HHsearch 1.5 NAME c3lfkC_ FAM FILE c3lfkC_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3lfkC_.a3m DATE Sat Aug 28 17:07:10 2010 LENG 111 match states, 111 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4026 -0.5962 SEQ >ss_dssp CCCCCEEECCBTTBCCEESSCGGGGGGCCHHHHHHHHHHHHTTTEEEHHHHHHHSCCSSHHHHHHHHHHHTSEEEEEETTEEEEEECHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHC >sa_dssp ECEDBCEDEDDEEDECDBCDEDEDBBEBDEDBBDAACCACEDEAEACCECAEEDCECEEBEDBBECACDBCABDDDEDEEDCCABBCEBADDAADCADDC CEEEEEEDEEE >ss_pred CCCCEEEEECCCCCCCEEEEECCCCCCCCHHHEEEEEEEECCCCEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHCCEEEEECCHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHC >ss_conf 9864167604767772021021457426810244787584369801269952534777989999988630123440342033578813405789987657 99999887509 >Consensus maeskvlvkgtpfnkpxikgklennydmsxdevxllxfxkxhggkiplyriknesgxkdpexvlknlxdygfaxxdkerlgekiiltxegefvxqairxr xxxxxlkxxkx >c3lfkC_ MAESKVLVKGTPFNKPVIKGKLENNYDMSQDEVSLLLFLKTHGGKIPLYRIKNETGLKDPESVLKNLMDYGFALEDKERLGEKIVLTSEGEFVAQAIRVR DEELRLKEMKQ >UniRef50_Q9HKU9(1-110:110) Putative uncharacterized protein Ta0494 n=1 Tax=Thermoplasma acidophilum RepID=Q9HKU9_THEAC E=2e-38 s/c=1.47 id=72% cov=86% ----------------MIKGKLENNYDMTDDEVKLLMFIKNHGGKVPLYRIKNESGVKDPEAVLKNLFDYGFAADDKERLGEKIILTNEGEFVGQAIRTR eekERIEKLKKEKK # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 A 2 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 E 3 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 S 4 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 K 5 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 V 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 V 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 K 9 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 G 10 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 T 11 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 P 12 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 F 13 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 N 14 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 K 15 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 P 16 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 V 17 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * 17 0 * * * * * * 1209 0 0 I 18 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1209 0 0 K 19 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1209 0 0 G 20 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1209 0 0 K 21 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1209 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1209 0 0 E 23 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1209 0 0 N 24 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1209 0 0 N 25 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1209 0 0 Y 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 26 0 * * * * * * 1209 0 0 D 27 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1209 0 0 M 28 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1209 0 0 S 29 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 29 0 * * * * * * 1209 0 0 Q 30 * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 30 0 * * * * * * 1209 0 0 D 31 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1209 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1209 0 0 V 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 33 0 * * * * * * 1209 0 0 S 34 * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * 34 0 * * * * * * 1209 0 0 L 35 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1209 0 0 L 36 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1209 0 0 L 37 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1209 0 0 F 38 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1209 0 0 L 39 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1209 0 0 K 40 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1209 0 0 T 41 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 41 0 * * * * * * 1209 0 0 H 42 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1209 0 0 G 43 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1209 0 0 G 44 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1209 0 0 K 45 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1209 0 0 I 46 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 46 0 * * * * * * 1209 0 0 P 47 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1209 0 0 L 48 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1209 0 0 Y 49 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 49 0 * * * * * * 1209 0 0 R 50 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 50 0 * * * * * * 1209 0 0 I 51 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1209 0 0 K 52 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1209 0 0 N 53 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1209 0 0 E 54 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1209 0 0 T 55 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 55 0 * * * * * * 1209 0 0 G 56 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1209 0 0 L 57 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 57 0 * * * * * * 1209 0 0 K 58 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1209 0 0 D 59 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1209 0 0 P 60 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1209 0 0 E 61 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1209 0 0 S 62 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 62 0 * * * * * * 1209 0 0 V 63 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 63 0 * * * * * * 1209 0 0 L 64 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1209 0 0 K 65 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1209 0 0 N 66 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1209 0 0 L 67 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1209 0 0 M 68 * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1209 0 0 D 69 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1209 0 0 Y 70 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 70 0 * * * * * * 1209 0 0 G 71 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1209 0 0 F 72 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1209 0 0 A 73 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1209 0 0 L 74 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1209 0 0 E 75 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1209 0 0 D 76 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1209 0 0 K 77 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1209 0 0 E 78 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1209 0 0 R 79 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 79 0 * * * * * * 1209 0 0 L 80 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1209 0 0 G 81 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1209 0 0 E 82 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1209 0 0 K 83 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1209 0 0 I 84 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1209 0 0 V 85 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 85 0 * * * * * * 1209 0 0 L 86 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1209 0 0 T 87 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 87 0 * * * * * * 1209 0 0 S 88 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 88 0 * * * * * * 1209 0 0 E 89 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1209 0 0 G 90 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1209 0 0 E 91 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1209 0 0 F 92 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1209 0 0 V 93 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 93 0 * * * * * * 1209 0 0 A 94 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1209 0 0 Q 95 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 95 0 * * * * * * 1209 0 0 A 96 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1209 0 0 I 97 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1209 0 0 R 98 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 98 0 * * * * * * 1209 0 0 V 99 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 99 0 * * * * * * 1209 0 0 R 100 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 100 1000 1000 * 1585 585 * * 1209 1000 0 D 101 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1209 0 0 E 102 * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 102 0 * * * * * * 1209 0 0 E 103 * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1209 0 0 L 104 * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1209 0 0 R 105 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 105 0 * * * * * * 1209 0 0 L 106 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1209 0 0 K 107 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1209 0 0 E 108 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1209 0 0 M 109 * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1209 0 0 K 110 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1209 0 0 Q 111 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 111 0 * * 0 * * * 1209 0 0 //