HHsearch 1.5 NAME c3nctC_ FAM FILE c3nctC_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3nctC_.a3m DATE Sun Aug 29 02:47:40 2010 LENG 139 match states, 139 columns in multiple alignment FILT 4 out of 8 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 2.0 EVD 0.3968 -0.8916 SEQ >ss_dssp CCHHHHHHCCHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHTCCCCTTCEEEECSSSTTCSCSSSEEEEECTTCSEEEEEECSSSSCSSEEEEEEETTSCSEEEEEE ESSCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHTTC >sa_dssp DECEDACDCDBDDABDCCEECDEDBDEAADBABECBEDBEEBDCDBACDEDCDCECAABACACBEDEEACABABABBEECECACABACCEEDEBEBCABD BEEADBEDACEAADCABDBBEEEDDCEDABEDADEDCED >ss_pred CCEEEEECCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCEEEEEECCCCCCCEEEEEEECCCCCEEEEEEE CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCC >ss_conf 9105650576778999997059999988888775430765751031233211573037999745776146887356455640131133079968999996 044388999999999876664176713699998852489 >Consensus lxLxxixtxxAxexExiRxxGxdxRRxLxxAVxgxLxxPxgWxxnaEyxsEFgGffPVqcRfspgxdxxhlxlCSpGxxspxWxlVLxxxGGexxaxvxx xdxfxpexisxxlaxxaxxxrxgxsxxdxixixxxxggx >c3nctC_ LTLNVLQTXNAQEYEDIRAAGSDERRELTHAVXRELDAPDNWTXNGEYGSEFGGFFPVQVRFTPAHERFHLALCSPGDVSQVWVLVLVNAGGEPFAVVQV QRRFASEAVSHSLALAASLDTQGYSVNDIIHILXAEGGQ >UniRef50_A7M7G3(6-151:154) PsiB n=2 Tax=Serratia RepID=A7M7G3_9ENTR E=8e-52 s/c=1.40 id=29% cov=100% LSLEQITGMSATELEEYRDRGRAWRRMLNNAVLGALALPKGWVANAEDVCEFCGQVPVVCRISPkGDDATAIFLCSAGADVPGWSAVLPYQGtsltanqG DCIAWVHTADNFEPETINRVLNVVGEYYRHGFTQPEKLAVALRMGG- >UniRef50_A4WGR1(7-126:144) Putative uncharacterized protein n=2 Tax=Enterobacteriaceae RepID=A4WGR1_ENT38 E=3e-46 s/c=1.54 id=41% cov=86% --LTRINTLTASDMEFIRQQGEDARRALSDAVTGLLTTPEGWRVCAEYRSEFGGFFPVQCRFSAdGCDDWHLCVCSPGELSPYWLLVLLSSGGEVVRTLY QNDTLQPEQVSQLIAQMAGMRR------------------ >UniRef50_D2WFG1(82-159:160) Plasmid SOS inhibition protein B n=3 Tax=Escherichia coli RepID=D2WFG1_ECOLX E=9e-25 s/c=1.46 id=81% cov=57% -------------------------------------------------------------FTPAHERFHLALCSPGDVSQLWMLVLVNCGGQPFAVVQV QHIFTPVAISHTLALAATLDAQGYSVNDIIHILMAEGGQ # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * L 1 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1595 0 0 T 2 * * * * * * * * * * * * * * * 959 1042 * * * 2 0 * * * * * * 1595 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1946 0 0 N 4 * * * 1508 * * * * * * * 1634 * * * * 1616 * * * 4 0 * * * * * * 1946 0 0 V 5 * * * * * * * * * * * * * 1508 1616 * * 1634 * * 5 0 * * * * * * 1946 0 0 L 6 * * * * * * * 561 * 1634 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1946 0 0 Q 7 * * * * * * * * * * * 1616 * 1634 * * 1508 * * * 7 0 * * * * * * 1946 0 0 T 8 * * * * * 1508 * * * * * * * * * * 625 * * * 8 0 * * * * * * 1946 0 0 X 9 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1575 0 0 N 10 * * * * * * * * * * * 1634 * * * 1508 1616 * * * 10 0 * * * * * * 1946 0 0 A 11 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1946 0 0 Q 12 * * * * * * * * * * * * * 1634 * 1616 1508 * * * 12 0 * * * * * * 1946 0 0 E 13 * * 1616 570 * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1946 0 0 Y 14 * * * * * * * * * 1508 1616 * * * * * * * * 1634 14 0 * * * * * * 1946 0 0 E 15 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1946 0 0 D 16 * * 1634 1508 1616 * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1946 0 0 I 17 * * * * * * * 625 * * * * * * * * * * * 1508 17 0 * * * * * * 1946 0 0 R 18 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 18 0 * * * * * * 1946 0 0 A 19 1634 * 1508 * * * * * * * * * * 1616 * * * * * * 19 0 * * * * * * 1946 0 0 A 20 1634 * * * * * * * * * * * * 1616 1508 * * * * * 20 0 * * * * * * 1946 0 0 G 21 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1946 0 0 S 22 * * * 1616 * * * * * * * * * * 1508 1634 * * * * 22 0 * * * * * * 1946 0 0 D 23 1508 * 625 * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1946 0 0 E 24 1616 * * 1634 * * * * * * * * * * * * * * 1508 * 24 0 * * * * * * 1946 0 0 R 25 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 25 0 * * * * * * 1946 0 0 R 26 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 26 0 * * * * * * 1946 0 0 E 27 1616 * * 1634 * * * * * * 1508 * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1946 0 0 L 28 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1946 0 0 T 29 * * * * * * * * * * * 1508 * * * 1616 1634 * * * 29 0 * * * * * * 1946 0 0 H 30 * * 1616 * * * 1634 * * * * 1508 * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1946 0 0 A 31 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1946 0 0 V 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 32 0 * * * * * * 1946 0 0 X 33 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * 33 0 * * * * * * 1575 0 0 R 34 * * * * * 561 * * * * * * * * 1634 * * * * * 34 0 * * * * * * 1946 0 0 E 35 1508 * * 1634 * * * * * 1616 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1946 0 0 L 36 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1946 0 0 D 37 1508 * 1634 * * * * * * * * * * * * * 1616 * * * 37 0 * * * * * * 1946 0 0 A 38 1634 * * * * * * * * 1508 * * * * * * 1616 * * * 38 0 * * * * * * 1946 0 0 P 39 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1946 0 0 D 40 * * 1634 1616 * * * * 1508 * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1946 0 0 N 41 * * * * * 561 * * * * * 1634 * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1946 0 0 W 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 42 0 * * * * * * 1946 0 0 T 43 * * * * * * * * * * * * * * 1616 * 1634 1508 * * 43 0 * * * * * * 1946 0 0 X 44 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 44 0 * * * * * * 1575 0 0 N 45 * 1616 * * * * * * * * * 570 * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1946 0 0 G 46 561 * * * * 1634 * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1946 0 0 E 47 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1946 0 0 Y 48 * * 1508 * * * * * * * * * * * * * * * * 625 48 0 * * * * * * 1946 0 0 G 49 * * * * * 1634 * * * * * * * * 1616 * * 1508 * * 49 0 * * * * * * 1946 0 0 S 50 * 1508 * * * * * * * * * * * * * 625 * * * * 50 0 * * * * * * 1946 0 0 E 51 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1946 0 0 F 52 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1946 0 0 G 53 * 1508 * * * 625 * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1946 0 0 G 54 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1946 0 0 F 55 * * * * 625 * * * * * * * * 1508 * * * * * * 55 0 * * * * * * 1946 0 0 F 56 * * * * 625 * * * * * * * * * * * * 1508 * * 56 0 * * * * * * 1946 0 0 P 57 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1946 0 0 V 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 58 0 * * * * * * 1946 0 0 Q 59 * * * * * * * * * * * * * 625 * * * 1508 * * 59 0 * * * * * * 1946 0 0 V 60 * 561 * * * * * * * * * * * * * * * 1634 * * 60 0 * * * * * * 1946 0 0 R 61 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 61 0 * * * * * * 1946 0 0 F 62 * * * * 520 * * 1724 * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 2217 0 0 T 63 * * * * * * * * * * * * * * * 771 1273 * * * 63 0 * * * * * * 2217 0 0 P 64 1819 * * * * * * * * * * * 481 * * * * * * * 64 1273 771 * 0 * * * 2217 1573 0 A 65 1273 * * * * 771 * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 2217 0 0 H 66 * 1819 1724 * * * 1273 * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 2217 0 0 E 67 * * 771 1273 * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 2217 0 0 R 68 1724 * 1819 * * * * * * * * * * * 1273 * * * * * 68 0 * * * * * * 2217 0 0 F 69 * * * * 1273 * * * * * * * * * * * 1724 * 1819 * 69 0 * * * * * * 2217 0 0 H 70 1724 * * * * * 520 * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 2217 0 0 L 71 * * * * * * * 1724 * 520 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 2217 0 0 A 72 1273 1819 * * 1724 * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 2217 0 0 L 73 * * * * * * * * * 481 * * * * * * * 1819 * * 73 0 * * * * * * 2217 0 0 C 74 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 2217 0 0 S 75 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 75 0 * * * * * * 2217 0 0 P 76 1724 * * * * * * * * * * * 520 * * * * * * * 76 0 * * * * * * 2217 0 0 G 77 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 2217 0 0 D 78 1724 * 1273 1819 * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 2217 0 0 V 79 * * 1724 * * * * * * 1819 * * * * * * * 1273 * * 79 0 * * * * * * 2217 0 0 S 80 * * * * * * * * * * * * * * * 520 * 1724 * * 80 0 * * * * * * 2217 0 0 Q 81 * * * * * * * * * * * * 771 1273 * * * * * * 81 0 * * * * * * 2217 0 0 V 82 * * * * * 1724 * * * 2263 * * * * * * * 2282 * 1819 82 0 * * * * * * 2217 0 0 W 83 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 83 0 * * * * * * 2217 0 0 V 84 * * * * * * * * * 1819 2263 * * * * 1724 * 2282 * * 84 0 * * * * * * 2217 0 0 L 85 1724 * * * * * * * * 520 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 2217 0 0 V 86 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 86 0 * * * * * * 2217 0 0 L 87 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 2217 0 0 V 88 * * * * * * * * * 1819 * * 1724 * * * * 1273 * * 88 0 * * * * * * 2217 0 0 N 89 * * * * * * * * * * * 1273 * * * 1819 * * * 1724 89 0 * * * * * * 2217 0 0 A 90 2282 2263 * * * * * * * * * * * 1724 * 1819 * * * * 90 0 * * * * * * 2217 0 0 G 91 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 91 520 1724 * 2807 222 * * 2217 1000 0 G 92 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 2217 0 0 E 93 * * 1724 1032 * * * * * * * * * 2263 * * * * * * 93 0 * * * * * * 2217 0 0 P 94 * 1724 * * * * * * * * * * 1273 * * * * 1819 * * 94 0 * * * * * * 2217 0 0 F 95 * * * * 1273 * * 1724 * * * * * * * * * 1819 * * 95 0 * * * * * * 2217 0 0 A 96 481 * * * * * * * * * * * * * 1819 * * * * * 96 0 * * * * * * 2217 0 0 V 97 * * * * * * * * * * * * * * * * 1819 1273 1724 * 97 0 * * * * * * 2217 0 0 V 98 * * * * * * * * * 1819 * * * * * * * 481 * * 98 0 * * * * * * 2217 0 0 Q 99 * * * * * * 1724 * * * * * * 1273 * * * * * 1819 99 0 * * * * * * 2217 0 0 V 100 * * * * * * * * * * * * * 1819 * * 1724 1273 * * 100 0 * * * * * * 2217 0 0 Q 101 1724 * * * * * * * * * * 1819 * 1273 * * * * * * 101 0 * * * * * * 2217 0 0 R 102 * * 771 * * * 2263 * * * * * * * 2282 * * * * * 102 0 * * * * * * 2217 0 0 R 103 * * * * * * * 2263 * * * 1724 * * 2282 * 1819 * * * 103 0 * * * * * * 2217 0 0 F 104 * * * * 481 * * * * 1819 * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 2217 0 0 A 105 2282 * * 1724 * * * * * * * * * 1819 * * 2263 * * * 105 0 * * * * * * 2217 0 0 S 106 * * * * * * * * * * * * 332 * * 2282 * * * * 106 0 * * * * * * 2217 0 0 E 107 * * * 337 * * * * * * * * * * * * * 2263 * * 107 0 * * * * * * 2217 0 0 A 108 1273 * * * * * * * * * * * * 1819 * * 1724 * * * 108 0 * * * * * * 2217 0 0 V 109 * * * * * * * 968 * * * * * * * * * 1032 * * 109 0 * * * * * * 2217 0 0 S 110 * * * * * * * * * * * 1724 * * * 520 * * * * 110 0 * * * * * * 2217 0 0 H 111 * * * * * * 1273 * * * * * * 1819 1724 * * * * * 111 0 * * * * * * 2217 0 0 S 112 * * * * * * * * * 1819 * * * * * 2282 2263 1724 * * 112 0 * * * * * * 2217 0 0 L 113 * * * * * * * 1819 * 481 * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 2217 0 0 A 114 520 * * * * * * * * * * 1724 * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 2217 0 0 L 115 * * * * * * * * * 1273 * * * 1819 * * * 1724 * * 115 0 * * * * * * 2217 0 0 A 116 1273 * * * * * * * * * 1819 * * * * * * 1724 * * 116 0 * * * * * * 2217 0 0 A 117 520 * * * * 1724 * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 2217 0 0 S 118 * * * 1724 * 1819 * * * * * * * * * 2282 2263 * * * 118 0 * * * * * * 2217 0 0 L 119 * * * * * * * * * 1273 1819 * * * * * * * * 1724 119 0 * * * * * * 2217 0 0 D 120 * * 1273 * * * * * * * * * * * 1819 * * * * 1724 120 0 * * * * * * 2217 0 0 T 121 2263 * * * * * * * * * * * * * 771 * 2282 * * * 121 0 * * * * * * 2217 0 0 Q 122 * * * * * * 1211 * * * * * * 816 * * * * * * 122 0 * * * * * * 1787 0 0 G 123 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1787 0 0 Y 124 * * * * 1211 * * * * * * * * * * * * * * 816 124 0 * * * * * * 1787 0 0 S 125 * * * * * * * * * * * * * * * 816 1211 * * * 125 0 * * * * * * 1787 0 0 V 126 * * * * * * * * * * * * * 1211 * * * 816 * * 126 0 * * * * * * 1787 0 0 N 127 * * * * * * * * * * * 816 1211 * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1787 0 0 D 128 * * 816 1211 * * * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1787 0 0 I 129 * * * * * * * 816 1211 * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1787 0 0 I 130 * * * * * * * 816 * 1211 * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1787 0 0 H 131 1211 * * * * * 816 * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1787 0 0 I 132 * * * * * * * 816 * * * * * * * * * 1211 * * 132 0 * * * * * * 1787 0 0 L 133 1211 * * * * * * * * 816 * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1787 0 0 X 134 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1686 0 0 A 135 816 * * * * * * * * * * * * * 1211 * * * * * 135 0 * * * * * * 1787 0 0 E 136 * * * 816 * * * * * * 1211 * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1787 0 0 G 137 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1787 0 0 G 138 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1787 0 0 Q 139 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 139 0 * * 0 * * * 1122 0 0 //