1387 0 0 F 83 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1387 0 0 L 84 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1387 0 0 L 85 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1387 0 0 R 86 * * * * * * * * * * * * * 1662 1706 * 1406 * * * 86 0 * * * * * * 1387 0 0 R 87 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 87 0 * * * * * * 1387 0 0 W 88 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 88 0 * * * * * * 1387 0 0 G 89 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1387 0 0 G 90 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1387 0 0 T 91 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 91 0 * * * * * * 1387 0 0 C 92 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1387 0 0 R 93 * * * * * * * * 1406 * * * * * 684 * * * * * 93 0 * * * * * * 1387 0 0 I 94 * * * * * * * 684 * * * * * * * * * 1406 * * 94 0 * * * * * * 1387 0 0 L 95 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1387 0 0 G 96 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1387 0 0 P 97 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1387 0 0 D 98 * * 548 * * * * * * * * * * * * 1662 * * * * 98 0 * * * * * * 1387 0 0 C 99 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1387 0 0 C 100 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1387 0 0 I 101 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1387 0 0 E 102 * * * 684 * 1406 * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1387 0 0 P 103 * * * * * * * 1406 * * * * 684 * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1387 0 0 H 104 * * * 1406 * * 684 * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1387 0 0 D 105 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1387 0 0 W 106 * * * * * * * * * 1406 * * * * * * * * 684 * 106 0 * * 0 * * * 1387 0 0 //